PKS gene screening and phylogenetic

PKS gene screening and phylogenetic analysis
PKS genes were amplified from the genomic DNA of 24 endophytic
fungal strains using various sets of degenerate primers
designed for the highly conserved sequences of b-ketoacyl
synthase (KS) domains, which are shared among all PKSs.
The primer pairs LC1/LC2c (Yu et al. 2013), KAF1/KAR1, and
KAF1/KAR2 (Amnuaykanjanasin et al. 2005) were used to detect
PKS genes in the fungal isolates. The PCR reaction was
performed in 50 mL of reaction mixture containing 25 mL of
2  Taq PCR Mastermix (Tiangen Biotechnol Beijin Company
Ltd, China), 2 mL of forward primer (10 mM), 2 mL of reverse
primer (10 mM), 2 mL of template DNA and 19 mL of sterile
double-distilled water. The PCR condition was as follows:
4 min at 95 C; 35 cycles of 30 s at 95 C, 1 min at 50 C,
2 min at 72 C, and 10 min at 72 C. The PCR products were purified
with Gel Extraction Kit (OMEGA) and cloned into pUC19
DNA (Takara) cloning kit. The positive recombinants were
screened on plates with X-Gal, IPTG and ampicillin by colorbased
recombinant selection method. Positive clones were sequenced
by Shanghai Invitrogen Company using the vector
primers M13F and M13R. The PKS gene sequences were then
analysed with BLASTX and aligned against reference sequences
by CLUSTAL X (Thompson et al. 1997). Translated protein
sequences were derived from the nucleotide sequences
using the ORF FINDER available at the NCBI website (http://
www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/). The deduced amino
acid sequences were employed as queries to search the related
proteins in the nr protein database using the BLASTP algorithm.
Unrooted phylogenetic tree based on the amino acid
sequences of KS domain was constructed using the neighbour-joining
method in MEGA 4.0 combined with bootstrap
analysis with 1000 replicates.
Analysis of statistical data
Species richness among the isolated endophytic fungi was determined
by calculating the Menhinick’s index (Dmn) using the
following equation (Whittaker 1977):
D ¼ S
ffiffiffiffi
N
p
where S is the number of different endophytic fungal species
in a sample (in this case, plant tissue) and N is the total number
of isolated endophytic fungi in a given sample.
Furthermore, to quantify the endophytic fungal diversity of
Oryza rufipogon in different tissues, we calculated the Shannon
diversity index (H0
) using the following equation (Kusari et al.
2013):
H0 ¼ Xk
i¼1
Pi lnðPiÞ
where Pi is the relative abundance of a species, i is the number
of competing species present in the community and k is the
number of different endophytic species in a sample (in this
case, plant tissue).
Colonisation frequency (CF) and isolation rate (IR) of each
tissue were also calculated according to the method of Wang
et al. (2011). CF was calculated using the equation: CF ¼ NCOL/
Nt, where NCOL is the number of segments colonised by each
endophytic fungus and Nt is the total number of segments.
IR is the total number of isolates yielded in a given trial/total
number of samples in a trial. Species similarity among the isolated
endophytic fungi was determined by calculating the Sorensen
similarity index (Cs) using the equation (De Errasti et al.
2010): CS ¼ 2c/(a þ b), where a is the number of species found in
site A (in this case, plant tissue A), b is the number of species in
site B (in this case, plant tissue B) and c is the number of species
shared by the two tissues.
Nucleotide sequence accession number
Fungal rDNA-ITS sequences obtained in this study were deposited
in GenBank under accession numbers
KC871033eKC871053 and KF558883eKF558885. Fungal PKS
gene sequences were submitted to GenBank under accession
numbers KF877723eKF877731.
Result
Phylogenetic analysis of culturable endophytic fungi in Oryza
rufipogon
A total of 229 endophytic fungal isolates were isolated from
various tissues. Results showed that the seeds exhibited the
highest number of endophytic fungi (102 isolates), followed
by the leaves (46 isolates), roots (45 isolates), and stems (36 isolates)
(Table 1). The seeds also showed higher CF and IR than
the other tissues and even the whole plant. The endophytic
fungal assemblage of stems was more species rich, as indicated
by H0 and Dmn (Table 1). These indicate that the seeds
may likely provide better niche or more entry for colonisation
and penetration of endophytic fungi. Based on our current
knowledge of the biology of endophytic fungi, limited evidence
can be used to explain the phenomenon.
Based on the BLAST and phylogenetic analyses using the
rDNA-ITS sequences of the 24 representative fungal morphotypes
selected according to the morphological characteristics,
the culturable endophytic fungal community was assigned to
Table 1 e Colonisation, isolation, species richness, and
multiple infection rates of endophytic fungi at each
healthy tissue of O. rufipogon.
Parameter Leaves Stems Roots Seeds Total
No. of samples 120 120 120 120 480
No. of isolates
recovered
45 36 46 102 229
No. of samples
with isolates
41 31 37 81 190
Colonisation
frequency (CF)
0.34 0.26 0.31 0.67 0.40
Isolation rate (IR) 0.37 0.30 0.38 0.85 0.48
Shannon diversity
index (H0
)
0.70 0.43 0.63 1.12 2.79
Menhinick’s
index (Dmn)
1.03 0.83 0.74 0.69 1.59
4 Y. Wang et al.
FUNBIO608_proof ■ 27 August 2015 ■ 4/14
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
Please cite this article in press as: Wang Y, et al., Phylogenetic diversity of culturable endophytic fungi in Dongxiang wild rice
(Oryza rufipogon Griff), detection of polyketide synthase gene and their antagonistic activity analysis, Fungal Biology (2015),
htt

