ResultsIsolation of psychrophilic a

Results
Isolation of psychrophilic and psychrotolerant yeasts
The 34 soil and 14 water samples obtained from different
areas of King George Island were processed as
described in the Methods section. The suspensions
obtained from each soil samples were seeded onto nutritive
plates, and incubated in triplicate over a range
of temperatures (4, 10, 15 and 22°C). After 30–90 days
of incubation, approximately 30 to 60 yeast-like colonies
developed on each plate. In contrast, no colonies
or low colony numbers (4 to 8) appeared on plates
from water samples. Because large numbers of isolates
were obtained, isolates were grouped according to their
isolation growth temperature and colony characteristics
such as pigmentation, texture, elevation and size.
Among the 64 groups, several differed only by isolation
growth temperature. These isolates were grown at different
temperatures and re-grouped according to
macromorphological characteristics at their optimal
growth temperature. In this way, 35 groups were ultimately
generated. Several isolates from each group (at
least one isolate per sampling site; a total of 78 isolates)
were selected for molecular and biochemical
analyses.
Molecular identification of yeasts
The chromosomal DNA was purified from cultures of
each yeast isolate and the D1/D2 region of 26S rDNA
and the ITS1-5.8S- ITS2 (hereafter designated the ITS
region for simplicity) regions of the rDNA were amplified
by PCR. The amplicons obtained were purified
from gels and sequenced on both strands. Isolates
showing 100% identity in both rDNA sequences were
grouped and their DNA sequences were submitted to
GenBank under the accession numbers listed in
Table 1. Species identification was performed by comparison
with the GenBank references, using as criterion
the Blast-hits with ≤ 0.5% difference with the
query [14]. In 84% of the isolates the closest Blast-hits
obtained for both rDNA sequences were coincident.
When this was not the case, the D1/D2 results were
used for identification because they yielded higher
identity percentages than did the ITS (see Additional
file 1). 76% of the isolates could be identified to species
level by this molecular analysis. 22 species belonging
to12 genera were identified, of which 80 and 20%
were Basidiomycetes and Ascomycetes, respectively.
The genera containing the highest number of species
were Mrakia (5 species) and Cryptococcus (4 species).
However, the species Sporidiobolus salmonicolor was
the most abundant, being identified in 24 isolates from
13 different sampling sites. Mrakia gelida was the only
yeast species present in both water and soil samples.
Of the three isolates identified as Leuconeurospora sp.,
two of them (T11Cd2 and T27Cd2) possessed identical
D1/D2 and ITS sequences, both of which differed from
