Abstract The development of PCR-bas

Abstract The development of PCR-based, easily automated
molecular genetic markers, such as SSR markers,
are required for realistic cost-effective marker-assisted
selection schemes. This paper describes the development
and characterization of 172 new SSR markers for the
cassava genome. The placement of 36 of these markers
on the existing RFLP framework map of cassava is also
reported. Two similar enrichment methods were employed.
The first method yielded 35 SSR loci, for which
primers could be designed, out of 148 putative DNA
clones. A total of 137 primer pairs could be designed
from 544 putative clones sequenced for the second enrichment.
Most of the SSRs (95%) were di-nucleotide repeats,
and 21% were compound repeats. A major drawback
of these methods of SSR discovery is the redundancy
– 20% duplication; in addition, primers could not be
designed for many SSR loci that were too close to the
cloning site – 45% of the total. All 172 SSRs amplified
the corresponding loci in the parents of the mapping
progeny, with 66% of them revealing a unique allele in
at least one of the parents, and 26% having unique alleles
in both of the parents. Of the 36 SSRs that have
been mapped, at least 1 was placed on 16 out of the 18
linkage groups of the framework map, indicating a broad
coverage of the cassava genome. This preliminary mapping
of the 36 markers has led to the joining of a few
small groups and the creation of one new group. The
abundance of allelic bridges as shown by these markers
will lead to the development of a consensus map of the
male- and female-derived linkage groups. In addition,
the relatively higher number of these allelic bridges,
30% as against 10% for RFLPs in cassava, underscores
SSR as the marker of choice for cassava. The 100%
primer amplification obtained for this set of primers also
confirms the appropriateness of SSR markers for use in
cassava genome analysis and the transferability of the
technology as a low-cost approach to increasing the efficiency
of cassava breeding. Current efforts are geared towards
the generation of more SSR markers to attain a
goal of 200 SSR markers, or 1 SSR marker every 10 cM.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อการพัฒนาของ PCR พื้นฐาน แบบอัตโนมัติได้อย่างง่ายดายเครื่องหมายพันธุโมเลกุล เช่นเครื่องหมาย SSRจำเป็นจริงคุ้มค่าเครื่องหมายช่วยเลือกรูปแบบ เอกสารนี้อธิบายถึงการพัฒนาและสมบัติของ 172 เครื่องหมาย SSR ใหม่สำหรับการกลุ่มมันสำปะหลัง ตำแหน่งของ 36 เครื่องหมายเหล่านี้RFLP ที่มีอยู่ใน กรอบแผนที่ของมันสำปะหลังยังเป็นรายงาน วิธีโดดเด่นคล้ายสองได้ว่าจ้างวิธีการแรกหา 