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตรวจยีน PKS และวิเคราะห์ phylogeneticPKS ยีนถูกขยายจาก DNA genomic ของ endophytic 24สายพันธุ์เชื้อราโดยใช้ไพรเมอร์ degenerate ชุดต่าง ๆลำดับที่คำนำของบี ketoacyl มาโด synthase (KS) ที่ใช้ร่วมกันระหว่าง PKSs ทั้งหมดพื้นที่จับคู่ LC1 (Yu et al. 2013) LC2c, KAF1/KAR1 และKAR2 KAF1 (Amnuaykanjanasin et al. 2005) ใช้ในการตรวจสอบPKS ยีนในการแยกเชื้อรา ปฏิกิริยา PCR ได้ดำเนินการใน 50 mL ของผสมปฏิกิริยาประกอบด้วย 25 mL ของMastermix PCR 2 Taq (Tiangen Biotechnol Beijin บริษัทจำกัด จีน), mL 2 พื้นไปข้างหน้า (10 mM), 2 mL ของกลับสีรองพื้น (10 mM), 2 mL ของดีเอ็นเอแม่แบบ และ มล 19 ของกอซน้ำกลั่นคู่ เงื่อนไข PCR มีดังนี้:4 นาทีที่ 95 C รอบ 35 30 s ที่ 95 C, 1 นาทีที่ 50 C2 นาทีที่ 72 C และ 10 นาทีที่ 72 C. ผลิตภัณฑ์ PCR ได้บริสุทธิ์กับเจแยกชุด (โอเมก้า) และโคลนลงใน pUC19ดีเอ็นเอ (Takara) โคลนชุด Recombinants บวกได้ฉายในแผ่นด้วย กัล X, IPTG และแอมพิซิลลิน โดย colorbasedวิธีเลือก recombinant โคลนถูกเรียงลำดับบวกบริษัท Invitrogen เซี่ยงไฮ้โดยใช้เวกเตอร์ไพรเมอร์ M13F และ M13R ลำดับยีน PKS ได้แล้วanalysed กับ BLASTX และสอดคล้องกับลำดับการอ้างอิงโดย CLUSTAL X (ทอมร้อยเอ็ด al. 1997) โปรตีนแปลลำดับที่มาลำดับนิวคลีโอไทด์ใช้ค้นหา ORF ว่างที่เว็บไซต์ NCBI (ของ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/) การ deduced อะมิโนลำดับกรดถูกจ้างเป็นแบบสอบถามการค้นหาที่เกี่ยวข้องโปรตีนในฐานข้อมูลของโปรตีน nr ที่ใช้อัลกอริทึม BLASTPUnrooted ทรี phylogenetic ตามกรดอะมิโนลำดับของ KS โดเมนถูกสร้างขึ้นโดยใช้เพื่อนบ้านรวมรวมวิธีการใน 4.0 ร็อคกับ bootstrapวิเคราะห์ ด้วยเหมือนกับ 1000การวิเคราะห์ข้อมูลทางสถิติร่ำรวยพันธุ์ระหว่างเชื้อราที่ endophytic แยกกำหนดโดย Menhinick คำนวณ ในดัชนี (Dmn) โดยใช้การ(Whittaker 1977) สมการต่อไปนี้:S D ¼ffiffiffiffiNpโดยที่ S คือ จำนวนของสายพันธุ์เชื้อรา endophytic ต่าง ๆในตัวอย่าง (ในกรณีนี้ เนื้อเยื่อพืช) และ N คือ จำนวนของเชื้อรา endophytic แยกในตัวอย่างกำหนดนอกจากนี้ การวัดปริมาณความหลากหลายเชื้อรา endophytic ของOryza rufipogon ในเนื้อเยื่อที่แตกต่างกัน เราคำนวณแชนนอนดัชนีความหลากหลาย (H0) โดยใช้สมการต่อไปนี้ (Kusari et al2013):H0 ¼ Xki¼1พี่ lnðPiÞPi เป็น ความสัมพันธ์ของชนิด ฉันคือหมายเลขพันธุ์แข่งขันอยู่ในชุมชนและ k เป็นการจำนวนสายพันธุ์ endophytic ต่าง ๆ ในตัวอย่าง (ในนี้ด้วยตัวพิมพ์ใหญ่ เนื้อเยื่อพืช)ความถี่ของอาณานิคม (CF) และแยกอัตรา (IR) ของแต่ละเนื้อเยื่อยังคำนวณได้ตามวิธีการของวังal. ร้อยเอ็ด (2011) CF ที่คำนวณโดยใช้สมการ: CF ¼ NCOL /Nt หมายเลขของเซ็กเมนต์ NCOL colonised โดยแต่ละเชื้อรา endophytic