JASPAR profile collection [15]. Ali

JASPAR profile collection [15]. Alignment submission accepts the de facto standard CLUSTALW format [25]. In all operating modes, users are allowed to submit a cDNA sequence to define exon locations. Users may also submit new matrix profiles of their own construction.
Results can be obtained in three distinct report formats. Graphical view (Figure 3a) displays an alignment overview and conservation plots with x-axis reference for each submitted sequence. Positions of conserved TFBSs are indicated above the plot. The transcription-factor labels are equipped with mouse-over function to display additional data (the name and structural class of the factor, and the absolute and relative site scores), and are hyperlinked to further information on the TF and its binding profile (Figure 3b). The popup windows provide data summaries, including a sequence logo (graphical representation of the specificity of the profile based on position-specific information content [26]) with the corresponding profile from the database. Alignment view (Figure 3c) provides a detailed overview of the detected potential TFBSs displayed on the sequence. The numbering indicates positions in the actual sequences, and the predicted TFBSs are marked. For convenience, a tabular output of detected sites with associated details is also provided in Table view.
Discussion
Comparison of orthologous genomic sequences is an effective method for the identification of segments likely to mediate a sequence-specific biological function. The performance of phylogenetic footprinting methods for the detection of TFBSs is dependent upon multiple factors, including the alignment algorithm, the available binding profiles and the evolutionary distance between the target sequences. Two key data resources are introduced in this study: a novel collection of transcription-factor binding profiles compiled from the biological research literature and a reference test set for phylogenetic footprinting methods. The ConSite web interface to the system facilitates user control, an essential feature for users studying diverse genomes.
The binding profile collection is an important resource for bioinformatics projects. Like the TFBS programming system [27], the JASPAR profile collection is available freely to the research community [15]. The profiles are non-redundant and are restricted to those cases for which sufficient binding data were available to generate a meaningful representation of the binding
specificity of a TF. Continuing expansion of the collection is anticipated, given the strong research progress in modeling DNA binding sites [28].
The new phylogenetic footprinting reference collection of TFBSs allows for quantitative assessment of the performance of new methods. This is the largest collection of its kind available for
broad use. In our study, we could detect around 68% of the experimentally defined TFBSs in conserved segments (at 65% relative matrix score threshold; see Figure 2). This differs slightly from the outcome of a study of conservation
properties proximal to TFBSs [29], which indicated that only around 50% of sites are situated in conserved regions. There are several key factors that may account for this difference. The procedures for defining the collections were different. For
