The extracts were analysed by LC–MS

The extracts were analysed by LC–MS/MS on a Shimadzu
Prominance Nano HPLC (Japan) coupled to a Triple TOF 5600 mass
spectrometer (ABSCIEX, Canada) equipped with a nano
electrospray ion source. The peptide extract, 10 lL, was injected
onto a 50 mm  300 lm C18 trap column (Agilent Technologies,
Australia) at 60 lL/min. The samples were de-salted on the trap
column for 5 min using 0.1% formic acid at 60 lL/min. The trap column
was then placed in-line with the analytical nano HPLC column
(150 mm  100 lm 300SBC18, 3.5 lm, Agilent Technologies,
Australia) for mass spectrometry analysis. Linear gradients of
2–80% solvent B over 40 min at 500 nL/min flow rate, followed
by a steeper gradient from 80% to 96% solvent B in 1 min and held
for 5 min, were used for peptide elution. Solvent A consisted of
0.1% formic acid and solvent B contained 90% acetonitrile with
0.1% formic acid. The ionspray voltage was set to 2200 V, declustering
potential (DP) 100 V, curtain gas flow 25, nebuliser gas 1 (GS1)
12 and interface heater at 160 C. Full scan TOF-MS data were
acquired over the mass range 300–1800 and MS/MS 80–1400 for
product ion. The data was acquired and processed using Analyst
TF 1.6.1 software (ABSCIEX, Canada).
Raw mass spectra data files were submitted to ProteinPilot software
(v.4.5, AB SCIEX) employing the Paragon Algorithm for peptide
and protein identification. Separate searches were conducted
against the Universal Protein Knowledge Base (UniProtKB, release
2014_09) for Glycine max and Fabaceae, each combined with a
database of common contaminants. The search parameters were
defined as iodoacetamide modified for cysteine alkylation and
trypsin as the digestion enzyme. The criteria for positive protein
identification were proteins with a ProteinPilotTM unused score P 2,
P95% confidence and with a minimum of three unique peptides.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สารสกัดถูกวิเคราะห์ โดย LC – MS/MS บน ShimadzuProminance Nano HPLC (ญี่ปุ่น) ควบคู่ไปเป็นมวลทริ TOF 5600เครื่องสเป็คโตรมิเตอร์ (ABSCIEX แคนาดา) มีแบบนาโนแหล่งไอออนมิกส์ สารสกัดจากเปปไทด์ 10 lL ถูกฉีดลงในคอลัมน์ lm C18 กับดัก 50 มม. 300 (Agilent เทคโนโลยีออสเตรเลีย) เวลา 60 นาทีจะ ตัวอย่างถูก de-เค็มบนกับดักคอลัมน์ 5 นาทีใช้ 0.1% กรดฟอร์มิกที่ lL 60 นาที คอลัมน์กับดักวางในบรรทัด ด้วยนาโนวิเคราะห์คอลัมน์ HPLC(300SBC18 