conclusionsThe herein presented pro

conclusions
The herein presented protocols for PCR and sample pre-processing exhibit a number of features that make them useful diagnostic tools. They are sensitive, quick, cost-effective and can function with a variety of samples that may be difficult to identify morphologically. For future studies it will be important to continue evaluating the specificity of the APHA1 assay by testing additional taxa (and different isolates of each species) – especially some of the non-European deadly Amanitas (see Table 2 of ESM-2). In addition, it will be interesting to test the ability to detect the target fungi in buccal swab samples and oral fluid. With particular respect to a forensic context, rapid identification of fungal species by DNA-based methods offers a wide array of potential applications. Apart from its use for the detection of poisonous or illicit hallucinogenic mushrooms [46], similar techniques may be developed for the analysis of fungal spores that can be exploited as indicators of association and locality [47]. Single cell sensitivity enables amplification of minute amounts of target traces. Therefore, pre-laboratory contamination of questioned samples (e.g. through airborne dispersal of spores) has to be considered, and the common prevention strategies of forensic DNA laboratories against contaminations (including
negative controls; unidirectional workflow; strict separation of sample pre-processing/DNA-extraction, PCR set-up and post-amplification; filter-tips; PCR workstations with UV/HEPA filters etc.) are required. In the future, the development of multiplex assays (e.g. TaqMan qPCR) may not only further increase the speed of diagnostic testing and reduce the amount of samples needed, but may also allow the simultaneous detection of different (even unrelated taxa) and the use of internal controls (e.g. universal primers or additional species-specific primers), respectively. Furthermore, relative quantitation (e.g. the amount of target template versus total basidiomycetes DNA) may provide a better basis for the interpretation of complex samples than merely a qualitative result.

Conflicts of interest
The authors declare that they do not have any known conflict of interest.
Acknowledgements
We kindly thank EOA Dr. Michael Moser (Klinikum Klagenfurt, Dept. of Emergency Medicine), Dr. Ch. Goed and SpOA Dr. Andrea Jaeger (Department of Paediatrics, Gottfried von Preyer'sches Kinderspital, Vienna) for providing case samples and background informations. Thanks to Günter Frühwirth (Vienna Food Inspection and Market Authority, Municipal Department 59) for the fresh A. phalloides specimens.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ข้อสรุปในที่นี้
โปรโตคอลนำเสนอ pcr และจัดแสดงตัวอย่างก่อนการประมวลผลจำนวนของคุณลักษณะที่ทำให้พวกเขามีเครื่องมือที่มีประโยชน์ในการวินิจฉัย พวกเขามีความไวรวดเร็วประหยัดค่าใช้จ่ายที่มีประสิทธิภาพและสามารถทำงานกับความหลากหลายของตัวอย่างที่อาจจะยากที่จะระบุ morphologicallyสำหรับการศึกษาในอนาคตมันจะเป็นสิ่งสำคัญที่จะดำเนินการต่อการประเมินความจำเพาะของการตรวจ apha1 โดยการทดสอบแท็กซ่าเพิ่มเติม (และสายพันธุ์ที่แตกต่างกันของแต่ละสปีชีส์) - โดยเฉพาะอย่างยิ่งบางส่วนของ Amanitas ร้ายแรงที่ไม่ใช่ยุโรป (ดูตารางที่ 2 ของ esm-2) นอกจากนี้มันจะน่าสนใจที่จะทดสอบความสามารถในการตรวจสอบเชื้อราเป้าหมายในตัวอย่างกวาดปากและของเหลวในช่องปากด้วยความเคารพโดยเฉพาะบริบททางนิติเวชระบุอย่างรวดเร็วของสายพันธุ์ของเชื้อราโดยวิธีการ dna ตามข้อเสนอที่หลากหลายของการใช้งานที่มีศักยภาพ นอกเหนือจากการใช้งานสำหรับการตรวจสอบของเห็ดที่เป็นพิษหรือสารหลอนประสาทที่ผิดกฎหมาย [46] เทคนิคที่คล้ายกันอาจจะได้รับการพัฒนาสำหรับการวิเคราะห์ของสปอร์ของเชื้อราที่สามารถใช้ประโยชน์เป็นตัวชี้วัดในการสมาคมและสถานที่ [47]ไวเซลล์เดียวช่วยให้การขยายของจำนวนนาทีของร่องรอยเป้าหมาย ดังนั้นการปนเปื้อนก่อนห้องปฏิบัติการของตัวอย่างสอบสวน (เช่นการกระจายผ่านอากาศของสปอร์) จะต้องมีการพิจารณาและกลยุทธ์การป้องกันร่วมกันของห้องปฏิบัติการนิติวิทยาศาสตร์ dna กับการปนเปื้อน (รวมถึงการควบคุม
ลบเวิร์กโฟลว์ทิศทางเดียว;แยกที่เข้มงวดของตัวอย่าง pre-processing/dna-extraction, pcr ตั้งค่าและหลังการขยาย; กรองเคล็ดลับ; เวิร์กสเตชัน pcr กับตัวกรองยูวี / HEPA ฯลฯ ) จะต้อง ในอนาคตการพัฒนาของการตรวจหลาย (เช่น qpcr TaqMan) อาจไม่เพียง แต่เพิ่มความเร็วของการทดสอบการวินิจฉัยและลดปริมาณของตัวอย่างที่จำเป็นแต่ยังอาจช่วยให้การตรวจสอบพร้อมกันที่แตกต่างกัน (แม้ไม่เกี่ยวข้องแท็กซ่า) และการใช้งานของระบบการควบคุมภายใน (เช่นไพรเมอร์ไพรเมอร์สากลหรือสายพันธุ์เฉพาะเพิ่มเติม) ตามลำดับ นอกจากนี้ปริมาณญาติของคุณ (เช่นจำนวนของแม่เมื่อเทียบกับเป้าหมายรวม dna basidiomycetes) อาจจัดให้มีพื้นฐานที่ดีสำหรับการตีความหมายของสารตัวอย่างที่ซับซ้อนกว่าเพียงผลเชิงคุณภาพ

ความขัดแย้ง
ผู้เขียนประกาศว่าพวกเขาไม่ได้มีความขัดแย้งใด ๆ ที่รู้จักกันที่น่าสนใจ

เรากิตติกรรมประกาศกรุณา eoa ขอบคุณดร ไมเคิลโมเซอร์ (klinikum Klagenfurt ฝ่าย. การแพทย์ฉุกเฉิน) ดร แชนแนลgoed และดร spoa andrea Jaeger (ภาควิชากุมารเวชศาสต​​ร์, Gottfried ฟอน preyer'sches kinderspital, เวียนนา) สำหรับการให้ตัวอย่างและกรณีข้อมูลพื้นหลัง ขอบคุณ Gunter frühwirth (เวียนนาตรวจสอบอาหารและอำนาจตลาดแผนกเทศบาล 59) สำหรับสด ตัวอย่าง phalloides

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทสรุป
โพรโทคอลที่นี้นำเสนอสำหรับ PCR และตัวอย่างการประมวลผลก่อนแสดงจำนวนคุณลักษณะที่ทำให้เครื่องมือวินิจฉัยประโยชน์ พวกเขาจะสำคัญ รวดเร็ว มีประสิทธิภาพ และสามารถฟังก์ชันกับความหลากหลายของตัวอย่างที่อาจจะยากที่จะระบุ morphologically ศึกษาในอนาคตที่จะต้องดำเนินการต่อไป ประเมิน specificity ของ APHA1 assay โดย taxa ทดสอบเพิ่มเติม (isolates แตกต่างกันของแต่ละสายพันธุ์) – โดยเฉพาะอย่างยิ่งบาง Amanitas ร้ายแรงไม่ใช่ยุโรป (ดูตารางที่ 2 ของ ESM-2) นอกจากนี้ มันจะน่าสนใจเพื่อทดสอบความสามารถในการตรวจหาเชื้อราเป้าหมายตัวอย่าง buccal swab และปากน้ำ ด้วยความเคารพเฉพาะบริบททางกฎหมาย รหัสอย่างรวดเร็วของสายพันธุ์เชื้อราโดยวิธีใช้ดีเอ็นเอมีหลากหลายโปรแกรมประยุกต์อาจเกิดขึ้น นอกจากใช้ตรวจพิษ หรือลักลอบผลเห็ด [46], อาจพัฒนาเทคนิคที่คล้ายกันสำหรับการวิเคราะห์เชื้อราเพาะเฟิร์นที่สามารถนำไปเป็นดัชนีของความสัมพันธ์และท้องถิ่น [47] ความไวของเซลล์เดียวทำให้ขยายจำนวนนาทีของร่องรอยเป้าหมาย ดังนั้น พิจารณา มีปน pre-laboratory อย่าง questioned (เช่นผ่าน dispersal อากาศของเพาะเฟิร์น) และกลยุทธ์การป้องกันทั่วไปของห้องปฏิบัติการดีเอ็นเอทางนิติวิทยาศาสตร์กับปน (รวม
ลบควบคุม ลำดับทิศทาง แยกเข้มงวดอย่างฤกษ์ก่อนแถบ-processing/ดี เอ็นเอสกัด ตั้งค่า PCR และ ขยายหลัง กรองเคล็ดลับ PCR สเตกับ UV/HEPA กรองฯลฯ) จำเป็นต้องใช้ ในอนาคต การพัฒนา multiplex assays (เช่น TaqMan qPCR) อาจไม่เพียงแต่เพิ่มเติมเพิ่มความเร็วของการทดสอบวินิจฉัย และลดจำนวนตัวอย่างที่จำเป็น แต่ยังให้การตรวจพบพร้อมกันแตกต่างกัน (แม้ไม่เกี่ยวข้อง taxa) และใช้ตัวควบคุมภายใน (เช่นสากลไพรเมอร์หรือไพรเมอร์ species-specific เพิ่มเติม), ตามลำดับ นอกจากนี้ การวิเคราะห์หาปริมาณสัมพัทธ์ (เช่น จำนวนเป้าหมายแม่เทียบกับดีเอ็นเอรวม basidiomycetes) อาจมีพื้นฐานดีสำหรับการตีความตัวอย่างซับซ้อนกว่าแค่ผลลัพธ์เชิงคุณภาพ

