ResultsPhylogenetics of the Chrysog

Results
Phylogenetics of the Chrysogenum complex
The same species assignments were seen in all four loci
neighbour-joining trees (Fig 2, Figs S1e4). NRRL-792 and CBS-
101347 were assigned to the ‘Fleming species’ as described
by Henk et al. (2011), and NRRL-834, NRRL-841, CBS-302.67,
CBS-306.48 and CBS-118871 were assigned to the P. chrysogenum
species. Close ancestors of the Chrysogenumcomplex
were excluded from the four species groups as expected.

Consistent with the findings of Houbraken et al. (2011), the
type strain of P. rubens, NRRL-792, was placed within the
‘Fleming species’, and this species is correctly named P.
rubens. Species A and Species B described by Henk et al. (2011)
were not accounted for by a type strain and, therefore, will be
diagnosed and formally assigned new taxonomic names in
this paper. Species A will be named P. floreyi and Species B
named P. chainii (see section on Taxonomy). The species here
have been compared to the clades proposed by Scott et al. 2004
(Fig S5). P. chrysogenum includes Scott clades 1, 2 and 3, P.
rubens is Scott clade 4 and the two new species were not
described under the Scott clades.

*BEAST analysis resulted in large effective sample sizes
(ESS ¼ 476e48 517) with convergence on all parameters. The
mutation rate for ITS equalled 1.46  10
9 yr
1 compared to
4.54e5.23  10
9 for the other three loci (Fig S6). The species
Yule birth rate was 6.7  10
7 per yr (0.67 new species every
1 million yr).

Unlike Henk et al. (2011), we included closely related ancestors
of the Chrysogenumcomplex. Divergence of Chrysogenum
complex species from the ancestors, P. flavigenum, P. mononematosum
and P. confertum occurred 2.75 MYA (95 % highest
posterior density (HPD) ¼ 1.1  106e5.0  106), supported by
posterior probability value of 1 (Fig 3). P. flavigenum was
ancestral to both P. mononematosum and P. confertum with
divergence occurring 1.86 MYA. The Chrysogenum species
complex diverged 0.75 MYA (HPD ¼ 2.4  105e1.4  106) supported
by posterior value of 1 (Fig 3). We demonstrate a divergence
time comparable to that of Henk et al. (0.8 MYA) using a
different data set including close ancestors of the Chrysogenum
complex and additional type isolates, such as P. rubens (NRRL-
792). Our suggested divergence of the four Chrysogenum complex
species was into two main branches with P. rubens and P.
floreyi diverging in branch one, and P. chrysogenum and P. chainii
diverging in branch two. Posterior values for these divergences
were 0.36 and 0.34 respectively; therefore, the relative positioning
of divergences cannot be stated with certainty,
although, the mean node ages suggest divergence 0.47 and
0.45MYA.
Species-specific primers for P. chrysogenum, P. ru