instance, the amount of flanking sequence used for mapping the locations of the sites onto genome sequences was lower in the previous study. These short fragments were mapped onto a commercial human genome assembly and the mapped regions compared to shotgun-generated fragments of mouse genomes from multiple strains. The alignment procedures were also different, with the older set aligned by BLAST [30] and assessed
non-trivial task. Such a system must allow for weighting based on evolutionary distances to preserve sensitivity, and requires advances in multiple sequence alignment algorithms. Some steps in this direction are beginning to emerge [31,32].
No single resource offers the same set of functions or integration as ConSite. The only similarly scoped resource is the recently published rVista [33], which searches for TFBSs in a reference sequence and filters the results for sites in regions of high conservation with respect to a second genomic sequence. Unlike rVista, ConSite searches both sequences for TFBSs, for better specificity, and enables easy modification of the parameters for interactive analysis, as well as providing different output formats
to aid the design and interpretation of experiments in molecular biotechnology. ConSite’s publicly available collection of transcriptionfactor profiles allows users to access information about the TFs associated with the predicted sites. Given that many users focus on a specific TF and have developed highquality models of their own, ConSite also allows for userdefined profiles

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

JASPAR โพรไฟล์ชุด [15] จัดส่งยอมรับเดิมมาตรฐาน CLUSTALW รูปแบบ [25] ในโหมดการทำงานทั้งหมด ผู้ได้รับอนุญาตให้ถือลำดับ cDNA เพื่อกำหนดตำแหน่ง exon ผู้ใช้อาจยังส่งค่าเมตริกซ์ใหม่ของตนเองได้ผลลัพธ์ในรูปแบบรายงานทั้งสาม ดูรูปภาพ (รูปที่ 3a) แสดงภาพการจัดตำแหน่ง และอนุรักษ์ผืนกับแกนอ้างอิงสำหรับแต่ละลำดับส่ง ตำแหน่งของ TFBSs นำจะแสดงด้านบนพล็อต ป้าย transcription ปัจจัยเพียบพร้อมไป ด้วยฟังก์ชันมากกว่าเมาส์เพื่อแสดงข้อมูลเพิ่มเติม (ชื่อและระดับโครงสร้างของตัว และคะแนนแบบสัมบูรณ์ และสัมพัทธ์ไซต์), และมีการเชื่อมโยงหลายมิติให้ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับรหัสและโปรไฟล์ของผูก (รูปที่ 3b) หน้าต่างแบบผุดขึ้นให้สรุปข้อมูล รวมถึงโลโก้ลำดับ (ภาพของ specificity โพรไฟล์ตามเนื้อหาข้อมูลตำแหน่งเฉพาะ [26]) กับส่วนกำหนดค่าที่เกี่ยวข้องจากฐานข้อมูล ดูตำแหน่ง (รูปที่ 3 c) แสดงภาพรวมโดยละเอียดของ TFBSs อาจพบปรากฏในลำดับที่ กำหนดหมายเลขระบุตำแหน่งในลำดับจริง และทำเครื่องหมาย TFBSs คาดการณ์ ยังให้บริการออกแบบตารางของอเมริกาที่ตรวจพบมีรายละเอียดที่เกี่ยวข้องเพื่อความสะดวก ในมุมมองตาราง สนทนาเปรียบเทียบลำดับ genomic orthologous เป็นวิธีมีประสิทธิภาพสำหรับการระบุแนวโน้มที่จะบรรเทาฟังก์ชันชีวภาพลำดับเฉพาะเซ็กเมนต์ ประสิทธิภาพของวิธีการตรวจพบ TFBSs phylogenetic footprinting หลายปัจจัย อัลกอริทึมการจัดตำแหน่ง โปรไฟล์รวมว่าง และระยะห่างระหว่างลำดับเป้าหมายวิวัฒนาการขึ้นได้ สองคีย์ข้อมูลทรัพยากรจะนำมาใช้ในการศึกษานี้: ชุดนวนิยายของ transcription ปัจจัยรวมประวัติรวบรวมจากเอกสารประกอบการวิจัยชีวภาพและทดสอบการอ้างอิงการตั้งค่าสำหรับวิธี phylogenetic footprinting ConSite เว็บอินเทอร์เฟซระบบอำนวยความสะดวกให้ผู้ใช้ควบคุม คุณลักษณะจำเป็นสำหรับผู้เรียนหลากหลาย