Aroma and cooked kernel elongation(

Aroma and cooked kernel elongation
(CKE) are the two most important quality traits,
which differentiate the highly valued Basmati rice
from other rice types.

Previous studies on genetic
analysis have shown that genes/QTLs for these
two traits are linked and present on chromosome
number 8.

We have evaluated the genetic diver-sity in 33 rice genotypes representative of the
traditional Basmati (TB), cross-bred Basmati
derived fromindica ·Basmati rice crosses and
non-Basmati (indica andjaponica) rice varieties
for chromosome number 8 using 26 SSR markers
including a specific marker (SCU-SSR1) for
RG28 locus; the results have been compared with
whole genome based SSR allelic data.

The 26
SSR markers (24 polymorphic and 2 monomor-phic) amplified a total of 106 alleles; 21 of these
alleles were detected to be unique, present in only
one genotype. The number and size of the alleles,
and polymorphism information content (PIC)
values ranged between 1–8, 87–312 and 0–
0.736 bp, respectively.

SCU-SSR1 marker ampli-fied a total of three alleles (128, 129 and 130 bp).
All the TB varieties except Basmati 217 (129 bp)
and 7/13 cross-bred Basmati varieties had the
130 bp allele.

Alleles of 129 and 128 bp were
present in majority of theindica and japonica
varieties, respectively.

The average pair-wise
Jaccard similarity coefficients for TB,indica and
japonica varieties were 0.512, 0.483 and 0.251,
respectively.

Average similarity coefficient be-tween TB and japonica was higher (0.236) com-pared to that between TB andindicas (0.150).


Genetic relationships as determined by Principal
Component Analysis (PCA, NTSYS-pc), Power-Marker tree, and Structure analyses, clearly
showed high-level differentiation between TB
andindica rice varieties, which formed two dis-tinct clusters. The cross-bred Basmati and
japonica rice genotypes were placed between
these two clusters.

Basmati 217 and Ranbir Bas-mati were quite divergent from rest of the TB
varieties. Some of cross-bred Basmati varieties
including Super, CSR30 and kernel were closer to
TB.Indica rice varieties, CSR10 (salt tolerant
variety) and Pokkali (salt tolerant landrace)
formed a separate distinct cluster.

The Pritchard
structure analysis divided the rice genotypes in
four major sub-populations of TB, cross-bred
Basmati,indica andjaponica (including Ranbir
Basmati and Basmati 217) rice varieties.

Chro-mosome 8 data-set showed a positive correlation
(Mantel test, r= 0.739) with the allelic data-set
for 30 SSR markers well-distributed on 12 rice
chromosomes indicating a higher level of simi-larity between the two.

The study demonstrates
the distinctness of TB from other rice types (in-dicaandjaponica) and also provides several novel
markers for differentiation between TB rice sup-plies from cheaper cross-bred Basmati and long-grain non-Basmati varieties at commercial level

