PRADA: Pipeline for RNA sequencing

PRADA: Pipeline for RNA sequencing Data Analysis
Posted by: RNA-Seq Blog in Analysis Pipelines April 4, 2014 3,590 Views

Technological advances in high throughput sequencing necessitate improved computational tools for processing and analyzing large-scale datasets in a systematic, automated manner. For that purpose, researchers at the MD Anderson Cancer Center have developed PRADA (Pipeline for RNA-Sequencing Data Analysis), a flexible, modular, highly scalable software platform that provides many different types of information available by multifaceted analysis starting from raw paired-end RNA-seq data: gene expression levels, quality metrics, detection of unsupervised and supervised fusion transcripts, detection of intragenic fusion variants, homology scores and fusion frame classification. PRADA uses a dual-mapping strategy that increases sensitivity and refines the analytical endpoints. PRADA has been used extensively and successfully in the glioblastoma and renal clear cell projects of The Cancer Genome Atlas program.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

PRADA: ไปป์ไลน์สำหรับข้อมูลลำดับเบสของ RNAโพสต์โดย: RNA ลำดับบล็อกวิเคราะห์ท่อวิว 4, 2557 3,590ก้าวหน้าทางเทคโนโลยีในอัตราความเร็วสูงลำดับช่างเครื่องมือคำนวณที่พัฒนาสำหรับการประมวลผล และวิเคราะห์ชุดข้อมูลขนาดใหญ่ในลักษณะระบบ อัตโนมัติ สำหรับวัตถุประสงค์ นักวิจัยที่ MD Anderson มะเร็งได้พัฒนา PRADA (ไปป์ไลน์สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลจัดลำดับ RNA), แพลตฟอร์มซอฟต์แวร์ยืดหยุ่น แยกชิ้น ขนาดสูงซึ่งมีหลายประเภทของข้อมูลที่มี โดยเริ่มต้นจากจับคู่ส่วน RNA ลำดับข้อมูลหลายแง่มุมวิเคราะห์: ระดับการแสดงออกของยีน การวัดคุณภาพ การตรวจจับของฟิวชั่นขั่ว และดูแลบันทึก ตรวจจับตัวแปร intragenic ฟิวชั่น homology คะแนน และจัดประเภทโครงฟิวชั่น PRADA ใช้กลยุทธ์สองแมปที่เพิ่มความไว และกลั่นปลายทางวิเคราะห์ PRADA มีการใช้อย่างกว้างขวาง และประสบความสำเร็จใน glioblastoma และโครงการล้างเซลล์ไตของโปรแกรม Atlas พันธุมะเร็งการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Prada: ท่อ RNA ลำดับวิเคราะห์ข้อมูล
โพสต์โดย: บล็อก RNA-Seq ในการวิเคราะห์ท่อ 4 เมษายน 2014 3,590 ชมความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีในลำดับสูง throughput เลี่ยงการปรับปรุงเครื่องมือการคำนวณสำหรับการประมวลผลและการวิเคราะห์ชุดข้อมูลขนาดใหญ่ในระบบอย่างอัตโนมัติ เพื่อที่นักวิจัยที่ศูนย์มะเร็ง MD Anderson ได้มีการพัฒนา PRADA (ท่อ RNA-ลำดับวิเคราะห์ข้อมูล) มีความยืดหยุ่นแบบแยกส่วนสูงแพลตฟอร์มซอฟต์แวร์ที่ปรับขนาดได้ที่ให้หลายประเภทของข้อมูลที่มีอยู่โดยการวิเคราะห์แง่มุมที่เริ่มต้นจากดิบจับคู่สิ้น ข้อมูล RNA-seq: ระดับการแสดงออกของยีนตัวชี้วัดคุณภาพการตรวจสอบและดูแลใกล้ชิดจิตบำบัดฟิวชั่น, การตรวจสอบของสายพันธุ์ intragenic ฟิวชั่น, คะแนนที่คล้ายคลึงกันและการจัดกรอบฟิวชั่น PRADA ใช้กลยุทธ์แบบ dual-การทำแผนที่ที่เพิ่มความไวและการกลั่นปลายทางวิเคราะห์ PRADA ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางและประสบความสำเร็จในการทำงานของไตและ glioblastoma โครงการเซลล์ที่ชัดเจนของโครงการจีโนมมะเร็ง Atlas