To develop custom cDNA microarray f

To develop custom cDNA microarray for specific crops: The spotted cDNA microarrays are useful for those non-model systems, because they do not require previous knowledge of genomic sequences. While genome expression analysis may still be difficult using this technology, due to some limitations with the source clones and in fabrication, it provides a quick way to analyze gene expression at the transcription level in parallel. In addition, for species with a high polymorphism frequency in their genome, such as in maize, the larger probes used in the spotted DNA microarray are superior to the oligonucleotide probes used in GeneChip microarray when comparing expression data among different varieties. A system with high-throughput potential was established for custom cDNA microarrays in our facility. This system includes Tecan robotic liquid handling systems for probe normalization and re-arraying; a GeneMachine OmniGrid arrayer with plate hotels and a server arm for high-speed printing; a GenomicSolution GeneTAC an automatic hybridization station for consistent hybridization and washing; a Packard ScanArray5000 with automatic slide loader for slide scanning; and BioDiscovery's ImaGene software for image-processing with batch mode capacity. With this system, a set of high-density maize genome arrays was developed and used for various projects. The set consists of two arrays; each with 20,000 elements represented 10,000 genes. The performance of these arrays is summarized in Table 2.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พัฒนา microarray cDNA ที่กำหนดเองสำหรับพืชเฉพาะ: microarrays cDNA ด่างมีประโยชน์สำหรับระบบแบบจำลอง เพราะพวกเขาไม่ต้องรู้ก่อนหน้าของ genomic ลำดับ ในขณะที่การวิเคราะห์จีโนมนิพจน์อาจจะยาก ใช้เทคโนโลยีนี้ เนื่องจากข้อจำกัดบางประการกับต้น clones และประดิษฐ์ จะให้วิธีรวดเร็วในการวิเคราะห์ยีนที่ระดับ transcription ควบคู่กัน นอกจากนี้ สำหรับสปีชีส์ที่มีความถี่สูงโพลิมอร์ฟิซึมในกลุ่มของพวกเขา เช่นในข้าวโพด คลิปปากตะเข้ใหญ่ที่ใช้ในการด่าง DNA microarray ได้เหนือกว่าคลิปปากตะเข้ oligonucleotide ที่ใช้ GeneChip microarray เมื่อเปรียบเทียบข้อมูลนิพจน์ระหว่างสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน ระบบที่ มีศักยภาพสูงสามารถประมวลผลได้ก่อตั้งขึ้นสำหรับ microarrays cDNA ที่กำหนดเองในสถานที่ของเรา ระบบนี้ประกอบด้วย Tecan เหลวหุ่นยนต์จัดการระบบการฟื้นฟูโพรบและอีก arraying arrayer GeneMachine OmniGrid ด้วยจานโรงแรมและแขนเซิร์ฟเวอร์สำหรับการพิมพ์ความเร็วสูง GenomicSolution GeneTAC สถานี hybridization อัตโนมัติการ hybridization ที่สอดคล้องกันและซักผ้า Packard ScanArray5000 กับโหลดภาพนิ่งอัตโนมัติสำหรับการสแกนภาพนิ่ง และของ BioDiscovery ImaGene ซอฟต์แวร์สำหรับการประมวลผลภาพด้วยชุดโหมดกำลัง ด้วยระบบนี้ ชุดของอาร์เรย์จีโนม high-density ข้าวโพดถูกพัฒนา และใช้ในโครงการต่าง ๆ ชุดประกอบด้วยอาร์เรย์สอง ละ 20000 องค์แสดงยีน 10000 ประสิทธิภาพการทำงานของอาร์เรย์นี้จะสรุปในตารางที่ 2

