Using next-generation sequencing to

Using next-generation sequencing to probe epigenetic landscapes: Although single-base changes in DNA
methylation are clearly relevant to the transcriptional status of individual genes, the true power of this approach
for pharmacotherapeutics comes from understanding DNA methylation principles across the entire genome. This
ability not only enables the determination of potential off-target effects of a DNA methylation–related drug but also
provides the opportunity to screen for and select new genetic or epigenetic targets for drug treatment. The advent of
massively parallel next-generation sequencing platforms has made this idea a concrete reality, and it is now entirely
feasible to sequence the entire methylome and transcriptome from neuronal populations to understand the precise
functional relationship between DNA methylation and gene expression (48–52). As a practical matter, researchers
should consider several issues, both in terms of which sequencing approach to use (53, 54) and how to interpret and
analyze the resulting data (55). For example, sequencing approaches that rely on immunoprecipitation or capture of
methylated DNA have proved to provide good genomic coverage and are relatively cheap, but they lack single-base
resolution. Likewise, approaches that involve bisulfite conversion of DNA provide exquisitely detailed single-
nucleotide methylation maps but can be more expensive to generate and are bioinformatically more challenging
because of the reduced complexity of DNA after conversion. Nevertheless, sequencing-based methylation assays
have yielded enormous insights into the role of DNA methylation in the brain and will be required for therapeutic
targeting of DNA methylation.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ใช้รุ่นต่อไปลำดับหยั่ง epigenetic ภูมิประเทศ: แม้ว่าฐานเดียวที่มีการเปลี่ยนแปลงในดีเอ็นเอปรับเกี่ยวข้องอย่างชัดเจนกับ transcriptional สถานะของแต่ละยีน อำนาจแท้จริงของวิธีการนี้สำหรับ pharmacotherapeutics มาเข้าใจหลักการปรับ DNA ในกลุ่มทั้งหมด นี้ความสามารถไม่เพียงแต่ช่วยให้กำหนดศักยภาพออกจากเป้าหมายผลของยาปรับเกี่ยวกับดีเอ็นเอแต่ยังมีโอกาสจอสำหรับ และเลือกเป้าหมาย epigenetic หรือพันธุกรรมใหม่สำหรับรักษายาเสพติด การถือกำเนิดแพลตฟอร์มลำดับรุ่นต่อไปพร้อมกันอย่างหนาแน่นได้ความคิดนี้เป็นจริงคอนกรีต และมีทั้งหมดสามารถลำดับทั้ง methylome และ transcriptome จากประชากร neuronal เข้าใจแม่นยำความสัมพันธ์ที่ทำงานระหว่างปรับยีน (48-52) เป็นเรื่องจริง นักวิจัยควรพิจารณาประเด็นต่าง ๆ ทั้งในแง่ของที่จัดลำดับวิธีการใช้ (53, 54) และวิธีการตีความ และวิเคราะห์ข้อมูลผลลัพธ์ (55) ตัวอย่าง วิธีลำดับที่พึ่ง immunoprecipitation หรือจับได้พิสูจน์ให้คลุมดี genomic methylated DNA และมีราคาค่อนข้างถูก แต่พวกเขาขาดฐานเดียวความละเอียด ในทำนองเดียวกัน วิธีที่เกี่ยวข้องกับการแปลง bisulfite ของดีเอ็นเอให้ละเอียดประณีตเดียว-นิวคลีโอไทด์ปรับแผนที่เป็นการสร้าง และ bioinformatically เป็นสิ่งที่ท้าทายมากขึ้นแต่เพราะความซับซ้อนน้อยลงของ DNA หลังจากการแปลง อย่างไรก็ตาม assays ปรับตามลำดับมีผลลึกสมองปรับบทบาทใหญ่หลวง และจะต้องรักษาการกำหนดเป้าหมายของการปรับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ใช้ลำดับรุ่นต่อไปการสอบสวนภูมิทัศน์ epigenetic: แม้ว่าการเปลี่ยนแปลงฐานเดียวใน DNA
methylation
เห็นได้ชัดว่ามีความเกี่ยวข้องกับสถานะการถอดรหัสของยีนแต่ละพลังที่แท้จริงของวิธีการนี้สำหรับเภสัชมาจากความเข้าใจหลักการmethylation ดีเอ็นเอในจีโนมทั้งหมด นี้ความสามารถไม่เพียง แต่จะช่วยให้การตัดสินใจของผลกระทบที่อาจเกิดขึ้นนอกเป้าหมายของยาเสพติดที่เกี่ยวข้องกับ methylation ดีเอ็นเอ แต่ยังให้โอกาสในการคัดกรองและเลือกเป้าหมายทางพันธุกรรมหรือepigenetic ใหม่สำหรับการรักษายาเสพติด การถือกำเนิดของอย่างหนาแน่นขนานลำดับแพลตฟอร์มรุ่นต่อไปได้ทำให้ความคิดนี้เป็นความจริงที่เป็นรูปธรรมและเป็นอยู่ในปัจจุบันอย่างสิ้นเชิงไปได้ที่จะลำดับmethylome ทั้งหมดและยีนจากประชากรเส้นประสาทที่จะเข้าใจได้อย่างแม่นยำความสัมพันธ์ระหว่างการทำงานmethylation ดีเอ็นเอและการแสดงออกของยีน (48-52 ) เป็นเรื่องจริงที่นักวิจัยควรพิจารณาหลายประเด็นทั้งในแง่ของวิธีการที่จะใช้ลำดับ (53, 54) และวิธีการตีความและการวิเคราะห์ข้อมูลที่เกิดขึ้น(55) ตัวอย่างเช่นวิธีการจัดลำดับที่พึ่งพา immunoprecipitation หรือการจับตัวของดีเอ็นเอสารได้พิสูจน์แล้วว่าให้ความคุ้มครองที่ดีและจีโนมจะค่อนข้างถูกแต่พวกเขาขาดฐานเดียวละเอียด ในทำนองเดียวกันวิธีการที่เกี่ยวข้องกับการแปลงไฟ bisul เต้ดีเอ็นเอให้รายละเอียดอย่างประณีตเดียวแผนที่methylation เบื่อหน่าย แต่จะมีราคาแพงมากขึ้นในการสร้างและ bioinformatically ท้าทายมากขึ้นเพราะการลดความซับซ้อนของดีเอ็นเอหลังจากการแปลง อย่างไรก็ตามลำดับตามการตรวจ methylation มีผลข้อมูลเชิงลึกอย่างมากในบทบาทของดีเอ็นเอ methylation ในสมองและจะได้รับการรักษาที่จำเป็นสำหรับการกำหนดเป้าหมายของดีเอ็นเอmethylation

