Pak. J. Bot., 42(5): 3369-3376, 201

Pak. J. Bot
., 42(5): 3369-3376, 2010.
ASSESSMENT OF GENETIC VARIABILITY IN RICE(
ORYZA SATIVA
L.) GERMPLASM FROM PAKISTANUSING RAPD MARKERS
ZAHIDA HASSAN PERVAIZ
1
, M. ASHIQ RABBANI
2
*, ZABTA KHAN SHINWARI
3
,M. SHAHID MASOOD
2
AND SALMAN A. MALIK
1

1
Department of Biochemistry, Quaid-i-Azam University, Islamabad, Pakistan
2
Institute of Agri-Biotechnology & Genetic Resources, National Agricultural ResearchCenter, Islamabad, Pakistan
3
Department of Biotechnology, Quaid-i-Azam University, Islamabad, Pakistan*Corresponding author’s E-mail:
Abstract
Information on genetic diversity and relationships among rice genotypes from Pakistan iscurrently very limited. Molecular marker analysis can truly be beneficial in analyzing the diversityof rice germplasm providing useful information to broaden the genetic base of modern ricecultivars. The objective of this study was to evaluate the genetic polymorphism of 75 riceaccessions and improved cultivars using random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique.Twenty-eight decamer-primers generated a total of 145 RAPD fragments, of which 116 (80%) werepolymorphic. The number of amplification products produced by each primer varied from 3 to 9with an average of 5.2 alleles primer
-1
. The size of amplified fragments ranged from 250 to 4000bp.A dendrogram was generated from minimal variance algorithm using Ward method. All the 75genotypes were grouped into two main groups corresponding to aromatic and non-aromatic typesof
indica
rice. Clustering of accessions did not show any significant pattern of association betweenthe RAPD fingerprints and collection sites. This type of analysis grouping different rice accessionsin relation to fragrance, a major rice quality determinant, and varietal group is extremely useful todevelop a core collection and gene bank management. Further more, the information revealed bythe RAPDs regarding genetic variation is helpful to the plant breeder in selecting diverse parentsand for future orientation of rice breeding program

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Pak. เจบอ, 42(5): 3369-3376, 2010ประเมินความแปรผันทางพันธุกรรมในข้าว(ซา ORYZAL.) GERMPLASM จาก PAKISTANUSING เครื่องหมายอาร์เอพีดีZAHIDA HASSAN PERVAIZ1แคสเซิล ASHIQ ม.2* ZABTA คัน SHINWARI3ม.หิท MASOOD2และ SALMAN อ.มาลิค1 1 ภาควิชาชีวเคมี เควด-i-ครัวมหาวิทยาลัย อิสลามาบัด ปากีสถาน2 สถาบัน Agri-เทคโนโลยีชีวภาพและทรัพยากรพันธุกรรม ResearchCenter เกษตรแห่งชาติ อิสลามาบัด ปากีสถาน 3 ภาควิชาเทคโนโลยีชีวภาพ มหาวิทยาลัยเควด-i-ครัว อิสลามาบัด ปากีสถาน * Corresponding ผู้เขียนอีเมล: บทคัดย่อข้อมูลเกี่ยวกับความหลากหลายทางพันธุกรรมและความสัมพันธ์ระหว่างการศึกษาจีโนไทป์ของข้าวจากปากีสถาน iscurrently มากจำกัด วิเคราะห์เครื่องหมายโมเลกุลเป็นประโยชน์ในการวิเคราะห์ germplasm ข้าว diversityof ที่ให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์เมื่อต้องขยายฐานทางพันธุกรรมของ ricecultivars สมัยใหม่อย่างแท้จริงได้ วัตถุประสงค์ของการศึกษานี้ไปโพลิมอร์ฟิซึมพันธุ 75 riceaccessions และปรับปรุงพันธุ์โดยใช้เทคนิคดีเอ็นเอ (อาร์เอพีดี) การ polymorphic เอาต์ที่สุ่มได้ ยี่สิบแปด decamer ไพรเมอร์สร้างจำนวนชิ้นส่วนอาร์เอพีดี 145 ของ werepolymorphic (80%) ที่ 116 จำนวนผลิตภัณฑ์ขยายผลิต โดยแต่ละพื้นที่แตกต่างกันจาก 3 ไป 9with เฉลี่ย 5.2 alleles พื้น-1. ขนาดของเอาต์กระจายตัวอยู่ในช่วง 250-การ 4000bp Dendrogram ถูกสร้างจากอัลกอริทึมความแปรปรวนน้อยที่สุดโดยใช้วิธี Ward 75genotypes ทั้งหมดถูกจัดกลุ่มเป็น 2 กลุ่มหลักที่สอดคล้องกับ typesof หอม และไม่หอม indicaข้าว คลัสเตอร์ของ accessions ไม่แสดงใด ๆ รูปแบบสำคัญของสมาคม betweenthe อาร์เอพีดีลายนิ้วมือและเก็บรวบรวมไซต์ วิเคราะห์จัดกลุ่มความสัมพันธ์ accessionsin ต่าง ๆ ข้าวหอม ข้าวสำคัญคุณภาพดีเทอร์มิแนนต์ และกลุ่มพันธุ์ชนิดนี้จะมีประโยชน์อย่างมาก todevelop คอลเลกชันหลักและการจัดการธนาคารยีน เพิ่มเติม เพิ่มเติม ข้อมูลเปิดเผยโดย RAPDs เกี่ยวกับความแปรผันทางพันธุกรรมเป็นประโยชน์พันธุ์พืชในเลือกหลากหลาย parentsand การในอนาคตของโปรแกรมปรับปรุงพันธุ์ข้าว