และ Nt เป็นจำนวนเซ็กเมนต์IR เป็นจำนวนรวมของผลการทดลอง/ผลรวมให้แยกจำนวนตัวอย่างในการทดลอง พันธุ์ความคล้ายคลึงกันระหว่างการแยกกำหนด โดยคำนวณ Sorensen endophytic เชื้อราดัชนีความคล้ายคลึงกัน (Cs) โดยใช้สมการ (De Errasti et al2010: CS ¼ 2 ซี /(a þ b) ที่มีจำนวนสปีชีส์ที่พบในไซต์ A (ในกรณีนี้ A เนื้อเยื่อพืช), b เป็นจำนวนสปีชีส์ในไซต์ B (ในกรณีนี้ เนื้อเยื่อพืช B) และ c คือ จำนวนชนิดใช้ร่วมกัน โดยเนื้อเยื่อทั้งสองเลขทะเบียนลำดับนิวคลีโอไทด์ลำดับ rDNA เป็นเชื้อราที่ได้รับในการศึกษานี้ได้ฝากใน GenBank ภายใต้หมายเลขทะเบียนKC871033eKC871053 และ KF558883eKF558885 PKS เชื้อราลำดับยีนส่งมาที่ GenBank ภายใต้ทะเบียนหมายเลข KF877723eKF877731ผลการวิเคราะห์เชื้อ endophytic culturable รา Oryza phylogeneticrufipogonจำนวน 229 endophytic เชื้อราแยกถูกแยกต่างหากจากเนื้อเยื่อต่าง ๆ ผลพบว่า เมล็ดพันธุ์ที่จัดแสดงตามจำนวนสูงสุดที่เชื้อรา endophytic (102 ล),โดยใบไม้ (แยก 46), ราก (แยก 45), และลำต้น (แยก 36)(ตาราง 1) เมล็ดพบ CF และ IR กว่าสูงกว่าเนื้อเยื่ออื่น ๆ และแม้กระทั่งโรงงานทั้งหมด การ endophyticผสมผสานเชื้อราของลำต้นมีพันธุ์รวย เพิ่มเติมตามที่ระบุโดย H0 และ Dmn (ตาราง 1) เหล่านี้บ่งชี้ว่า เมล็ดพืชอาจจะมีโพรงดีหรือรายการเพิ่มเติมสำหรับอาณานิคมและการเจาะเชื้อ endophytic รา ขึ้นอยู่กับปัจจุบันของเราความรู้ด้านชีววิทยาของเชื้อรา endophytic หลักฐานจำกัดสามารถใช้อธิบายปรากฏการณ์ระเบิดและ phylogenetic วิเคราะห์โดยใช้การลำดับ rDNA เป็นของ morphotypes เชื้อราตัวแทน 24เลือกตามลักษณะสัณฐานชุมชนเชื้อรา endophytic culturable ถูกกำหนดให้กับตารางที่ 1 อีอาณานิคม แยก ร่ำรวยพันธุ์ และหลายอัตราติดเชื้อ endophytic เชื้อราแต่ละเนื้อเยื่อที่มีสุขภาพดีของโอ rufipogonพารามิเตอร์ใบลำต้นรากเมล็ดพืชรวม555 ตัวอย่าง 120 120 120 120 480555 ของแยกการกู้คืน45 36 46 102 229555 ตัวอย่างมีแยก41 31 37 81 190อาณานิคมความถี่ (CF)0.34 $ 0.31 0.26 0.67 0.40อัตราการแยก (IR) 0.37 0.30 0.38 0.85 0.48ความหลากหลายของแชนนอนดัชนี (H0)0.70 0.43 0.63 1.12 2.79ของ Menhinickดัชนี (Dmn)1.03 0.83 0.74 0.69 1.594 Y. Wang et al■ 27 2015 สิงหาคม■ FUNBIO608_proof 4/14123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051525354555657585960616263646566676869707172737475767778798081828384858687888990919293949596979899100101102103104105106107108109110111112113114115116117118119120121122123124125126127128129130กรุณาอ้างอิงบทความนี้ในข่าวเป็น: วัง Y, et al., Phylogenetic หลากหลายเชื้อ endophytic culturable รา Dongxiang ป่าข้าว(Oryza rufipogon Griff), ตรวจหายีนโพลีคีไทด์ synthase และการต่อต้านกิจกรรมวิเคราะห์ ชีววิทยาเชื้อรา (2015),ชที

