SEPALLATA genes may be found in var

SEPALLATA genes may be found in variable numbers in
Angiosperms in which, for instance, four such genes are known
for Arabidopsis (Zahn et al. 2005; and references therein) and
five for tomato (Hileman et al. 2006). In Magnolia, a third SEP
gene was isolated by PCR with degenerated primers and was named MgSEP3.Aphylogenetic tree was constructed in order to
clarify the relations between other known sequences and those
from Magnolia (Fig. 2B). The tree was generated exploiting
sequences from eudicots, monocots, and basal Angiosperms The two Amborella sequences retrieved by the databases lie at
the base of the two main SEPALLATA subclades (AGL9 and
AGL2–3–4). This phylogenetic reconstruction also confirmed
that the Magnolia sequences can encode MADS-box proteins included in the SEPALLATA clades. The tree we produced is
very similar to that produced by Shan et al. (2009); and our
analyses indicate that a more recent duplication occurred in the
AGL9 subclade in Magnolia, giving rise to the formation of two
SEP3-like genes. As regards the SEP1–2–4 clade, only one
Magnolia SEP-like transcription factor was identified, although
our approach was not exhaustive and the possibility that
Magnolia has more SEP proteins cannot be excluded. C-class or
B-class MADS-box proteins were used as outgroups.
We were able to isolate a second AGL6 gene in Magnolia and,
as expected, Amborella AmtriAGL6 lies at the base of the clade.
In our tree, the nymphaeaceous sequences and two monocotyledon
sequences formed clades of their own. Interestingly,
the Eudicot sequences formed a high-degree clade, whereas the
basal Eudicot appeared distinct from the core Eudicot
sequences.
One copy of B-sister gene is known to occur in both
Gymnosperms and Angiosperms, an exception being the
Brassicaceae family, in which two copies appeared after a
duplication event (Erdmann et al. 2010). In Magnolia, a B-sister
gene was isolated by PCR and named MgBs. In supporting
information (Fig. S2), MgBs is aligned with other Eudicot
B-sister MADS proteins, confirming its great similarity to the
other B-sister sequences.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อาจพบยีน SEPALLATA หมายเลขตัวแปรในAngiosperms ที่ เช่น 4 ยีนดังกล่าวเป็นที่รู้จักสำหรับ Arabidopsis (al. et Zahn 2005 และอ้างอิง therein) และห้าในมะเขือเทศ (Hileman et al. 2006) ในแมกโนเลีย 3 กันยายนยีนที่แยกต่างหาก โดย PCR กับไพรเมอร์ degenerated และชื่อว่า MgSEP3.Aphylogenetic ที่แผนภูมิถูกสร้างขึ้นเพื่อชี้แจงความสัมพันธ์ระหว่างลำดับอื่นทราบและผู้จากแมกโนเลีย (Fig. 2B) สร้างแผนภูมิ exploitingลำดับจาก eudicots, monocots และโรค Angiosperms ลำดับ Amborella สองที่ดึงข้อมูลจากฐานข้อมูลอยู่ที่ฐานของ subclades SEPALLATA หลักสอง (AGL9 และAGL2–3–4) ฟื้นฟู phylogenetic นี้ยัง ยืนยันว่า ลำดับแมกโนเลียสามารถเข้ารหัสกล่อง MADS โปรตีนรวมใน SEPALLATA clades แผนภูมิที่เราผลิตเป็นคล้ายกับที่ผลิตโดยชาน et al. (2009); และของเราวิเคราะห์ระบุว่า ซ้ำซ้อนล่าสุดเกิดขึ้นในการSubclade AGL9 ในแมกโนเลีย ให้เพิ่มขึ้นเพื่อการก่อตัวของสองยีนเช่น SEP3 เป็นความนับถือ clade SEP1 – 2 – 4 เพียงคนเดียวแมกโนเลีย transcription SEP เหมือนปัจจัยที่ระบุ แม้ว่าวิธีการของเราไม่ครบถ้วนสมบูรณ์ และเป็นไปได้ที่แมกโนเลียมี SEP เพิ่มเติมไม่สามารถแยกโปรตีนได้ ซีคลาส หรือคลาส B กล่อง MADS โปรตีนถูกใช้เป็น outgroupsเราไม่สามารถแยกเป็นยีน AGL6 สองในแมกโนเลีย และตามที่คาดไว้ Amborella AmtriAGL6 อยู่ที่ฐานของ cladeในแผนภูมิของเรา ลำดับ nymphaeaceous และพืชใบเลี้ยงเดี่ยวที่สองลำดับรูป clades ของตนเอง เป็นเรื่องน่าสนใจลำดับ Eudicot เกิด clade เป็นระดับสูง ในขณะปรากฏแตกต่างจากหลัก Eudicot Eudicot โรคลำดับนั้นสำเนาของยีน B น้องสาวเป็นที่รู้จักกันเกิดขึ้นทั้งในGymnosperms และ Angiosperms มีข้อยกเว้นการตระกูล Brassicaceae สำเนาปรากฏหลังจากเหตุการณ์ซ้ำ (Erdmann et al. 2010) ในแมกโนเลีย น้องบียีนแยกต่างหาก โดย PCR และชื่อ MgBs ในการสนับสนุนข้อมูล (ฟิก S2), สอดคล้องกับอื่น ๆ Eudicot MgBsน้องสาว B โปรตีน MADS ยืนยันของความคล้ายคลึงกันมากกับการลำดับอื่น ๆ น้องสาว B