มาส
ผู้สร้างประกาศว่า จะไม่มีประโยชน์ใด ๆ ขัดแย้งรู้จัก
การถาม-ตอบ
เราขอขอบคุณดร. EOA ไมเคิลโมในคลาเกน (Klinikum เฟิร์ต แผนกเวชศาสตร์ฉุกเฉิน), ดร.ช Goed และดร. SpOA Jaeger การอานเดรอา (แผนก Paediatrics, Gottfried Preyer'sches ฟอน Kinderspital เวียนนา) สำหรับกรณีตัวอย่างและรายละเอียดพื้นหลัง ขอบคุณ Günter Frühwirth (ตรวจสอบอาหารเวียนนาและหน่วยงานตลาด เทศบาลภาค 59) สำหรับไว้เป็นตัวอย่าง A. phalloides สด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บทสรุป
ในที่นี้ที่แสดงโปรโตคอลสำหรับการแสดงตัวอย่างก่อน - pcr และการประมวลผลหมายเลขของคุณสมบัติที่ทำให้เป็นประโยชน์เครื่องมือการวินิจฉัย ห้องพักมีที่สำคัญได้อย่างรวดเร็วมี ประสิทธิภาพ และช่วยประหยัดค่าใช้จ่ายและสามารถใช้งานพร้อมด้วยความหลากหลายของตัวอย่างที่อาจจะเป็นเรื่องยากที่จะระบุเกี่ยวกับวิชาว่าด้วยรูปร่างลักษณะสำหรับการใช้งานในอนาคตการศึกษาจะเป็นสิ่งที่สำคัญในการดำเนินการต่อการประเมินที่พวกเขาถกเถียงของที่ apha 1 สอบโดยการทดสอบเพิ่มเติม taxa (และแตกต่างกันแยกของแต่ละสายพันธุ์) - โดยเฉพาะบางส่วนของที่ไม่ใช่ชาวยุโรปอย่างแม่นยำ amanitas (ดูตารางที่ 2 ของ esm 2 ) นอกจากนี้ยังจะเป็นสิ่งที่น่าสนใจในการทดสอบความสามารถที่จะตรวจพบเชื้อราเป้าหมายลงในตัวอย่างก้านสำลี buccal และน้ำยาในช่องปากด้วยความเคารพอย่างใดอย่างหนึ่งในบริบททางนิติวิทยาศาสตร์ที่ระบุอย่างรวดเร็วของสายพันธุ์เชื้อราโดยวิธีใดวิธีหนึ่งดีเอ็นเอซึ่งจัดให้บริการความหลากหลายของแอปพลิเคชันที่อาจเกิดขึ้น จากการใช้สำหรับการตรวจจับของเห็ดพิษหรือลักลอบค้า hallucinogenic [ 46 ]เทคนิคคล้ายกันอาจมีการพัฒนาเพื่อการวิเคราะห์ของช่วยกรองเชื้อราที่สามารถนำมาตักตวงผลประโยชน์เป็นการแสดงของท้องถิ่นและการเชื่อมโยง[ 