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

PKS
คัดกรองยีนและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการยีนPKS ถูกขยายจากดีเอ็นเอ 24
เอนโดไฟท์สายพันธุ์เชื้อราโดยใช้ชุดต่างๆของไพรเมอร์คนเลวที่ออกแบบมาสำหรับลำดับการอนุรักษ์สูงของข
ketoacyl
เทส (KS) โดเมนซึ่งจะใช้ร่วมกันระหว่าง PKSs ทั้งหมด.
ไพรเมอร์ คู่ LC1 / LC2c (Yu et al. 2013) KAF1 / KAR1 และ
KAF1 / KAR2 (Amnuaykanjanasin et al. 2005)
ถูกนำมาใช้ในการตรวจสอบยีนPKS ในสายพันธุ์เชื้อรา ปฏิกิริยา PCR
ได้รับการดำเนินการใน50 มิลลิลิตรผสมปฏิกิริยาที่มี 25 มิลลิลิตร
2? Taq PCR Mastermix (Tiangen Biotechnol Beijin บริษัท
จำกัด ประเทศจีน) 2 มิลลิลิตรไพรเมอร์ไปข้างหน้า (10 มิลลิเมตร) 2
มิลลิลิตรกลับไพรเมอร์(10 มิลลิเมตร) 2 มิลลิลิตรดีเอ็นเอแม่แบบและ 19
มิลลิลิตรผ่านการฆ่าเชื้อน้ำสองครั้งที่กลั่น สภาพ PCR ได้ดังนี้
4 นาทีที่ 95 C; 35 รอบของ 30 วินาทีที่ 95 C, 1 นาทีที่ 50 C,
2 นาทีที่ 72 C, 10 และนาทีที่ 72 องศาเซลเซียสผลิตภัณฑ์ PCR
ถูกทำให้บริสุทธิ์ด้วยเจลสกัดKit (OMEGA) และโคลนเข้า pUC19
ดีเอ็นเอ (Takara) ชุดโคลน . โคบวกฉายบนจานด้วย X-Gal, IPTG และ ampicillin colorbased โดยวิธีคัดเลือกrecombinant โคลนบวกมีลำดับขั้นตอนโดย Shanghai Invitrogen บริษัท ใช้เวกเตอร์ไพรเมอร์M13F และ M13R ลำดับยีน PKS นั้นก็วิเคราะห์ด้วยBLASTX และสอดคล้องกับลำดับการอ้างอิงโดยClustal X (ธ อมป์สัน et al. 1997) แปลโปรตีนลำดับได้มาจากลำดับเบสใช้ORF FINDER ที่เว็บไซต์ของ NCBI (http: // www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/) อนุมานอะมิโนลำดับกรดถูกใช้เป็นคำสั่งในการค้นหาที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนในฐานข้อมูลโปรตีนถิ่นโดยใช้อัลกอริทึมBLASTP. unrooted phylogenetic ต้นไม้ขึ้นอยู่กับกรดอะมิโนลำดับของโดเมนKS ถูกสร้างขึ้นโดยใช้เพื่อนบ้านเข้าสู่วิธีการ4.0 ล้านรวมกับบูต. การวิเคราะห์ 1000 ซ้ำการวิเคราะห์ข้อมูลทางสถิติความร่ำรวยสายพันธุ์ในหมู่เชื้อราเอนโดไฟท์ที่แยกถูกกำหนดโดยการคำนวณดัชนีMenhinick ของ (DMN) โดยใช้สมการดังต่อไปนี้(Whittaker 1977): D ¼ S ffiffiffiffi เอ็นพีที่S คือจำนวนของเชื้อราเอนโดไฟท์ที่แตกต่างกัน ชนิดในตัวอย่าง(ในกรณีนี้, เนื้อเยื่อพืช) และ N คือจำนวนรวมของเชื้อราเอนโดไฟท์ที่แยกในกลุ่มตัวอย่างที่กำหนด. นอกจากนี้ปริมาณความหลากหลายของเชื้อราเอนโดไฟท์ของOryza rufipogon ในเนื้อเยื่อที่แตกต่างกันเราคำนวณนอนส์ดัชนีความหลากหลาย(H0 ) โดยใช้สมการดังต่อไปนี้ (Kusari et al. 2013): H0 ¼ Xk i¼1 Pi lnðPiÞที่พี่เป็นญาติพี่น้องมากมายของสายพันธุ์, i เป็นจำนวนของสายพันธุ์ที่แข่งขันอยู่ในชุมชนและk เป็นจำนวนชนิดเอนโดไฟท์ที่แตกต่างกันตัวอย่าง (ในกรณีเนื้อเยื่อพืช). ความถี่ล่าอาณานิคม (CF) และอัตราการแยก (IR) ของแต่ละเนื้อเยื่อยังถูกคำนวณตามวิธีการของวังet al, (2011) CF