The industry of next-generation seq

The industry of next-generation sequencing is constantly evolving, with novel library preparation methods and new sequencing machines being released by the major sequencing technology companies annually. The Illumina TruSeq v2 library preparation method was the most widely used kit and the market leader; however, it has now been discontinued, and in 2013 was replaced by the TruSeq Nano and TruSeq PCR-free methods, leaving a gap in knowledge regarding which is the most appropriate library preparation method to use. Here, we used isolates from the pathogenic fungi Cryptococcus neoformans var. grubii and sequenced them using the existing TruSeq DNA v2 kit (Illumina), along with two new kits: the TruSeq Nano DNA kit (Illumina) and the NEBNext Ultra DNA kit (New England Biolabs) to provide a comparison. Compared to the original TruSeq DNA v2 kit, both newer kits gave equivalent or better sequencing data, with increased coverage. When comparing the two newer kits, we found little difference in cost and workflow, with the NEBNext Ultra both slightly cheaper and faster than the TruSeq Nano. However, the quality of data generated using the TruSeq Nano DNA kit was superior due to higher coverage at regions of low GC content, and more SNPs identified. Researchers should therefore evaluate their resources and the type of application (and hence data quality) being considered when ultimately deciding on which library prep method to use.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อุตสาหกรรมลำดับรุ่นต่อไปจะเย้า ไลบรารีนวนิยายวิธีเตรียมและเครื่องจัดลำดับใหม่ที่ถูกออก โดยบริษัทเทคโนโลยีรายใหญ่ลำดับปี ถูก Illumina TruSeq v2 ไลบรารีการเตรียมวิธีการใช้ชุดและผู้นำตลาด อย่างไรก็ตาม มันถูกยกเลิกตอนนี้ และในปี 2013 ถูกแทนที่ ด้วย TruSeq Nano และฟรี TruSeq PCR วิธี ออกจากช่องว่างในความรู้เกี่ยวกับซึ่งเป็นวิธีการเตรียมสอบไลบรารีที่เหมาะสมที่สุดจะใช้ ที่นี่ เราใช้แยกจากอุบัติการเชื้อรา Cryptococcus neoformans เพียง grubii และเรียงลำดับโดยใช้อยู่ดีเอ็นเอ TruSeq v2 ชุด (Illumina), พร้อมกับ 2 ชุดใหม่: ชุด TruSeq นาโนดีเอ็นเอ (Illumina) และชุดดีเอ็นเอพิเศษ NEBNext (นิวอิงแลนด์ Biolabs) ให้สามารถเปรียบเทียบ เมื่อเทียบกับชุด v2 TruSeq ดีเอ็นเอเดิม ทั้งชุดใหม่ให้เทียบเท่า หรือดีกว่าลำดับข้อมูล ความครอบคลุมเพิ่มขึ้น เมื่อเปรียบเทียบชุดใหม่สอง เราพบความแตกต่างน้อยต้นทุนและลำดับงาน กับอัลตร้า NEBNext เล็กน้อยถูกกว่า และเร็วกว่า TruSeq Nano อย่างไรก็ตาม คุณภาพของข้อมูลที่สร้างขึ้นโดยใช้ชุด TruSeq นาโนดีเอ็นเอเหนือกว่าสูงครอบคลุมในขอบเขตของเนื้อหา GC ต่ำ และ SNPs ที่ระบุเพิ่มเติม นักวิจัยจึงควรประเมินทรัพยากรของพวกเขาและชนิดของแอพลิเคชัน (และดังนั้นคุณภาพข้อมูล) การพิจารณาตัดสินใจสุด ในไลบรารีเป็นการเตรียมวิธีใช้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

