วัตถุดิบท้องถิ่นบางชนิดที่นำมาเป็นอาหารสัตว์น้ำ ที่หาง่าย ราคาถูก และมีปริมาณที่เพียงพอ ได้แก่ กากเต้าหู้ (ผลพลอยได้จากการผลิตนมถั่วเหลือง หรือน้ำเต้าหู้) ใบกระถิน กากเมล็ดฝ้าย ใบมันสำปะหลัง เนื้อในยางพารา และใบมะละกอ พบว่าและมีศักยภาพในการเป็นแหล่งวัตถุดิบโปรตีนจากพืช มีโปรตีนสูงแต่มีกรดอะมิโนที่จำเป็นในปริมาณต่ำโดยเฉพาะเมทไธโอนีน (Methionine) และมีสารพิษ การใช้ในสภาพสดหรือดิบจะมีสารพิษมากกว่าการใช้ในสภาพแห้ง ส่วนแหล่งวัตถุดิบโปรตีนที่มาจากโรงงานแปรรูปสัตว์บกได้แก่ เนื้อป่น เนื้อและกระดูกป่น เลือดป่น ขนไก่ป่น ล้วนมีโปรตีนสูง มีการศึกษาและยอมรับเป็นวัตถุดิบอาหารสัตว์โดยเฉพาะอย่างยิ่งในอาหารสัตว์บก แต่การใช้ในสัตว์น้ำยังมีรายงานค่อนข้างจำกัด โปรตีนจากทั้ง 2 แหล่ง มักขาดกรดอะมิโนที่จำเป็นคือ เมทไธโอนีน การใช้มีข้อจำกัดหากใช้ในปริมาณที่สูง และต่อเนื่องเป็นเวลานาน และจะส่งผลกระทบต่อการเจริญเติบโตที่ลดลง การเสริมกรดอะมิโนที่จำเป็นลงไปในวัตถุดิบอาหารนั้นๆ สามารถปรับปรุงการใช้วัตถุดิบทางเลือกดังกล่าวได้ดีขึ้น
วัตถุดิบที่น่าสนใจและมีปริมาณมากเพียงพออีกชนิด คือ เศษปลา จากการแปรรูปจากโรงงานและตลาด แม้บางส่วนมีการนำไปผลิตในเชิงอุตสาหกรรมเป็นปลาป่นหรือผลิตโปรตีนเข้มข้น (protein hydrolyses) แต่ยังมีเศษเหลืออีกมากที่ยังไม่สามารถนำมาแปรรูปในลักษณะดังกล่าวได้ เนื่องจากอยู่ห่างไกลแหล่งผลิตปลาป่น การนำมาหมักด้วยวิธีการต่างๆ เช่น วิธีชีวภาพด้วยวัตถุดิบที่หาง่าย และมีในท้องถิ่น เช่น มันสำปะหลัง หรือเปลือกสับปะรด และวิธีทางเคมี โดยใช้กรดอินทรีย์และอนินทรีย์เป็นกรรมวิธีถนอมอาหารและสามารถนำใช้ประโยชน์จากเศษปลาในเชิงให้สารอาหารโปรตีนได้เนื่องจากมีโปรตีนเป็นส่วนประกอบสูง มีกรดอะมิโนที่จำเป็นครบถ้วน แม้จะมีปัญหาในการเก็บ การขนส่ง และคุณค่าทางอาหารมีความแปรปรวนสูงก็ตาม
หอยเชอรี่และแมลงบางชนิดเช่นชีปะขาวมีโปรตีนสูงใกล้เคียงกับปลาป่นแต่มีข้อจำกัดคือมีจำนวนมากในบางฤดูกาลและเฉพาะในเขตพื้นที่แม่น้ำโขง อย่างไรก็ตามโดยศักยภาพแล้วน่าสนใจพัฒนาเป็นแหล่งโปรตีนทางเลือกสำหรับผลิตอาหารสัตว์น้ำได้ และต้องการการศึกษาเพิ่มเติม ถึงแม้ว่าวัตถุดิบทางเลือกส่วนใหญ่มีข้อจำกัดในการใช้และมีปริมาณกรดอะมิโนที่จำเป็นในปริมาณต่ำ การเสริมกรดอะมิโนที่จำเป็นลงไปในวัตถุดิบอาหารนั้นๆสามารถเพิ่มคุณค่าทางอาหารได้ดีขึ้น