ที่คำนวณโดยใช้สมการ: CF ¼ nCol / Nt ที่ nCol คือจำนวนของกลุ่มอาณานิคมโดยแต่ละ. เชื้อราเอนโดไฟท์และ Nt คือจำนวนของกลุ่มIR คือจำนวนของเชื้อให้ผลในการทดลองที่ได้รับ / รวมจำนวนกลุ่มตัวอย่างในการทดลอง ความคล้ายคลึงกันสปีชีส์ในหมู่ที่แยกเชื้อราเอนโดไฟท์ที่ถูกกำหนดโดยการคำนวณโซเรนเซนดัชนีความคล้ายคลึงกัน(Cs) โดยใช้สมการ (เดอ Errasti et al. 2010): CS ¼ 2c / (กþข) ซึ่งเป็นจำนวนของสายพันธุ์ที่พบในเว็บไซต์(ในกรณีนี้เนื้อเยื่อพืช A) ขเป็นจำนวนของสายพันธุ์ในเว็บไซต์B (ในกรณีนี้, เนื้อเยื่อพืช B) และ c คือจำนวนของสายพันธุ์ที่ใช้ร่วมกันโดยทั้งสองเนื้อเยื่อ. ภาคยานุวัติลำดับเบสจำนวนเชื้อรา rDNA-ITS ลำดับที่ได้รับในการศึกษาครั้งนี้ได้รับการฝากในGenBank ภายใต้หมายเลขภาคยานุวัติKC871033eKC871053 และ KF558883eKF558885 เชื้อรา PKS ลำดับยีนถูกส่งไปอยู่ภายใต้การภาคยานุวัติ GenBank หมายเลข KF877723eKF877731. ผลการวิเคราะห์วิวัฒนาการของเชื้อราเอนโดไฟท์ใน culturable Oryza rufipogon ทั้งหมด 229 สายพันธุ์ของเชื้อราเอนโดไฟท์ที่แยกได้จากเนื้อเยื่อต่างๆ ผลการศึกษาพบว่าเมล็ดจัดแสดงจำนวนมากที่สุดของเชื้อราเอนโดไฟท์ (102 ไอโซเลท) ตามโดยใบ(46 สายพันธุ์), ราก (45 สายพันธุ์) และลำต้น (36 สายพันธุ์) (ตารางที่ 1) เมล็ดยังแสดงให้เห็น CF ที่สูงขึ้นและ IR กว่าเนื้อเยื่ออื่นๆ และแม้กระทั่งโรงงานทั้งหมด เอนโดไฟท์ชุมนุมเชื้อราของลำต้นได้มากขึ้นชนิดที่อุดมไปด้วยตามที่ระบุโดยH0 และ DMN (ตารางที่ 1) เหล่านี้แสดงให้เห็นว่าเมล็ดพันธุ์ที่มีแนวโน้มอาจให้ดีขึ้นหรือช่องรายการมากขึ้นสำหรับการล่าอาณานิคมและการรุกของเชื้อราเอนโดไฟท์ ขึ้นอยู่กับเราในปัจจุบันความรู้เกี่ยวกับชีววิทยาของเชื้อราเอนโดไฟท์หลักฐาน จำกัด สามารถนำมาใช้ในการอธิบายปรากฏการณ์. ขึ้นอยู่กับการระเบิดและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการโดยใช้ลำดับ rDNA-ITS 24 morphotypes เชื้อราตัวแทนเลือกตามลักษณะทางสัณฐานวิทยาculturable ชุมชนของเชื้อราเอนโดไฟท์ได้รับมอบหมายให้ตารางที่1 อีล่าอาณานิคมแยกความร่ำรวยชนิดและอัตราการติดเชื้อหลายของเชื้อราเอนโดไฟท์ในแต่ละเนื้อเยื่อที่มีสุขภาพของrufipogon ทุม. พารามิเตอร์ลำต้นใบรากเมล็ดรวมฉบับ ของกลุ่มตัวอย่าง 120 120 120 120 480 เลขที่ แยกของหาย45 36 46 102 229 ฉบับ ของกลุ่มตัวอย่างที่มีการแยก41 31 37 81 190 เมืองขึ้นความถี่ (CF) 0.34 0.26 0.31 0.67 0.40 อัตราการแยก (IR) 0.37 0.30 0.38 0.85 0.48 ความหลากหลาย Shannon ดัชนี (H0) 0.70 0.43 0.63 1.12 2.79 Menhinick ของดัชนี(DMN) 1.03 0.83 0.74 0.69 1.59 4 วายวัง et al. FUNBIO608_proof ■ 27 สิงหาคม 2015 ■ บทความนี้กล่าวถึงในข่าวในนาม:. วัง Y, et al, วิวัฒนาการความหลากหลายของเชื้อราเอนโดไฟท์ culturable Dongxiang ในป่าข้าว(Oryza rufipogon Griff) การตรวจหายีน polyketide synthase และการวิเคราะห์กิจกรรมที่เป็นศัตรูของพวกเขาเชื้อราชีววิทยา (2015) HTT