อุตสาหกรรมลำดับรุ่นต่อไปคือการพัฒนาอย่างต่อเนื่องด้วยวิธีการห้องสมุดนวนิยายเรื่องการเตรียมการและการเรียงลำดับเครื่องใหม่จะถูกปล่อยออกมาจาก บริษัท เทคโนโลยีรายใหญ่ลำดับเป็นประจำทุกปี วิธีการเตรียมห้องสมุด Illumina TruSeq v2 เป็นชุดใช้กันอย่างแพร่หลายและเป็นผู้นำตลาด; แต่จะได้รับในขณะนี้หยุดและในปี 2013 ก็ถูกแทนที่ด้วย TruSeq นาโนและ TruSeq วิธี PCR-ฟรีออกจากช่องว่างในความรู้เกี่ยวกับการซึ่งเป็นห้องสมุดที่เหมาะสมที่สุดวิธีการเตรียมที่จะใช้ ที่นี่เราใช้เชื้อจากเชื้อราที่ทำให้เกิดโรค Cryptococcus neoformans var grubii และติดใจพวกเขาโดยใช้ดีเอ็นเอ TruSeq ที่มีอยู่ชุด v2 (Illumina) พร้อมด้วยสองชุดใหม่: ชุดดีเอ็นเอ TruSeq นาโน (Illumina) และชุดดีเอ็นเอ NEBNext อัลตร้า (นิวอิงแลนด์ Biolabs) เพื่อให้การเปรียบเทียบ เมื่อเทียบกับดีเอ็นเอ TruSeq เดิมชุด v2 ทั้งชุดใหม่ให้เทียบเท่าหรือดีกว่าข้อมูลลำดับที่มีความคุ้มครองที่เพิ่มขึ้น เมื่อเปรียบเทียบทั้งสองชุดใหม่ที่เราพบความแตกต่างเล็ก ๆ น้อย ๆ ในค่าใช้จ่ายและขั้นตอนการทำงานที่มี NEBNext อัลตร้าทั้งเล็กน้อยที่ถูกกว่าและเร็วกว่า TruSeq นาโน แต่คุณภาพของข้อมูลที่สร้างขึ้นโดยใช้ชุดดีเอ็นเอ TruSeq นาโนได้ดีกว่าเนื่องจากความคุ้มครองที่สูงขึ้นในภูมิภาคของเนื้อหา GC ต่ำและ SNPs เพิ่มเติมระบุ นักวิจัยจึงควรประเมินทรัพยากรและประเภทของโปรแกรมของพวกเขา (และด้วยเหตุนี้ข้อมูลที่มีคุณภาพ) ได้รับการพิจารณาเมื่อในที่สุดตัดสินใจที่ห้องสมุดจะใช้วิธีการเตรียม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

อุตสาหกรรมของการรุ่นใหม่ที่พัฒนาอยู่ตลอดเวลา ด้วยวิธีการเตรียมห้องสมุดใหม่และใหม่ลำดับเครื่องได้รับการปล่อยตัวโดย บริษัทเทคโนโลยีรายใหญ่ดังกล่าวทุกปี ที่ Illumina truseq v2 ห้องสมุดเตรียมเป็นวิธีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายชุดและผู้นำในตลาด อย่างไรก็ตาม ขณะนี้ได้ถูกยกเลิกแล้วและในปี 2013 จะถูกแทนที่ ด้วย truseq นาโนและ truseq ฟรีวิธี PCR , ออกจากช่องว่างในความรู้เกี่ยวกับห้องสมุดซึ่งเป็นที่เหมาะสมที่สุดวิธีการเตรียมที่จะใช้ ที่นี่เราใช้สายพันธุ์จากเชื้อโรคเชื้อราบ้อหุ้น ) และ grubii นี้พวกเขาใช้ที่มีอยู่ truseq ดีเอ็นเอ V2 ชุด ( Illumina ) พร้อมกับสองชุดใหม่การ truseq นาโนดีเอ็นเอ Kit ( Illumina ) และ nebnext Ultra ดีเอ็นเอ Kit ( อังกฤษ biolabs ) เพื่อให้มีการเปรียบเทียบ เมื่อเทียบกับต้นฉบับ truseq ดีเอ็นเอ V2 ชุดใหม่ทั้งชุดให้เทียบเท่าหรือดีกว่า หาข้อมูล พร้อมเพิ่มความคุ้มครอง เมื่อเปรียบเทียบระหว่างสองชุดใหม่ เราพบความแตกต่างเล็กน้อยในค่าใช้จ่ายและเวิร์กโฟลว์กับ nebnext ultra ทั้งสองเล็กน้อยที่ถูกกว่าและเร็วกว่า truseq นาโน อย่างไรก็ตาม คุณภาพของข้อมูลที่สร้างขึ้นโดยใช้ truseq นาโนดีเอ็นเอชุดได้ดีกว่าเนื่องจากการสูงขึ้นครอบคลุมภูมิภาคเนื้อหา GC ต่ำและอื่น ๆ snps ระบุนักวิจัยจึงควรประเมินทรัพยากรและประเภทของโปรแกรม ( และดังนั้น คุณภาพของข้อมูล ) ถูกพิจารณาเมื่อในที่สุดตัดสินใจที่ห้องสมุดเตรียมวิธีที่จะใช้