Random mutations of the nucleotide

Random mutations of the nucleotide sequence within a gene may change
the amino acid sequence of the corresponding protein. Some of these mutations
do not drastically alter the protein’s structure, but others do and impair
the protein’s ability to function. While the former mutations usually do not
affect the fitness of the organism, the latter often do. Therefore some amino
acid substitutions are commonly found throughout the process of molecular
evolution and others are rare: Asn, Asp, Glu, and Ser are the most
“mutable” amino acids while Cys and Trp are the least mutable. For example,
the probability that Ser mutates into Phe is roughly three times greater
than the probability that Trp mutates into Phe. Knowledge of the types
of changes that are most and least common in molecular evolution allows
biologists to construct the amino acid scoring matrices and to produce biologically
adequate sequence alignments. As a result, in contrast to nucleotide
sequence comparison, the optimal alignments of amino acid sequences may
have very fewmatches (if any) but still represent biologically adequate alignments.
The entry of amino acid scoring matrix (i, j) usually reflects how
often the amino acid i substitutes the amino acid j in the alignments of related
protein sequences. If one is provided with a large set of alignments ofrelated sequences, then computing (i, j) simply amounts to counting how
many times the amino acid i is alignedwith amino acid j. A “minor” complication
is that to build this set of biologically adequate alignments one needs
to know the scoring matrix! Fortunately, in many cases the alignment of
very similar sequences is so obvious that it can be constructed even without
a scoring matrix, thus resolving this predicament. For example, if proteins
are 90% identical, even a naive scoring matrix (e.g., a matrix that gives premium
+1 formatches and penalties −1 formismatches and indels) would do
the job. After these “obvious” alignments are constructed they can be used
to compute a scoring matrix  that can be used iteratively to construct less