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ยีน SEPALLATA อาจจะพบได้ในจำนวนตัวแปรใน
Angiosperms
ที่เช่นสี่ยีนดังกล่าวเป็นที่รู้จักกันสำหรับArabidopsis (ซาห์ et al, 2005;. และการอ้างอิงนั้น)
และห้ามะเขือเทศ(Hileman et al, 2006). ในแมกโนเลียที่สามกันยายนยีนที่แยกได้โดยวิธี PCR ด้วยไพรเมอร์ถดถอยและเป็นชื่อ MgSEP3.Aphylogenetic ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นเพื่อชี้แจงความสัมพันธ์ระหว่างลำดับที่รู้จักกันอื่นๆ และผู้ที่มาจากแมกโนเลีย(รูป. 2B) ต้นไม้ที่ถูกสร้างการใช้ประโยชน์จากลำดับจากพืชใบเลี้ยงคู่แท้, พืชใบเลี้ยงเดี่ยวและฐาน Angiosperms สองลำดับ Amborella เรียกโดยฐานข้อมูลอยู่ที่ฐานของทั้งสองsubclades SEPALLATA หลัก (AGL9 และAGL2-3-4) การฟื้นฟูสายวิวัฒนาการนี้ยังยืนยันว่าลำดับแมกโนเลียสามารถเข้ารหัสโปรตีน MADS กล่องรวมอยู่ใน SEPALLATA clades ต้นไม้ที่เราผลิตเป็นคล้ายกับที่ผลิตโดยฉาน et al, (2009); ของเราและการวิเคราะห์แสดงให้เห็นว่าการทำสำเนาล่าสุดที่เกิดขึ้นในsubclade AGL9 ในแมกโนเลียให้สูงขึ้นเพื่อการก่อตัวของทั้งสองยีนSEP3 เหมือน ในฐานะที่นับถือ clade SEP1-2-4 เพียงหนึ่งแมกโนเลียกันยายนเหมือนถอดความปัจจัยที่ถูกระบุถึงแม้ว่าวิธีการของเราไม่ได้ครบถ้วนสมบูรณ์และเป็นไปได้ว่าแมกโนเลียมีโปรตีนกันยายนไม่สามารถได้รับการยกเว้น C-Class หรือB-ระดับโปรตีนกล่อง MADS ถูกนำมาใช้เป็น outgroups. เราสามารถที่จะแยกยีน AGL6 สองในแมกโนเลียและเป็นไปตามคาดAmborella AmtriAGL6 อยู่ที่ฐานของ clade ที่. ในต้นไม้ของเราลำดับ nymphaeaceous และ สองพืชใบเลี้ยงเดี่ยวลำดับที่เกิดขึ้นclades ของพวกเขาเอง ที่น่าสนใจลำดับ Eudicot ที่เกิดขึ้นในระดับสูง clade ในขณะที่ฐานEudicot ปรากฏแตกต่างจากหลัก Eudicot ลำดับ. สำเนายีน B-น้องสาวเป็นที่รู้จักกันที่จะเกิดขึ้นทั้งในGymnosperms และ Angiosperms ข้อยกเว้นเป็นครอบครัวบราซึ่งสองฉบับปรากฏหลังจากเหตุการณ์การทำสำเนา (Erdmann et al. 2010) ในแมกโนเลีย, B-น้องสาวของยีนที่แยกได้โดยวิธีPCR และตั้งชื่อ MGBs ในการสนับสนุนข้อมูล (รูป. S2) MGBs สอดคล้องกับอื่น ๆ Eudicot B-น้องสาว Mads โปรตีนยืนยันความคล้ายคลึงกันที่ดีในการลำดับB-น้องสาวอีก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

