A novel method for the calculation

A novel method for the calculation of DNA sequence similarity is proposed based on simplified pulse-coupled neural network (S-PCNN) and Huffman coding. In this study, we propose a coding method based on Huffman coding, where the triplet code was used as a code bit to transform DNA sequence into numerical sequence. The proposed method uses the firing characters of S-PCNN neurons in DNA sequence to extract features. Besides, the proposed method can deal with different lengths of DNA sequences. First, according to the characteristics of S-PCNN and the DNA primary sequence, the latter is encoded using Huffman coding method, and then using the former, the oscillation time sequence (OTS) of the encoded DNA sequence is extracted. Simultaneously, relevant features are obtained, and finally the similarities or dissimilarities of the DNA sequences are determined by Euclidean distance. In order to verify the accuracy of this method, different data sets were used for testing. The experimental results show that the proposed method is effective. (C) 2016 Published by Elsevier B.V.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิธีการใหม่สำหรับการคำนวณความคล้ายคลึงกันของลำดับดีเอ็นเอมีเสนอตามง่ายชีพจรควบคู่ข่ายประสาท (S PCNN) และฮัฟ ในการศึกษานี้ เราเสนอวิธีการเขียนโค้ดที่อิง Huffman รหัสที่ใช้เป็นบิตรหัสรหัสแฝดเพื่อเปลี่ยนลำดับดีเอ็นเอเป็นลำดับเลข วิธีการนำเสนอใช้ตัวยิงของ S PCNN เซลล์ประสาทในลำดับดีเอ็นเอเพื่อดึงคุณสมบัติ นอกเหนือจาก วิธีการนำเสนอสามารถจัดการกับความยาวที่แตกต่างของลำดับดีเอ็นเอ แรก ตามลักษณะของ S-PCNN และลำดับหลักของดีเอ็นเอ หลังถูกเข้ารหัสโดยใช้วิธีการเข้ารหัส และจากนั้น ใช้อดีต Huffman สกัดลำดับเวลาสั่น (รูปชนิดของลำดับดีเอ็นเอรหัส พร้อมกัน คุณลักษณะที่เกี่ยวข้องจะได้รับ และในที่สุด ความคล้ายคลึงหรือ dissimilarities ลำดับดีเอ็นเอจะถูกกำหนด โดยระยะทางแบบยุคลิด เพื่อตรวจสอบความถูกต้องของวิธีการนี้ ชุดข้อมูลที่แตกต่างกันถูกนำมาใช้สำหรับการทดสอบ ผลการทดลองแสดงว่า วิธีการนำเสนอที่มีประสิทธิภาพ (ค) 2016 เผยแพร่ โดย Elsevier b.v

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิธีการใหม่สำหรับการคำนวณของลำดับดีเอ็นเอคล้ายคลึงกันมีการเสนอที่อยู่บนพื้นฐานของการเต้นของชีพจรง่ายคู่โครงข่ายประสาทเทียม (S-PCNN) และ Huffman การเข้ารหัส ในการศึกษานี้เราจึงนำเสนอวิธีการเข้ารหัสบนพื้นฐานของการเข้ารหัส Huffman ที่รหัสแฝดที่ใช้เป็นบิตรหัสจะเปลี่ยนลำดับดีเอ็นเอเป็นลำดับตัวเลข วิธีที่เสนอใช้ตัวละครยิงของเซลล์ประสาท S-PCNN ในลำดับดีเอ็นเอที่จะดึงคุณสมบัติ นอกจากนี้วิธีที่นำเสนอสามารถจัดการกับความยาวที่แตกต่างกันของลำดับดีเอ็นเอ ครั้งแรกตามลักษณะของ S-PCNN และลำดับหลักดีเอ็นเอหลังถูกเข้ารหัสโดยใช้วิธี Huffman การเข้ารหัสแล้วใช้อดีตเวลาการสั่นลำดับ (OTS) ของลำดับดีเอ็นเอเข้ารหัสสกัด พร้อมกันคุณลักษณะที่เกี่ยวข้องจะได้รับและในที่สุดความเหมือนหรือความแตกต่างของลำดับดีเอ็นเอจะถูกกำหนดโดยระยะทางยุคลิด เพื่อตรวจสอบความถูกต้องของวิธีการนี​​้ชุดข้อมูลที่แตกต่างถูกนำมาใช้สำหรับการทดสอบ ผลการทดลองแสดงให้เห็นว่าวิธีที่นำเสนอที่มีประสิทธิภาพ (C) 2016 จัดทำโดย Elsevier BV