2.4. DNA extraction and molecular p

2.4. DNA extraction and molecular phylogenetic analyses using
16S rRNA gene sequence
Genomic DNA was isolated from C1 strain following the
method of Johnson (1994). The 16S rDNA genes was amplified
with broadly conserved bacterial 16s rDNA primers SSU16s-F
(50-AAC TCC TAC GGG AGG CAG CAG-30) and SSU16s-R
(50-AAG GAC TAC CAG GGT ATC TAA TCC-30) which
yielded PCR products of about 0.4 Kb (Wilmotte et al., 1993).
The nucleotide sequences of the amplified small subunit rRNA
genes were determined bidirectionally with same SSU 16s primers
according to Shaikh and Tarr (2003).Acontinuous stretch of
415-nucleotide 16S rRNA gene sequences was used to search for
similar sequences from RDP database site. After confirmation
of generic affiliation, sequences from type strains of different
species were retrieved from NCBI GenBank. A phylogenetic
tree was constructed showing relationship between C1 strain
and other reference strains by neighbor joining (NJ) method
with Jukes and Cantor correction using TREECON software
as described by Saha and Chakrabarti (2006).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4. DNA สกัดและวิเคราะห์ทางโมเลกุลโดยใช้16S rRNA ยีนลำดับออกดีเอ็นเอที่ถูกแยกจากสายพันธุ์ C1 ต่อการวิธีของจอห์นสัน (1994) แก้ไขขยายยีน 16S rDNAพร้อมอนุรักษ์อย่างกว้างขวางแบคทีเรีย 16s rDNA ไพรเมอร์ SSU16s-F(50-AAC TCC TAC GGG AGG CAG CAG-30) และ SSU16s-R(50-เอเอจี GAC TAC CAG GGT ATC ท่า TCC-30) ซึ่งผลผลิตภัณฑ์ PCR ประมาณ 0.4 กิโล (Wilmotte et al. 1993)ลำดับนิวคลีโอไทด์ของย่อยขนาดเล็กที่ขยาย rRNAยีนที่กำหนด bidirectionally ด้วยไพรเมอร์ SSU 16s เดียวตามอ่านและ Tarr (2003) Acontinuous ยืดของลำดับ 415-นิวคลีโอไทด์ 16S rRNA ยีนถูกใช้เพื่อค้นหาลำดับที่คล้ายกันจากเว็บไซต์ฐานข้อมูล RDP หลังจากยืนยันทั่วไปสังกัด ลำดับจากชนิดพันธุ์อื่นสายพันธุ์ถูกเรียกจาก NCBI GenBank เป็นผลสร้างแผนภูมิแสดงความสัมพันธ์ระหว่างสายพันธุ์ C1และอื่น ๆ สายพันธุ์อ้างอิง โดยเพื่อนบ้านเข้าร่วมวิธี (NJ)Jukes และคันทอร์แก้โดยใช้ซอฟต์แวร์ TREECONตามที่อธิบายไว้ โดย Chakrabarti (2006) และบริษัทสห

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 สกัดดีเอ็นเอและโมเลกุล phylogenetic วิเคราะห์โดยใช้
ยีน 16S rRNA
Genomic DNA ถูกแยกออกจากสายพันธุ์ C1 ต่อไปนี้
วิธีการของจอห์นสัน (1994) ยีน 16S rDNA ถูกขยาย
ด้วยการอนุรักษ์กว้าง 16s แบคทีเรีย rDNA ไพรเมอร์ SSU16s-F
(50-AAC ทีซีซีแทค GGG AGG CAG CAG-30) และ SSU16s-R
(50 AAG GAC TAC CAG GGT ATC TAA TCC-30) ซึ่ง
ให้ผล PCR ผลิตภัณฑ์จากประมาณ 0.4 Kb (Wilmotte et al., 1993).
ลำดับเบสของการขยายขนาดเล็ก subunit rRNA
ยีนได้รับการพิจารณาสองทิศทางเดียวกับซุ 16s ไพรเมอร์
ตามที่เชคและ Tarr (2003) ยืด .Acontinuous ของ
415-16S rRNA เบสของยีน ลำดับที่ถูกใช้ในการค้นหา
ลำดับที่คล้ายกันจากเว็บไซต์ฐานข้อมูล RDP หลังจากการยืนยัน
ของความร่วมมือทั่วไปลำดับจากประเภทสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน
ชนิดที่ดึงมาจาก NCBI GenBank phylogenetic
ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นแสดงให้เห็นความสัมพันธ์ระหว่างความเครียด C1
และสายพันธุ์อื่น ๆ โดยการอ้างอิงเพื่อนบ้านเข้าร่วม (NJ) วิธีการ
ที่มีจุกส์และแคนเทอร์การแก้ไขการใช้ซอฟต์แวร์ TREECON
ตามที่อธิบายไว้โดยเครือสหพัฒน์และ Chakrabarti (2006)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . การสกัดดีเอ็นเอและโมเลกุล ซึ่งวิเคราะห์โดยใช้ลำดับของยีน 16S rRNAดีเอ็นเอได้จากสายพันธุ์ต่อไปนี้ :วิธีของ Johnson ( 1994 ) ช่วง 16S rDNA ยีนคืออัตรากับแบคทีเรียชนิด ssu16s-f 16S rDNA ( อนุรักษ์( 50-aac ทีซีซีแทค GGG agg CAG cag-30 ) และ ssu16s-r( 50-aag แก๊ก TAC และ ATC ก่อนทา tcc-30 ) ซึ่งให้ผล PCR ผลิตภัณฑ์ประมาณ 0.4 kb ( wilmotte et al . , 1993 )การลำดับนิวคลีโอไทด์ของแบคทีเรียย่อยขนาดเล็กในปัจจุบันยีนที่ถูกกำหนด bidirectionally เดียวกัน ( โดยซื่อตามเชค และทาร์ ( 2003 ) . ระหว่างยืดของลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน 16S rRNA 415 ถูกใช้เพื่อค้นหาจากฐานข้อมูลของเว็บไซต์ที่คล้ายกันลำดับเพลง . หลังจากยืนยันความร่วมมือทั่วไป ลำดับ ชนิดสายพันธุ์ต่าง ๆชนิด ที่ดึงมาจาก ncbi ขนาด . ซึ่งเป็นต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นแสดงความสัมพันธ์ระหว่าง C1 เมื่อยและสายพันธุ์อ้างอิงโดยเพื่อนบ้านร่วม ( NJ ) วิธีด้วยการใช้ซอฟต์แวร์ treecon เกอจูกส์และตามที่อธิบายไว้โดยบริษัท สห และ chakrabarti ( 2006 )