150 มม. 100 lm, 3.5 lm, Agilent เทคโนโลยีออสเตรเลีย) สำหรับการวิเคราะห์รเมท การไล่ระดับสีเชิงเส้นของตาม 2-80% ตัวทำละลาย B กว่า 40 นาที 500 nL/นาที อัตราการไหลโดยย่งกาจัด และไล่ระดับจาก 80% 96% ตัวทำละลาย B ใน 1 นาที5 นาที ใช้สำหรับเปปไทด์ชะ ประกอบด้วยตัวทำละลาย A0.1% กรดฟอร์มิกและตัวทำละลาย B อยู่ 90% acetonitrile ด้วย0.1% กรด แรงดันไฟฟ้า ionspray ถูกตั้งค่าให้ 2200 V, declusteringศักยภาพ (DP) 100 V ม่านแก๊สไหล 25, nebuliser ก๊าซ 1 (GS1)12 และเครื่องทำน้ำอุ่นอินเตอร์เฟซที่ 160 C. เต็มแกน TOF MS ข้อมูลถูกซื้อ 80 – 1400 สำหรับมวล 300-1800 และ MS/MSผลิตภัณฑ์ไอออน ข้อมูลมา และประมวลผลโดยใช้นักวิเคราะห์TF 1.6.1 ซอฟต์แวร์ (ABSCIEX แคนาดา)ส่งมาที่ ProteinPilot ซอฟต์แวร์แฟ้มข้อมูลดิบมวลสเปกตรัม(v.4.5, AB SCIEX) ขั้นตอนวิธีสำหรับเปปไทด์พารากอนและรหัสโปรตีน ได้ดำเนินการค้นหาที่แยกต่างหากกับสากลโปรตีนฐานความรู้ของ (UniProtKB ปล่อย2014_09) สำหรับ Glycine max และซี้อี้ แต่ละรวมกับการฐานข้อมูลทั่วไปปน พารามิเตอร์การค้นหาได้กำหนดเป็น iodoacetamide แก้ไข cysteine alkylation และทริปซินเป็นเอนไซม์ย่อยอาหาร เกณฑ์สำหรับโปรตีนบวกรหัสเป็นโปรตีนกับ ProteinPilotTM ที่ไม่ได้ใช้คะแนน P 2P95% ความมั่นใจ และ อย่างน้อยสามเฉพาะเปปไทด์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สารสกัดถูกวิเคราะห์โดย LC-MS / MS บน Shimadzu
Prominance นาโน HPLC (ญี่ปุ่น) คู่กับทริปเปิ TOF 5600 มวล
สเปกโตรมิเตอร์ (ABSCIEX แคนาดา) พร้อมกับนาโน
แหล่งกำเนิดไอออน electrospray สารสกัดเปปไทด์ 10 LL ถูกฉีด
ลงบน 50 มม? 300 LM ดัก C18 คอลัมน์ (Agilent Technologies,
ออสเตรเลีย) ที่ 60 LL / นาที ตัวอย่างถูกยกเลิกเค็มในกับดัก
คอลัมน์เป็นเวลา 5 นาทีโดยใช้กรดฟอร์มิ 0.1% ที่ 60 LL / นาที คอลัมน์ดัก
ถูกวางไว้แล้วในสอดคล้องกับการวิเคราะห์คอลัมน์ HPLC นาโน
(150 มิลลิเมตร 100 LM 300SBC18 3.5 LM, Agilent Technologies,
ออสเตรเลีย) สำหรับการวิเคราะห์มวลสาร การไล่ระดับสีเชิงเส้นของ
2-80% เป็นตัวทำละลาย B กว่า 40 นาทีที่ 500 nL / อัตราการไหลนาทีตาม
ด้วยการไล่ระดับสีชันจาก 80% เป็น 96% ตัวทำละลาย B ใน 1 นาทีและจัดขึ้น
เป็นเวลา 5 นาทีถูกนำมาใช้สำหรับการชะเปปไทด์ ตัวทำละลายประกอบด้วย
กรด 0.1% และตัวทำละลาย B มี acetonitrile 90% มี
กรด 0.1% แรงดันไฟฟ้า ionspray ถูกตั้ง 2200 V, declustering
ศักยภาพ (DP) 100 V, ผ้าม่านการไหลของก๊าซ 25 Nebuliser ก๊าซที่ 1 (GS1)
12 และอินเตอร์เฟซที่เครื่องทำความร้อนที่ 160 องศาเต็มสแกนข้อมูล TOF-MS ถูก
ที่ได้มาในช่วงมวล 300- 1800 และ MS / MS 80-1400 สำหรับ
ไอออนสินค้า ข้อมูลที่ได้มาและการประมวลผลโดยใช้นักวิเคราะห์
TF 1.6.1 ซอฟแวร์ (ABSCIEX แคนาดา).