the third (T17Cd1) by 0.7%. However, the macromorphological
characteristics of the three isolates, including
pigmentation, differed markedly under identical
culture conditions (see Additional file 2). Because of
these discrepancies, the molecular and morphological
analyses were repeated several times, but the results
were highly consistent. The carbon source assimilation
pattern also differed between the isolates, as will be
discussed later.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผล
แยก psychrophilic และ psychrotolerant yeasts
34 ดินและน้ำตัวอย่างที่ 14 ที่ได้รับจากต่าง
พื้นที่ของเกาะคิงจอร์จถูกประมวลผลเป็น
อธิบายไว้ในวิธี พัก
ได้รับจากดินแต่ละตัวอย่างถูก seeded ไปวิจัย
แผ่น และ triplicate incubated ในช่วง
ของอุณหภูมิ (4, 10, 15 และ 22 ° C) หลังจากวันที่ 30 – 90
ของคณะทันตแพทยศาสตร์ ประมาณ 30-60 เหมือนยีสต์อาณานิคม
พัฒนาบนแต่ละแผ่น ในทางตรงข้าม อาณานิคมไม่
หรืออาณานิคมต่ำตัวเลข (4-8) ปรากฏบนแผ่น
จากตัวอย่างน้ำ เนื่องจากจำนวนมากแยก
ได้รับ แยกถูกจัดกลุ่มตามการ
แยกเจริญเติบโตอุณหภูมิและโคโลนีลักษณะ
ผิวคล้ำ พื้นผิว ความสูง และขนาดนั้น
ระหว่าง 64 กลุ่ม หลายแตกต่าง โดยเฉพาะการแยก
อุณหภูมิเติบโต แยกเหล่านี้ถูกปลูกที่แตกต่าง
อุณหภูมิ และจัดกลุ่มใหม่ตาม
macromorphological ลักษณะที่เหมาะสมของ
อุณหภูมิเติบโต ด้วยวิธีนี้ กลุ่ม 35 สุด
สร้างขึ้น หลายแยกจากแต่ละกลุ่ม (ที่
อย่างน้อยหนึ่งแยกสำหรับแต่ละไซต์สุ่ม จำนวน 78 แยก)
เลือกชีวเคมี และโมเลกุล
วิเคราะห์
รหัสโมเลกุลของ yeasts
DNA ของโครโมโซมที่บริสุทธิ์จากวัฒนธรรมของ
ละยีสต์แยกและภูมิภาคง 1/D2 ของ 26S rDNA
ITS1 และ -5.8S-ITS2 (ปรโลกกำหนดของ
ภูมิภาคราย) ได้ขยายขอบเขตของ rDNA
โดย PCR Amplicons รับได้บริสุทธิ์
จากเจ และตามลำดับในทั้งสอง แยก
แสดงตัวตน 100% ทั้งสองลำดับ rDNA ถูก
จัดกลุ่ม และลำดับดีเอ็นเอของพวกเขาถูกส่งไปที่
GenBank ภายใต้หมายเลขทะเบียนที่แสดงรายการอยู่ใน
1 ตาราง ชนิดรหัสถูกดำเนินการโดยการเปรียบเทียบ
อ้างอิง GenBank ใช้เป็นเงื่อนไข
ฮิตระเบิดกับ≤ 0.5% ความแตกต่างกับ
สอบถาม [14] 84% ของการแยกใกล้ระเบิดฮิต
รับสำหรับทั้งสองลำดับ rDNA ถูกตรง
เมื่อนี้ไม่ใช่กรณี ง 1/D2 ก็
ใช้สำหรับรหัสเนื่องจากพวกเขาให้ผลสูง
เปอร์เซ็นต์ตัวมากกว่าของไม่ได้ (ดูเพิ่มเติม
ไฟล์ 1) สามารถระบุ 76% ของการแยกการพันธุ์
ระดับ โดยวิเคราะห์ระดับโมเลกุลนี้ได้ 22 สปีชีส์ของ
to12 สกุลระบุ ที่ 80 และ 20%
ถูก Basidiomycetes และ Ascomycetes ตามลำดับ.
สกุลที่ประกอบด้วยจำนวนสูงสุดของสายพันธุ์
ได้ Mrakia (5 ชนิด) และ Cryptococcus (4 ชนิด) .
ไร พันธุ์ Sporidiobolus salmonicolor ถูก
ที่อุดมสมบูรณ์มากที่สุด มีการระบุใน 24 แยกจาก
ไซต์สุ่มที่แตกต่างกัน 13 Mrakia gelida เดียว
ยีสต์สายพันธุ์ที่แสดงในตัวอย่างน้ำและดิน
ของสามแยกเป็น sp. Leuconeurospora,
2 ของพวกเขา (T11Cd2 และ T27Cd2) ต้องเหมือนกัน
ง 1/D2 และลำดับของ ซึ่งทั้งสองแตกต่างจาก
สาม (T17Cd1) 0.7% อย่างไรก็ตาม macromorphological
ลักษณะของสามแยก รวม
ผิวคล้ำ แตกต่างอย่างเด่นชัดภายใต้เหมือนกัน
วัฒนธรรมเงื่อนไข (ดูแฟ้มเพิ่มเติม 2) เนื่องจาก
ความขัดแย้งเหล่านี้ โมเลกุล และสัณฐาน
วิเคราะห์ได้ซ้ำหลายครั้ง แต่ผล
สูงสอด การผสานกลืนแหล่งคาร์บอน
รูปยังแตกต่างระหว่างแยกได้ เท่าที่จะเป็น
