The entire SV40 sequence was used a

The entire SV40 sequence was used as the reference genome to investigate the insertion of the SV40 small tAg present in GMO sample 1 and SV40 intron present in GMO sample 2. As shown in Fig. 4C, GMO sample 1 showed two separate locations of peaks, one spanning a region centered around ~2.7 kb and another centered around ~4.4 kb, where each location had a peak for each antibody tested. The region at ~4.4 kb is adjacent to the small tAg, the inserted element. The area around ~2.7 kb is in a region that exhibits sequence similarity to the mouse genome and most likely represents either an artifact of the alignment or an additional SV40 sequence present in the transgene but not originally annotated. In contrast to the peaks identified in GMO sample 1, the other two GMOs and all four wild-type samples had no peaks aligning to the SV40 genome. It is not unexpected that GMO sample 2 failed to have peaks aligning to SV40 even though it contained an intron of the SV40 genome since the histone antibodies used in these experiments are not known to bind to intronic regions.

The sequence for the entire human TPM3 gene was also used as a reference template for unmapped read mapping. GMO sample 1 contained a large peak located at the 5′ end of the TPM3 gene which is absent for all other samples ( Fig. 4B). Similar to the results for the human ACTA1 gene, minor background peaks (

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ทั้ง SV40 ลำดับถูกใช้เป็นกลุ่มอ้างอิงการตรวจสอบการแทรกของ SV40 เล็กแท็กที่มีในตัวอย่างจีเอ็มโอ 1 และ intron SV40 อยู่ในตัวอย่างจีเอ็มโอ 2 ดังแสดงในรูปที่ 4C ตัวอย่างจีเอ็มโอ 1 พบสองแยกตำแหน่งของยอดเขา ภูมิภาคทอดหนึ่งเสน่ห์ ~2.7 kb และอีกจุดเด่นของ ~4.4 kb ที่แต่ละตำแหน่งได้สูงสุดสำหรับแอนติบอดีแต่ละทดสอบ ภูมิภาคที่ ~4.4 kb อยู่ติดกับป้ายขนาดเล็ก องค์ประกอบแทรก บริเวณรอบ ๆ ~2.7 kb อยู่ในภูมิภาคที่แสดงลำดับจีโนเมาส์คล้ายคลึง และมักแสดงถึงการเกิดของการจัดตำแหน่งหรือลำดับ SV40 ที่เพิ่มเติมอยู่ใน transgene แต่เดิมไม่ ประกอบ ข้ามยอดเขาพบตัวอย่างจีเอ็มโอ 1 อื่นสองหรือจีเอ็มโอและตัวอย่างป่าชนิดสี่ทั้งหมดมียอดไม่จัดการจีโน SV40 ไม่ไม่คาดคิดว่า จีเอ็มโอตัวอย่าง 2 ไม่สามารถมียอดจัดไป SV40 แม้ประกอบด้วยมี intron ของจีโน SV40 เนื่องจากแอนติบอดีสโตนที่ใช้ในการทดลองนี้ไม่ทราบว่าจะผูกกับภูมิภาค intronicลำดับสำหรับยีน TPM3 มนุษย์ทั้งยังถูกใช้เป็นแม่แบบอ้างอิงสำหรับการแม็ปการอ่านที่ไม่ได้แม็ป ตัวอย่างจีเอ็มโอ 1 อยู่สูงสุดขนาดใหญ่ตั้งอยู่ที่ปลาย 5 ′ของยีน TPM3 ซึ่งขาดที่อื่น ๆ (รูปที่ 4B) เล็กน้อยคล้ายกับผลการการยีน ACTA1 มนุษย์ พื้นหลังยอด (< 50 อ่าน) สำหรับทั้งสามทดสอบแอนติบอดีถูกตั้งข้อสังเกตสำหรับตัวอย่างอื่น ๆ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับ SV40 ทั้งหมดถูกนำมาใช้เป็นจีโนมการอ้างอิงในการตรวจสอบการแทรกซึมของแท็กขนาดเล็ก SV40 อยู่ในจีเอ็มโอตัวอย่างที่ 1 และ SV40 intron อยู่ในตัวอย่างจีเอ็มโอ 2 ดังแสดงในรูป 4C จีเอ็มโอตัวอย่าง 1 แสดงให้เห็นว่าทั้งสองสถานที่แยกต่างหากของยอดเขาหนึ่งทอดภูมิภาคแน่นิ่ง ~ 2.7 KB และอีกแน่นิ่ง ~ 4.4 KB ที่ตั้งของแต่ละคนก็มีจุดสูงสุดสำหรับแต่ละแอนติบอดีทดสอบ ภูมิภาคประมาณ 4.4 กิโลไบต์อยู่ติดกับแท็กขนาดเล็กองค์ประกอบแทรก บริเวณรอบ ๆ ~ 2.7 KB ที่อยู่ในพื้นที่ที่จัดแสดงนิทรรศการความคล้ายคลึงกันลำดับจีโนมของเมาส์และส่วนใหญ่หมายถึงทั้งสิ่งประดิษฐ์ของการจัดตำแหน่งหรือลำดับ SV40 เพิ่มเติมอยู่ในยีน แต่ไม่ข้อเขียนเดิม ในทางตรงกันข้ามกับยอดที่ระบุไว้ในจีเอ็มโอตัวอย่าง 1 อีกสอง GMOs และทั้งสี่ตัวอย่างชนิดป่าไม่มียอดการจัดตำแหน่งให้กับจีโนม SV40 มันไม่ได้เป็นที่ไม่คาดคิดว่าจีเอ็มโอตัวอย่าง 2 ล้มเหลวที่จะมียอดการจัดตำแหน่งที่จะ SV40 แม้ว่ามันจะบรรจุ intron ของจีโนม SV40 ตั้งแต่แอนติบอดี้สโตนที่ใช้ในการทดลองเหล่านี้จะไม่เป็นที่รู้จักเชื่อมโยงกับภูมิภาค INTRONIC.

ลำดับสำหรับทั้งยีน TPM3 มนุษย์ นอกจากนี้ยังใช้เป็นแม่แบบสำหรับการทำแผนที่อ้างอิงอ่านแม็ป ตัวอย่างจีเอ็มโอ 1 ที่มียอดขนาดใหญ่ตั้งอยู่ที่ปลาย 5 'ของยีนซึ่งเป็น TPM3 ขาดสำหรับตัวอย่างอื่น ๆ ทั้งหมด (รูป. 4B) คล้ายกับผลของยีน ACTA1 มนุษย์ยอดพื้นหลังเล็ก ๆ น้อย ๆ (<50 อ่าน) สามแอนติบอดีทดสอบทั้งหมดถูกตั้งข้อสังเกตสำหรับตัวอย่างอื่น ๆ ทั้งหมด