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลลัพธ์วงศ์วานวิวัฒนาการของคอมเพล็กซ์ Chrysogenumกำหนดชนิดเดียวกับที่เห็นในทั้งหมด 4 lociรวมเพื่อนบ้านต้นไม้ (ฟิก 2 มะเดื่อ S1e4) NRRL-792 และ CBS101347 ถูกกำหนดให้กับ 'พันธุ์เฟลมมิง' ดังที่โดย Henk et al. (2011), และ NRRL-834, NRRL-841, CBS 302.67CBS 306.48 และ CBS 118871 ถูกกำหนดให้กับ P. chrysogenumสายพันธ์ บรรพบุรุษของ Chrysogenumcomplex ปิดถูกแยกออกจากกลุ่มพันธุ์สี่ตามที่คาดไว้สอดคล้องกับผลการวิจัยของ Houbraken et al. (2011), การต้องใช้ชนิดของรูเบนส์ P., NRRL-792 ถูกวางไว้ภายใน'เฟลมิงพันธุ์' และนกชนิดนี้ถูกตั้งชื่อพีรูเบนส์ พันธุ์ A และพันธุ์ B อธิบายโดย Henk et al. (2011)ก็ไม่คิด โดยต้องใช้ชนิด และ ดังนั้น จะการวินิจฉัย และกำหนดอย่างเป็นกิจจะลักษณะอนุกรมวิธานชื่อใหม่ในเอกสารนี้ พันธุ์ A จะตั้งชื่อ P. floreyi และสายพันธุ์ Bชื่อ P. chainii (ดูส่วนบนระบบ) ชนิดที่นี่มีการเปรียบเทียบกับ clades เสนอโดยสก็อต et al. 2004(ฟิก S5) P. chrysogenum รวม clades สก็อต 1, 2 และ 3, P.รูเบนส์เป็น clade สก็อต 4 และไม่มีสองสายพันธุ์ใหม่อธิบายภายใต้ clades สก็อต* ผลการวิเคราะห์สัตว์ขนาดใหญ่อย่างมีประสิทธิภาพ(ESS ¼ 476e48 517) กับพารามิเตอร์ทั้งหมดที่บรรจบกัน ที่อัตราการกลายพันธุ์ของ 1.46 equalled 10 9 ปีเมื่อเทียบกับ 14.54e5.23 10 9 สำหรับการอื่น ๆ 3 loci (ฟิก S6) สายพันธุ์อัตราการเกิดของเทศกาลคริสต์มาสคือ 6.7 7 10 ต่อปี (0.67 พันธุ์ใหม่ทุกล้านปี)ต่างจาก Henk et al. (2011), เรารวมบรรพบุรุษที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดของ Chrysogenumcomplex Divergence Chrysogenumสปีชีส์ซับซ้อนจากบรรพบุรุษ P. flavigenum, P. mononematosumและ P. confertum MYA 2.75 (95% สูงสุดหลังความหนาแน่น (HPD) ¼ 1.1 106e5.0 106), สนับสนุนโดยค่าความน่าเป็นหลัง 1 (ฟิก 3) P. flavigenum มีโบราณ P. mononematosum และ P. confertum มีdivergence เกิดขึ้น 1.86 MYA พันธุ์ Chrysogenumคอมเพล็กซ์ diverged 0.75 MYA (HPD ¼ 2.4 105e1.4 106) ได้รับการสนับสนุนโดยค่าหลัง 1 (ฟิก 3) เราแสดงให้เห็นถึงการ divergenceเทียบได้กับ Henk et al. (0.8 MYA) ที่ใช้เวลาการชุดข้อมูลแตกต่างกันรวมทั้งบรรพบุรุษของ Chrysogenum ปิดซับซ้อน และเพิ่มเติมชนิดแยก เช่น P. รูเบนส์ (NRRL-792) การ divergence ของเราแนะนำของคอมเพล็กซ์ Chrysogenum สี่พันธุ์ได้เป็นสองสาขาหลักกับรูเบนส์ P. P.floreyi เถรในสาขาหนึ่ง P. chrysogenum และ P. chainiiเถรในสาขา 2 หลังค่า divergences เหล่านี้มี 0.36 และ 0.34 ตามลำดับ ดังนั้น ญาติตำแหน่งของ divergences ไม่ได้ระบุไว้ ด้วยความเชื่อมั่นถึงแม้ว่า อายุเฉลี่ยโหนแนะนำ divergence 0.47 และ0.45MYAไพรเมอร์ species-specific สำหรับ P. chrysogenum, P. ru