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การคัดกรองยีนและการวิเคราะห์ phylogenetic pks
pks ยีนขยายจากดีเอ็นเอของเชื้อราเอนโดไฟท์สายพันธุ์ 24

ชุดต่าง ๆ ของการใช้ไพรเมอร์ที่ออกแบบมาสำหรับที่มีการอนุรักษ์ลำดับของ b-ketoacyl
synthase ( KS ) โดเมนที่ใช้ร่วมกันระหว่าง pkss .
ไพรเมอร์คู่ LC1 / lc2c ( ยู et al . 2013 ) , kaf1 / kar1 และ
kaf1 / kar2 ( amnuaykanjanasin et al . 2005 ) ถูกใช้เพื่อตรวจสอบ
ในเชื้อรา pks ยีนของเชื้อ การตรวจปฏิกิริยา
แสดงปฏิกิริยาผสม 50 มิลลิลิตร บรรจุ 25 มล.
2  แท็ค PCR mastermix ( tiangen biotechnol Beijin บริษัท
Ltd , China ) , 2 ml ของส่งต่อรองพื้น ( 10 มม. ) , 2 ml Reverse
รองพื้น ( 10 มม. ) , 2 ml ของดีเอ็นเอแม่แบบและ 19 ชนิดปลอดเชื้อ
คู่น้ำกลั่น การตรวจเงื่อนไขดังนี้
4 นาทีที่ 95 C ; 35 รอบ 30 s 95 C1 นาทีที่ 50 C
2 นาทีที่ 72 C , และ 10 นาทีที่ 72 C ผลิตภัณฑ์ PCR มีความบริสุทธิ์
ด้วยชุดสกัด เจล ( โอเมก้า ) และโคลนเข้าดีเอ็นเอโคลนนิ่ง puc19
( ทาการะ ) ชุด การ recombinants บวกถูก
ฉายบนแผ่นด้วย x-gal เข้า ampicillin , และโดยวิธีการเลือกแบบ colorbased
. โคลนบวกเป็นลำดับ
โดย บริษัท เซี่ยงไฮ้ Invitrogen โดยใช้ไพรเมอร์และเวกเตอร์
m13f m13r .โดย pks ยีน ลำดับ แล้ววิเคราะห์ด้วย
blastx และสอดคล้องกับการอ้างอิงลำดับ
โดย clustal X ( Thompson et al . 1997 ) แปลลำดับโปรตีน
ได้มาจากลำดับนิวคลีโอไทด์
ใช้ ORF Finder ใช้ได้ที่เว็บไซต์ ncbi ( http : / /
www.ncbi . nlm . NIH . gov / โครงการ / gorf / ) ได้ลำดับกรดอะมิโน
แบบสอบถามเป็นแบบสอบถามการค้นหาที่เกี่ยวข้องกับ
โปรตีนในยางธรรมชาติโปรตีนฐานข้อมูลโดยใช้วิธี phylogenetic ต้นไม้ blastp .
unrooted ตามลำดับกรดอะมิโน
KS โดเมนที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้เพื่อนบ้านร่วม
