5. Verification of melon-cucumber s

5. Verification of melon-cucumber syntenic relationships
In this study, in silico PCR and BLAST sequence alignment
proved useful for inferring the cucumber scaffold
location of markers on the melon consensus map (Figures
2 and 3). To verify the syntenic relationships
between cucumber and melon chromosomes detected
from comparative mapping conducted herein, a similar strategy was used with molecular markers from a melon linkage map developed by Deleu et al. [36]. This genebased melon linkage map consists of 414 marker loci, of which nearly 200 were SNPs developed from melon EST sequences, and all these markers were derived exclusively from the melon genome. The details of this map are shown in Table S5 (Additional File 1). The genomic
or EST sequences from which these markers were developed were used in BLAST analysis against the cucumber draft genome assemblies. Of the 414 markers, only 3(0.7%) did not yield either in silico PCR products or BLAST hits in the cucumber draft genomes examined.This contrasted with markers on the consensus melon map (Table S3), where 81 (20.2%) of 401 (mostly genomic DNA-derived markers) did not produce hits in
either Gy14 or 9930 genome assembly. This suggests that the EST sequences examined are highly conserved between these genomes. The syntenic relationships between melon and cucumber chromosomes inferred from this gene-based melon genetic map are shown in Table S5 (Additional File 1).Although there were no cucumber source markers on this map, melon-cucumber syntenic relationships revealed from the present study (Figures 2 and 3) were confirmed by this independent study [36].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

5. ตรวจสอบความสัมพันธ์ syntenic แตงโมแตงกวาในการศึกษานี้ ใน silico PCR และระเบิดลำดับตำแหน่งพิสูจน์ประโยชน์สำหรับ inferring นั่งร้านแตงกวาตำแหน่งของเครื่องหมายบนแผนที่ช่วยให้แตงโม (ตัวเลข2 และ 3) เพื่อตรวจสอบความสัมพันธ์ syntenicระหว่าง chromosomes แตงกวาและแตงโมที่ตรวจพบจากนี้ดำเนินการแม็ปเปรียบเทียบ มีใช้กลยุทธ์ที่คล้ายกัน ด้วยเครื่องหมายโมเลกุลจากแผนที่เชื่อมโยงแตงโมที่พัฒนาโดย Deleu et al. [36] แผนผังความเชื่อมโยงนี้แตงโม genebased จำนวน 414 เครื่อง loci ซึ่งเกือบ 200 ได้ SNPs ที่พัฒนาจากแตงโม EST ลำดับ และเครื่องหมายเหล่านี้ทั้งหมดซึ่งเฉพาะจีโนมแตงโม รายละเอียดของแผนผังนี้จะแสดงอยู่ในตาราง S5 (เพิ่มเติมไฟล์ที่ 1) ที่ genomicหรือ EST ลำดับเครื่องหมายเหล่านี้ถูกพัฒนาขึ้นใช้ในวิเคราะห์ระเบิดกับแอสเซมบลีจีโนมร่างแตงกวา เครื่องหมาย 414, 3(0.7%) เท่านั้นได้ผลตอบแทนไม่ได้ ในผลิตภัณฑ์ PCR silico หรือฮิตระเบิดใน genomes ร่างแตงกวาที่ตรวจสอบซึ่งต่างกับเครื่องหมายแผนที่ช่วยแตง (ตาราง S3), ที่ 81 (20.2%) ของ 401 (ส่วนใหญ่ genomic DNA ได้รับเครื่องหมาย) ไม่ได้สร้างปริมาณการใช้ในGy14 หรือแอสเซมบลีจีโนม 9930 แนะนำว่า ลำดับ EST ตรวจสอบมีอยู่สูงระหว่าง genomes เหล่านี้ ความสัมพันธ์ syntenic ระหว่าง chromosomes แตงโมและแตงกวาเอเชียแผนที่พันธุแตงโดยยีนนี้จะแสดงอยู่ในตาราง S5 (เพิ่มเติมไฟล์ที่ 1)แม้ว่าจะมีเครื่องหมายไม่ต้นแตงกวานี้แผนที่ แตงกวาแตงโมเปิดเผยจากการศึกษาปัจจุบัน (ตัวเลข 2 และ 3) ของความสัมพันธ์ syntenic ถูกยืนยัน โดยภาคนี้ [36]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

5 . การตรวจสอบของแตงโม แตงกวา syntenic ความสัมพันธ์
ในการศึกษานี้ใน PCR สำหรับระเบิดดับแนว
พิสูจน์ที่มีประโยชน์สำหรับการแตงกวานั่งร้าน
สถานที่เครื่องหมายบนแตงโมเอกฉันท์แผนที่ ( ตัวเลข
2 และ 3 ) การตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่าง syntenic

จากแตงกวาและแตงโมตรวจโครโมโซมการทำแผนที่การเปรียบเทียบในที่นี้กลยุทธ์ที่คล้ายกันมีการใช้เครื่องหมายโมเลกุลจากเมล การเชื่อมโยงแผนที่พัฒนาโดย deleu et al . [ 36 ] นี้ genebased แตงการเชื่อมโยงแผนที่ประกอบด้วย 414 เครื่องหมายตำแหน่ง ซึ่งถูกพัฒนาจากเกือบ 200 snps แตง EST ลำดับ และเครื่องหมายเหล่านี้ได้ โดยเฉพาะจากกลุ่มเมลอน . รายละเอียดของแผนที่นี้จะแสดงในตาราง S5 แฟ้ม ( เพิ่มเติม 1 ) โดย
จีโนมหรือ EST ลำดับซึ่งเครื่องหมายเหล่านี้ถูกพัฒนามาใช้ในการวิเคราะห์ระเบิดกับแตงกวาร่าง unit ประกอบ เครื่องหมายของนาย แค่ 3 ( 0.7% ) ไม่ได้ผลเหมือนกันสำหรับผลิตภัณฑ์ PCR หรือระเบิดที่ฮิตในจีโนมแตงกวาร่างตรวจสอบ นี้เทียบกับเครื่องหมายบนแผนที่กับแตงโม ( โต๊ะ S3 ) ที่ 81 ( 202 ) 401 ( ส่วนใหญ่ ) ของดีเอ็นเอเครื่องหมาย ) ไม่ผลิตฮิตใน
ให้ gy14 9930 จีโนม หรือประกอบ นี้แสดงให้เห็นว่า EST ลำดับตรวจสอบสูงอนุรักษ์ระหว่างจีโนมเหล่านี้ ความสัมพันธ์ระหว่าง แตงโม แตงกวา และ syntenic โครโมโซมที่ได้จากยีนทางพันธุกรรมจากแตงแผนที่แสดงในตาราง S5 ( แฟ้มเพิ่มเติม 1 )แม้ว่าจะไม่มีเครื่องหมายบนแผนที่นี้แหล่งที่มาของแตงกวา แตงโม แตงกวา syntenic ความสัมพันธ์ที่พบจากการศึกษา ( เลข 2 และ 3 ) ได้รับการยืนยันโดยการศึกษาอิสระครั้งนี้ [ 36 ]