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การจัดลำดับรุ่นตรวจภูมิประเทศ Epigenetic : ถึงแม้ว่าการเปลี่ยนแปลงดีเอ็นเอ methylation ฐานเดียว
จะชัดเจนที่เกี่ยวข้องกับสถานะของยีน particle บุคคล พลังที่แท้จริงของแนวคิดนี้มาจากความเข้าใจหลักการ
สำหรับ pharmacotherapeutics methylation ดีเอ็นเอในจีโนมทั้งหมด นี้
ความสามารถไม่เพียง แต่ช่วยให้กำหนดเป้าหมายที่มีศักยภาพจากผลของ DNA methylation และเกี่ยวข้องกับยาเสพติด แต่ยัง
ให้โอกาสหน้าจอและเลือกเป้าหมายทางพันธุกรรม Epigenetic ใหม่หรือยารักษาโรค การมาถึงของ
ขนาน massively ลำดับรุ่นแพลตฟอร์ม ทำให้ความคิดนี้ ความเป็นจริงที่เป็นรูปธรรม และตอนนี้ทั้งหมด
ลำดับ methylome เป็นไปได้ทั้งหมดและทราน ริปโตมจากประชากรและเข้าใจความสัมพันธ์การทำงานที่ชัดเจนระหว่าง methylation ดีเอ็นเอและการแสดงออกของยีน
( 48 - 52 ) เป็นเรื่องจริง นักวิจัย
ควรพิจารณาหลายประเด็น ทั้งในแง่ของการเข้าถึงที่ใช้ ( 53 , 54 ) และวิธีการตีความและวิเคราะห์ผลข้อมูล
( 55 ) ตัวอย่างเช่นลำดับวิธีที่อาศัย immunoprecipitation หรือจับ
methylated ดีเอ็นเอได้พิสูจน์ให้ความคุ้มครองอย่างดีและค่อนข้างราคาถูก แต่พวกเขาขาดความละเอียด ฐาน
โสด อนึ่ง วิธีการที่เกี่ยวข้องกับ bisul จึงเท แปลงดีเอ็นเอให้รายละเอียดเดียว -
อย่างประณีตเบสจากแผนที่ แต่จะมีราคาแพงมากขึ้นเพื่อสร้างและท้าทาย
bioinformatically มากขึ้นเพราะลดความซับซ้อนของ DNA หลังจากการแปลง อย่างไรก็ตาม การใช้ร่างกายได้ผลมหาศาล
ตามความเข้าใจในบทบาทของดีเอ็นเอเมทิลเลชั่นใน สมอง และจะต้องใช้สำหรับการกำหนดเป้าหมายของ DNA methylation

.