สาเหตุที่เกิดจากภัยธรรมชาติ
สาเหตุที่เกิดจากภัยธรรมชาติที่ทำให้ปะการังเป็นส่วนที่ไม่สามารถหลีกเลี่ยง เช่น โดนพายุ ปรากฏการณ์ปะการังฟอกขาว(Coral Bleaching)
ปรากฏการณ์ปะการังฟอกขาว(Coral Bleaching)ซึ่งเกิดจากอุณหภูมิของน้ำทะเลสูงขึ้น ทำให้ปะการังเกิดอาการเครียดเกิดภาวะออกซิเจนเป็นพิษ และการสังเคราะห์ของปะการังมีอัตราการเพิ่มมากขึ้นออกซิเจนที่ใช้ในการสังเคราะห์มีมาก ทำให้มีการสูญเสียสาหร่ายเซลล์เดียวที่อาศัยอยู่ภายในเนื้อเยื่อทำให้ปะการังอ่อนแอเพราะได้รับสารอาหารไม่เพียงพอและปะการังอาจตายไปในที่สุดถ้าหากไม่สามารถทนต่อสภาวะนี้ได้การที่ปะการังอยู่ในสภาวะฟอกขาวต่อเนื่องมาเป็นเวลานานทำให้ปะการังค่อยๆตายไปการฟื้นตัวของแนวปะการังจะเกิดขึ้นได้โดยขบวนการทางธรรมชาติ
สาเหตุ ปะการังจะฟอกขาวส่วนใหญ่เกิดจาก 1. อุณหภูมิน้ำทะเลที่สูงขึ้นอย่างผิดปกติและ 2. ความเค็มลดลงเนื่องจากอิทธิพลของน้ำจืดเป็นปัจจัยหนึ่งที่ทำให้เกิดปะการังฟอกขาว