Molecular techniques offer an alter

Molecular techniques offer an alternative to time-consuming traditional methods of faunal
identification based onmorphology. The first stage in developing amolecular technique is to
have a robust method to extract DNA. Here methods are assessed using nematodes as a
model faunal group. A traditional DNA extraction, with proteinase K digestion followed by
phenol chloroform extraction; sodium hydroxide extraction; and physical disruption, fol-
lowed by utilisation of one of four proprietary PCR purification kitswere tested for nematode
DNA extraction. Nematode communities were isolated from a range of habitats (arable
agriculture, sand dune, coniferous forest, permanent pasture andmoorland). Template DNA
concentration was measured and PCR-amplification performed to test the suitability of the
extracts for downstream molecular applications. DNA extraction with phenol chloroform
purification consistently yielded high-quality template DNA as did the DNA extraction
followed by the Purelink PCR purification kit. T-RFLP based on a single enzyme digest
was sufficient to discriminate between nematode communities extracted from all five
habitats. In addition, T-RFLP demonstrated that there was little difference in perceived
nematode community composition following amplification of DNA extract purified through
either the Qiaquick or Purelink kits. Physical disruption of tissue followed by purification
through a kit provides a rapid, reliable and relatively inexpensivemethod of DNA extraction,
yielding high-quality template. We suggest that kit suitability should be tested for each
habitat under investigation as there may be a limited bias between kits for the community
DNA extracted. Application of high-throughput molecular techniques to soil microfauna
increases their potential to be used as indicators in routine monitoring of soil health.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เทคนิคโมเลกุลมีทางเลือกใช้วิธีแบบดั้งเดิม faunalidentification โดย onmorphology first ในการพัฒนาเทคนิค amolecular เป็นการมีวิธีการมีประสิทธิภาพการแยกดีเอ็นเอ ที่นี่วิธีจะประเมินการใช้ nematodes เป็นการรุ่น faunal กลุ่ม สกัดดีเอ็นเอแบบดั้งเดิม กับย่อยอาหาร proteinase K ตามด้วยวางคลอโรฟอร์มสกัด โซเดียมไฮดรอกไซด์สกัด และทางกายภาพ ทรัพย fol-lowed โดยการจัดสรรของหนึ่งในสี่เป็นกรรมสิทธิ์ PCR purification kitswere ทดสอบนีมาโทดาการสกัดดีเอ็นเอ นีมาโทดาชุมชนถูกแยกจาก (เพาะปลูกอยู่อาศัยเกษตร โขด ป่าเริ่ม พาสเจอร์ถาวร andmoorland) แม่แบบดีเอ็นเอเป็นวัดความเข้มข้น และ PCR-amplification ทำการทดสอบความเหมาะสมของการสารสกัดสำหรับปลายน้ำโมเลกุล สกัดดีเอ็นเอ ด้วยคลอโรฟอร์มวางpurification หาดีเอ็นเอต้นแบบคุณภาพให้อย่างสม่ำเสมอเป็นได้สกัดดีเอ็นเอตาม ด้วยชุด purification Purelink PCR T-RFLP ตามย่อยเอนไซม์เดียวได้ sufficient เหยียดระหว่างชุมชนนีมาโทดาสกัดจาก five ทั้งหมดอยู่อาศัย , T-RFLP แสดงว่า มีความแตกต่างเล็กน้อยในการรับรู้องค์ประกอบชุมชนนีมาโทดา amplification purified สกัดดีเอ็นเอผ่านต่อไปนี้ชุด Qiaquick หรือ Purelink ทรัพยทางกายภาพของเนื้อเยื่อตาม purificationผ่านชุดการแสดงอย่างรวดเร็ว เชื่อถือได้และค่อนข้าง inexpensivemethod สกัดดีเอ็นเอผลผลิตมีคุณภาพสูงต้นแบบ เราขอแนะนำว่า ควรทดสอบความเหมาะสมชุดสำหรับแต่ละภายใต้การตรวจสอบที่มีที่อยู่อาศัยอาจจะอคติจำกัดระหว่างชุดสำหรับชุมชนดีเอ็นเอที่สกัด โปรแกรมประยุกต์เทคนิคโมเลกุลสูงสูงดิน microfaunaเพิ่มศักยภาพของพวกเขาที่จะใช้เป็นตัวบ่งชี้ในการตรวจสอบเป็นประจำสุขภาพดิน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เทคนิคโมเลกุลมีทางเลือกที่จะใช้เวลานานวิธีการดั้งเดิมของ faunal
ไอออนบวกสายระบุตาม onmorphology ไฟขั้นตอนแรกในการพัฒนาเทคนิค amolecular
คือการมีวิธีการที่มีประสิทธิภาพในการสกัดดีเอ็นเอ นี่คือวิธีการที่ได้รับการประเมินโดยใช้ไส้เดือนฝอยเป็นรูปแบบกลุ่ม faunal
การสกัดดีเอ็นเอแบบดั้งเดิมที่มีการย่อยอาหารโปร K
ตามด้วยฟีนอลสกัดคลอโรฟอร์ม; โซเดียมไฮดรอกไซสกัด; และการหยุดชะงักทางกายภาพไปนี้
lowed โดยการใช้ประโยชน์จากหนึ่งในสี่ที่เป็นกรรมสิทธิ์ของ PCR Puri ไอออนบวกสาย kitswere
ไส้เดือนฝอยทดสอบการสกัดดีเอ็นเอ ไส้เดือนฝอยชุมชนที่แยกได้จากช่วงที่อยู่อาศัย
(เพาะปลูกการเกษตรเนินทรายป่าต้นสนandmoorland ทุ่งหญ้าถาวร) ดีเอ็นเอแม่แบบเข้มข้นวัดไอออนบวกและสาย PCR-ampli ดำเนินการในการทดสอบความเหมาะสมของสารสกัดสำหรับการใช้งานในระดับโมเลกุลปลายน้ำ การสกัดดีเอ็นเอด้วยคลอโรฟอร์มฟีนอลไอออนบวก Puri ไฟอย่างต่อเนื่องให้ผลดีเอ็นเอแม่แบบที่มีคุณภาพสูงเช่นเดียวกับการสกัดดีเอ็นเอตามด้วยPCR Purelink Puri ไฟชุดไอออนบวก T-RFLP อยู่บนพื้นฐานของเอนไซม์ย่อยเดียวถูกไฟSuf เพียงพอในการแยกแยะระหว่างชุมชนไส้เดือนฝอยที่สกัดจากสายได้ทุกที่อยู่อาศัย นอกจากนี้ T-RFLP แสดงให้เห็นว่ามีความแตกต่างเพียงเล็กน้อยในการรับรู้องค์ประกอบชุมชนของไส้เดือนฝอยต่อไปนี้สายampli ไอออนของสารสกัดดีเอ็นเอ Puri เอ็ดสายผ่านทั้งQiaquick หรือชุด Purelink การหยุดชะงักทางกายภาพของเนื้อเยื่อตามด้วยไอออนบวก Puri สายผ่านชุดให้อย่างรวดเร็วและเชื่อถือได้และค่อนข้างinexpensivemethod ของการสกัดดีเอ็นเอผลผลิตแม่แบบที่มีคุณภาพสูง เราขอแนะนำให้เหมาะสมชุดควรจะทดสอบสำหรับแต่ละที่อยู่อาศัยภายใต้การสอบสวนเป็นอาจจะมีอคติ จำกัด ระหว่างชุดสำหรับชุมชนดีเอ็นเอที่สกัด การประยุกต์ใช้เทคนิคโมเลกุลสูงผ่านการ microfauna ดินเพิ่มศักยภาพของพวกเขาที่จะใช้เป็นตัวชี้วัดในการตรวจสอบตามปกติของสุขภาพดิน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เทคนิคโมเลกุลเสนอทางเลือกที่จะนำวิธีการแบบดั้งเดิมของการ faunal
identi จึง onmorphology ตาม ขั้นตอนแรกในการพัฒนาจึงเป็นเทคนิค amolecular

