Introduction Our knowledge of microbial diversit): and its role in natilre is poor, mainly because traditional microbiological tech- niques, such 1s microscop): and cultivation. h;vc only 3 limited use for classification and identification of microor- ganisms. (Iassification on morphological traits is difficult, IXC;IIISC microorganisms are small and look simple, IlIcking conspicuous cxtcrnat features for 3 reliable ;md robust grouping. Iirrthermore, classification of microorganisms on physiological and biochemical features is ne;irty impossihlc. hccausc most, -0%. of all microorganisms in natiirc can not he isolated in pure cultures mainly due to onr ignorance of the culture conditions under which these microorgan- isms thrive in their natural environment [ 11. 'I'herefore, for ;I hettcr iindcrstantiing of microbial diversity :ind its role in ccos);stem maintenance, other techniques, which complc- mcnt the microtiological approach. art' ncccssary. 'I'he dcvclopment of molecular biological techniques has allowed us to stndy microbial diversit): at il different Iccl, the genetic Iccl. hlicrohes arc grouped according to similar- ities in their genes, Lvhich also reflect their evolutionary relationship [3]. 'I'hc most povcrful appro:ich to explore microbial diversity in natural samples is cloning Lmd seciucncing of 1hS rihosomal RNA (rKKA) encoding genes [3']. Ky using this upproach WC now know that microbial divcrait); is much gre;itcr than previously anticip;Kcd. and th:it cllltiirc tcchniclucs arc insuffiicicnt for exploring this enormous rcscrvoir of hid&n diversity. Ilthough important. exploration of microbial divcrsit): is just one aspect in micro- bial ecology; the study of successional population changes in microbial commtlnities is another, and for this purpose the cloning approach is not well suited, simply because it is too laborious, time consuming, and expensive. Hybridization techniques using specific oligonucleotide probes are more appropriate for studying population dynamics, but prohcs rely on seqnencc data and arc either too specific, targeting only one particular population. or too general, overlooking closely related hut ecologically diffcrcnt populations. So to determine the diversity of different microorganisms in mitiir- al ccosystcms, and to monitor microbial community behavior over time, other :lpproachcs arc nccdcd. One such ;lpproach is genetic fingerprinting of complex imicrohial communities. Genetic fingerprinting techniques provide a pattern or pro- file of the community divcrsit?; on the basis of the physical separ:&n of unique nucleic acid spccics [4]. Several fin- gerprinting tcchniclues can be used for comparison of microbial communities from different environments or to follow) the behavior of one community ov-er time [S']. 'I'hc general strategy for genetic fingerprinting of microbi;il communities consists of first, the extraction of nucleic acids (IINh Lrnd RNA), second, the amplification of gents encoding the 10s rRKA. and, third. the analysis of P(:R products by a gcnctic fingerprinting technique, such as denaturing gr:tdient gel electrophoresis (DM;E) or tcm- pcraturc gr;ldicnt gel electrophorcsis ('1'M;E) (Figure 1). Separation of IINA fragments in 1XXE and 7'W;li is hascd on the clccrcascd clcctrophoretic mohilit): of partialI) mcltcd douhlc-stranded IINA molecules in polyacrlamidc gels contnining ;I linear gradient of IIK:I denaturants (a mix- ture of urea and formamide) or ;I linear tcmpcrature gradient, which is crellted 1): th'o eater baths attached to a cooling plate under the gel. hlolcculcs with diffcrcnt scqucnccs may have ;I differenr melting beh;lvior, and will, therefore. stop migrating at diffcrcnt positions in the gel (for ;I more dctailcd description see hliiyzer and Smatla [h”]). Since the first publication hy luy-zer PIN/. [7] in lW.1 ;m increasing number of studies in microbial ecolog); have used IX;(;lX/'l'(X;li. In this review I describe the recent developments of thcsc techniques and discuss cvhv they ;irc so impommt for ecological studies.