35 SSR loci ที่ไพรเมอร์สามารถออกแบบ จากดีเอ็นเอ putative 148โคลน สามารถออกแบบจำนวนคู่พื้น 137จากโคลน 544 putative เรียงลำดับสำหรับบ่อที่สองของ SSRs (95%) มีนิวคลีโอไทด์ดีซ้ำและ 21% ถูกทำซ้ำผสม คืนสำคัญวิธีการเหล่านี้ของ SSR ค้นพบเป็นซ้ำที่– ทำซ้ำ 20% นอกจากนี้ ไพรเมอร์ไม่สามารถมา loci SSR หลายที่เกินไปใกล้เคียงกับการโคลนไซต์ – 45% ของยอดรวม ทั้งหมด 172 SSRs ขยายloci ที่สอดคล้องกันในครอบครัวการแม็ปลูกหลาน 66% ของพวกเขาเปิดเผย allele เฉพาะในน้อยหนึ่งในผู้ปกครอง และ 26% มีเฉพาะ allelesทั้งของผู้ปกครอง ของ SSRs 36 ที่มีการแม็ป น้อย 1 ถูกวางบน 16 จาก 18กลุ่มเชื่อมโยงของกรอบแผนที่ ระบุความกว้างความครอบคลุมของกลุ่มมันสำปะหลัง แม็ปนี้เบื้องต้นเครื่องหมาย 36 ได้นำไปรวมกี่กลุ่มและสร้างกลุ่มใหม่ ที่สะพาน allelic เป็นแสดงโดยเครื่องหมายเหล่านี้มากมายจะนำไปสู่การพัฒนาแผนที่มติของมาเพศชาย และเพศหญิงกลุ่มเชื่อมโยง นอกจากนี้จำนวนสะพานเหล่านี้ allelic ค่อนข้างสูง30% เท่ากับ 10% สำหรับ RFLPs ในมันสำปะหลัง ขีดSSR เป็นเครื่องหมายที่เลือกสำหรับมันสำปะหลัง 100%ขยายพื้นที่ได้ชุดของไพรเมอร์นี้ยังยืนยันความเครื่องหมาย SSR เพื่อใช้ในการมันสำปะหลังกลุ่มวิเคราะห์และ transferability ของเทคโนโลยีเป็นวิธีการต้นทุนต่ำเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของมันสำปะหลังพันธุ์ ปัจจุบันความพยายามที่มุ่งไปทางการสร้างเครื่องหมาย SSR เพิ่มเติมเพื่อบรรลุการเป้าหมายของเครื่องหมาย SSR 200 หรือเครื่องหมาย SSR 1 ทุก 10 ซม.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อการพัฒนาของ PCR-based, อัตโนมัติได้อย่างง่ายดาย
เครื่องหมายทางพันธุกรรมระดับโมเลกุลเช่นเครื่องหมาย SSR,
ที่จำเป็นสำหรับค่าใช้จ่ายที่มีประสิทธิภาพเครื่องหมายช่วยจริง
รูปแบบการเลือก กระดาษนี้จะอธิบายการพัฒนา
และศึกษาคุณสมบัติของ 172 เครื่องหมาย SSR ใหม่สำหรับ
จีโนมมันสำปะหลัง ตำแหน่งของ 36 ของเครื่องหมายเหล่านี้
ในแผนที่กรอบ RFLP ที่มีอยู่ของมันสำปะหลังนอกจากนี้ยังมี
รายงาน สองวิธีการตกแต่งคล้ายถูกจ้าง.
วิธีแรกให้ผล 35 loci SSR ซึ่ง
ไพรเมอร์จะได้รับการออกแบบจาก 148 ดีเอ็นเอสมมุติ
โคลน ทั้งหมด 137 คู่ไพรเมอร์จะได้รับการออกแบบ
จาก 544 โคลนสมมุติติดใจสำหรับการตกแต่งที่สอง.
ส่วนใหญ่ของ SSRs (95%) เป็นซ้ำ di-เบส,
และ 21% เป็นสารประกอบซ้ำ อุปสรรคสำคัญ
ของวิธีการเหล่านี้ของการค้นพบ SSR ซ้ำซ้อน
- 20% การทำสำเนา; นอกจากนี้ไพรเมอร์ไม่สามารถ
รับการออกแบบสำหรับสถานะ SSR มากที่ใกล้ชิดเกินไป
เว็บไซต์โคลน - 45% ของทั้งหมด ทั้งหมด 172 SSRs ขยาย
สถานะที่สอดคล้องกันในการทำแผนที่ของพ่อแม่
ลูกหลานที่มี 66% ของพวกเขาเผยให้เห็นอัลลีลไม่ซ้ำกันใน
อย่างน้อยหนึ่งของพ่อแม่, และ 26% มีอัลลีลที่ไม่ซ้ำกัน
ทั้งของพ่อแม่ 36 SSRs ที่ได้
รับการแมปอย่างน้อย 1 ถูกวางลงบน 16 จาก 18
กลุ่มเชื่อมโยงกรอบแผนที่แสดงให้เห็นในวงกว้าง
ครอบคลุมของจีโนมมันสำปะหลัง การทำแผนที่นี้เบื้องต้น
ของ 36 ตัวบ่งชี้ได้นำไปสู่การเข้าร่วมของไม่กี่