วิธีในเมกา 4.0 รวมกับการวิเคราะห์บู

1 ได้แก่ การวิเคราะห์ข้อมูลทางสถิติ
ความร่ำรวยของชนิดของราเอนโดไฟต์ที่แยกพิจารณา
โดยการคำนวณดัชนีของ menhinick ( dmn ) โดยใช้สมการต่อไปนี้
( Whittaker 1977 ) :
d ¼ S
ffiffiffiffi
N
p
ที่เป็นจำนวนที่แตกต่างกัน ชนิดของเชื้อราเอนโดไฟท์
ในตัวอย่าง ( ในกรณีนี้ , เนื้อเยื่อพืช ) และ n คือจำนวนทั้งหมด
แยกราเอนโดไฟต์ใน มีตัวอย่างให้ .
นอกจากนี้ ที่มีความหลากหลายของราเอนโดไฟท์ของ
ข้าว rufipogon ในเนื้อเยื่อต่างๆเราคำนวณดัชนีแชนนอน
ความหลากหลาย ( H0
) โดยใช้สมการต่อไปนี้ ( คุซาริ et al .
2013 ) :

ผมด้วย¼ XK ¼ 1
pi ในðปี่Þ
ที่ไพความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์ของสายพันธุ์ เป็นเลขที่
แข่งขันชนิดที่มีอยู่ในชุมชน และ k คือ
จำนวนชนิดที่แตกต่างกันในรา ( ในตัวอย่างนี้
กรณีเนื้อเยื่อพืช ) .
ความถี่อาณานิคม ( CF ) และอัตราการแยก ( IR ) ของแต่ละ
เนื้อเยื่อก็คำนวณตามวิธีการของวัง
et al . ( 2011 ) CF คือคำนวณโดยใช้สมการ : CF ¼ ncol /
NT ที่ ncol คือจำนวนกลุ่มอาณานิคมโดยแต่ละ
ราเชื้อราและ NT เป็นจํานวนรวมของกลุ่ม .
IR จำนวนสายพันธุ์ให้ผลที่ระบุในการทดลองรวม /
จำนวนตัวอย่างในการทดลอง ความเหมือนระหว่างแยก
ชนิดราเอนโดไฟต์ที่ถูกกำหนดโดยการคำนวณโซเรนเซ่น
ดัชนีความคล้าย ( CS ) โดยใช้สมการ ( เดอ errasti et al .
2010 ) : CS ¼ 2C / ( þ B ) ที่เป็นหมายเลขของชนิดที่พบใน
เว็บไซต์ ( ในกรณีนี้ , เนื้อเยื่อพืช ) , B คือ จำนวน ชนิด
เว็บไซต์ B ( ในกรณีนี้ , เนื้อเยื่อพืช B และ C จำนวนของสายพันธุ์ที่ใช้ร่วมกันโดยทั้งสอง

เปลี่ยนกระดาษทิชชู่ ลำดับนิวคลีโอไทด์จำนวน
ชนิดของเชื้อราที่ได้รับในการศึกษาครั้งนี้ เป็นลำดับไว้บริเวณใต้ kc871033ekc871053 หมายเลขภาคยานุวัติ

และ kf558883ekf558885 . เชื้อรา pks
ยีน ลำดับได้ถูกส่งไปยัง 5% ภายใต้การตัวเลข kf877723ekf877731
.

