The MGE contigs we collected probab

The MGE contigs we collected probably
largely represent a mixture between
DNA of phages, plasmids, and transposable
elements, since all of these mobile
elements were found to be targeted by
CRISPR (Horvath and Barrangou 2010). To
specifically study phage genomes, we first
selected only MGE contigs sized 10 kb or
more (Reyes et al. 2010) since these areexpected to represent a significant portion of the phage genome
and are also less likely to appear as disjoint fragments of the same
phage.We then classified these large contigs as phage-originated if
one or more predicted ORFs showed similarity to phage-only genes
(Supplemental Data Set S4; Methods).We also included large MGE
contigs that were significantly covered by the VLP-derived sequence
data sets (Reyes et al. 2010; Minot et al. 2011), because
these were directly extracted from virus-like particles (Methods).
This classification resulted in 991 contigs, totaling 22.3 Mb, which
most probably represent genomes of gut-residing phages. The
analyses henceforth refer to these 991 phage contigs.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Contigs MGE เรารวบรวมอาจส่วนใหญ่แสดงส่วนผสมระหว่างดีเอ็นเอของ phages, plasmids และ transposableองค์ประกอบ เนื่องจากสิ่งเหล่านี้โทรศัพท์มือถือองค์ประกอบพบที่จะมีการกำหนดเป้าหมายโดยCRISPR (Horvath และ Barrangou 2010) ถึงโดยเฉพาะศึกษา phage genomes เราครั้งแรกเลือกเฉพาะ MGE contigs ขนาด 10 kb หรือเพิ่มเติม (Reyes et al. 2010) ตั้งแต่ areexpected เหล่านี้ถึงเป็นส่วนสำคัญของจีโนม phageและยังไม่อาจปรากฏเป็นชิ้นส่วนตัวเดียวกันphageเราจากนั้นจัดเหล่านี้ contigs ใหญ่เป็น phage มาถ้าORFs คาดการณ์ น้อยแสดงให้เห็นว่าคล้ายกับยีน phage เดียว(เพิ่มเติมข้อมูลชุด S4 วิธี)เรายังรวม MGE ขนาดใหญ่contigs ที่ถูกครอบคลุม โดยลำดับมา VLP อย่างมีนัยสำคัญข้อมูลชุด (Reyes et al. 2010 ชาติมิน็อท et al. 2011), เนื่องจากนอกจากนี้เหล่านี้โดยตรงถูกสกัดจากอนุภาคไวรัสเหมือน (วิธีการ)การจัดประเภทนี้ส่งผลให้ contigs 991 รวม 22.3 Mb ซึ่งที่แสดง genomes ของแห่งไส้ phages ที่วิเคราะห์อ้างอิงเพื่อเหล่านี้ contigs phage 991 แท้ ๆ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

contigs MGE เราอาจเก็บ
ส่วนใหญ่เป็นตัวแทนของส่วนผสมระหว่าง
ดีเอ็นเอของฟาจ, พลาสมิดและ transposable
องค์ประกอบทั้งหมดตั้งแต่โทรศัพท์มือถือเหล่านี้
องค์ประกอบพบว่ามีการกำหนดเป้าหมายโดย
CRISPR (Horvath และ Barrangou 2010) ในการ
ศึกษาจีโนมโดยเฉพาะทำลายจุลินทรีย์ที่เรา
เลือกเท่านั้น contigs MGE ขนาด 10 กิโลไบต์หรือ
มากกว่า (เรเยส et al. 2010) เพราะสิ่งเหล่านี้จะเป็นตัวแทนของ areexpected เป็นส่วนสำคัญของจีโนมทำลายจุลินทรีย์
และนอกจากนี้ยังมีโอกาสน้อยที่จะปรากฏเป็นเศษเล็กเศษน้อยของเคล็ดเดียวกัน
ทำลายจุลินทรีย์ เราแล้วจัด contigs ขนาดใหญ่เหล่านี้เป็นตัวทำลายจุลินทรีย์-ต้นตอถ้า
หนึ่งหรือที่คาดการณ์มากขึ้นแสดงให้เห็นความคล้ายคลึงกัน ORFs เพื่อทำลายจุลินทรีย์เท่านั้นยีน
(เพิ่มเติมข้อมูลชุด S4; วิธีการ) นอกจากนี้เรายังรวม MGE ขนาดใหญ่
contigs ที่ถูกปกคลุมไปอย่างมีนัยสำคัญโดยลำดับ VLP มา
ข้อมูล ชุด (เรเยส et al, 2010;. ไมนอต et al, 2011.) เพราะ
เหล่านี้ถูกสกัดโดยตรงจากอนุภาคไวรัสเช่น (วิธีการ).
การจัดหมวดหมู่นี้ส่งผลให้ 991 contigs รวมเป็นเงินทั้งสิ้น 22.3 ล้านบาทซึ่ง
ส่วนใหญ่อาจเป็นตัวแทนของจีโนมของฟาจลำไส้-พำนักอยู่ .
การวิเคราะห์ต่อจากนี้ไปอ้างถึงเหล่านี้ 991 contigs ทำลายจุลินทรีย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ที่เราเก็บ MGE สูงอาจ

ส่วนใหญ่เป็นตัวแทนของส่วนผสมระหว่างดีเอ็นเอของฟาจเพื่อตรวจ , และองค์ประกอบ
เนื่องจากทุกองค์ประกอบมือถือ
เหล่านี้พบว่ามีเป้าหมายโดย
crispr ( ฮอร์วาธ และ barrangou 2010 )

โดยเฉพาะการศึกษาว่าหาเราก่อน
เลือกเฉพาะ MGE สูงขนาด 10 KB หรือ
( เรเยส et al .2553 ) เนื่องจากเหล่านี้ areexpected เพื่อแสดงถึงส่วนที่สำคัญของเฟจจีโนม
และยังมีโอกาสน้อยที่จะปรากฏเป็นไม่ต่อเนื่องของชิ้นส่วนเดียวกัน
phage.we แล้วจัดว่าสูงขนาดใหญ่เหล่านี้เป็นเฟจที่มาถ้า
หนึ่งหรือมากกว่าคาดการณ์ orfs พบความคล้ายคลึงกับฟาเพียงยีน
( ข้อมูลเพิ่มเติมชุด S4 ; นอกจากนี้เรายังรวมวิธีการ )
MGE ขนาดใหญ่สูงที่ปกคลุมด้วย vlp อย่างมีนัยสำคัญได้ลำดับ
ชุดข้อมูล ( เรเยส et al . 2010 ; ไมนอต์ et al . 2011 ) เพราะ
เหล่านี้ได้โดยตรง จากสารสกัดไวรัสเช่นอนุภาค ( วิธีการ ) .
หมวดหมู่นี้ส่งผลให้เกิด 991 สูงรวม 22.3 MB ซึ่ง
ส่วนใหญ่อาจเป็นตัวแทนจีโนมของอุทรประจ .
วิเคราะห์ต่อจากนี้ไปหมายถึงเหล่านี้ 991 ฟาสูง .