sepallata ยีนที่อาจพบในตัวแปรตัวเลข
พืชดอกที่ตัวอย่างเช่นสี่ยีนดังกล่าวเป็นที่รู้จักกันสำหรับ Arabidopsis
( ซาห์ et al . 2005 ; อ้างอิง )
5 มะเขือเทศ ( ไฮล์เมิ่น et al . 2006 ) ในแมกโนเลีย , ยีนก.ย.
ที่สามแยกโดยวิธี PCR ไพรเมอร์กับการทะเลาะเบาะแว้งและเป็นชื่อ mgsep3 ต้นไม้ aphylogenetic ถูกสร้างมาเพื่อ
ชี้แจงความสัมพันธ์ระหว่างอื่น ๆและผู้ที่รู้จักลำดับ
จากแมกโนเลีย ( รูปที่ 2B ) ต้นไม้ถูกสร้างขึ้น การใช้ประโยชน์จาก
ลำดับจาก eudicots พืชใบเลี้ยงเดี่ยว และพืชดอก , ฐานสอง amborella ลำดับการดึงข้อมูลโดยใช้ฐานข้อมูลโกหก
ฐานของหลักสอง sepallata subclades ( agl9 และ
agl2 – 3 – 4 ) ชนิดนี้ยังยืนยัน
บูรณะที่แมกโนเลียลำดับสามารถเข้ารหัส Mads กล่องโปรตีนรวมอยู่ใน sepallata clades . ต้นไม้ที่เราผลิตคือ
คล้ายกับที่ผลิตโดยซาน et al . ( 2009 ) และการวิเคราะห์ของเราแสดงให้เห็นว่าซ้ำซ้อน

agl9 ล่าสุดที่เกิดขึ้นใน subclade ในแมกโนเลีย , ให้สูงขึ้นเพื่อสร้างสอง
sep3 เหมือนยีน ส่วน sep1 – 2 – 4 ถัดจากคนเดียว
,แมกโนเลียก.ย. เหมือนถอดความปัจจัยได้ระบุถึงวิธีการของเราไม่ใช่

และความเป็นไปได้ว่า Magnolia มีโปรตีนก.ย. เพิ่มเติมไม่สามารถแยกออก - หรือ
B - Class Mads กล่องโปรตีนถูกใช้เป็น outgroups .
เราสามารถแยกยีน agl6 ที่สองในแมกโนเลีย ,
อย่างที่คาดไว้ amborella amtriagl6 ตั้งอยู่ที่ฐานของ clade .
ในต้นไม้ของเราการ nymphaeaceous ลำดับสองลำดับ clades พืชใบเลี้ยงเดี่ยว
รูปแบบของตนเอง ที่น่าสนใจ
eudicot ลำดับรูปแบบ clade ระดับสูง ส่วน
eudicot แรกเริ่มปรากฏแตกต่างจากหลัก eudicot

หนึ่งสำเนาของยีน ลำดับ b-sister เป็นที่รู้จักกันเกิดขึ้นทั้งใน
gymnosperms และพืชดอก , ข้อยกเว้นเป็นครอบครัว
Brassicaceae ซึ่งสองเล่มปรากฏหลังจาก
เหตุการณ์จำลอง ( เ ร์ดแมนน์ et al . 2010 ) ในแมกโนเลีย , b-sister
ยีนถูกแยกโดยวิธี PCR และชื่อ mgbs .
ข้อมูลสนับสนุน ( รูป S2 ) , mgbs สอดคล้องกับอื่น ๆ eudicot
b-sister Mads โปรตีน ยืนยันความยอดเยี่ยมเหมือน
ลำดับอื่น ๆ b-sister .