From the EHP-infected penaeid shrimp, the hepatopancreas was
removed and pooled (4–5 shrimp) into one sample. From tanks
holding EHP-infected shrimp, feces and water were sampled. The
tank water was concentrated 150 times with a Microsep Advance
Centrifugal Device (PALL Corporation) and used for DNA extraction.
Total DNA was extracted from each sample using a High-pure DNA
template preparation kit (Roche Bioscience) or a Maxwell-16 Cell
LEV DNA purification kit (Promega).
To test the specificity of EHP-primers, PCR assays were performed
with DNA templates from 2 parasitic diseases: (1) cotton
shrimp disease, P. monodon collected from Madagascar in 2006,
these shrimp showed a whitish muscle, their DNA were positive
for a Pleistophora-like microsporidium determined by small subunit
rRNA gene sequencing (Genbank No. KP825331); (2) ameoba
disease, these P. vannamei suffered substantial mortality and were
found, through histological examination, to be infected with
amoeba (species not determined).
To ensure the EHP-primers did not react to host genomes, DNA
templates were prepared from: (1) specific-pathogen-free (SPF)
P. vannamei (>10 samples) and P. monodon (3 samples) from
Hawaii, US; (2) Penaeus indicus (2 samples) from Saudi Arabia;
(3) P. stylirostris (2 samples) cultured in New Caledonia; (4)
Macrobrachium rosenbergii (2 samples) from the Philippines; (5)
crabs (7 samples, unknown species) collected in the vicinity of
shrimp ponds located in the Saudi Arabia; (6) polychaetes
(3 samples), Artemia biomass (9 samples), squid (2 samples), krill
(2 samples), these were sent from various commercial providers.
2.3. 18S rRNA gene PCR and cloning
For PCR assays, PuReTaq Ready-To-Go PCR beads (GE
Healthcare) were used. The primers for amplifying the 18S rRNA
gene are 18S-F (50
-CACCAGGTTGATTCTGCCTGA) and 18S-R
(50
-TCTGAAATAGTGACGGGCGG). The PCR reaction contained
200 lM of each dNTP, 0.2 lM of each primer, 10 mM Tris–HCl
(pH 9.0), 50 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 2.5 U Taq DNA polymerase
and 1 ll of extracted DNA (10 ng to 100 ng ll
1
). The amplification
was performed with the following cycling parameters: initiation
denaturation at 94 C for 3 min, followed by 35 cycles of
94 C for 30 s, 55 C for 30 s, and 72 C for 1 min, and a final
extension at 72 C for 5 min. Following PCR, PCR products were
analyzed in a 1.2% agarose gel containing ethidium bromide. A
band at 1 kb was excised and extracted for DNA, cloned into
the pGEM-T-Easy vector (Promega), and designated as clone
pEHP-1. Through DNA sequencing, the cloned insert was determined
to be 1146-bp (GenBank No. KP759285). The search for
the significant similarity with sequences in GenBank was performed
using BLAST at National Center for Biotechnology
Information (NCBI).
2.4. Probe labeling and in situ hybridization
The pEHP-1 plasmid DNA was used to generate a probe for ISH.
The gene probe was labeled with digoxigenin-11-dUTP (Roche) in a
PCR reaction as described by Mari et al. (1998). The primers used
for the labeling reaction were EHP-F (50
-GGGAACGACGAACGGCTC
AG) and EHP-R1 (50
-TGCCTTGATGAGACACTGTT) that generated a
1.1 kb fragment. Following PCR, the digoxigenin-labeled DNA
probe was precipitated with ethanol, re-suspended in water, and
stored at 20 C. The probe for cotton shrimp disease,
Pleistophora-like microsporidium, was generated from a cloned
16S RNA gene region.