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กลิ่นหอมและเมล็ดสุกยืด(CKE) มีสองสำคัญคุณภาพลักษณะซึ่งความแตกต่างข้าวบาสมาติกมูลค่าสูงจากข้าวชนิดอื่น ๆ การศึกษาก่อนหน้านี้ในทางพันธุกรรมวิเคราะห์ได้แสดงให้เห็นว่า ยีน/QTLs เหล่านี้ลักษณะที่สองจะเชื่อมโยง และอยู่บนโครโมโซมหมายเลข 8 เราได้ประเมินการพันธุกรรมนักเมืองใน 33 ข้าวศึกษาจีโนไทป์ของการแบบบาสมาติก (TB), ข้ามพันธุ์บาสมาติก·ได้รับ fromindica ตัดข้าวบาสมาติก และพันธุ์ข้าวไม่ใช่บาสมาติก (indica andjaponica)สำหรับโครโมโซมหมายเลข 8 โดยใช้เครื่องหมาย SSR 26รวมถึงเครื่องหมายเฉพาะ (SCU-SSR1)RG28 ที ผลได้รับเมื่อเทียบกับกลุ่มทั้งหมดตามข้อมูล allelic SSR 26เครื่องหมาย SSR (24 polymorphic และ 2 monomor-phic) ขยายจำนวน 106 alleles 21 เหล่านี้alleles ตรวจพบจะไม่ซ้ำกัน อยู่ในเท่านั้นจีโนไทป์หนึ่ง จำนวนและขนาดของ allelesและเนื้อหาข้อมูลความแตกต่าง (PIC)ค่าอยู่ในช่วงระหว่าง 1 – 8, 87-312 และ 0 –0.736 bp ตามลำดับ SCU-SSR1 เครื่องหมาย ampli-ฟองรวมของ alleles สาม (128, 129 และ 130 bp)พันธุ์ TB ทั้งหมดยกเว้นบาสมาติก 217 (129 bp)และพันธุ์บาสมาติกการข้ามพันธุ์ 7/13อัลลีล bp 130 ถูก alleles ของ bp 128 และ 129ในส่วนของ theindica และ japonicaพันธุ์ ตามลำดับ ค่าเฉลี่ย pair-wiseสัมประสิทธิ์ความเหมือน Jaccard สำหรับ TB, indica และพันธุ์ japonica ถูก 0.512, 0.483 และ 0.251ตามลาดับ ความคล้ายคลึงกันเฉลี่ยสัมประสิทธิ์แต่เป็น TB และ japonica ได้สูง (0.236) บอดี้ com ที่ระหว่าง andindicas TB (ธง 0.150)ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมตามที่กำหนดโดยหลักวิเคราะห์ส่วนประกอบ (PCA, NTSYS พีซี), เครื่องหมายไฟต้นไม้ และโครงสร้างวิเคราะห์ อย่างชัดเจนแสดงให้เห็นความแตกต่างพื้นฐานระหว่าง TBandindica พันธุ์ข้าว ซึ่งเกิดข้อยินยอม tinct การข้ามพันธุ์บาสมาติก และการศึกษาจีโนไทป์ข้าว japonica วางอยู่ระหว่างกลุ่มเหล่านี้สอง 217 บาสมาติกและอาหาร Bas-mati ได้ค่อนข้างแตกต่างจากส่วนเหลือของ TBพันธุ์ บางพันธุ์ข้ามพันธุ์บาสมาติกรวมถึงซูเปอร์ CSR30 และเคอร์เนลได้ใกล้ชิดกับTB พันธุ์ข้าว Indica, CSR10 (ทนเกลือหลากหลาย) และ Pokkali (พันธุ์พื้นเมืองทนต่อเกลือ)คลัสเตอร์แตกแยกที่เกิดขึ้น รอยเฟอร์วิเคราะห์โครงสร้างแบ่งศึกษาจีโนไทป์ข้าวในประชากรย่อยหลักสี่ของ TB ข้ามพันธุ์บาสมาติก andjaponica indica (รวมอาหารพันธุ์ข้าวบาสมาติกและบาสมาติก 217) Chro-mosome 8 ชุดข้อมูลแสดงให้เห็นความสัมพันธ์เชิงบวก(ทดสอบหิ้ง r = 0.739) กับชุดข้อมูลที่ allelicสำหรับตัว SSR 30 ดีกระจายข้าว 12โครโมโซมที่ระบุ simi larity ระหว่างสองระดับสูงขึ้น อธิบายการศึกษาdistinctness ของ TB จากข้าวอื่น ๆ ชนิด (ใน dicaandjaponica) และยัง มีนวนิยายหลายเครื่องหมายสำหรับความแตกต่างระหว่าง TB ข้าว sup-plies จากถูกกว่าข้ามพันธุ์บาสมาติกและเมล็ดยาวปลอดพันธุ์บาสมาติกในระดับเชิงพาณิชย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

