Transcriptome Sequencing and Assemb

Transcriptome Sequencing and Assembly: Greenland Samples
Total RNA was extracted from the kidney and muscle employing the
mirVanaTM RNA extraction kit (Ambion). RNA integrity of the individual RNA
samples was assessed on a 1% agarose gel using an Agilent 2100 Bioanalyzer
(Agilent Technologies). Library preparation was performed using the
ScriptSeqTM mRNA-seq library preparation kit from Epicenter according to
the manufacturer’s protocol (Epicenter) and sequenced (100 bp paired end)
as multiplexed samples using the Illumina HiSeq 2000 analyzer. Fastq generation
and demultiplexing were performed using the CASAVA 1.8.2 package
(Illumina). The fastq files were filtered for adapters, quality, and length using
Trimmomatic (v.0.27), with a window size of 4, a base quality cutoff of 20,
and a minimum length of 60 (Lohse et al., 2012). De novo transcriptome assembly
was performed using the short read assembler software Trinity (release
2013-02-25), which is based on the de Bruijn graph method for assembly, with
default settings (Grabherr et al., 2011).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Transcriptome ลำดับและแอสเซมบลี: ตัวอย่างของกรีนแลนด์อาร์เอ็นเอทั้งหมดถูกสกัดจากไตและกล้ามเนื้อที่ใช้ในชุดสกัด mirVanaTM อาร์เอ็นเอ (Ambion) ความสมบูรณ์ของอาร์เอ็นเอของอาร์เอ็นเอแต่ละตัวอย่างที่ประเมินบนวุ้น agarose 1% ใช้เป็น Agilent 2100 Bioanalyzer(Agilent เทคโนโลยี) เตรียมสอบไลบรารีถูกดำเนินการโดยใช้การScriptSeqTM mRNA ลำดับชุดไลบรารีเตรียมจากจุดศูนย์กลางตามโพรโทคอล (จุดศูนย์กลาง) ของผู้ผลิตและตามลำดับ (100 bp จัดเป็นคู่สุดท้าย)เป็น multiplexed ตัวอย่างที่ใช้วิเคราะห์ Illumina HiSeq 2000 รุ่น Fastqและ demultiplexing ดำเนินใช้ CASAVA 1.8.2 แพคเกจ(Illumina) มีกรองแฟ้ม fastq สำหรับอะแดปเตอร์ คุณภาพ และความยาวโดยใช้Trimmomatic (v.0.27), มีขนาดหน้าต่าง 4 ตัดคุณภาพพื้นฐาน 20และความยาวต่ำสุด 60 (Lohse et al., 2012) De novo transcriptome แอสเซมบลีทำการใช้ซอฟต์แวร์อ่านมิเตอร์สั้นทรินิตี้ (นำออกใช้2013-02-25), ซึ่งใช้วิธีกราฟเด Bruijn สำหรับแอสเซมบลี ด้วยค่าเริ่มต้น (Grabherr et al., 2011)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับทราน ริปโตมและประกอบตัวอย่างกรีนแลนด์
รวมซึ่งสกัดจากไตและกล้ามเนื้อการ
mirvanatm RNA แยกชุด ( ambion ) ความสมบูรณ์ของตัวอย่างอาร์เอ็นเอ RNA
บุคคลถูกประเมินบน 1% เจลใช้เลนต์ 2100 bioanalyzer
( Agilent Technologies ) การเตรียมการใช้
ห้องสมุดของห้องสมุด scriptseqtm seq เตรียมชุดจากจุดศูนย์กลางตาม
ของผู้ผลิตโพรโทคอล ( Epicenter ) และลำดับ ( 100 BP คู่สุดท้าย )
เป็นมัลติเพลกซ์ตัวอย่างโดยใช้เครื่องวิเคราะห์ Illumina hiseq 2000 fastq รุ่น
กลอนการใช้มันสำปะหลังและ 1.8.2 แพคเกจ
( Illumina ) ไฟล์ fastq ถูกกรองสำหรับอะแดปเตอร์ , คุณภาพและความยาวโดยใช้
trimmomatic ( v.0.27 )กับหน้าต่างขนาด 4 , คุณภาพฐานนี้ 20
และความยาวอย่างน้อย 60 ( lohse et al . , 2012 ) เดอโนโวทราน ริปโตมาใช้ประกอบ
สั้นอ่านประกอบซอฟต์แวร์ทรินิตี้ ( ปล่อย
2013-02-25 ) ซึ่งอยู่บนพื้นฐานของ เดอ กราฟ bruijn วิธีการประกอบกับ
ตั้งค่าเริ่มต้น ( grabherr et al . , 2011 )