To independently determine support

To independently determine support for these different
SPL gene clades, we analyzed a slightly different dataset of SPL
genes derived from sequences available in Genbank and Phytozome version 9.0 (Table S1 in Supplementary Material) under
the GTR + I + γ model of evolution in a maximum likelihood
(ML) framework. The model of evolution was selected according
to results of MrModelTest version 3.7 (Posada and Crandall, 1998),
and ML analyses were run in GARLI with 500 bootstrap replicates
(Zwickl, 2006). Bayesian posterior probabilities were also obtained
in MrBayes version 3.2.1. (Ronquist and Huelsenbeck, 2003) with
12 million generations, sampling every 1000th generation, and discarding 25% of trees as burn-in. Results of these analyses support
the eight major clades described in Salinas et al. (2012), and suggest
a possible ninth clade containing the domestication gene OsSPL14
from rice (Figure 1). Since surveys of available genomic data suggest that SPL genes are absent from fungi and metazoans, the ML
tree is rooted with genes from the green alga Chlamydomonas reinhardtii, which are each other’s closest relatives in unrooted trees.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กำหนดสนับสนุนเหล่านี้แตกต่างกันอย่างอิสระSPL ยีน clades เราวิเคราะห์ชุดข้อมูลที่แตกต่างกันเล็กน้อยของ SPLยีนที่ได้มาจากลำดับใน Genbank และ Phytozome รุ่น 9.0 (ตาราง S1 ในวัสดุเสริม) ภายใต้GTR ฉัน + γแบบจำลองของวิวัฒนาการในโอกาสสูงสุดกรอบการทำงาน (มล) เลือกรูปแบบของวิวัฒนาการตามเพื่อผลลัพธ์ของ MrModelTest รุ่น 3.7 (อิ่มและ Crandall, 1998),และวิเคราะห์ ML ถูกเรียกใช้ใน GARLI ด้วยเหมือนกับเริ่มต้นระบบ 500(Zwickl, 2006) นอกจากนี้ยังได้รับทฤษฎีหลังกิจกรรมใน MrBayes เวอร์ชัน 3.2.1 (Ronquist และ Huelsenbeck, 2003) ด้วยรุ่น 12 ล้าน สุ่มตัวอย่างทุกรุ่น 1000th และละทิ้ง 25% ของต้นไม้เป็นค่ะเขียนผลการวิเคราะห์นี้สนับสนุนclades หลักแปดอธิบายในลิ et al. (2012), และแนะนำclade 9 อาจประกอบด้วยยีน domestication OsSPL14จากข้าว (1 รูป) เนื่องจากการสำรวจข้อมูล genomic แนะนำยีน SPL มาจากเชื้อราและ metazoans, MLต้นไม้มีรากกับยีน reinhardtii Chlamydomonas alga เขียว ซึ่งเป็นของผู้อื่นใกล้เคียงที่สุดญาติในต้นไม้ unrooted

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

อิสระตรวจสอบการสนับสนุนสำหรับการที่แตกต่างกันเหล่านี้ยีน SPL clades เราได้ทำการวิเคราะห์ข้อมูลที่แตกต่างกันเล็กน้อยจาก SPL ยีนมาจากลำดับที่มีอยู่ใน Genbank และ Phytozome รุ่น 9.0 (ตารางที่ S1 ในเสริมวัสดุ) ภายใต้GTR เครื่องหมาย + I + รูปแบบγของวิวัฒนาการในสูงสุด ความน่าจะเป็น(ML) กรอบ รูปแบบของการวิวัฒนาการได้รับเลือกตามผลของรุ่น MrModelTest 3.7 (ด้าและแครนดอล, 1998) และการวิเคราะห์ ML วิ่งใน garli 500 ซ้ำบูต(Zwickl 2006) ความน่าจะเป็นหลังเบย์ยังได้รับใน MrBayes รุ่น 3.2.1 (Ronquist และ Huelsenbeck, 2003) ที่มี12 ล้านคนรุ่นสุ่มตัวอย่างทุกรุ่น 1000 และทิ้ง 25% ของต้นไม้เป็นเผาไหม้ใน ผลการวิเคราะห์เหล่านี้สนับสนุนแปด clades ที่สำคัญที่อธิบายไว้ในซาลินาส, et al (2012) และขอแนะนำclade เก้าเป็นไปได้ที่มียีน domestication OsSPL14 จากข้าว (รูปที่ 1) ตั้งแต่การสำรวจข้อมูลจีโนมที่มีอยู่แสดงให้เห็นว่ายีน SPL ขาดจากเชื้อราและ metazoans ที่ ML ต้นไม้มีรากที่มียีนจากสาหร่ายสีเขียว Chlamydomonas reinhardtii ซึ่งเป็นญาติสนิทแต่ละอื่น ๆ ในต้นไม้ unrooted

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

อิสระตรวจสอบการสนับสนุนเหล่านี้แตกต่างกัน
SPL ยีน clades เราวิเคราะห์ข้อมูลที่แตกต่างกันเล็กน้อยของ SPL
ยีนที่ได้มาจากลำดับของบริเวณ phytozome และรุ่น 9.0 ( ตาราง S1 ในวัสดุเสริม ) ภายใต้
GTR ฉันγรูปแบบของวิวัฒนาการใน
ความน่าจะเป็นสูงสุด ( มิลลิลิตร ) กรอบ รูปแบบของวิวัฒนาการถูกเลือกตามผลของ mrmodeltest
รุ่น 37 ( โป และ Crandall , 1998 ) ,
+ วิ่งในทางวิชาการและ garli 500 บูทซ้ำ
( zwickl , 2006 ) ความน่าจะเป็น Bayesian ด้านหลังก็ได้
mrbayes ดำเนินงานในรุ่น . ( ronquist และ huelsenbeck , 2003 )
12 ล้าน รุ่น ทุกรุ่นที่ 1 การสุ่มตัวอย่างและการ 25% ของต้นไม้ตามที่เขียนใน ผลของการวิเคราะห์นี้สนับสนุน
แปดหลัก clades อธิบายใน Salinas et al . ( 2012 ) และได้แนะนำ
9 clade ที่มี domestication ยีน osspl14
จากข้าว ( รูปที่ 1 ) ตั้งแต่การสำรวจข้อมูลจีโนมของแนะนำ SPL ยีนขาดจากเชื้อราและ metazoans ต้นไม้ ml
เป็นรากฐานกับยีนจากสีเขียวสาหร่ายคลาไมโดโมแนส reinhardtii ซึ่งเป็นญาติใกล้ชิดกันในต้น unrooted .