กลุ่มเล็ก ๆ และการสร้างกลุ่มหนึ่งใหม่
ความอุดมสมบูรณ์ของสะพาน allelic ที่แสดงโดยเครื่องหมายเหล่านี้
จะนำไปสู่การพัฒนาของแผนที่ฉันทามติของ
วิชาและเพศเมียที่ได้จากกลุ่มที่เชื่อมโยง นอกจากนี้ใน
จำนวนที่ค่อนข้างสูงของสะพาน allelic เหล่านี้
30% เมื่อเทียบกับ 10% สำหรับ RFLPs ในมันสำปะหลังขีด
SSR เป็นเครื่องหมายของทางเลือกสำหรับมันสำปะหลัง 100%
ที่ได้รับการขยายรองพื้นสำหรับชุดของไพรเมอร์นอกจากนี้ยัง
ยืนยันความเหมาะสมของเครื่องหมาย SSR สำหรับใช้ใน
การวิเคราะห์จีโนมมันสำปะหลังและการถ่ายโอนของ
เทคโนโลยีเป็นวิธีการที่ต้นทุนต่ำเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ
ของการปรับปรุงพันธุ์มันสำปะหลัง ความพยายามในปัจจุบันจะมุ่งสู่
การสร้างเครื่องหมาย SSR มากขึ้นเพื่อให้บรรลุ
เป้าหมายของ 200 เครื่องหมาย SSR หรือ 1 SSR เครื่องหมายทุก 10 ซม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บทคัดย่อ การพัฒนาวิธี PCR โดยอัตโนมัติได้อย่างง่ายดาย
โมเลกุลเครื่องหมายพันธุกรรม เช่น SSR markers
ต้องมีเหตุผลที่คุ้มค่าช่วย
เครื่องหมายรูปแบบการเลือก ในบทความนี้จะกล่าวถึงการพัฒนา
และลักษณะสมบัติของ 172 เครื่องหมาย SSR ใหม่สำหรับ
จีโนมมันสำปะหลัง . ตำแหน่งของ 36 ของเครื่องหมายเหล่านี้
ในที่มีอยู่รวมกรอบแผนที่มันสำปะหลังยัง
รายงานสองวิธีวิธีที่คล้ายกันเป็นลูกจ้าง .
วิธีแรกให้ผล 35 ติดสถานะ ซึ่ง
โดยสามารถออกแบบจาก 148 ซึ่งดีเอ็นเอ
โคลน ทั้งหมด 137 คู่ไพรเมอร์สามารถออกแบบ
จาก 544 ซึ่งโคลนลำดับสำหรับการ 2 .
ที่สุดของ ssrs ( 95% ) ไดนิวคลีโอไทด์ทำซ้ำ
และ 21% เป็นซ้ำผสม a
ข้อเสียเปรียบหลักเหล่านี้เป็นวิธีการของการค้นพบ SSR ซ้ำซ้อน
– 20% ซ้ำซ้อน นอกจากนี้ ไพรเมอร์ไม่สามารถ
ออกแบบหลาย SSR ของที่ใกล้
การโคลนเว็บไซต์– 45 % ของทั้งหมดด้วย ทั้งหมด 172 ssrs ขยาย
สถานะที่สอดคล้องกันในพ่อแม่ของการทำแผนที่
ลูกหลานกับ 66% ของพวกเขาเผยให้เห็นเฉพาะในกลุ่ม
อย่างน้อยหนึ่งของผู้ปกครอง และ 26% มีอัลลีลซ้ำ
ทั้งสองของพ่อแม่ จาก 36 ssrs ที่
ถูกแมป อย่างน้อย 1 วางอยู่บน 16 จาก 18
เชื่อมโยงกลุ่มของแผนที่เพื่อระบุครอบคลุมกว้าง
ของจีโนมมันสำปะหลัง .
แผนที่นี้เบื้องต้นของเครื่องหมาย 36 มี led เพื่อรวมกี่
กลุ่มขนาดเล็ก และสร้างกลุ่มใหม่
ความอุดมสมบูรณ์ของสะพาน allelic ตามที่แสดงโดยเครื่องหมายเหล่านี้
จะนำไปสู่การพัฒนาฉันทามติแผนที่ของชายและหญิงที่ได้เชื่อมโยง
- กลุ่ม นอกจากนี้
ค่อนข้างสูงกว่าจำนวนของสะพานยาฆ่าแมลงเหล่านี้
30% เมื่อเทียบกับ 10% สำหรับ rflps ในมันสำปะหลัง เครื่องหมาย
SSR เป็นเครื่องหมายของทางเลือกสำหรับมันสำปะหลัง 100 %
( สำหรับไพรเมอร์รองพื้นได้ชุดนี้
ยืนยันความเหมาะสมของ SSR markers เพื่อใช้ใน
การวิเคราะห์จีโนมมันสำปะหลัง และการโอนย้ายของ
เทคโนโลยีเป็นวิธีต้นทุนต่ำเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพ
มันสําปะหลังพันธุ์ . ความพยายามในปัจจุบันจะเหมาะต่อ
รุ่นของเครื่องหมาย SSR มากขึ้นเพื่อบรรลุ
เป้าหมาย 200 SSR markers , หรือ 1 SSR Marker ทุก 10 เซนติเมตร