genomes เรียกเก็บเงินค่าผูกเป็นทรัพยากรสำคัญสำหรับโครงการ bioinformatics เก็บโปรไฟล์ JASPAR จะไม่พร้อมใช้งานได้อย่างอิสระเพื่อชุมชนวิจัย [15] เช่น TFBS เขียนโปรแกรมระบบ [27], โพรไฟล์จะไม่ซ้ำซ้อน และมีจำกัดกรณีผูกข้อมูลเพียงพอจะสร้างตัวแทนความหมายของการรวม specificity ของรหัสการ ต่อการขยายตัวของคอลเลกชันคาด รับวิจัยที่แข็งแกร่งความคืบหน้าในไซต์รวมดีเอ็นเอ [28]เก็บการอ้างอิง phylogenetic footprinting ใหม่ของ TFBSs สำหรับการประเมินประสิทธิภาพของวิธีการใหม่เชิงปริมาณได้ นี่คือคอลเลกชันที่ใหญ่ที่สุดของชนิดสำหรับ กว้างใช้ ในการศึกษาของเรา เราสามารถตรวจพบประมาณ 68% ของ TFBSs experimentally กำหนดไว้ในส่วนนำ (ที่ขีดจำกัดเมตริกซ์สัมพัทธ์ 65% คะแนน ดูรูปที่ 2) นี้แตกต่างเล็กน้อยจากผลการศึกษาการอนุรักษ์proximal เพื่อ TFBSs [29], ซึ่งระบุว่า เพียงประมาณ 50% ของอเมริกาอยู่ใน คุณสมบัติอยู่ภูมิภาค มีปัจจัยสำคัญหลายที่สามารถบัญชีสำหรับความแตกต่างนี้ ขั้นตอนการกำหนดคอลเลกชันแตกต่างกัน สำหรับ อินสแตนซ์ จำนวน flanking ลำดับที่ใช้สำหรับการแม็ปตำแหน่งของไซต์ไปยังกลุ่มลำดับต่ำกว่าในการศึกษาก่อนหน้านี้ การกระจายตัวย่อเหล่านี้ถูกแมปประกอบพาณิชย์มมนุษย์และภูมิภาคแมปเมื่อเทียบกับปืนสร้างชิ้นส่วนของเมาส์ genomes จากหลายสายพันธุ์ ขั้นตอนการจัดตำแหน่งยังแตกต่างกัน มีชุดเก่าที่จัดด้วย [30] และประเมิน งานเล็กไม่น้อย ระบบดังกล่าวต้องให้สำหรับน้ำหนักตามระยะทางวิวัฒนาการการรักษาไว และต้องการความก้าวหน้าในตำแหน่งหลายลำดับในอัลกอริทึม บางขั้นตอนในทิศทางนี้จะเริ่มโผล่ [31,32]ทรัพยากรไม่มีชุดเดียวกันของฟังก์ชันหรือการรวมเป็น ConSite ทรัพยากร scoped ทำนองเดียว rVista ประกาศเมื่อเร็ว ๆ นี้ [33], ซึ่งหา TFBSs อ้างอิงตามลำดับ และกรองผลลัพธ์ท่องเที่ยวในภูมิภาคการอนุรักษ์สูงกับ genomic ลำดับสอง ได้ ซึ่งแตกต่างจาก rVista, ConSite หาลำดับทั้งสองสำหรับ TFBSs, specificity ดี และเปิดใช้งานง่ายปรับเปลี่ยนพารามิเตอร์สำหรับการวิเคราะห์แบบโต้ตอบ รวมถึงรูปแบบผลลัพธ์ที่แตกต่างกัน เพื่อช่วยการออกแบบและการตีความการทดลองในด้านเทคโนโลยีชีวภาพระดับโมเลกุล ชุดของ ConSite เผย transcriptionfactor โพรไฟล์ผู้ใช้เข้าถึงข้อมูลเกี่ยวกับ TFs ที่สัมพันธ์กับไซต์คาดการณ์ได้ ระบุว่าผู้ใช้จำนวนมากเน้นรหัสเฉพาะ และมีพัฒนารูปแบบกำกับของตนเอง ConSite ยังอนุญาตให้สำหรับโพรไฟล์ userdefined

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

คอลเลกชันรายละเอียด Jaspar [15] การจัดส่งยอมรับโดยพฤตินัยรูปแบบ ClustalW มาตรฐาน [25] ในโหมดการปฏิบัติการทั้งหมดผู้ใช้จะได้รับอนุญาตให้ส่งลำดับยีนที่จะกำหนดสถานที่เอกซ์ซอน ผู้ใช้ยังสามารถส่งโปรไฟล์เมทริกซ์ใหม่ของการก่อสร้างของตัวเอง.
ผลสามารถหาได้ในสามรูปแบบที่แตกต่างรายงาน มุมมองแบบกราฟิก (รูปที่ 3a) แสดงภาพรวมของการจัดตำแหน่งและแผนการอนุรักษ์ที่มีการอ้างอิงแกน x สำหรับแต่ละลำดับส่ง ตำแหน่งของ TFBSs อนุรักษ์ที่ระบุไว้ข้างต้นพล็อต ป้ายถอดความปัจจัยต่างๆประกอบไปด้วยฟังก์ชั่นเมาส์มากกว่าเพื่อแสดงข้อมูลเพิ่มเติม (ชื่อและชั้นโครงสร้างของปัจจัยและแน่นอนและคะแนนเว็บไซต์ญาติ) และได้รับการเชื่อมโยงหลายมิติไปยังข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับ TF และรายละเอียดของผลผูกพัน (รูปที่ 3b) หน้าต่างป๊อปอัพให้สรุปข้อมูลรวมทั้งโลโก้ลำดับ (แสดงภาพของความจำเพาะของรายละเอียดขึ้นอยู่กับเนื้อหาข้อมูลตำแหน่งที่เฉพาะเจาะจง [26]) กับรายละเอียดที่เกี่ยวข้องจากฐานข้อมูล มุมมองการจัด (รูปที่ 3c) ให้รายละเอียดภาพรวมของ TFBSs ที่มีศักยภาพที่ตรวจพบปรากฏบนลำดับ หมายเลขบ่งชี้ตำแหน่งในลำดับที่เกิดขึ้นจริงและที่คาดการณ์ไว้ TFBSs มีการทำเครื่องหมาย เพื่ออำนวยความสะดวกการส่งออกตารางของเว็บไซต์ตรวจพบมีรายละเอียดที่เกี่ยวข้องนอกจากนี้ยังมีในมุมมองตาราง.