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปาก เจ Bot
42 (5):. 3369-3376 2010
การประเมินความแปรปรวนทางพันธุกรรมในข้าว
(Oryza sativa
L. ) พันธุ์จาก PAKISTANUSING ดีเอ็นเอเครื่องหมาย
ZAHIDA HASSAN อัช
1
เมตร Ashiq Rabbani
2
* ZABTA KHAN Shinwari 3, เอ็ม SHAHID ซูด2 และเอ SALMAN MALIK 1 1 ภาควิชาชีวเคมีวด-I-Azam มหาวิทยาลัยกรุงอิสลามาบัดปากีสถาน2 สถาบันเทคโนโลยีชีวภาพเกษตรและทรัพยากรพันธุกรรม, การเกษตรแห่งชาติ ResearchCenter, กรุงอิสลามาบัดปากีสถาน3 ภาควิชาเทคโนโลยีชีวภาพวด-i- Azam มหาวิทยาลัยกรุงอิสลามาบัดปากีสถาน * ผู้รับผิดชอบของ E-mail:












บทคัดย่อข้อมูลเกี่ยวกับความหลากหลายทางพันธุกรรมและความสัมพันธ์ระหว่างยีนข้าวจากปากีสถาน iscurrently จำกัด มาก
การวิเคราะห์เครื่องหมายโมเลกุลอย่างแท้จริงสามารถเป็นประโยชน์ในการวิเคราะห์เชื้อพันธุกรรมข้าว diversityof ให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์ที่จะขยายฐานทางพันธุกรรมของ ricecultivars ทันสมัย วัตถุประสงค์ของการศึกษานี้คือการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของ riceaccessions 75 และสายพันธุ์ที่ดีขึ้นโดยใช้ดีเอ็นเอ polymorphic ขยายแบบสุ่ม (RAPD) technique.Twenty แปด decamer ไพรเมอร์ที่สร้างทั้งหมด 145 ชิ้นส่วนดีเอ็นเอของที่ 116 (80%) werepolymorphic จำนวนของผลิตภัณฑ์เครื่องขยายเสียงที่ผลิตโดยแต่ละไพรเมอร์ที่แตกต่างกันตั้งแต่ 3 ถึง 9with เฉลี่ย 5.2 อัลลีลไพรเมอร์-1 ขนาดของชิ้นส่วนขยายตั้งแต่ 250 ถึง 4000bp.A dendrogram ถูกสร้างขึ้นจากขั้นตอนวิธีความแปรปรวนน้อยที่สุดโดยใช้วิธีการวอร์ด 75genotypes ทั้งหมดถูกแบ่งออกเป็นสองกลุ่มหลักที่สอดคล้องกับกลิ่นหอมและไม่หอม typesof indica ข้าว การจัดกลุ่มของสายไม่ได้แสดงรูปแบบใด ๆ อย่างมีนัยสำคัญของสมาคม betweenthe ลายนิ้วมือดีเอ็นเอและเว็บไซต์คอลเลกชัน ประเภทของการวิเคราะห์การจัดกลุ่มนี้ข้าวที่แตกต่างกัน accessionsin ความสัมพันธ์กับกลิ่นหอมเป็นปัจจัยที่มีคุณภาพข้าวที่สำคัญและกลุ่มพันธุ์เป็นประโยชน์อย่างมาก todevelop ชุดหลักและการจัดการธนาคารยีน นอกจากนี้ข้อมูลที่เปิดเผย bythe RAPDs เกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมเป็นประโยชน์ในการเพาะพันธุ์พืชในการเลือก parentsand ที่หลากหลายสำหรับการวางแนวทางในอนาคตของโครงการปรับปรุงพันธุ์ข้าว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ปาก . เจบอต
. 42 ( 5 ) : 3369-3376 2010 .
การประเมินการผันแปรทางพันธุกรรมในข้าว ( Oryza sativa L .