มีวิธีการที่แข็งแกร่งเพื่อสกัดดีเอ็นเอ ที่นี่มีวิธีการประเมินการใช้ไส้เดือนฝอย เป็น faunal
แบบกลุ่ม การสกัดดีเอ็นเอแบบดั้งเดิม กับโปรตีนย่อยตามด้วย K
ฟีนอลคลอโรฟอร์มสกัด ;โซดาไฟ การสกัด และการกายภาพ สีขาว -
lowed โดยใช้หนึ่งในสี่ของกรรมสิทธิ์ PCR จึง kitswere ปุริการทดสอบการสกัดดีเอ็นเอตัวกลม

ชุมชน โดยแยกจากช่วงของที่อยู่อาศัย ( arable
การเกษตร , เนินทราย , coniferous ป่าถาวรฟาร์ม andmoorland )
ดีเอ็นเอแม่แบบความเข้มข้นวัดและ PCR ampli จึงทำการทดสอบความเหมาะสมในการใช้งานของ
สารสกัดโมเลกุลที่ปลายน้ำ การสกัดดีเอ็นเอกับฟีนอลจึงให้ผลบวกอย่างคลอโรฟอร์ม
ปุริดีเอ็นเอแม่แบบที่มีคุณภาพสูงเช่นเดียวกับการสกัดดีเอ็นเอ
ตามด้วย purelink PCR ปุริจึงบวกชุด t-rflp ขึ้นอยู่กับเอนไซม์ย่อยเดียว
คือซุฟจึง cient แบ่งแยกระหว่างชุมชน โดยสกัดจากทั้งหมดจึงได้
ที่อยู่อาศัย นอกจากนี้ t-rflp จะเห็นว่ามีความแตกต่างกันเล็กน้อยในการรับรู้ของชุมชนองค์ประกอบต่อไปนี้
ตัวกลม ampli จึงไอออนบวกของสกัดดีเอ็นเอ ภูริจึงเอ็ดผ่าน
ทั้ง qiaquick หรือ purelink ชนิดติดตั้งอิสระ การหยุดชะงักทางกายภาพของเนื้อเยื่อตามปุริจึงบวก
ผ่านชุดให้อย่างรวดเร็วเชื่อถือได้ และค่อนข้าง inexpensivemethod การสกัด DNA
ที่มีแม่แบบที่มีคุณภาพสูง เราแนะนำว่าควรใช้ชุดทดสอบแต่ละ
ที่อยู่ภายใต้การสอบสวน เช่น อาจมีการจำกัดอคติระหว่างอุปกรณ์สำหรับชุมชน
ดีเอ็นเอที่สกัดได้ การประยุกต์ใช้เทคนิคระดับโมเลกุลเพื่อช่วยดิน
ไมโครฟัวนาเพิ่มศักยภาพของตนเองเพื่อใช้เป็นดัชนีในการตรวจสอบตามปกติของสุขภาพของดิน