กล่าวถึงในภายหลัง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผล
การแยกเชื้อยีสต์ที่ทนความเย็นและ psychrophilic
34 ดินและ 14 ตัวอย่างน้ำที่ได้รับจากการที่แตกต่างกัน
พื้นที่ของกษัตริย์จอร์จเกาะที่ถูกประมวลผลที่
อธิบายไว้ในส่วนวิธีการ ช่วงล่าง
ที่ได้รับจากแต่ละตัวอย่างดินเมล็ดบนทางโภชนาการ
จานและบ่มในเพิ่มขึ้นสามเท่าในช่วง
อุณหภูมิ (4, 10, 15 และ 22 ° C) หลังจาก 30-90 วัน
ของการบ่มประมาณ 30 ถึง 60 อาณานิคมยีสต์เช่น
การพัฒนาในแต่ละจาน ในทางตรงกันข้ามไม่มีอาณานิคม
หรือตัวเลขอาณานิคมต่ำ (4-8) ปรากฏอยู่บนแผ่น
จากตัวอย่างน้ำ เพราะจำนวนมากของสายพันธุ์
ที่ได้รับ, สายพันธุ์ที่ถูกจัดกลุ่มตามพวกเขา
อุณหภูมิการเจริญเติบโตและการแยกอาณานิคมลักษณะ
เช่นสีเนื้อสูงและขนาด
ใน 64 กลุ่มหลายแตกต่างโดยเฉพาะการแยก
อุณหภูมิการเจริญเติบโต เชื้อเหล่านี้ได้รับการเจริญเติบโตที่แตกต่างกัน
อุณหภูมิและ re-จัดกลุ่มตาม
ลักษณะ macromorphological ที่ดีที่สุดของพวกเขา
อุณหภูมิการเจริญเติบโต ด้วยวิธีนี้ 35 กลุ่มในที่สุดได้รับการ
สร้างขึ้น หลายสายพันธุ์จากแต่ละกลุ่ม (อย่าง
น้อยหนึ่งแยกต่อเว็บไซต์สุ่มตัวอย่างทั้งหมด 78 ไอโซเลท)
ถูกเลือกสำหรับการโมเลกุลและชีวเคมี
วิเคราะห์
ระบุโมเลกุลของยีสต์
โครโมโซมดีเอ็นเอบริสุทธิ์จากวัฒนธรรมของ
แต่ละแยกยีสต์และภูมิภาค D1/D2 ของ 26S rDNA
และบริเวณ ITS1-5.8S-ITS2 (กำหนดปรโลก ITS
ภูมิภาคสำหรับความเรียบง่าย) ภูมิภาคของ rDNA ถูกขยาย
โดยวิธี PCR amplicons ที่ได้ถูกทำให้บริสุทธิ์
จากเจลและติดใจกับเส้นทั้งสอง แยก
การแสดงตัวตน 100% ทั้งในลำดับ rDNA ถูก
จัดกลุ่มและลำดับดีเอ็นเอของพวกเขาถูกส่งไปยัง
GenBank ภายใต้หมายเลขภาคยานุวัติที่ระบุไว้ใน
ตารางที่ 1. การระบุสายพันธุ์ได้รับการดำเนินการโดยการเปรียบเทียบ
กับการอ้างอิง GenBank โดยใช้เป็นเกณฑ์
ฮิตระเบิดกับ≤ 0.5% ความแตกต่างกับ
การค้นหา [14] ใน 84% ของสายพันธุ์ที่ใกล้เคียงที่สุดฮิตระเบิด-
ได้รับสำหรับทั้งสองเป็นลำดับ rDNA ประจวบ
เมื่อกรณีนี้ไม่ได้ผล D1/D2 ถูก
นำมาใช้เพื่อระบุตัวตนเพราะพวกเขาให้ผลที่สูงขึ้น
ร้อยละเอกลักษณ์กว่าไม่ ITS (ดูเพิ่มเติม
ไฟล์ 1 ) 76% ของสายพันธุ์ที่อาจจะระบุชนิด
โดยการวิเคราะห์ระดับโมเลกุลนี้ 22 สปีชีส์ที่เป็น
to12 จำพวกถูกระบุที่ 80 และ 20%
เป็น Basidiomycetes และ ascomycetes ตามลำดับ
จำพวกที่มีจำนวนมากที่สุดของสายพันธุ์ที่
มี Mrakia (5 ชนิด) และ Cryptococcus (4 ชนิด)
แต่สายพันธุ์ salmonicolor Sporidiobolus เป็น
มากที่สุดได้รับการระบุไว้ใน 24 สายพันธุ์จาก
13 ตัวอย่างเว็บไซต์ที่แตกต่างกัน Mrakia Gelida เป็นเพียง
สายพันธุ์ยีสต์ที่มีอยู่ในน้ำและดินทั้งสองตัวอย่าง
ของทั้งสามสายพันธุ์ระบุว่าเป็น Leuconeurospora เอสพี.
สองของพวกเขา (และ T11Cd2 T27Cd2) มีเหมือนกัน
D1/D2 และลำดับ ITS ซึ่งทั้งสองแตกต่างไปจาก
สาม ( T17Cd1) 0.7% แต่ macromorphological
ลักษณะของสามสายพันธุ์รวมทั้ง
ผิวคล้ำแตกต่างอย่างเห็นได้ชัดเหมือนกันภายใต้
เงื่อนไขวัฒนธรรม (ดูเพิ่มเติมแฟ้ม 2) เพราะความ
แตกต่างเหล่านี้โมเลกุลและก้าน
วิเคราะห์ซ้ำหลายครั้ง แต่ผลที่ได้
มีความสอดคล้องสูง การดูดซึมแหล่งคาร์บอน
รูปแบบนอกจากนี้ยังแตกต่างกันระหว่างสายพันธุ์ที่จะได้รับการ
กล่าวถึงในภายหลัง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลการ psychrotolerant ยีสต์และไซโครฟิลิก

