Karyotype analysisPrepared slides w

Karyotype analysis
Prepared slides were examined under a compound microscope under oil immersion lens (x 100). Photomicrographs were taken from the well spread preparations. All measurements were taken using the software ImajeJ (Abramoff et al., 2004) downloaded from http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html.
The following numerical values were measured for each investigated taxa
1) Total chromosome length (TCL)
2) Average chromosome length (ACL)
3) Arm ratio (AR) was calculated according to Kutarekar and Wanjari (1983) by the formula
AR = (Short arm length of the chromosome/ Long arm length of the chromosome)
The chromosomes having the arm ratio less than 0.51 were termed as subtelocentric (st), 0.51 to 0.75 as submetacentric (sm) and 0.76 to 1.0 as metacentric (m).
1) Disparity index (DI) was calculated according to Mohanty et al. (1991) by the formula Based on the data relating to the length, the idiograms were presented. The chromosomes were arranged according to their length, arm ratio and position of the secondary constrictions, if present.
Based on the karyotype data, a cluster analysis was carried out to examine karyotype similarity among species and varieties. For Allium cepa var. cepa, Allium sativum and Allium porrum, average values of the variables for all cultivars were used. A data matrix of 7 OTUs (operational taxonomic units) X 9 variables was used. The variables were TCL, ACL, TF %, DI, number of m, sm, st chromosomes and number of satellite pairs. To analyze data obtained from the binary matrices, the NTSYS-pc version 2.1 statistical package (Rohlf, 2000) was used. The similarity matrices were then used to construct dendrograms using Unweighted pair group method with arithmetic average (UPGMA) method. Cophenetic matrices were derived from the dendrograms using the COPH (cophenetic values) program and the goodness-of-fit of the clustering was calculated by comparing the original similarity matrices with the cophenetic value matrices using the Mantel matrix correspondence test (Mantel, 1967) in the MXCOMP program. Principal co-ordinate analysis (PCOORDA) was performed based on the similarity coefficient using DCENTER module to transform the symmetric similarity matrix to scalar product form and then EIGEN module was used to extract eigenvectors resulting into a two dimensional plot

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Karyotype วิเคราะห์ภาพนิ่งพร้อมถูกตรวจสอบภายใต้กล้องจุลทรรศน์สารประกอบภายใต้น้ำมันแช่เลนส์ (x 100) Photomicrographs ได้มาจากดีกระจายเตรียมการ ประเมินทั้งหมดถูกนำมาใช้ซอฟต์แวร์ที่ดาวน์โหลด ImajeJ (Abramoff et al., 2004) จาก http://rsbweb.nih.gov/ij/download.htmlถูกวัดค่าเป็นตัวเลขต่อไปนี้แต่ละ taxa investigated1) โครโมโซมรวมความยาว (เส้น)2) ค่าเฉลี่ยความยาวโครโมโซม (ACL)3) อัตราส่วนแขน (AR) คำนวณตาม Kutarekar และ Wanjari (1983) โดยใช้สูตรAR = (ความยาวแขนสั้นของโครโมโซม / แขนยาวของโครโมโซมยาว)Chromosomes มีอัตราส่วนแขนน้อยกว่า 0.51 ถูกเรียกว่าเป็น subtelocentric (st), 0.51 ถึง 0.75 submetacentric (sm) และ 0.76-1.0 เป็น metacentric (m)1) disparity ดัชนี (DI) ถูกคำนวณตาม Mohanty et al. (1991) โดยใช้สูตรตามข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับความยาว idiograms ได้นำเสนอ Chromosomes ถูกจัดเรียงตามความยาวของพวกเขา อัตราส่วนแขน และตำแหน่งของ constrictions รอง ถ้ามีตามข้อมูล karyotype วิเคราะห์คลัสเตอร์ถูกดำเนินการตรวจสอบ karyotype คล้ายชนิดและพันธุ์ สำหรับต้น cepa เพียง cepa, sativum ต้น และต้น porrum มีใช้ค่าเฉลี่ยของตัวแปรสำหรับพันธุ์ทั้งหมด ใช้เมทริกซ์ข้อมูลของตัวแปร X 9 (หน่วยอนุกรมวิธานงาน) OTUs 7 ตัวแปรถูกเส้น ACL, TF, DI จำนวน m, sm เซนต์ chromosomes และจำนวนดาวเทียมคู่ วิเคราะห์ข้อมูลที่ได้รับจากเมทริกซ์ฐานสอง มีใช้พีซี NTSYS เวอร์ชัน 2.1 สถิติแพคเกจ (Rohlf, 2000) เมทริกซ์คล้ายแล้วใช้สร้าง dendrograms โดยใช้วิธีกลุ่ม Unweighted คู่กับค่าเฉลี่ยเลขคณิต (UPGMA) วิธีการ เมทริกซ์ Cophenetic ซึ่ง dendrograms ใช้โปรแกรม COPH (ค่า cophenetic) และความดีของพอดีของคลัสเตอร์ถูกคำนวณ โดยการเปรียบเทียบเมทริกซ์คล้ายเดิมกับเมทริกซ์ค่า cophenetic ที่ใช้หิ้งเมตริกซ์ติดต่อทดสอบ (หิ้ง 1967) ในโปรแกรม MXCOMP วิเคราะห์หลักประสาน (PCOORDA) ได้ดำเนินการตามค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายโดยใช้โมดูล DCENTER เพื่อแปลงเมตริกซ์สมมาตรคล้ายกับฟอร์มผลิตภัณฑ์สเกลาร์แล้ว โมดู EIGEN ถูกใช้เพื่อแยกลักษณะเฉพาะที่เกิดในสองมิติพล็อต

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์โครโมโซม
สไลด์เตรียมถูกตรวจสอบภายใต้กล้องจุลทรรศน์ภายใต้เลนส์แช่น้ำมัน (x 100) photomicrographs ถูกนำมาจากการเตรียมการแพร่กระจายได้ดี วัดทั้งหมดถูกถ่ายโดยใช้ซอฟแวร์ ImajeJ (อับรามอ et al., 2004) ดาวน์โหลดจาก http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html.
ค่าตัวเลขต่อไปนี้เป็นวัดสำหรับแต่ละการตรวจสอบแท็กซ่า
1) ระยะเวลาในโครโมโซมรวม ( ทีซีแอล)
2) ระยะเวลาในโครโมโซมเฉลี่ย (ACL)
3) อัตราส่วนอาร์ม (AR) ที่คำนวณได้ตาม Kutarekar และ Wanjari (1983) โดยสูตร
AR = (ความยาวแขนสั้นของโครโมโซม / ความยาวแขนยาวของโครโมโซม)
มีโครโมโซม อัตราส่วนแขนน้อยกว่า 0.51 ได้รับการเรียกว่าเป็นชนิด subtelocentric (st), 0.51-0.75 เป็น submetacentric (SM) และ 0.76-1.0 เป็น metacentric (ม.)
1) ดัชนีความแตกต่าง (DI) ที่คำนวณได้ตาม Mohanty และคณะ (1991) โดยสูตรขึ้นอยู่กับข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับความยาว idiograms ถูกนำเสนอ โครโมโซมถูกจัดตามความยาวของพวกเขาแขนอัตราและตำแหน่งของ constrictions รองถ้าปัจจุบัน.
ขึ้นอยู่กับข้อมูล karyotype, การวิเคราะห์กลุ่มได้รับการดำเนินการในการตรวจสอบความคล้ายคลึงกันในหมู่ karyotype ชนิดและสายพันธุ์ สำหรับ Allium cepa var cepa, Allium sativum และ porrum Allium ค่าเฉลี่ยของตัวแปรสำหรับพันธุ์ทั้งหมดถูกนำมาใช้ เมทริกซ์ข้อมูลจาก 7 Otus (หน่วยอนุกรมวิธานการดำเนินงาน) X 9 ตัวแปรที่ถูกนำมาใช้ ตัวแปรที่มี TCL, ACL, TF% DI จำนวนมเอสเอ็ม, โครโมโซมเซนต์และจำนวนคู่ดาวเทียม ในการวิเคราะห์ข้อมูลที่ได้รับจากการฝึกอบรมไบนารีรุ่น NTSYS-pc 2.1 โปรแกรมสำเร็จรูปทางสถิติ (Rohlf, 2000) ถูกนำมาใช้ การฝึกอบรมความคล้ายคลึงกันถูกนำมาใช้เพื่อสร้าง dendrograms ใช้วิธีกลุ่มคู่ชั่งกับค่าเฉลี่ยเลขคณิต (UPGMA) วิธีการ เมทริกซ์ Cophenetic ได้รับจากการใช้ dendrograms COPH (ค่า cophenetic) โปรแกรมและคุณงามความดีของความพอดีของการจัดกลุ่มที่คำนวณได้จากการเปรียบเทียบการฝึกอบรมความคล้ายคลึงกันเดิมที่มีการฝึกอบรมค่าใช้ cophenetic หิ้งเมทริกซ์จดหมายทดสอบ (หิ้ง, 1967) ใน โปรแกรม MXCOMP ที่สำคัญการวิเคราะห์ประสาน (PCOORDA) กำลังดำเนินการอยู่บนพื้นฐานของค่าสัมประสิทธิ์ความคล้ายคลึงกันโดยใช้โมดูล DCENTER การแปลงเมทริกซ์สมมาตรความคล้ายคลึงกันในรูปแบบผลิตภัณฑ์สเกลาร์และจากนั้นโมดูล EIGEN ถูกใช้ในการดึง eigenvectors เกิดเป็นพล็อตสองมิติ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์จำแนก
เตรียมสไลด์ถูกตรวจสอบภายใต้กล้องจุลทรรศน์อย่างง่ายภายใต้น้ำมันแช่เลนส์ ( x 100 ) photomicrographs นำมาจากดีไปเตรียมการ ทั้งหมดการวัดการใช้ซอฟต์แวร์ imajej ( abramoff et al . , 2004 ) ดาวน์โหลดได้จาก http : / / rsbweb . NIH . gov / IJ / ดาวน์โหลด . html .