The Davidson’s AFA fixed shrimp were processed, embedded in
paraffin, and sectioned (4 lm thick) in accordance with standard
methods (Lightner, 1996). After deparaffinization, hydration,
proteinase K digestion, and post-fixation, sections were overlaid
with 500 ll of hybridization solution (4 SSC, 50% formamide,
1 Denhardt’s solution, 5% dextran sulfate, 0.5 lg/ml salmon
sperm DNA) containing the EHP probe (0.2 lg/ml). Slides were
placed on a heated surface at 90 C for 10 min and hybridized overnight
at 42 C. Final detection was performed with
anti-digoxigenin antibody conjugated to alkaline phosphatase
(Roche) that was visualized using nitroblue tetrazolium and
5-bromo-4-chloro-3-indolyl phosphate.
2.5. EHP PCR assay
For PCR assays, PuReTaq Ready-To-Go PCR beads were used. The
primers for detecting the EHP are EHP-510F (50
-GCCTGAGAGATG
GCTCCCACGT) and EHP-510R (50
-GCGTACTATCCCCAGAGCCCGA).
Amplifications were performed with the following cycling
parameters: initial denaturation at 94 C for 3 min, followed by
35 cycles of 94 C for 30 s, 60 C for 30 s, and 72 C for 30 s, and a
final extension at 72 C for 5 min.
3. Results and
จากกุ้งติดเชื้อ EHP penaeid, hepatopancreas ถูกเอาออก และทางถูกพู (กุ้ง 4-5) เป็นตัวอย่างหนึ่ง จากถังจับกุ้งที่ติดเชื้อ EHP อุจจาระและน้ำมีความ ที่ถังน้ำมีความเข้มข้น 150 เท่ากับล่วงหน้า Microsep เป็นอุปกรณ์แรงเหวี่ยง (แถบวาย คอร์ปอเรชั่น) และใช้สำหรับการสกัดดีเอ็นเอดีเอ็นเอทั้งหมดถูกแยกจากแต่ละตัวอย่างโดยใช้ดีเอ็นเอบริสุทธิ์สูงแม่เตรียมชุด (ซื้อ Roche) หรือเซลล์แมกซ์เวลล์-16ดีเอ็นเอลิฟเยฟอกชุด (Promega)การทดสอบ specificity ของ EHP-ไพรเมอร์ PCR assays ดำเนินกับดีเอ็นเอแม่แบบจากโรค 2 เสียงฟู่เหมือนกาฝาก: ฝ้าย (1)โรคกุ้ง P. monodon รวบรวมจากมาดากัสการ์ในปี 2006กุ้งเหล่านี้แสดงให้เห็นว่ากล้ามสี ดีเอ็นเอของพวกเขาได้บวกสำหรับ microsporidium Pleistophora เช่นที่กำหนด โดยย่อยขนาดเล็กลำดับยีน rRNA (หมายเลข Genbank KP825331); (2) ameobaโรค กุลา P. เหล่านี้ได้รับความเดือดร้อนพบการตายและพบ ผ่านการตรวจสรีรวิทยา ติดเชื้ออะมีบา (ชนิดไม่กำหนด)ให้ EHP-ไพรเมอร์ไม่ได้ไม่ตอบสนองการโฮสต์ genomes ดีเอ็นเอแม่แบบที่เตรียมจาก: (1) เฉพาะการศึกษาฟรี (SPF)P. vannamei (> 10 ตัวอย่าง) และ P. monodon (3 ตัวอย่าง) จากฮาวาย เรา (2) กุ้งกุลาหม้อ (2 อย่าง) จากซาอุดีอาระเบีย(3) P. stylirostris (ตัวอย่าง 2) อ่างในนิวแคลิโดเนีย (4)กุ้งก้ามกราม (ตัวอย่าง 2) จากฟิลิปปินส์ (5)ปู (7 ตัวอย่าง ไม่ทราบชนิด) ที่รวบรวมใน vicinity ของบ่อกุ้งอยู่ในซาอุดิอาระเบีย (6) polychaetes(3 ตัวอย่าง), อาร์ทีเมีย (9 ตัวอย่าง), ปลาหมึก (2 ตัวอย่าง), เคย(2 ตัวอย่าง), เหล่านี้ถูกส่งจากผู้ให้บริการเชิงพาณิชย์ต่าง ๆ2.3. ยีน rRNA 18S PCR และโคลนสำหรับ PCR assays, PCR พร้อม PuReTaq ไปลูกปัด (GEการดูแลสุขภาพ) ที่เคย ไพรเมอร์สำหรับมือ 18S rRNAยีนมี 18S-F (50-CACCAGGTTGATTCTGCCTGA) และ 18S R(50-TCTGAAATAGTGACGGGCGG) ปฏิกิริยา PCR อยู่200 lM ละ dNTP, 0.2 lM แต่ละพื้น ตรี – HCl 10 มม.