34 ดินและ 14 น้ำตัวอย่างที่ได้จากพื้นที่ที่แตกต่างกัน
ของกษัตริย์จอร์จที่เกาะถูกแปรรูปเป็น
อธิบายในส่วนของวิธีการ สารแขวนลอย
ที่ได้จากแต่ละตัวอย่างดินเป็นเมล็ดลงบนจานอาหารโดยทั้งสามใบ

ช่วงอุณหภูมิ ( 5 , 10 , 15 และ 22 ° C ) หลังจาก 30 - 90 วัน 1
,ประมาณ 30 ถึง 60 ยีสต์เช่นอาณานิคม
พัฒนาในแต่ละจาน ในทางตรงกันข้ามไม่มีอาณานิคมอาณานิคม
หรือตัวเลขต่ำ ( 4 8 ) ปรากฏบนแผ่น
จากตัวอย่างน้ำ เนื่องจากตัวเลขขนาดใหญ่ของสายพันธุ์
ได้รับไอโซเลท , จัดกลุ่มตามอุณหภูมิ และลักษณะของโคโลนีแยก

เช่น สี พื้นผิว ความสูงและขนาด .
ระหว่าง 64 กลุ่มหลายด้านโดยเฉพาะอุณหภูมิในการแยก

ไอโซเลทเหล่านี้ปลูกที่อุณหภูมิแตกต่างกัน

และจัดกลุ่มตามลักษณะ macromorphological อุณหภูมิการเจริญเติบโตที่เหมาะสม

ในวิธีนี้ , 35 กลุ่มสุด
สร้าง หลายสายพันธุ์จากแต่ละกลุ่ม (
1 แยกต่อเว็บไซต์ ตัวอย่างทั้งหมด 78 isolates
เลือกระดับโมเลกุลและชีวเคมี

การ วิเคราะห์โมเลกุลของดีเอ็นเอของโครโมโซมของยีสต์

ถูกแยกจากวัฒนธรรมของแต่ละไอโซเลทและยีสต์ D1 / D2 ภูมิภาค 26 ชนิด และ its1-5.8s
- its2 ( ต่อเขตของเขตภูมิภาค
ความเรียบง่าย ) ของ rDNA ถูกขยาย
โดย PCR ที่ได้มีความบริสุทธิ์ amplicons
จากเจลและลำดับในการถัก ไอโซเลต
แสดง 100 % ตัวทั้งสองชนิดถูก
จัดกลุ่มและลำดับ DNA ของพวกเขาถูกส่งไปยัง
5% ภายใต้การครอบครองตัวเลขที่ระบุไว้ใน
โต๊ะ 1 การจำแนกสายพันธุ์โดยใช้การเปรียบเทียบกับขนาด

ใช้เป็นเกณฑ์อ้างอิง ฮิตระเบิด≤ 0.5% ความแตกต่างกับ
query [ 14 ] ใน 84% ของเชื้อระเบิดใกล้
ฮิตได้ทั้ง 2 ชนิด คือตรง .
เมื่อนี้ไม่ได้กรณี , D1 / D2 ผลลัพธ์
ใช้รหัสเพราะพวกเขาให้ค่าที่สูงกว่าแล้วค่า
ตัวตนของมัน ( ดูแฟ้มเพิ่มเติม
1 ) 76% ของเชื้อจะถูกระบุในระดับสปีชีส์
โดยการวิเคราะห์ระดับโมเลกุลนี้ 22 ชนิดที่ถูกระบุ
– 12 สกุล ซึ่ง 80% และ 20%
และมี Basidiomycetes แอ คไมซีตีส ตามลำดับ
สกุลที่มีจำนวนสูงสุดของสายพันธุ์
ถูก mrakia ( 5 ชนิด ) และคริปโตคอคคัส ( 4 ชนิด ) .
แต่ชนิด sporidiobolus salmonicolor คือ
ชุกชุมมากที่สุด มีการระบุใน 24 ไอโซเลทจาก
13 ที่แตกต่างกัน 2 เว็บไซต์ mrakia gelida เท่านั้น เป็นยีสต์ชนิดที่มีอยู่ในน้ำ

และตัวอย่างดินทั้ง 3 สายพันธุ์ที่ระบุว่าเป็น leuconeurospora sp . ,
2 คน ( t11cd2 และ t27cd2 D1 / D2
) สิงเหมือนกันและลำดับทั้งสองซึ่งแตกต่างจาก
3 ( t17cd1 ) โดย 0.7% อย่างไรก็ตาม ลักษณะของ macromorphological
3 สายพันธุ์ รวมทั้ง
สี แตกต่างอย่างเด่นชัดภายใต้เงื่อนไขวัฒนธรรมเหมือนกัน
( ดูแฟ้มเพิ่มเติม 2 ) เพราะ
ความขัดแย้งเหล่านี้โมเลกุลและสัณฐาน
วิเคราะห์ข้อมูลซ้ำหลายๆ ครั้ง แต่ผลลัพธ์
มีความสอดคล้องอย่างมาก แหล่งคาร์บอนที่แตกต่างกันระหว่างการ
รูปแบบยังสามารถที่จะ
กล่าวถึงในภายหลัง