2.2. Phylogenetic Analyses 2.2.1. P

2.2. Phylogenetic Analyses
2.2.1. Parsimony Analyses
We identified MP trees in PAUP* 4.0b10 [45] using the parsimony ratchet [46]. Ratchet searches reweight a random subset of characters and conduct searches using those perturbed matrices, permitting a more thorough exploration of treespace (for a detailed explanation see Nixon [46]). For this study, the ratchet analyses used 100 iterations with 20% of informative characters perturbed and one tree held per iteration. To conduct the ratchet analyses, we used a C++ program (written by E.L.B.) that generates an appropriate PAUP* block. After conducting 100 ratchet iterations, the optimal trees were retained and tree bisection, and reconnection (TBR) branch swapping was conducted to identify the full set of MP trees. When we compared this strategy to a more typical tree search (random additions of taxa followed by TBR branch swapping), we found that the ratchet took a shorter amount of time and identified shorter trees. Ratchet bootstrap analysis used 500 replicates, each of which used 100 ratchet iterations, as described above, with the final swapping limited instead to 1,000 trees per bootstrap replicate.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.2 การวิเคราะห์วิวัฒนาการ
2.2.1 ประหยัดการวิเคราะห์
เราระบุต้นไม้ MP ใน PAUP * 4.0b10 [45] โดยใช้วงล้อตระหนี่ [46] ค้นหาวงล้อ reweight ย่อยสุ่มของตัวละครและการค้นหาโดยใช้การดำเนินการฝึกอบรมตกอกตกใจเหล่านั้นอนุญาตให้สำรวจอย่างละเอียดมากขึ้นของ treespace (สำหรับคำอธิบายรายละเอียดดูที่นิกสัน [46]) สำหรับการศึกษาครั้งนี้วงล้อวิเคราะห์ใช้ 100 ซ้ำกับ 20% ของตัวละครให้ข้อมูลตกอกตกใจและต้นไม้หนึ่งที่จัดขึ้นต่อซ้ำ เพื่อดำเนินการวิเคราะห์วงล้อเราใช้โปรแกรมภาษา C ++ (เขียนโดย ELB) ที่สร้าง PAUP เหมาะสมบล็อก * หลังจากการทำซ้ำ 100 วงล้อ, ต้นไม้ที่เหมาะสมและถูกเก็บไว้แยกเป็นสองส่วนต้นไม้และเชื่อมต่อใหม่ (TBR) การแลกเปลี่ยนสาขาได้ดำเนินการเพื่อระบุชุดเต็มไปด้วยต้นไม้ MP เมื่อเราเทียบกลยุทธ์นี้เพื่อค้นหาต้นไม้ทั่วไปมากขึ้น (ภาพแบบสุ่มของแท็กซ่าตามมาด้วยสาขาการแลกเปลี่ยน TBR) เราพบว่าวงล้อเอาจำนวนเวลาอันสั้นและระบุต้นไม้ที่สั้นกว่า วงล้อวิเคราะห์บูตใช้ 500 ซ้ำแต่ละที่ใช้ 100 ซ้ำวงล้อตามที่กล่าวไว้ข้างต้นด้วยการแลกเปลี่ยนสุดท้าย จำกัด แทนที่จะต้นไม้ 1,000 ต้นต่อซ้ำบูต

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.2 . การวิเคราะห์ phylogenetic
2.2.1 . ความตระหนี่วิเคราะห์
เราระบุ MP ต้นไม้ในยาจก * 4.0b10 [ 45 ] ใช้ความตระหนี่ไพ่ป๊อก [ 46 ] การค้นหา reweight Ratchet ย่อยสุ่มของตัวอักษรและทำการค้นหาโดยใช้ผู้กระสับกระส่ายเมทริกซ์ การอนุญาตให้สำรวจอย่างละเอียดมากขึ้นของ treespace ( สำหรับคำอธิบายรายละเอียดเห็นนิกสัน [ 46 ] ) ในการศึกษานี้การใช้วงล้อวิเคราะห์ 100 รอบกับ 20% ของข้อมูลตัวละคร วนเวียน และต้นไม้ที่จัดขึ้นต่อซ้ำ . ที่จะนำวงล้อวิเคราะห์ เราใช้โปรแกรม C ( เขียนโดย e.l.b. ) ที่สร้างเป็นบล็อกที่เหมาะสมยาจก * . หลังจากทำการ 100 วงล้อรอบ ต้นไม้ที่เหมาะสมคือ การ bisection และต้นไม้แล้วต่อสัญญาณ ( TBR ) การเปลี่ยนสาขาวิชาได้ดำเนินการเพื่อระบุชุดเต็มของ MP ต้นไม้ เมื่อเราเปรียบเทียบกลยุทธ์นี้เพื่อค้นหาต้นไม้ทั่วไปมากขึ้น ( สุ่มเพิ่มของความสูงตาม TBR สาขาแลกเปลี่ยน ) เราจะพบว่า วงล้อ เอาเวลาสั้นและระบุต้นสั้น การวิเคราะห์เท่ากับวงล้อใช้ 500 แบบ ซึ่งแต่ละรอบใช้ 100 วงล้อ ,ตามที่อธิบายไว้ข้างต้นด้วยสุดท้ายเปลี่ยนจำกัดแทน 1000 ต้นต่อประจําลอง