คำอธิบาย
เปรียบเทียบของลำดับจีโนม orthologous เป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพเพื่อระบุตัวตนของกลุ่มมีแนวโน้มที่จะเป็นสื่อกลางในการทำงานทางชีวภาพลำดับที่เฉพาะเจาะจง ประสิทธิภาพของวิธีการ footprinting สายวิวัฒนาการในการตรวจหา TFBSs ขึ้นอยู่กับหลายปัจจัยรวมทั้งขั้นตอนวิธีการจัดตำแหน่งโปรไฟล์ผูกพันที่มีอยู่และระยะทางวิวัฒนาการระหว่างลำดับเป้าหมาย สองแหล่งข้อมูลสำคัญที่นำมาใช้ในการศึกษาครั้งนี้: คอลเลกชันของนวนิยายถอดความปัจจัยโปรไฟล์ผูกพันรวบรวมจากงานวิจัยทางชีววิทยาและการทดสอบชุดข้อมูลอ้างอิงสำหรับวิธีการ footprinting สายวิวัฒนาการ อินเตอร์เฟซเว็บ ConSite กับระบบอำนวยความสะดวกในการควบคุมการใช้งานคุณลักษณะที่สำคัญสำหรับผู้ใช้ที่กำลังศึกษาจีโนมที่หลากหลาย.
การเก็บรวบรวมรายละเอียดที่มีผลผูกพันเป็นทรัพยากรที่สำคัญสำหรับโครงการชีวสารสนเทศ เช่นเดียวกับระบบการเขียนโปรแกรม TFBS [27], คอลเลกชันรายละเอียด Jaspar สามารถใช้ได้อย่างอิสระเพื่อการวิจัยชุมชน [15] โปรไฟล์เป็นแบบไม่ซ้ำซ้อนและมีการ จำกัด การกรณีที่ข้อมูลเพียงพอผูกพันที่มีอยู่ในการสร้างการแสดงที่มีความหมายของการมีผลผูกพัน
จำเพาะของ TF การขยายตัวต่อเนื่องของคอลเลกชันที่คาดว่าจะได้รับความคืบหน้าการวิจัยที่แข็งแกร่งในการสร้างแบบจำลองดีเอ็นเอเว็บไซต์ผูกพัน [28].
footprinting สายวิวัฒนาการใหม่คอลเลกชันของการอ้างอิง TFBSs ช่วยให้การประเมินผลเชิงปริมาณของการทำงานของวิธีการใหม่ นี้เป็นคอลเลกชันที่ใหญ่ที่สุดของชนิดที่มีอยู่สำหรับ
การใช้งานในวงกว้าง ในการศึกษาของเราเราสามารถตรวจสอบรอบ ๆ 68% ของที่กำหนดไว้ทดลอง TFBSs ในส่วนป่าสงวน (ที่ 65% เกณฑ์คะแนนเมทริกซ์ญาติดูรูปที่ 2) ซึ่งแตกต่างเล็กน้อยจากผลการศึกษาของการอนุรักษ์
คุณสมบัติใกล้เคียงที่จะ TFBSs [29] ซึ่งแสดงให้เห็นว่ามีเพียงประมาณ 50% ของเว็บไซต์ที่ตั้งอยู่ในภูมิภาคอนุรักษ์ มีปัจจัยสำคัญหลายประการที่อาจบัญชีสำหรับความแตกต่างนี้ ขั้นตอนสำหรับการกำหนดคอลเลกชันที่แตกต่างกัน สำหรับ
ตัวอย่างเช่นปริมาณของลำดับขนาบข้างที่ใช้สำหรับการทำแผนที่สถานที่ของเว็บไซต์บนลำดับจีโนมลดลงในการศึกษาก่อนหน้านี้ เศษสั้นเหล่านี้ถูกแมปไปยังประกอบจีโนมมนุษย์ในเชิงพาณิชย์และภูมิภาคแมปเมื่อเทียบกับชิ้นส่วนปืนลูกซองที่สร้างจากจีโนมของเมาส์จากหลายสายพันธุ์ ขั้นตอนการจัดตำแหน่งที่แตกต่างกันนอกจากนี้ยังมีชุดเก่าชิดโดยระเบิด [30] และประเมินผล
งานที่ไม่น่ารำคาญ ระบบดังกล่าวจะต้องอนุญาตให้มีน้ำหนักขึ้นอยู่กับระยะทางวิวัฒนาการที่จะรักษาความไวและต้องใช้ความก้าวหน้าในลำดับขั้นตอนวิธีการจัดตำแหน่งหลาย บางขั้นตอนในทิศทางนี้เป็นจุดเริ่มต้นที่จะโผล่ออก [31,32].