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผล
Phylogenetics ที่ซับซ้อน Chrysogenum
งานที่มอบหมายให้สายพันธุ์เดียวกันได้เห็นในตำแหน่งทั้งสี่เพื่อนบ้านเข้าสู่ต้นไม้ (รูปที่ 2 มะเดื่อ S1e4)
NRRL-792 และ CBS-
101,347 ได้รับมอบหมายให้ 'ชนิดเฟลมมิ่ง'
ตามที่อธิบายไว้โดยHenk et al, (2011) และ NRRL-834, NRRL-841, CBS-302.67,
ซีบีเอสและซีบีเอส 306.48-118871 ได้รับมอบหมายให้ chrysogenum
พีสปีชีส์ ปิดบรรพบุรุษของ Chrysogenumcomplex
ได้รับการยกเว้นจากสี่กลุ่มสายพันธุ์ตามที่คาดไว้. สอดคล้องกับผลการวิจัยของ Houbraken et al, (2011) ที่สายพันธุ์ชนิดของพีรูเบนส์ NRRL-792 ถูกวางภายใน 'ชนิดเฟลมมิ่ง' และสายพันธุ์นี้เป็นชื่ออย่างถูกต้องพีรูเบนส์ สายพันธุ์ A และสายพันธุ์ B อธิบายโดย Henk et al, (2011) เขาไม่ได้คิดโดยสายพันธุ์ชนิดและจึงจะได้รับการวินิจฉัยอย่างเป็นทางการและได้รับมอบหมายชื่อการจัดหมวดหมู่ใหม่ในบทความนี้ สายพันธุ์ที่จะได้รับการตั้งชื่อตามชื่อพี floreyi และสายพันธุ์ B ชื่อพี chainii (ดูส่วนที่เกี่ยวกับอนุกรมวิธาน) ชนิดที่นี่ได้รับการเปรียบเทียบกับ clades ที่เสนอโดยสกอตต์, et al 2004 (รูปที่ S5) พี chrysogenum รวมถึงสกอตต์ clades 1, 2 และ 3 พีรูเบนส์เป็นสกอตต์clade 4 และทั้งสองสายพันธุ์ใหม่ที่ไม่ได้อธิบายภายใต้สกอตต์clades. * การวิเคราะห์ BEAST ส่งผลให้ขนาดตัวอย่างที่มีประสิทธิภาพขนาดใหญ่(ESS ¼ 476e48 517) ที่มีการบรรจบกันใน พารามิเตอร์ทั้งหมด อัตราการกลายพันธุ์สำหรับ ITS เท่ากับ 1.46? 10 9 ปี 1 เมื่อเทียบกับ4.54e5.23? 10 9 สำหรับอีกสามตำแหน่ง (รูปที่ S6) ชนิดที่อัตราการเกิดเทศกาลคริสต์มาสเป็น 6.7? 10? 7 ต่อปี (0.67 สายพันธุ์ใหม่ทุก1000000 ปี). ซึ่งแตกต่างจาก Henk et al, (2011) เรารวมถึงบรรพบุรุษที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดของChrysogenumcomplex ความแตกต่างของ Chrysogenum สายพันธุ์ที่ซับซ้อนจากบรรพบุรุษที่ flavigenum พีพี mononematosum พี confertum เกิดขึ้น 2.75 ม (95% สูงสุดหนาแน่นหลัง(HPD) ¼ 1.1? 106e5.0? 106) โดยการสนับสนุนจากค่าน่าจะเป็นหลังที่1 ( รูปที่ 3) พี flavigenum เป็นบรรพบุรุษทั้งmononematosum พีพี confertum ที่มีความแตกต่างที่เกิดขึ้น1.86 ม ชนิด Chrysogenum ซับซ้อนแยก 0.75 ม (HPD ¼ 2.4? 105e1.4? 106) ได้รับการสนับสนุนโดยค่าหลังที่1 (รูปที่ 3) เราแสดงให้เห็นถึงความแตกต่างเวลาเทียบเท่ากับที่ของ Henk et al, (0.8 ม) โดยใช้ข้อมูลชุดที่แตกต่างกันรวมทั้งบรรพบุรุษใกล้ชิดของChrysogenum ประเภทที่ซับซ้อนและแยกเพิ่มเติมเช่นพีรูเบนส์ (NRRL- 792) ความแตกต่างที่เราแนะนำในสี่ Chrysogenum ซับซ้อนชนิดก็เป็นสองสาขาหลักที่มีรูเบนส์และพีพีfloreyi แยกสาขาหนึ่งและพีพี chrysogenum chainii แยกสาขาสอง ค่าหลังสำหรับความแตกต่างเหล่านี้เป็น 0.36 และ 0.34 ตามลำดับ ดังนั้นการวางตำแหน่งญาติของความแตกต่างไม่สามารถระบุด้วยความมั่นใจ, แม้ว่าวัยโหนดแนะนำแตกต่างเฉลี่ย 0.47 และ0.45MYA. ไพรเมอร์สายพันธุ์ที่เฉพาะเจาะจงสำหรับ chrysogenum พีพีหรุ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลลัพธ์
ไฟโลเจเนติกของเก๊กฮวยซับซ้อน
เหมือนกันงานชนิดเห็นทั้งหมด 4 ตำแหน่ง
เพื่อนบ้านเข้าร่วมต้นไม้ ( มะเดื่อ 2 , มะเดื่อ s1e4 ) และ nrrl-792 CBS -
101347 ได้รับ ' เฟลมมิ่งชนิดตามที่อธิบาย
โดยแฮงก์ et al . ( 2011 ) และ nrrl-834 nrrl-841 cbs-302.67
, , , cbs-306.48 cbs-118871 และได้รับหน้าเก๊กฮวย
ชนิดปิดบรรพบุรุษของ chrysogenumcomplex
ได้รับการยกเว้นจากสี่ชนิดกลุ่มเท่าที่ควร