obvious alignments.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การกลายพันธุ์แบบสุ่มลำดับนิวคลีโอไทด์ภายในยีนอาจเปลี่ยนแปลงลำดับกรดอะมิโนของโปรตีนที่เกี่ยวข้อง บางคนกลายพันธุ์เหล่านี้ไม่อย่างรวดเร็วเปลี่ยนโครงสร้างของโปรตีน แต่คนอื่นทำ และทำความสามารถของโปรตีนทำงาน ในขณะที่กลายพันธุ์ในอดีตมักจะไม่ออกกำลังกายของสิ่งมีชีวิตที่มีผลต่อ หลังมักจะทำ ดังนั้นบางอะมิโนโดยทั่วไปพบแทนกรดตลอดกระบวนการของโมเลกุลวิวัฒนาการและอื่น ๆ ไม่ค่อยพบ: Asn, Asp, Glu, Ser อยู่มากที่สุดกรดอะมิโน "mutable" Cys และ Trp mutable น้อยได้ ตัวอย่างความน่าเป็นที่แห้ง mutates เป็นเพวมมากประมาณสามครั้งกว่าความน่าเป็นที่ mutates Trp เป็นเพ ความรู้ชนิดเปลี่ยนแปลงน้อยที่สุด และมากที่สุดทั่วไปในวิวัฒนาการเชิงโมเลกุลช่วยให้biologists เพื่อสร้างกรดอะมิโนให้คะแนนเมทริกซ์ และผลิตชิ้นจัดแนวพอลำดับ ดังนั้น ตรงข้ามนิวคลีโอไทด์อาจจัดแนวสูงสุดของกรดอะมิโนลำดับลำดับเปรียบเทียบมี fewmatches มาก (ถ้ามี) แต่ยัง เป็นตัวแทนจัดแนวชิ้นพอรายการของกรดอะมิโนให้คะแนนเมตริกซ์ (i, j) จะสะท้อนว่ามักกรดอะมิโนผมแทนเจกรดอะมิโนในการจัดแนวของที่เกี่ยวข้องลำดับโปรตีน ถ้าหนึ่งจะมีชุดใหญ่จัดแนว ofrelated ลำดับ คอมพิวเตอร์แล้ว (i, j) เพียงจำนวนการนับอย่างไรหลายครั้งกรดอะมิโนผมจะเจ alignedwith กรดอะมิโน อาการแทรกซ้อน "รอง"จะสร้างชุดนี้จัดแนวพอชิ้นที่จำเป็นรู้เมตริกซ์คะแนน โชคดี ในกรณีที่ตำแหน่งของลำดับคล้ายเป็นดังนั้นเห็นได้ชัดว่า มันสามารถสร้างได้โดยไม่ให้คะแนนเมทริกซ์ แก้ไขสภาพนี้จึง ตัวอย่าง ถ้าโปรตีน90% เหมือนกัน แม้แต่ขำน่าให้คะแนนเมทริกซ์ (เช่น เมทริกซ์ที่พรีเมี่ยม+ 1 formatches และโทษ formismatches −1 และ indels) ทำงาน หลังจากจัดแนว "ชัดเจน" เหล่านี้ถูกสร้าง ให้สามารถใช้การคำนวณเมทริกซ์ให้คะแนนซึ่งสามารถใช้ซ้ำ ๆ เพื่อสร้างน้อยจัดแนวชัดเจน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การกลายพันธุ์แบบสุ่มของลำดับเบสของยีนที่อยู่ภายในอาจมีการเปลี่ยนแปลง
ลำดับกรดอะมิโนโปรตีนที่สอดคล้องกัน บางส่วนของการกลายพันธุ์เหล่านี้
ไม่ได้เปลี่ยนแปลงอย่างเห็นได้ชัดโครงสร้างของโปรตีน แต่คนอื่น ๆ ทำและทำให้เสีย
ความสามารถของโปรตีนในการทำงาน ในขณะที่การกลายพันธุ์อดีตมักจะไม่
ส่งผลกระทบต่อการออกกำลังกายของสิ่งมีชีวิตหลังมักจะทำ ดังนั้นบางอะมิโน
แทนกรดที่พบตลอดกระบวนการของโมเลกุล
วิวัฒนาการและอื่น ๆ เป็นของหายาก: Asn, ASP, Glu และ Ser เป็นส่วนใหญ่
"ไม่แน่นอน" กรดอะมิโนในขณะที่ Cys และ Trp เป็นอย่างน้อยแน่นอน ตัวอย่างเช่น
ความน่าจะเป็นที่ Ser แปรรูปเข้าไปเพประมาณสามครั้งยิ่งใหญ่
กว่าน่าจะเป็นที่ Trp แปรรูปเข้าไปเพ ความรู้เกี่ยวกับชนิด
ของการเปลี่ยนแปลงที่มีมากที่สุดและน้อยที่พบบ่อยในการวิวัฒนาการโมเลกุลช่วยให้
นักชีววิทยาในการสร้างการฝึกอบรมการให้คะแนนกรดอะมิโนและการผลิตทางชีวภาพ
การจัดแนวลำดับที่เพียงพอ เป็นผลในทางตรงกันข้ามกับเบื่อหน่าย
การเปรียบเทียบลำดับการจัดแนวที่ดีที่สุดของลำดับกรดอะมิโนอาจ
มี fewmatches มาก (ถ้ามี) แต่ยังคงเป็นตัวแทนทางชีวภาพการจัดแนวเพียงพอ.