แนะนำความรู้ของเรา diversit จุลินทรีย์ ) และบทบาทใน natilre เป็นคนยากจน เพราะส่วนใหญ่แบบดั้งเดิมทางเทค niques เช่น 1s microscop ) และการเพาะปลูก H ; VC เพียง 3 จำกัดใช้สำหรับการจำแนกและการจำแนกชนิดของ microor - ganisms . ( iassification ลักษณะทางสัณฐานวิทยา คือ ยาก ixc ; จุลินทรีย์ iiisc มีขนาดเล็กและดูง่ายคุณสมบัติเด่น ilicking cxtcrnat 3 ที่เชื่อถือได้ ; MD มีการจัดกลุ่ม . iirrthermore การจำแนกจุลินทรีย์ทางสรีรวิทยาและชีวเคมี คุณสมบัติคือ ไม่ impossihlc ; irty . hccausc ที่สุด - 0%ของเชื้อจุลินทรีย์ใน natiirc ไม่สามารถเขาแยกเชื้อบริสุทธิ์ส่วนใหญ่เนื่องจาก ONR ความไม่รู้วัฒนธรรมภายใต้เงื่อนไขที่เหล่านี้ microorgan ด้านเจริญเติบโตในสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติของพวกเขา [ 11 . i'herefore สำหรับ ผม hettcr iindcrstantiing ความหลากหลายของจุลินทรีย์ : IND บทบาทใน ccos ) ; การบำรุงรักษาต้นเทคนิคอื่น ๆ ซึ่ง complc - mcnt วิธีการ microtiological . ศิลปะ ' ncccssary .' i'he dcvclopment เทคนิคทางชีววิทยาระดับโมเลกุล ทำให้เรา stndy diversit จุลินทรีย์ ) : อิล N แตกต่างกัน IC CL , iccl พันธุ hlicrohes อาร์คจัดกลุ่มตามคล้ายกัน - ities ในยีนของพวกเขา lvhich ยังสะท้อนให้เห็นถึงความสัมพันธ์ของ ' วิวัฒนาการ [ 3 ] i'hc โปที่สุด vcrful ขนาดประมาณ :ผมสำรวจความหลากหลายของจุลินทรีย์ในธรรมชาติ คือ การ seciucncing lmd ตัวอย่างของ 1hs rihosomal RNA ( rkka ) การเข้ารหัสยีน [ 3 ] เคียวใช้ upproach ห้องสุขา ขณะนี้ทราบว่า divcrait จุลินทรีย์ ) ; เป็น GRE มาก ; itcr กว่าก่อนหน้านี้ anticip ; kcd . และ th : cllltiirc tcchniclucs อาร์ค insuffiicicnt สำหรับการสำรวจ rcscrvoir มหาศาลนี้ซ่อน& N ความหลากหลาย ilthough สำคัญสำรวจ divcrsit จุลินทรีย์ ) : เป็นเพียงแง่มุมหนึ่งในระบบนิเวศ bial micro - ; การศึกษาการทดแทนประชากรการเปลี่ยนแปลงของจุลินทรีย์ commtlnities อื่นและเพื่อวัตถุประสงค์นี้โคลนนิ่งวิธีไม่เหมาะ เพียงเพราะมันลําบาก , การบริโภค , เวลา และราคาแพง( เทคนิคใช้ฟิวส์ ซึ่งเฉพาะจะเหมาะสมกว่า เพื่อศึกษาพลวัตรประชากร แต่ prohcs พึ่งพาข้อมูล seqnencc โค้งให้และกำหนดเป้าหมายเพียงกลุ่มเดียวโดยเฉพาะ หรือทั่วไป มองเห็นกระท่อมที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดประชากรนิเวศวิทยา diffcrcnt . ดังนั้นเพื่อศึกษาความหลากหลายของจุลินทรีย์ต่าง ๆใน mitiir ccosystcms - อัล ,และติดตามพฤติกรรมของชุมชนจุลินทรีย์ในช่วงเวลาอื่น ๆ : lpproachcs อาร์ค nccdcd . เช่น ; lpproach คือพิมพ์ลายนิ้วมือทางพันธุกรรมของชุมชน imicrohial ซับซ้อน เทคนิคลายพิมพ์พันธุกรรมให้ลวดลายหรือโปรไฟล์ของ divcrsit ชุมชน ? บนพื้นฐานของ separ ทางกายภาพ : & n เฉพาะกรดนิวคลีอิก spccics [ 4 ]หลาย gerprinting tcchniclues ครีบสามารถใช้สำหรับการเปรียบเทียบของชุมชนจากสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกัน หรือตาม ) พฤติกรรมของชุมชนหนึ่ง ov เอ้อเวลา [ S ' ] ' i'hc กลยุทธ์ทั่วไปสำหรับพิมพ์ลายนิ้วมือทางพันธุกรรมของ microbi ; ชุมชนอิลประกอบด้วยก่อนการสกัดกรดนิวคลีอิก ( RNA iinh lrnd ) , ที่สอง , การเพิ่มปริมาณของพวกผู้ดีการเข้ารหัส 10s rrka . และ สามการวิเคราะห์ ( P : r ผลิตภัณฑ์โดยใช้เทคนิคลายพิมพ์ gcnctic เช่นี่ GR : tdient gel electrophoresis ( DM ; E ) หรือ TCM - pcraturc GR ; ldicnt เจล electrophorcsis โปรตอนกำลัง ; E ) ( รูปที่ 1 ) การแยก iina เศษและใน 1xxe 7'w ; ลี เป็น hascd บน clccrcascd clcctrophoretic mohilit ) : partiali ) mcltcd douhlc ติด iina โมเลกุลใน polyacrlamidc เจล contnining ;ผมเส้นไล่ระดับของ iik : ผม denaturants ( ผสม - ture และยูเรียฟอร์มาไมด์ ) หรือ ผม tcmpcrature ลาดเชิงเส้น ซึ่งเป็น crellted 1 ) : t h'o รับประทานบัทแนบกับแผ่นระบายความร้อนภายใต้เจล hlolcculcs กับ diffcrcnt scqucnccs อาจมี ผม differenr beh ละลาย ; lvior และจะดังนั้น หยุดการโยกย้ายที่ diffcrcnt ตำแหน่งในเจล ( สำหรับผม dctailcd รายละเอียดและดู hliiyzer smatla [ H ] ) ตั้งแต่ตีพิมพ์ครั้งแรกทำไม N luy เซอร์ขา / [ 7 ] ใน LW . 1 ; M ตัวเลขที่เพิ่มขึ้นของการศึกษาใน ecolog จุลินทรีย์ ) ; ใช้ 9 ; ( ; LX / ฉัน ' ( x ; ลี ในรีวิวนี้ผมอธิบายพัฒนาการของเทคนิค thcsc และหารือ cvhv พวกเขา ; IRC ดังนั้น impommt สำหรับการศึกษาทางนิเวศวิทยา
การแปล กรุณารอสักครู่..