Over 6.1 Gb of Illumina GA IIx pair

Over 6.1 Gb of Illumina GA IIx paired-end reads (121-nucleotide cycle) were de novo assembled using CLC Genomics Workbench version 4.7.2 (CLC bio). The resulting assembly consists of 53 contigs of over 200 bp (N50, 276,721 bp; maximum contig size, 902,703 bp; 46.4% GC) totaling 5.77 Mb. Using the same data set, Velvet (11) version 1.1.05 with a k-mer size of 61 produced an assembly consisting of 86 scaffolds totaling 5.75 Mb (N50, 219,429 bp; maximum contig size, 662,979 bp). When the largest contigs produced by each assembler were compared using MUMmer (6), 99.7% of the sequences matched with a percent identity of 99.995% over 900,187 bp of total alignment blocks, which implies consistent results regardless of the assembler program. A partial finishing was carried out to confirm the presence of a putative plasmid (31,474 bp) and to join four contigs encoding a nonribosomal peptide synthetase (NRPS) gene for the biosynthesis of a novel heptapeptide antibiotic.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อ่านจบคู่ Illumina GA IIx (121-นิวคลีโอไทด์รอบ) กว่า 6.1 Gb ถูก de novo ประกอบใช้ CLC Genomics โต๊ะรุ่น 4.7.2 (CLC ชีวภาพ) แอสเซมบลีที่เป็นผลลัพธ์ประกอบด้วย 53 contigs กว่า 200 bp (N50, 276,721 bp ขนาดสูงสุด contig, 902,703 bp; GC 46.4%) รวม 5.77 Mb. ใช้ข้อมูลชุดเดียวกัน รุ่นกำมะหยี่ (11) 1.1.05 แมร์ k ขนาด 61 ผลิตแอสเซมบลีที่ประกอบด้วย 86 เกิดรวม 5.75 Mb (N50, 219,429 bp ขนาดสูงสุด contig, 662,979 bp) เมื่อ contigs ที่ใหญ่ที่สุดที่ผลิต โดย assembler แต่ละถูกเปรียบเทียบโดยใช้ MUMmer (6), 99.7% ลำดับตรงกับตัวเปอร์เซ็นต์ 99.995% 900,187 กว่า bp ของตำแหน่งทั้งหมด ซึ่งหมายถึงผลลัพธ์ที่สอดคล้องกันโดยไม่คำนึงถึงโปรแกรม assembler ตกแต่งบางส่วนดำเนินการยืนยันการมีอยู่ของ plasmid อ้างว่าฝา (31,474 bp) และ เข้าร่วมสี่ contigs เข้ารหัสยีน synthetase (NRPS) เปป nonribosomal สำหรับชีวสังเคราะห์ของยาปฏิชีวนะตัวใหม่ heptapeptide

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

กว่า 6.1 GB of Illumina GA IIx จับคู่สิ้นอ่าน (รอบ 121 เบส) เป็นเดอโนโวประกอบโดยใช้ฟังก์ชั่น CLC Workbench เวอร์ชัน 4.7.2 (Bio CLC) การชุมนุมที่เกิดขึ้นประกอบด้วย 53 contigs กว่า 200 BP (N50, 276,721 BP ขนาด contig สูงสุด 902,703 BP; 46.4% GC) เป็นจำนวนเงินรวม 5.77 Mb โดยใช้ข้อมูลชุดเดียวกันกำมะหยี่ (11) เวอร์ชั่น 1.1.05 มีขนาด K-Mer 61 ผลิตการชุมนุมประกอบด้วย 86 โครงเป็นจำนวนเงินรวม 5.75 Mb (N50, 219,429 BP ขนาด contig สูงสุด 662,979 BP) เมื่อ contigs ที่ใหญ่ที่สุดที่ผลิตโดยแต่ละประกอบถูกนำมาเปรียบเทียบโดยใช้คนเล่นละคร (6), 99.7% ของลำดับการจับคู่กับความเป็นเอกลักษณ์ที่ร้อยละ 99.995% มากกว่า 900,187 BP ของบล็อกการจัดตำแหน่งทั้งหมดซึ่งหมายถึงผลที่สอดคล้องกันโดยไม่คำนึงถึงโปรแกรมประกอบ จบบางส่วนได้ดำเนินการเพื่อยืนยันการปรากฏตัวของพลาสมิดสมมุติ (ที่ 31,474 BP) และจะเข้าร่วมสี่ contigs เข้ารหัส synthetase nonribosomal เปปไทด์ (NRPS) ยีนควบคุมการสังเคราะห์ยาปฏิชีวนะ heptapeptide นวนิยาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

กว่า 6.1 GB ของ Illumina กา iix คู่จบอ่าน ( 121 วงจรเบส ) อีกครั้งประกอบใช้ในรุ่น 4.7.2 Workbench CLC ( CLC ชีวภาพ ) ผลการประชุมประกอบด้วย 53 สูงมากกว่า 200 BP ( 50 276721 , BP ; สูงสุด contig ขนาด 902703 BP ; 46.4 % GC ) รวมยอด 4.87 MB การใช้ข้อมูลชุดเดียวกัน กํามะหยี่ ( 11 ) รุ่น 1.1.05 กับ k-mer ขนาด 61 ผลิตประกอบประกอบด้วย 86 นั่งร้านรวม 5.75 MB ( 50 219429 , BP ; สูงสุด contig ขนาด 662979 BP ) เมื่อที่ใหญ่ที่สุดสูงที่ผลิตโดยแต่ละประกอบเมื่อมีการใช้นักแสดงละครใบ้ ( 6 ) , 99.7% ของอนุกรมเข้ากับเอกลักษณ์ของ 99.995 % มากกว่าร้อยละ 900187 BP ของบล็อกแนวรวม ซึ่งแสดงถึงผลลัพธ์ที่สอดคล้องกันโดยไม่คำนึงถึงโปรแกรมประกอบ บางส่วนของการกระทำที่ยืนยันการปรากฏตัวของพลาสมิดซึ่ง ( 31474 BP ) และเข้าร่วมกับสี่สูงเทสเปปไทด์ nonribosomal การเข้ารหัส ( nrps ) ยีนสำหรับการสังเคราะห์ยาปฏิชีวนะ heptapeptide นวนิยาย