ไม่มีทรัพยากรเดียวมีชุดเดียวกับฟังก์ชั่นหรือบูรณาการเป็น ConSite เป็นทรัพยากรที่เผยแพร่เมื่อเร็ว ๆ ขอบเขตเพียงในทำนองเดียวกัน rVista [33] ซึ่งค้นหา TFBSs ในลำดับการอ้างอิงและตัวกรองผลการค้นหาสำหรับเว็บไซต์ในภูมิภาคของการอนุรักษ์สูงที่เกี่ยวกับลำดับจีโนมที่สอง ซึ่งแตกต่างจาก rVista, ConSite ค้นหาลำดับทั้ง TFBSs สำหรับความจำเพาะที่ดีขึ้นและช่วยให้การปรับเปลี่ยนง่ายของพารามิเตอร์สำหรับการวิเคราะห์แบบโต้ตอบเช่นเดียวกับการให้บริการรูปแบบเอาท์พุทที่แตกต่างกัน
เพื่อช่วยในการออกแบบและการแปลความหมายของการทดลองในด้านเทคโนโลยีชีวภาพโมเลกุล ConSite ของคอลเลกชันที่เปิดเผยต่อสาธารณชนของโปรไฟล์ transcriptionfactor ช่วยให้ผู้ใช้สามารถเข้าถึงข้อมูลเกี่ยวกับ TFS ที่เกี่ยวข้องกับเว็บไซต์ที่คาดการณ์ไว้ ระบุว่าผู้ใช้หลายคนมุ่งเน้นไปที่ TF ที่เฉพาะเจาะจงและมีการพัฒนารูปแบบที่มีคุณภาพสูงของตัวเอง ConSite ยังช่วยให้โปรไฟล์ userdefined

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

jaspar โปรไฟล์คอลเลกชัน [ 15 ] ส่งการยอมรับมาตรฐาน de facto clustalw รูปแบบ [ 25 ] ในปฏิบัติการโหมดผู้ใช้ที่ได้รับอนุญาตให้ส่งดีเอ็นเอลำดับ 8 เพื่อกำหนดตำแหน่ง ผู้ใช้ยังอาจส่งรูปแบบเมทริกซ์ใหม่ของการก่อสร้างของพวกเขาเอง .