การเข้ามาของกรดอะมิโนเมทริกซ์การให้คะแนน (ฉัน j) มักจะสะท้อนให้เห็นถึงวิธีการที่
มักจะ กรดอะมิโนที่ฉันทดแทนกรดอะมิโนในการจัดแนวญที่เกี่ยวข้องของ
โปรตีน หากหนึ่งมีให้กับชุดใหญ่ของการจัดแนว ofrelated ลำดับแล้วคอมพิวเตอร์ (ฉัน j) เพียงจำนวนเงินที่นับ
จำนวนครั้งที่กรดอะมิโนที่ฉันเป็นกรดอะมิโนเจ alignedwith "มาตรฐาน" ภาวะแทรกซ้อน
คือการสร้างชุดนี้ของการจัดแนวเพียงพอทางชีวภาพหนึ่งต้องการ
ที่จะรู้ว่าเมทริกซ์ให้คะแนน! โชคดีที่ในหลายกรณีการจัดตำแหน่งของ
ลำดับที่คล้ายกันมากจึงเป็นที่ชัดเจนว่าจะสามารถสร้างได้โดยไม่ต้อง
ให้คะแนนเมทริกซ์จึงการแก้ไขสถานการณ์นี้ ตัวอย่างเช่นถ้าโปรตีน
90% เหมือนกันแม้คะแนนเมทริกซ์ไร้เดียงสา (เช่นเมทริกซ์ที่ช่วยให้พรีเมี่ยม
1 formatches และบทลงโทษ -1 formismatches และ indels) จะทำ
งาน หลังจากที่เหล่านี้ "ชัดเจน" การจัดแนวที่สร้างพวกเขาสามารถนำมาใช้
ในการคำนวณเมทริกซ์คะแนน? ที่สามารถใช้ซ้ำในการสร้างน้อยกว่า
การจัดแนวที่เห็นได้ชัด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การกลายพันธุ์แบบสุ่มของลำดับนิวคลีโอไทด์ในยีนที่อาจเปลี่ยนแปลง
ลำดับกรดอะมิโนของโปรตีนที่เกี่ยวข้อง บางส่วนของการกลายพันธุ์
เหล่านี้ไม่ได้อย่างมากเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของโปรตีน แต่คนอื่นทำ และบั่นทอนประสิทธิภาพของโปรตีน
ความสามารถในการทำงาน ขณะที่กลุ่มอดีตมักจะไม่
มีผลต่อความฟิตของร่างกาย หลังมักทำ ดังนั้นบางกรดอะมิโน
เปลี่ยนเป็นกรดที่พบบ่อยตลอดกระบวนการวิวัฒนาการโมเลกุล
และคนอื่น ๆที่หายาก : asn , ASP , GLU และเซอร์เป็นส่วนมาก
" ความไม่แน่นอน " กรดอะมิโนในขณะที่ภาวะ และ TRP เป็นไม่แน่นอนน้อยที่สุด ตัวอย่างเช่น
ความน่าจะเป็นที่เซอร์กลายพันธุ์เป็นเพประมาณสามครั้งมากขึ้น
กว่าความน่าจะเป็นที่ TRP กลายพันธุ์เป็นเพ ความรู้ประเภท
การเปลี่ยนแปลงที่มีมากที่สุดและน้อยที่สุดที่พบบ่อยในวิวัฒนาการโมเลกุลให้
นักชีววิทยาสร้างกรดอะมิโนเมทริกซ์ให้คะแนนและผลิตทางชีวภาพ
พอลำดับการจัดแนว เป็นผลในทางตรงกันข้ามกับการเปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์
, การจัดแนวสูงสุดของลำดับกรดอะมิโนอาจ
มีมาก fewmatches ( ถ้ามี ) แต่ยังคงแสดงถึงการได้เพียงพอ .
รายการของ กรดอะมิโน  คะแนนเมตริกซ์ ( i , j ) มักจะสะท้อนให้เห็นถึงวิธีการมักจะฉันแทน
กรดอะมิโนกรดอะมิโน J ในการเกี่ยวข้องกับ
โปรตีน ลำดับ ถ้าใครมีชุดใหญ่ของการ ofrelated ลำดับ แล้วคำนวณ  ( I , J ) เพียงแค่ จํานวนนับอย่างไร
หลายครั้งกรดอะมิโน มีกรดอะมิโน alignedwith " เล็กน้อย " ภาวะแทรกซ้อน
Jคือการสร้างชุดของชีวภาพที่เพียงพอ การหนึ่งนี้ต้องการ
รู้คะแนนเมทริกซ์ ! โชคดี ในหลายกรณีการ
ลำดับคล้ายกันมากจึงชัดเจนว่า มันสามารถสร้างได้โดยไม่ต้อง
คะแนน Matrix จึงแก้ไขสถานการณ์นี้ ตัวอย่างเช่น ถ้าโปรตีน
90% เหมือนกัน แม้จะไร้เดียงสาคะแนนเมตริกซ์ ( เช่นเมทริกซ์ที่ให้พิเศษ
1 formatches และโทษ− 1 formismatches และ indels ) จะทำ
งาน หลังจากที่เหล่านี้ " ชัดเจน " การสร้าง พวกเขาสามารถใช้เพื่อคำนวณคะแนน
 เมทริกซ์ที่สามารถใช้ซ้ำเพื่อสร้างน้อย
ชัดเจน การจัดแนว