ซึ่งเป็นผลการวิเคราะห์ culturable ราเอนโดไฟต์ในข้าว

rufipogon ทั้งหมด 229 แยกเชื้อราเอนโดไฟท์ที่แยกได้จาก
เนื้อเยื่อต่าง ๆผลการศึกษาพบว่าเมล็ดมีจำนวนสูงสุด
ของราเอนโดไฟต์ ( 102 isolates , ตาม
ด้วยใบ ( 46 ไอโซเลท ) , รากและลำต้น ( 45 ไอโซเลท ( 36 ไอโซเลต )
( ตารางที่ 1 ) เมล็ดยังสูงกว่า CF และ IR มากกว่า
เนื้อเยื่ออื่น ๆและแม้กระทั่งพืชทั้งหมด กองทัพของต้นได้มากกว่าสายพันธุ์รา

รวย , ตามที่ระบุโดย H0 dmn และ ( ตารางที่ 1 )เหล่านี้บ่งชี้ว่าเมล็ด
อาจให้ขึ้นเฉพาะหรือเพิ่มเติมรายการและอาณานิคม
เจาะรา . ขึ้นอยู่กับความรู้ของเราปัจจุบันของชีววิทยาของราเอนโดไฟต์

หลักฐาน , จำกัด สามารถใช้อธิบายปรากฏการณ์ .
จากระเบิด และการวิเคราะห์ ซึ่งใช้
rDNA ของลำดับของ 24 morphotypes
ผู้แทนราเลือกตามลักษณะทางสัณฐานวิทยาของเชื้อราเอนโดไฟท์ , culturable

ชุมชนได้รับมอบหมายให้ตารางที่ 1 E อาณานิคมแยกสายพันธุ์ , ความมั่งคั่งและ
หลายอัตราการติดเชื้อของราเอนโดไฟต์ที่แยกแต่ละ
สุขภาพเนื้อเยื่อของ rufipogon O .

ใบต้นรากเมล็ดพารามิเตอร์ทั้งหมดของกลุ่มตัวอย่าง 120 120 120 120 หมายเลข 480
ไม่เลท

หาย 45 36 46 102 229

ไม่ตัวอย่างกับสายพันธุ์
41 31 37 81 190
ความถี่อาณานิคม
( CF )
0.34 0.26 0.31 0.67 0.40
อัตราการแยก ( IR ) ดัชนี 0.37 0.48 0.38 ถึง 0.85 ( H0

แชนนอนความหลากหลาย
)

menhinick เท่ากับ 0.70 0.40 1.12 2.79 ของดัชนี ( dmn )

และ 0.83 ตาม 0.69 1.59
4 Y Wang et al .
funbio608_proof ■ 27 สิงหาคม 2015 ■ 4 / 14
1
2
3
4
5
6
7
8
9



10 11 12 13 14 15 16






17 18 19 20 21 22 23




25 24



ที่ 26 27 28 29 30 31 32






33 34 35 36 37 38





39 40 41 42 43 44 45






46 47 48 49 50 51 52






53 54 55 56 57 58 59






60 61 62 63 64 65 66





67 68 69 70

71 72 73 74






75 76 77 78 79 80 81






82 83 84 85 86 87 88






89 90 91 92 93 94 95






96 97 98 99 100 101 102



103 104 105 106






107 108 109 110 111 112 113






114 115 116 117 118 119 120






121 122 123 124 125




126 127 128 129 130

โปรดอ้างอิงบทความนี้ในหนังสือพิมพ์ : หวัง Y , et al . ,ความหลากหลายของ culturable ราเอนโดไฟต์ใน Dongxiang ข้าวป่า
( ข้าว rufipogon กริฟ ) การตรวจหายีนโพลีคีไทด์ซินเทสและการวิเคราะห์กิจกรรมของเชื้อราปฏิปักษ์ ชีววิทยา ( 2015 )
HTML5