ต่อไปนี้ตัวเลขวัดค่าสำหรับแต่ละตรวจสอบซ่า
1 ) ความยาวรวมโครโมโซม ( TCL )
2 ) ความยาวเฉลี่ยของโครโมโซม ( ACL )
3 ) อัตราส่วนแขน ( AR ) คำนวณได้ตาม kutarekar และ wanjari ( 1983 ) โดยสูตร
Ar = ( ความยาวแขนสั้นของโครโมโซม / แขนยาวความยาวของโครโมโซม โครโมโซม มีอัตราส่วน )
แขนน้อย กว่าร้อยละเป็น termed เป็น subtelocentric ( ST ) เท่ากับ 0.75 เป็นซับเมตาเซนตริก ( SM ) และ 0.76 ถึง 1.0 เป็นเมตาเซนตริก (
m )1 ) ดัชนีความต่าง ( DI ) คำนวณได้ตาม mohanty et al . ( 1991 ) โดยสูตรตามข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับความยาว idiograms ถูกนำเสนอ โครโมโซม คือ เรียงตามความยาวของแขน อัตราส่วนและตำแหน่งของ constrictions ทุติยภูมิ ถ้าปัจจุบัน ตามข้อมูลใน
,การวิเคราะห์กลุ่ม มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาคาริโอไทป์ของความเหมือนชนิดและพันธุ์ สำหรับหอมหัวใหญ่พันธุ์ CEPA และ sativum เลี่ยมเลี่ยม porrum เฉลี่ยค่าของตัวแปรทุกพันธุ์ที่ใช้ ข้อมูล เมทริกซ์ของ 7 ( หน่วยปฏิบัติการในอนุกรมวิธาน ) x 9 ตัวแปรที่ใช้ ตัวแปร TCL , ACL , TF , DI , จํานวนของ M , SM , เซนต์ และจำนวนของโครโมโซมคู่ที่ดาวเทียมวิเคราะห์ข้อมูลที่ได้จากการผลิตไบนารี NTSYS pc รุ่น 2.1 โปรแกรมสำเร็จรูป ( rohlf , 2000 ) คือใช้ ความเหมือนของเมทริกซ์แล้วใช้เพื่อสร้าง dendrograms โดยใช้วิธีกลุ่มคู่กับค่าเฉลี่ยเลขคณิตถ่วงน้ำหนัก ( UPGMA ) วิธีcophenetic เมทริกซ์ได้มาจาก dendrograms ใช้ COPH ( ค่า cophenetic ) โปรแกรมและความสอดคล้องของการจัดกลุ่มถูกคำนวณโดยการเปรียบเทียบเมทริกซ์ความเหมือนเดิมที่มี cophenetic ค่าเมทริกซ์เมทริกซ์การใช้หิ้งแบบหิ้ง , 1967 ) ในโปรแกรม mxcomp .การวิเคราะห์พิกัดหลัก ( pcoorda ) คือการปฏิบัติตามค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนที่ใช้ dcenter โมดูลการแปลงเมทริกซ์สมมาตรในรูปแบบผลิตภัณฑ์ด้านความเหมือนและ eigen โมดูลที่ใช้ในการแยกเป็นสองมิติ เสนอให้แปลง