2.3. Strain characterizationDNA ext

2.3. Strain characterization
DNA extraction was performed on 48 hours blood agar culture
using MagMAXTM Total Nucleic Acid Isolation Kit (Ambion, Life
Tecnologies) and the MICROLAB STARLET automatic extractor
(Hamilton Robotics). All isolates included in this study were
screened by PCRs for the toxin genes tcdA,tcdB, the binary toxin
genes cdtA and cdtB and the tcdC regulatory gene deletions as
previously described (Stubbs et al., 2000; Lemee et al., 2004;
Antikainen et al., 2009). Toxinotyping and PCR-ribotyping were
performed according to the protocol described by Rupnik et al.
(1998) and Bidet et al. (1999) respectively. For PCR-ribotyping, DNA
fingerprint patterns were compared to those of the predominant
PCR-ribotypes circulating in Europe (the collection was kindly
provided by the European Centre for Disease Prevention and
Control-ECDC). Strains with a pattern different from the reference
strain collection were tested by capillary gel electrophoresis–based
PCR-ribotyping and the resulting patterns were classified according
to the WEBRIBO-database

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3. สายพันธุ์จำแนกลักษณะทำการสกัดดีเอ็นเอตามวัฒนธรรมอาหารเลือด 48 ชั่วโมงใช้ MagMAXTM รวมกรดนิวคลีอิกแยกชุด (Ambion ชีวิตTecnologies) และดูดอัตโนมัติทเอ MICROLAB(หุ่นยนต์) แฮมิลตัน แยกทั้งหมดรวมอยู่ในการศึกษานี้ได้คัดกรอง โดย PCRs การ tcdA ยีนสารพิษ สารพิษไบนารี tcdBcdtA ยีน และ cdtB และลบ regulatory gene tcdC เป็นเคยอธิบายไว้ (ตับส์ et al. 2000 Lemee et al. 2004Antikainen et al. 2009) Toxinotyping และ PCR ribotypingดำเนินการตามโพรโทคอที่อธิบายไว้โดย Rupnik et al(1998) และโถ et al. (1999) ตามลำดับ สำหรับ PCR-ribotyping ดีเอ็นเอรูปแบบลายนิ้วมือได้เมื่อเทียบกับปีที่โดดเด่นRibotypes PCR ที่หมุนเวียนในยุโรป (คอลเลกชันถูกกรุณาโดยศูนย์ยุโรปสำหรับการป้องกันโรค และControl-ECDC) สายพันธุ์ที่ มีรูปแบบแตกต่างจากการอ้างอิงเก็บรวบรวมสายพันธุ์ทดสอบ โดยฝอยเจอิ – ตามPCR ribotyping และลวดลายได้ถูกจัดประเภทตามในฐานข้อมูล WEBRIBO

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3 สายพันธุ์ลักษณะ
สกัดดีเอ็นเอที่ได้ดำเนินการเกี่ยวกับวัฒนธรรม 48 ชั่วโมงวุ้นเลือด
ใช้ MagMAXTM รวมนิวคลีอิกกรดแยก Kit (Ambion ชีวิต
Tecnologies) และ Microlab STARLET ระบายอัตโนมัติ
(แฮมิลตันหุ่นยนต์) ทั้งหมดที่แยกได้รวมอยู่ในการศึกษาครั้งนี้ได้รับ
การคัดเลือกจาก PCRs ยีนพิษ tcdA, tcdB ไบนารีพิษ
ยีน cdtA และ cdtB และ TCDC ลบยีนกฎระเบียบเป็น
อธิบายไว้ก่อนหน้า (สตับส์ et al, 2000;. Lemee et al, 2004;.
Antikainen et al., 2009) Toxinotyping และ PCR-ribotyping ถูก
ดำเนินการตามโปรโตคอลอธิบายโดย Rupnik et al.
(1998) และโถสุขภัณฑ์, et al (1999) ตามลำดับ สำหรับ PCR-ribotyping ดีเอ็นเอ
รูปแบบลายนิ้วมือที่ถูกนำมาเปรียบเทียบกับของเด่น
PCR-ribotypes หมุนเวียนในยุโรป (คอลเลกชันที่ถูกกรุณา
ให้โดยศูนย์ยุโรปเพื่อการป้องกันโรคและการ
ควบคุม ECDC) สายพันธุ์ที่มีรูปแบบที่แตกต่างจากการอ้างอิง
การเก็บรวบรวมสายพันธุ์ที่ได้รับการทดสอบจากเส้นเลือดฝอยข่าวคราวตาม
PCR-ribotyping และรูปแบบที่เกิดขึ้นได้รับการจำแนกตาม
ไป WEBRIBO ฐานข้อมูล