ผลลัพธ์ได้ใน 3 รูปแบบ รายงานที่แตกต่างกันมุมมองแบบกราฟิก ( รูปที่ 3 ) จะแสดงแนวภาพรวมและแปลงอนุรักษ์กับแกนอ้างอิงสำหรับแต่ละเป็นลำดับ ตำแหน่งของ tfbss อนุรักษ์ที่ระบุข้างต้นเป็นพล็อต การถอดความปัจจัยป้ายพร้อมเมาส์ฟังก์ชั่นเพื่อแสดงข้อมูลเพิ่มเติม ( ชื่อและโครงสร้างชั้นของปัจจัยและแบบสัมบูรณ์ และสัมพัทธ์เว็บไซต์คะแนน )และมีมิติให้ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับ TF และโปรไฟล์ของผูกพัน ( รูปที่ 3B ) ป๊อปอัพหน้าต่างให้สรุปข้อมูลรวมทั้งลำดับโลโก้ ( การแสดงกราฟิกของความจำเพาะของโปรไฟล์ตามตําแหน่งข้อมูลเฉพาะเนื้อหา [ 26 ] ) โดยมีรายละเอียดที่เกี่ยวข้องจากฐานข้อมูลจัดมุมมอง ( รูปที่ 3 ) ให้ภาพรวมรายละเอียดของการตรวจพบศักยภาพ tfbss แสดงในลำดับ เลขระบุตำแหน่งในลำดับจริง และคาดการณ์ tfbss เป็นเครื่องหมาย เพื่อสะดวกในการแสดงผลแบบตารางของการตรวจพบเว็บไซต์ที่มีรายละเอียดที่ให้ไว้ในโต๊ะยังดู

การอภิปรายการเปรียบเทียบ orthologous จีโนมลำดับเป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพเพื่อการจำแนกกลุ่มมีแนวโน้มที่จะไกล่เกลี่ยลำดับเฉพาะทางชีวภาพของฟังก์ชัน ประสิทธิภาพของวิธีการต่างๆ footprinting ตรวจหาของ tfbss ขึ้นอยู่กับหลายปัจจัยรวมทั้งแนวขั้นตอนวิธีใช้ผูกโปรไฟล์และระยะทางเชิงวิวัฒนาการระหว่างเป้าหมาย ลำดับ สองคีย์ข้อมูลทรัพยากรที่แนะนำในการศึกษา : คอลเลกชันใหม่ของข้อมูลที่รวบรวมจากการถอดความปัจจัยทางชีวภาพงานวิจัยและชุดทดสอบอ้างอิงเพื่อยืนยัน footprinting วิธี การ consite อินเตอร์เฟซเว็บเพื่ออำนวยความสะดวกในการควบคุมระบบผู้ใช้คุณสมบัติที่จำเป็นสำหรับผู้ใช้เรียนหลากหลายหา .
คอลเลกชันโปรไฟล์ผูกเป็นทรัพยากรที่สำคัญสำหรับวิศวกรรมซอฟต์แวร์โครงการ เป็นระบบโปรแกรม tfbs [ 27 ] , คอลเลกชันโปรไฟล์ jaspar สามารถใช้ได้อย่างอิสระเพื่อชุมชนวิจัย [ 15 ]โปรไฟล์จะไม่ซ้ำซ้อน และเป็นเฉพาะกรณีผู้ที่มีการผูกข้อมูลเพียงพอที่มีอยู่เพื่อสร้างการแสดงความหมายของความจำเพาะผูกพัน
ของ TF . การขยายตัวอย่างต่อเนื่องของคอลเลกชันที่คาดว่าได้รับความก้าวหน้าการวิจัยที่แข็งแกร่งในการสร้างเว็บไซต์ดีเอ็นเอมัด
[ 28 ]ใหม่ ซึ่ง footprinting การอ้างอิงคอลเลกชันของ tfbss ช่วยให้ปริมาณของการประเมินประสิทธิภาพของวิธีการใหม่ นี้เป็นคอลเลกชันที่ใหญ่ที่สุดของชนิดของ
ใช้ในวงกว้าง ในการศึกษาของเรา เราสามารถตรวจสอบประมาณ 68% ของการทดลองที่กำหนดไว้ tfbss ในกลุ่มอนุรักษ์ ( ที่ 65 % เกณฑ์ ; เทียบคะแนนเมทริกซ์ ดูรูปที่ 2 )นี้แตกต่างเล็กน้อยจากผลของการศึกษา อนุรักษ์ คุณสมบัติใกล้เคียงกับ tfbss
[ 29 ] ซึ่งพบว่าประมาณ 50% ของเว็บไซต์ตั้งอยู่ในบริเวณอนุรักษ์ . มีหลายปัจจัยที่สำคัญที่อาจบัญชีสำหรับความแตกต่างนี้ ขั้นตอนสำหรับการกำหนดคอลเลกชันที่แตกต่างกัน สำหรับ
อินสแตนซ์จํานวน flanking ลำดับใช้แผนที่ที่ตั้งของเว็บไซต์บนจีโนมลำดับต่ำกว่าในการศึกษาก่อนหน้า ชิ้นส่วนเหล่านี้สั้นถูกแมปไปยังการประกอบจีโนมมนุษย์เชิงพาณิชย์และแมปภูมิภาคเมื่อเทียบกับปืนที่สร้างชิ้นส่วนของเมาส์จีโนมจากสายพันธุ์ต่างๆ แนววิธีการก็แตกต่างกัน