ไฟล์ข้อมูลดิบมวลสเปกตรัมที่ถูกส่งไปยังซอฟต์แวร์ ProteinPilot
(v.4.5, AB SCIEX) จ้างพารากอนอัลกอริทึมสำหรับเปปไทด์
และโปรตีนประจำตัวประชาชน ค้นหาเฉพาะกิจได้ดำเนินการ
กับฐานความรู้ของโปรตีนสากล (UniProtKB ปล่อย
2014_09) สำหรับ Glycine แม็กซ์และซี้อี้แต่ละรวมกับ
ฐานข้อมูลของสารปนเปื้อนที่พบบ่อย พารามิเตอร์การค้นหาที่ถูก
กำหนดให้เป็น iodoacetamide แก้ไข alkylation cysteine ​​และ
trypsin เป็นเอนไซม์ย่อยอาหาร เกณฑ์สำหรับการโปรตีนบวก
บัตรประจำตัวที่มีโปรตีนที่มีคะแนนที่ไม่ได้ใช้ ProteinPilotTM P 2
ความเชื่อมั่น% P95 และมีอย่างน้อยสามเปปไทด์ที่ไม่ซ้ำกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สารสกัดและวิเคราะห์โดย LC MS / MS ที่ Shimadzuprominance นาโนกรัม ( ญี่ปุ่น ) คู่กับสาม tof 5600 มวลสเปกโตรมิเตอร์ ( absciex , แคนาดา ) พร้อมกับ นาโนแหล่งที่มาวิธีพ่นละอองไฟฟ้าไอออน สารสกัดจากเปปไทด์ 10 จะถูกฉีดลง 50 mm 300 Lm c18 กับดักคอลัมน์ ( Agilent เทคโนโลยีออสเตรเลีย ) / นาทีที่ 60 จะจำนวนเดเค็มบนกับดักคอลัมน์สำหรับ 5 นาทีใช้ 0.1% กรดที่ 60 จะ / นาที กับดัก คอลัมน์ถูกวางไว้แล้วในบรรทัด ด้วยการวิเคราะห์ HPLC คอลัมน์นาโน( 150 มม. 100 LM 300sbc18 3.5 โดย Agilent , เทคโนโลยีออสเตรเลีย ) สำหรับการวิเคราะห์มวลสาร . การไล่สีแบบเชิงเส้นของ2 – 80% ตัวทำละลาย B มากกว่า 40 นาที 500 nl / min อัตราการไหลตามโดยมีความลาดชันจาก 80% ถึง 96% ตัวทำละลาย B ใน 1 นาทีและจัดขึ้นสำหรับ 5 นาทีที่ใช้เปปไทด์ชนิด . ตัวทำละลาย A ประกอบด้วย0.1% กรดและตัวทำละลาย B ที่มีอยู่ 90% ไนด้วย0.1% กรด . การ ionspray แรงดันตั้ง 2200 V , declusteringศักยภาพ ( DP ) 100 V , ผ้าม่านการไหลของแก๊ส 25 , 1 ( GS1 ) Nebuliser แก๊ส12 และอินเตอร์เฟซที่ 160 C เครื่องสแกนเต็มรูปแบบข้อมูล tof-ms คือได้ผ่านช่วงมวล 300 – 1 , 800 และ MS / MS 80 – 1400 สำหรับรายละเอียดสินค้า ข้อมูลที่ได้มาวิเคราะห์และประมวลผลโดยใช้TF ดาวน์โหลดซอฟต์แวร์ ( absciex , แคนาดา )ข้อมูลสเปกตรัมมวลไฟล์ RAW ได้ถูกส่งไปยัง proteinpilot ซอฟต์แวร์( v.4.5 , AB sciex ) โดยใช้ขั้นตอนวิธีของเปปไทด์ พารากอนและระบุโปรตีน จำนวนการค้นหา แยกกับสากลโปรตีนฐานความรู้ ( uniprotkb ปล่อย2014_09 ) Glycine max และวงศ์ถั่วแต่ละรวมกับฐานข้อมูลของสารปนเปื้อนทั่วไป พารามิเตอร์การค้นหาคือหมายถึง การปรับเปลี่ยนและ iodoacetamide กรดอะมิโนแอลคิเลชันเป็นการย่อยอาหารเอนไซม์เอนไซม์ เกณฑ์สำหรับโปรตีนบวกรหัสเป็นโปรตีนที่มี proteinpilottm ไม่ได้ใช้คะแนน P 2p95 % ความมั่นใจและมีอย่างน้อยสามเปปไทด์ที่ไม่ซ้ำกัน