สอดคล้องกับผลการวิจัยของ houbraken et al . ( 2011 ) ,
ชนิดสายพันธุ์ของพี รูเบนส์ , nrrl-792 ถูกวางไว้ภายใน
'fleming ชนิด และชนิดนี้ถูกตั้งชื่อหน้า
รูเบนส์ . ชนิดและสายพันธุ์ B อธิบายโดยแฮงก์ et al . ( 2011 )
ไม่คิดตามประเภทและสายพันธุ์ ดังนั้นจะวินิจฉัยและกำหนดชื่ออย่างเป็นทางการ

กระดาษใหม่ในหมวดหมู่นี้ ชนิดจะชื่อ พี floreyi และสายพันธุ์ B
ชื่อหน้า chainii ( ดูหมวดอนุกรมวิธาน ) ชนิดตรงนี้
ได้รับเมื่อเทียบกับ clades เสนอโดย Scott et al . 2004
( มะเดื่อ S5 ) หน้ารวม clades เก๊กฮวยสก๊อต 1 , 2 และ 3 P .
รูเบนส์สก๊อต clade 4 และสองสายพันธุ์ใหม่ไม่ได้
อธิบายภายใต้สก็อต clades

* การวิเคราะห์ผลในสัตว์ที่มีขนาดใหญ่ขนาดตัวอย่าง
( ESS ¼ 476e48 517 ) นอกจากนี้ในพารามิเตอร์ทั้งหมด
อัตราการกลายพันธุ์ของเท่ากับ 1.46  10
9 ปี
1 เทียบกับ
4.54e5.23  10
9 อีก 3 ตำแหน่ง ( มะเดื่อ s6 ) ชนิด
ยูลอัตราการเกิดคือ 6.7  10
7 ต่อปี ( ชนิดใหม่ 0.67 ทุก
1 ล้านปี )

ไม่เหมือนแฮงก์ et al . ( 2011 )เรารวมอย่างใกล้ชิดที่เกี่ยวข้องกับบรรพบุรุษของ chrysogenumcomplex
. ความแตกต่างของเก๊กฮวย
ซับซ้อนชนิด จากบรรพบุรุษ , หน้า flavigenum , หน้า mononematosum
. confertum เกิดขึ้น 2.75 เมียะ ( 95% ของกระดูกสูงสุด
( ตำรวจ ) ¼ 1.1  106e5.0  106 ) , การสนับสนุนโดย
ค่าความน่าจะเป็นภายหลัง 1 ( ตารางที่ 3 ) หน้า flavigenum คือ
บรรพบุรุษทั้งหน้า mononematosum confertum ด้วย
.ความแตกต่างที่เกิดขึ้น 1.86 เมียะ . ส่วนเก๊กฮวยชนิด
ซับซ้อนแยกออก 0.75 เมียะ ( ตำรวจ¼ 2.4  105e1.4  106 ) ได้รับการสนับสนุนโดยค่าด้านหลัง
1 ( รูปที่ 3 ) เราแสดงให้เห็นถึงความแตกต่าง
เวลาที่เทียบเท่ากับที่ของแฮงก์ et al . ( 0.8 เมียะ ) โดยใช้ชุดข้อมูลที่แตกต่างกันรวมทั้งปิด

ที่บรรพบุรุษของเก๊กฮวยและแยกประเภทเพิ่มเติม เช่น พี รูเบน ( NRRL -
792 )เราพบความแตกต่างของชนิดซับซ้อน
4 เก๊กฮวยเป็นสองสาขาหลักกับหน้ารูเบนส์และ P .
floreyi 2 กิ่งหนึ่ง , เก๊กฮวย , chainii
2 สาขา 2 ค่าด้านหลังสำหรับความแตกต่างเหล่านี้
คือ 0.36 และ 0.34 ตามลำดับ ดังนั้น ญาติของ divergences ไม่สามารถระบุตำแหน่ง

ถึงแม้ว่า อย่างแน่นอนหมายถึงโหนดวัยแนะนำ Divergence 0.47 และ

0.45mya . โดยเฉพาะชนิดพี เก๊กฮวย พีรู