กลิ่นหอมและสุกเมล็ดยืดตัว
(CKE) เป็นสองลักษณะที่มีคุณภาพที่สำคัญที่สุด
ซึ่งแตกต่างข้าวบาสมาติกมูลค่าสูง
จากประเภทข้าวอื่น ๆ . ศึกษาก่อนหน้านี้เกี่ยวกับพันธุกรรมการวิเคราะห์แสดงให้เห็นว่ายีน / QTLs สำหรับทั้งสองลักษณะมีการเชื่อมโยงและนำเสนอบนโครโมโซมจำนวน 8. เรามีการประเมินพันธุกรรมนักประดาน้ำ-Sity ใน 33 ตัวแทนยีนข้าวของดั้งเดิมบาสมาติก (TB), บาสมาติกข้ามพันธุ์มา fromindica · Basmati ไม้กางเขนข้าวและที่ไม่ใช่บาสมาติก (indica andjaponica) พันธุ์ข้าวสำหรับจำนวนโครโมโซมที่ 8 โดยใช้ 26 SSR เครื่องหมายรวมทั้งเครื่องหมายเฉพาะ (SCU-SSR1) สำหรับRG28 สถานที; ผลที่ได้รับเมื่อเทียบกับข้อมูล allelic SSR ทั้งจีโนมตาม. 26 SSR เครื่องหมาย (24 polymorphic และ 2 monomor-phic) ขยายทั้งหมด 106 อัลลีล; 21 เหล่านี้อัลลีลตรวจพบจะไม่ซ้ำกันในปัจจุบันเพียงหนึ่งจีโนไทป์ มีจำนวนและขนาดของอัลลีล, และเนื้อหาข้อมูล polymorphism (PIC) ค่าอยู่ระหว่าง 1-8, 87-312 และ 0- 0.736 BP ตามลำดับ. SCU-SSR1 เครื่องหมาย ampli-กระแสไฟรวมเป็นสามอัลลีล (128, 129 130 bp). ทุกสายพันธุ์วัณโรคยกเว้น Basmati 217 (129 BP) และ 7/13 ข้ามพันธุ์พันธุ์บาสมาติกมี130 bp อัลลีล. อัลลีล 129 และ 128 bp อยู่ในปัจจุบันส่วนใหญ่ของ theindica และ japonica พันธุ์ตามลำดับ. เฉลี่ย คู่ที่ชาญฉลาดJaccard ค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงกันสำหรับวัณโรค indica และjaponica พันธุ์ 0.512, 0.483 และ 0.251, ตามลำดับ. ค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงกันเฉลี่ยจะ-ทวีวัณโรคและ japonica สูง (0.236) com-เทียบกับว่าระหว่าง andindicas TB (0.150). ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม ตามที่กำหนดโดยหลักวิเคราะห์องค์ประกอบ (PCA, NTSYS-PC) Power-Marker ต้นไม้และโครงสร้างการวิเคราะห์อย่างชัดเจนแสดงให้เห็นความแตกต่างของระดับสูงระหว่างวัณโรคandindica พันธุ์ข้าวซึ่งเป็นกลุ่มที่สองนี้-tinct ข้ามพันธุ์บาสมาติกและสายพันธุ์ข้าว japonica ถูกวางอยู่ระหว่างคนทั้งสองกลุ่ม. Basmati 217 ราน Bas-mati อยู่ที่แตกต่างกันค่อนข้างจากส่วนที่เหลือของวัณโรคพันธุ์ บางส่วนของพันธุ์ข้ามพันธุ์บาสมาติกรวมทั้งซูเปอร์ CSR30 และเคอร์เนลอยู่ใกล้กับพันธุ์ข้าว TB.Indica, CSR10 (เกลือใจกว้างVariety) และ Pokkali (เกลือแลนด์เรซใจกว้าง) รูปแบบคลัสเตอร์ที่แตกต่างกันแยกต่างหาก. Pritchard วิเคราะห์โครงสร้างแบ่งยีนข้าวในสี่ที่สำคัญประชากรย่อยวัณโรคข้ามพันธุ์บาสมาติก, andjaponica indica (รวมถึงรานBasmati และ Basmati 217) พันธุ์ข้าว. Chro-mosome 8 ชุดข้อมูลที่แสดงให้เห็นความสัมพันธ์เชิงบวก(ทดสอบหิ้ง r = 0.739) กับ DATA- allelic ตั้ง30 SSR เครื่องหมายที่ดีกระจายเมื่อวันที่ 12 ข้าวโครโมโซมแสดงให้เห็นระดับที่สูงกว่ากึ่ง-larity ระหว่างสอง. การศึกษาแสดงให้เห็นถึงความแตกต่างของวัณโรคจากประเภทข้าวอื่น ๆ (ใน dicaandjaponica) และนอกจากนี้ยังมีนิยายหลายเครื่องหมายสำหรับความแตกต่างระหว่างวัณโรค ข้าว SUP-plies จากบาสมาติกข้ามพันธุ์ที่ถูกกว่าและเมล็ดยาวสายพันธุ์ที่ไม่ใช่บาสมาติกในระดับเชิงพาณิชย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