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อพัฒนา microarray ยีนที่กำหนดเองสำหรับพืชเฉพาะการ microarrays cDNA เห็นจะมีประโยชน์สำหรับผู้ที่ระบบที่ไม่รุ่นเพราะพวกเขาไม่จำเป็นต้องมีความรู้ก่อนของลำดับจีโนม ในขณะที่การวิเคราะห์การแสดงออกของจีโนมอาจจะยังคงเป็นเรื่องยากที่ใช้เทคโนโลยีนี้เนื่องจากข้อ จำกัด บางอย่างกับโคลนแหล่งที่มาและในการผลิตก็มีวิธีที่รวดเร็วในการวิเคราะห์การแสดงออกของยีนในระดับถอดความในแบบคู่ขนาน นอกจากนี้สำหรับสายพันธุ์ที่มีความถี่แตกต่างในระดับสูงในจีโนมของพวกเขาเช่นข้าวโพดที่ยานสำรวจขนาดใหญ่ที่ใช้ในดีเอ็นเอ microarray ด่างจะดีกว่ายานสำรวจ oligonucleotide ที่ใช้ใน microarray GeneChip เมื่อเปรียบเทียบข้อมูลการแสดงที่แตกต่างกันระหว่างพันธุ์ ระบบที่มีศักยภาพสูงผ่านก่อตั้งขึ้นเพื่อ microarrays cDNA ที่กำหนดเองในสถานที่ของเรา ระบบนี้รวมถึงของเหลว Tecan หุ่นยนต์ระบบการจัดการสำหรับการฟื้นฟูและการสอบสวนอีกครั้ง arraying; GeneMachine OmniGrid arrayer มีโรงแรมและแผ่นแขนเซิร์ฟเวอร์สำหรับการพิมพ์ความเร็วสูง GenomicSolution GeneTAC สถานีผสมพันธุ์อัตโนมัติสำหรับการผสมพันธุ์ที่สอดคล้องกันและซักผ้า; ScanArray5000 Packard กับรถตักดินสไลด์อัตโนมัติสำหรับการสแกนสไลด์; และซอฟต์แวร์ Imagene BioDiscovery สำหรับการประมวลผลภาพที่มีความจุโหมดแบทช์ ด้วยระบบนี้ชุดของความหนาแน่นสูงอาร์เรย์ข้าวโพดจีโนมได้รับการพัฒนาและใช้สำหรับโครงการต่างๆ ชุดประกอบด้วยสองอาร์เรย์; แต่ละคนมีองค์ประกอบที่เป็นตัวแทนของ 20,000 10,000 ยีน ประสิทธิภาพการทำงานของอาร์เรย์เหล่านี้จะถูกสรุปไว้ในตารางที่ 2

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พัฒนาที่กำหนดเองสำหรับพืช : cDNA microarray เฉพาะสายพันธุ์ที่มีประโยชน์สำหรับผู้ที่เห็นการแสดงแบบไม่มีระบบ เนื่องจากพวกเขาไม่ต้องใช้ความรู้เดิมของจีโนมลำดับดีเอ็นเอ ในขณะที่การวิเคราะห์การแสดงออกทางพันธุกรรมอาจจะยากที่ใช้เทคโนโลยีนี้ เนื่องจากข้อจำกัดกับแหล่งโคลนและสร้างมันมีวิธีที่รวดเร็วเพื่อวิเคราะห์การแสดงออกของยีนที่ระดับ transcription ในแบบคู่ขนาน นอกจากนี้ สำหรับชนิดที่มีความถี่สูง ) ในจีโนมของตนเอง เช่น ข้าวโพด ขนาดฟิวส์ที่ใช้ในด่างดีเอ็นเอ microarray เหนือกว่า ซึ่งวิธีการที่ใช้ใน genechip microarray เมื่อเปรียบเทียบข้อมูลการแสดงออกของสายพันธุ์ที่แตกต่างกันเป็นระบบที่มีศักยภาพช่วยก่อตั้งขึ้นสำหรับการแสดงที่กำหนดเอง cDNA ในสถานที่ของเรา ระบบนี้ประกอบด้วยระบบการจัดการของเหลวสำหรับการฟื้นฟู TECAN หุ่นยนต์สำรวจและ arraying ; genemachine omnigrid arrayer กับโรงแรมจานและเซิร์ฟเวอร์ที่แขนเพื่อการพิมพ์ความเร็วสูง ; genomicsolution genetac อัตโนมัติสถานีเบสเบสที่สอดคล้องกันและการล้างเป็นแพ็คการ์ด scanarray5000 กับโหลดอัตโนมัติสำหรับการสแกนสไลด์ และ biodiscovery เป็น imagene ซอฟต์แวร์สำหรับการประมวลผลภาพด้วยรองรับโหมดแบทช์ ระบบนี้เป็นชุดของ high-density ข้าวโพดจีโนมอาร์เรย์เป็นโปรแกรมที่ใช้สำหรับโครงการต่าง ๆ ในชุดประกอบด้วยสององค์ประกอบอาร์เรย์ ; แต่ละ , แสดง , 000 ยีนประสิทธิภาพของอาร์เรย์เหล่านี้ได้สรุปไว้ในตารางที่ 2