47 ]ระดับความไวเซลล์เดียวช่วยให้ใช้การขยายเสียงของจำนวนนาทีของการติดตามเป้าหมาย ดังนั้นการปนเปื้อนที่ห้องปฏิบัติการของตัวอย่างคำถาม(เช่นผ่านฟุ้งกระจายอากาศสามารถกรอง)ได้รับการพิจารณาเป็นกลยุทธ์และการป้องกันการทั่วไปของห้องปฏิบัติการทางนิติวิทยาศาสตร์กับดีเอ็นเอปนเปื้อน(รวมถึง
การควบคุมทางลบเวิร์กโฟลว์ชนิดทิศทางเดียวการแยกอย่างเคร่งครัดในตัวอย่างก่อน - การประมวลผล/ดีเอ็นเอ - การขุด pcr ตั้งค่าและหลังการขยายตัวกรองเคล็ดลับเวิร์คสเตชั่น pcr ด้วยตัวกรอง UV /แผ่นกรอง HEPA ฯลฯ)เป็นที่ต้องการ. ในอนาคตการพัฒนาแบบมัลติเพล็กซ์ assays (เช่น taqman qpcr )อาจไม่ใช่การเพิ่มความเร็วของการทดสอบการวิเคราะห์และลดจำนวนเงินที่ของตัวอย่างที่ต้องการแต่อาจทำให้การตรวจจับการพร้อมกันที่แตกต่างกันไป(แม้จะไม่เกี่ยวข้อง taxa )และการใช้การควบคุม ภายใน ( primers อเนกประสงค์เช่นหรือ primers สายพันธุ์ - เฉพาะเพิ่มเติม)ตามลำดับ. ยิ่งไปกว่านั้นยังมีความสัมพันธ์กัน quantitation (เช่นจำนวนของเทมเพลตเป้าหมายเมื่อเทียบกับ DNA basidiomycetes ทั้งหมด)อาจจะเป็นพื้นฐานที่ดีขึ้นสำหรับการตีความของตัวอย่างที่ซับซ้อนกว่าเป็นเพียงผลวิจัยเชิง คุณภาพ ผู้เขียน


ความขัดแย้งทางผลประโยชน์ประกาศว่าพวกเขาไม่มีความขัดแย้งใดๆที่มีชื่อเสียงของดอกเบี้ย

การรับทราบเรากรุณาขอขอบคุณเช่นดร.ไมเคิล, Moser ( Klinikum ซึ่งเป็นโรงพยาบาล Klagenfurt เซ็นทรัลชิดลมของเวชศาสตร์ฉุกเฉิน)ดร..บริษัทช.goed spoa และดร. Andrea jaeger ( kinderspital เวียนนาของกรมโดยจำกัดเขาฟอน preyer ' sches )สำหรับการให้ตัวอย่างกรณีและพื้นหลังให้ข้อมูลทุกด้าน ทั้งนี้ต้องขอขอบคุณ günter frühwirth ( Vienna อาหารการตรวจสอบและทำการตลาดเทศบาลเมืองหน่วยงานกรม 59 )สำหรับตัวอย่าง phalloides A .สด.