หอมและสุกเมล็ดการยืดตัว( cke ) เป็นสองที่สำคัญที่สุดคุณภาพ คุณลักษณะซึ่งทำให้มูลค่าสูง ข้าวบาสมาติกจากประเภทข้าวอื่น ๆการศึกษาทางพันธุกรรมการวิเคราะห์แสดงให้เห็นว่ายีน / ยีนเหล่านี้สองลักษณะที่เชื่อมโยงและนำเสนอบนโครโมโซมเบอร์ 8เราได้ประเมินพันธุกรรมนักดำน้ำ sity 33 ข้าวบางพันธุ์ ตัวแทนของแบบดั้งเดิม ( วัณโรค ) , บาสมาติกข้าวลูกผสมได้มา fromindica ด้วยข้าวบาสมาติกและไม้กางเขนไม่ใช่ Basmati ( 3 andjaponica ) ข้าวสำหรับโครโมโซม 8 โดยใช้เครื่องหมาย SSR 26รวมถึงเครื่องหมายที่เฉพาะเจาะจง ( scu-ssr1 )rg28 ความเชื่อ ; ผลลัพธ์ที่ได้เมื่อเทียบกับจีโนมทั้งหมดจากยาฆ่าแมลงที่ได้รับข้อมูล26เครื่องหมาย SSR ( 24 จำนวน 2 monomor phic ) รวม 106 อัลลีลไพร ; 21 ของเหล่านี้อัลลีลที่พบเป็นเฉพาะปัจจุบันเท่านั้นหนึ่งกับ . จำนวนและขนาดของอัลลีล ,และเนื้อหาข้อมูล polymorphism ( PIC )ค่าอยู่ระหว่าง 1 – 8 – 0 – 87 แล้ว0.736 คู่เบส ตามลำดับscu-ssr1 เครื่องหมาย ampli fied ทั้งหมดสามอัลลีล ( 128 , 129 และ 130 BP )ทั้งหมดยกเว้นวัณโรคพันธุ์ Basmati 217 ( 129 BP )7 / 13 มีข้าวพันธุ์ลูกผสม130 ใน BP .พบ 129 128 BP คือในปัจจุบันส่วนใหญ่ของ theindica และการศึกษาพันธุ์ ตามลำดับเฉลี่ยคู่ปัญญาค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือน Jaccard สำหรับ TB 3 และพันธุ์ญี่ปุ่นอยู่ 0.512 เรียง 0.483 0.251 , และ ,ตามลำดับค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนเฉลี่ยนเป็นวัณโรคและสูงกว่า ( ญี่ปุ่น 0.236 ) com pared กับระหว่าง TB andindicas ( 0.150 )ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมที่กำหนดโดยหลักการวิเคราะห์องค์ประกอบ ( NTSYS pc PCA ) , ต้นไม้พลังงานเครื่องหมาย และวิเคราะห์โครงสร้างอย่างชัดเจนพบความแตกต่างพื้นฐานระหว่าง วัณโรคข้าวพันธุ์ andindica ซึ่งเกิดขึ้นจาก tinct สองกลุ่ม ข้ามพันธุ์บาสมาติและข้าวญี่ปุ่นพันธุ์อยู่ระหว่างเหล่านี้สองกลุ่มบาสมาติกและ ranbir bas มาทีค่อนข้างอเนกจากส่วนที่เหลือของวัณโรคพันธุ์ บางส่วนของข้าวพันธุ์ลูกผสมรวมถึงซูเปอร์ และใกล้ csr30 เคอร์เนลวัณโรค ข้าว indica , csr10 ( ทนเค็มหลากหลาย ) และพันธุ์พอคคาลี ( เกลือใจกว้างแลนด์เรซ )รูปแบบที่แตกต่างกัน แยกกลุ่มส่วนพริทชาร์ดการวิเคราะห์โครงสร้างแบ่งข้าวพันธุ์ใน4 สาขาย่อยประชากรของวัณโรค , ลูกผสมบาสมาติก , andjaponica Indica ( รวมทั้ง ranbirข้าวบาสมาติก 217 ) และพันธุ์ข้าวโคร mosome 8 ชุดข้อมูลแสดงความสัมพันธ์( ทดสอบ Mantel r = 0.739 ) กับยาฆ่าแมลงชุดข้อมูล30 ได้รับเครื่องหมายกระจายกันอยู่บนข้าว 12โครโมโซมที่แสดงระดับที่สูงขึ้นของ Simi larity ระหว่างสองการศึกษาแสดงมีความชัดเจนของ TB จากประเภทข้าวอื่น ๆ ( ใน dicaandjaponica ) และยังมีนวนิยายหลายเครื่องหมายสำหรับความแตกต่างระหว่าง TB ข้าว sup plies คู่ผสมพันธุ์ Basmati และไม่ใช่ถูกกว่ายาวเมล็ดพันธุ์ข้าวในระดับเชิงพาณิชย์