(pH 9.0), 50 mM KCl, MgCl2, 1.5 mM 2.5 U Taq DNA พอลิเมอเรสและ 1 จะแยกดีเอ็นเอ (10 ng ไป 100 ng จะ1). ขยายการได้ดำเนินการกับพารามิเตอร์ต่อไปนี้ขี่จักรยาน: เริ่มต้นdenaturation ที่ 94 C สำหรับ 3 นาที ตาม ด้วยรอบ 35 ของC 94 สำหรับ 30 s, 55 C 30 s และ 72 C 1 นาที และตัวสุดท้ายส่วนขยายที่ 72 C สำหรับ 5 นาที ต่อ PCR ผลิตภัณฑ์ PCR ได้วิเคราะห์ในเจ 1.2% agarose ประกอบด้วยโบรไมด์ ethidium Aวงที่ 1 kb มี excised และสกัดสำหรับ DNA โคลนลงในเวกเตอร์ pGEM-T-ง่าย (Promega), และกำหนดให้เป็นโคลนpEHP-1 ผ่านการจัดลำดับของดีเอ็นเอ กำหนดแทรกโคลนจะ 1146-bp (หมายเลข GenBank KP759285) การค้นหาทำสำคัญคล้ายคลึงกับลำดับใน GenBankใช้ระเบิดที่ศูนย์แห่งชาติด้านเทคโนโลยีชีวภาพข้อมูล (NCBI)2.4 การติดฉลาก และใน situ hybridization โพรบดีเอ็นเอ pEHP 1 plasmid ถูกใช้เพื่อสร้างการโพรบสำหรับอิชโบโพรบยีนถูกติดป้าย digoxigenin-11-dUTP (Roche) ในการPCR reaction as described by Mari et al. (1998). The primers usedfor the labeling reaction were EHP-F (50-GGGAACGACGAACGGCTCAG) and EHP-R1 (50-TGCCTTGATGAGACACTGTT) that generated a1.1 kb fragment. Following PCR, the digoxigenin-labeled DNAprobe was precipitated with ethanol, re-suspended in water, andstored at 20 C. The probe for cotton shrimp disease,Pleistophora-like microsporidium, was generated from a cloned16S RNA gene region.The Davidson’s AFA fixed shrimp were processed, embedded inparaffin, and sectioned (4 lm thick) in accordance with standardmethods (Lightner, 1996). After deparaffinization, hydration,proteinase K digestion, and post-fixation, sections were overlaidwith 500 ll of hybridization solution (4 SSC, 50% formamide,1 Denhardt’s solution, 5% dextran sulfate, 0.5 lg/ml salmonsperm DNA) containing the EHP probe (0.2 lg/ml). Slides wereplaced on a heated surface at 90 C for 10 min and hybridized overnightat 42 C. Final detection was performed withanti-digoxigenin antibody conjugated to alkaline phosphatase(Roche) that was visualized using nitroblue tetrazolium and5-bromo-4-chloro-3-indolyl phosphate.2.5. EHP PCR assayFor PCR assays, PuReTaq Ready-To-Go PCR beads were used. Theprimers for detecting the EHP are EHP-510F (50-GCCTGAGAGATGGCTCCCACGT) and EHP-510R (50-GCGTACTATCCCCAGAGCCCGA).Amplifications were performed with the following cyclingparameters: initial denaturation at 94 C for 3 min, followed byรอบ 35 ของ 94 C สำหรับ 30 s, 60 C 30 s และ 72 C สำหรับ 30 s และ aส่วนขยายที่สุดท้ายที่ 72 C สำหรับ 5 นาที3. ผลลัพธ์ และ
การแปล กรุณารอสักครู่..
