A recent investigation of bacteriop

A recent investigation of bacterioplankton communities in the German Bight towards the end of a diatom-dominated spring phytoplankton bloom revealed pronounced successions of distinct bacterial clades. A combination of metagenomics and metaproteomics indicated that these clades had distinct substrate spectra and consumed different algal substrates. In this study we re-analyzed samples from the initial study by total community RNA (metatranscriptomics) and 16S rRNA gene amplicon sequencing. This complementary approach provided new insights into the community composition and expressed genes as well as the assessment of metabolic activity levels of distinct clades. Flavobacteria (genera Ulvibacter, Formosa, and Polaribacter), Alphaproteobacteria (SAR11 clade and Rhodobacteraceae) and Gammaproteobacteria (genus Reinekea and SAR92 clade) were the most abundant taxa. Mapping of the metatranscriptome data on assembled and taxonomically classified metagenome data of the same samples substantiated that Formosa and Polaribacter acted as major algal polymer degraders, whereas Rhodobacteraceae and Reinekea spp. exhibited less specialized substrate spectra. In addition, we found that members of the Rhodobacteraceae and SAR92 clade showed high metabolic activity levels, which suggests that these clades played a more important role during the bloom event as indicated by their in situ abundances.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การตรวจสอบล่าสุดของ bacterioplankton ชุมชนในซันซัลวาดอร์เยอรมันในตอนท้ายของการครอบงำไดอะตอมสปริงแพลงก์ตอนพืชบลูมเผย successions เด่นชัดของ clades แบคทีเรียที่แตกต่าง Metagenomics และ metaproteomics ระบุว่า clades เหล่านี้มีพื้นผิวแตกต่างสเป็ค และใช้พื้นผิวสาหร่ายต่าง ๆ ในการศึกษานี้ เราการวิเคราะห์ตัวอย่างจากการศึกษาเบื้องต้นโดยรวมชุมชน RNA (metatranscriptomics) และ 16S rRNA ยีน amplicon ลำดับ วิธีการนี้ให้ลึกองค์ประกอบชุมชนใหม่ และแสดงยีนตลอดจนการประเมินผลกิจกรรมการเผาผลาญระดับ clades แตก Flavobacteria (จำพวก Ulvibacter ไต้หวัน และ Polaribacter), Alphaproteobacteria (SAR11 clade และ Rhodobacteraceae) และ Gammaproteobacteria (สกุล Reinekea และ SAR92 clade) ถูกแท็กซ่ามากที่สุด แมปข้อมูล metatranscriptome บนรวบรวม และจัดหมวดหมู่จัด metagenome ข้อมูลตัวอย่างเดียวกันพิสูจน์ว่า ฟอร์โมซาและ Polaribacter ทำหน้าที่เป็นโพลิเมอร์สาหร่ายที่สำคัญ degraders ในขณะที่ Rhodobacteraceae และ Reinekea ออกซิเจนแสดงมุมพื้นผิวพิเศษน้อย นอกจากนี้ เราพบว่า สมาชิกของ clade ของ Rhodobacteraceae และ SAR92 แสดงให้เห็นว่ากิจกรรมการเผาผลาญสูงระดับ ซึ่งแนะนำว่า clades เหล่านี้มีบทบาทสำคัญในระหว่างเหตุการณ์บานตามที่ระบุ โดยร้านของพวกเขาในแหล่งกำเนิด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การตรวจสอบล่าสุดของชุมชน bacterioplankton ในเยอรมันอ่าวตอนท้ายของไดอะตอมครอบงำฤดูใบไม้ผลิบานแพลงก์ตอนพืชเปิดเผย successions เด่นชัดของ clades แบคทีเรียที่แตกต่างกัน การรวมกันของ metagenomics และ metaproteomics ชี้ให้เห็นว่า clades เหล่านี้มีสเปกตรัมพื้นผิวที่แตกต่างกันและการบริโภคที่แตกต่างกันพื้นผิวสาหร่าย ในการศึกษานี้เราตัวอย่างจากการศึกษาเริ่มต้นอีกครั้งวิเคราะห์โดย RNA ชุมชนรวม (metatranscriptomics) และ 16S rRNA ยีน amplicon ลำดับ วิธีการนี​​้จะเสริมให้ข้อมูลเชิงลึกใหม่เข้าสู่องค์ประกอบชุมชนและการแสดงออกของยีนเช่นเดียวกับการประเมินของระดับกิจกรรมการเผาผลาญของ clades ที่แตกต่างกัน Flavobacteria (จำพวก Ulvibacter ฟอร์โมซาและ Polaribacter) Alphaproteobacteria (SAR11 clade และ Rhodobacteraceae) และ Gammaproteobacteria (ประเภท Reinekea และ SAR92 clade) เป็นแท็กซ่ามากที่สุด การทำแผนที่ข้อมูล metatranscriptome ในการประกอบและจัด taxonomically ข้อมูล metagenome ของกลุ่มตัวอย่างเดียวกันยืนยันว่าโปรตุเกสและ Polaribacter ทำหน้าที่เป็น degraders สาหร่ายลิเมอร์ที่สำคัญในขณะที่ Rhodobacteraceae และ Reinekea เอสพีพี แสดงสเปกตรัมพื้นผิวพิเศษน้อย นอกจากนี้เรายังพบว่าสมาชิกของ Rhodobacteraceae และ SAR92 clade แสดงให้เห็นว่าระดับกิจกรรมการเผาผลาญสูงซึ่งแสดงให้เห็นว่า clades เหล่านี้มีบทบาทสำคัญมากขึ้นในช่วงเหตุการณ์บานตามที่ระบุโดยพวกเขาในปริมาณแหล่งกำเนิด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การสอบสวนของชุมชน bacterioplankton ในอ่าวเยอรมันในตอนท้ายของไดอะตอม ) แพลงก์ตอนพืชฤดูใบไม้ผลิบานเปิดเผยออกเสียงแตกต่างกัน successions แบคทีเรีย clades . การรวมกันของเมตะจีโนมิก และ metaproteomics พบว่า clades เหล่านี้มีพื้นผิวและพื้นผิวที่แตกต่างกันสามารถบริโภคสาหร่ายต่างๆ ในการศึกษานี้เราจะวิเคราะห์ตัวอย่างจากการศึกษาเบื้องต้นโดย RNA ชุมชนทั้งหมด ( metatranscriptomics ) และเบส 16S rRNA ยีนและลำดับ . วิธีการประกอบนี้ให้ข้อมูลเชิงลึกใหม่เป็นองค์ประกอบชุมชนและแสดงออกยีนเช่นเดียวกับการประเมินกิจกรรมการเผาผลาญระดับ clades แตกต่างกัน flavobacteria ( สกุล ulvibacter , Formosa , และ polaribacter ) alphaproteobacteria ( sar11 clade และ rhodobacteraceae ) และ gammaproteobacteria ( reinekea สกุล และ sar92 clade ) เป็นผลาหารที่สุด แผนที่ของ metatranscriptome ข้อมูลประกอบและจัด taxonomically metagenome ข้อมูลตัวอย่างเดียวกันได้รับการยืนยันว่าไต้หวัน polaribacter แสดงเป็นหลักและใช้โพลีเมอร์และความสามารถในการย่อยสลาย และ rhodobacteraceae reinekea spp . ) เฉพาะพื้นผิวน้อยกว่านี้ . นอกจากนี้ เราพบว่า สมาชิกของ rhodobacteraceae sar92 clade มีค่าสูงและกิจกรรมระดับการเผาผลาญ ซึ่งบ่งบอกว่า clades เหล่านี้มีบทบาทสำคัญในช่วงเหตุการณ์บาน ( ใน situ abundances .