) พันธุกรรมจาก pakistanusing เครื่องหมายอาร์เอพีดี
zahida ฮัสซันเปอร์วา ซ เชา
1
, M ashiq Rabbani
2
* zabta ข่าน shinwari
3
, m .
2
Shahid masood และ ซัลมาน A . มาลิค
1

1
ภาควิชาชีวเคมี quaid-i-azam มหาวิทยาลัย , อิสลามาบัด , ปากีสถาน
2
สถาบันทรัพยากรพันธุกรรม&เกษตรชีวภาพ ,researchcenter เกษตรแห่งชาติปากีสถาน
3
ภาควิชาเทคโนโลยีชีวภาพ มหาวิทยาลัย quaid-i-azam , อิสลามาบัด , ปากีสถาน * อีเมลที่เขียน : < rabbani316 @ yahoo . com >

สรุปข้อมูลความหลากหลายทางพันธุกรรมและความสัมพันธ์ระหว่างข้าวพันธุ์จากปากีสถาน iscurrently จำกัด มากการวิเคราะห์เครื่องหมายโมเลกุลอย่างแท้จริงสามารถเป็นประโยชน์ในการวิเคราะห์ diversityof ข้าวพันธุกรรม การให้ข้อมูลที่เป็นประโยชน์เพื่อขยายฐานพันธุกรรมของ ricecultivars สมัยใหม่ การวิจัยครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาพันธุกรรมของ 75 riceaccessions และปรับปรุงพันธุ์โดยใช้สุ่มขยาย Polymorphic DNA ( RAPD ) เทคนิคยี่สิบแปด decamer ไพรเมอร์ที่สร้างขึ้นทั้งหมด 145 ด้วยชิ้นส่วนที่ 116 ( 80% ) werepolymorphic . จำนวนของผลิตภัณฑ์ที่ผลิต โดยแต่ละสี ( หลากหลายจาก 3 9with เฉลี่ย 5.2 อัลลีลไพรเมอร์ 1
-
ขนาดของชิ้นส่วนของตั้งแต่ 250 ถึง 4000bp . พันธุกรรม ถูกสร้างขึ้นจากวิธีความแปรปรวนน้อยที่สุด โดยใช้วิธี วอร์ด75genotypes ทั้งหมดแบ่งออกเป็นสองกลุ่มหลักที่สอดคล้องกับหอมและไม่หอมแบบ
3
ข้าว การจัดกลุ่มของพันธุ์ไม่แสดงที่สำคัญรูปแบบของสมาคมระหว่างลายนิ้วมือ RAPD และรวบรวมเว็บไซต์ ประเภทของการวิเคราะห์การจัดกลุ่มสัมพันธ์ accessionsin ข้าวต่างกลิ่น ที่สำคัญข้าวคุณภาพปัจจัยของกลุ่มและเป็นประโยชน์อย่างมากเพื่อคอลเลกชันหลักและการจัดการธนาคารยีน เพิ่มเติมข้อมูลที่พบใน rapds เกี่ยวกับการแปรผันทางพันธุกรรมเป็นประโยชน์ต่อพืชพันธุ์หลากหลายในการเลือกผู้ปกครองและสำหรับอนาคตของโครงการปรับปรุงพันธุ์ข้าว