2.3. Data analysisGenetic variabili

2.3. Data analysis
Genetic variabilitywasmeasured by number of alleles, observed and
expected heterozygosity and effective number of alleles at each locus
using POPGENE version 1.32 (Yeh et al., 1999) and GeneAlEx version
6.41 (Peakall and Smouse, 2006). Hardy–Weinberg Equilibrium in
each population using Fisher exact test and genotypic disequilibrium
between all the pairs of loci in all the populations to know the independence
of lociwere performed using Genepop version 3.1 (Raymond and
Rousset, 1995). Frequency of null alleles in all the populations at each
locus was estimated by Micro-checker computer program (Oosterhout
et al., 2004; Chakarborty et al., 1992). The population bottleneck was
studied by Bottleneck version 1.2.02 (Cornuet and Luikart, 1996).
Wilcoxon signed ranked test and mode shift indicator test were performed
to check bottleneck. The differentiation between populations
was measured by F-statistics using FSTAT version 2.9.3.2 (Goudet,
1995). The Neighbor-Joining tree was constructed using the corrected
FST in PopTree2 (Takezaki et al., 2009). The regression of FST (1-FST) on
the natural log of geographical distance was studied to investigate the
relationship between genetic differentiation and geographic distance
(Fo, 1997). A Bayesian clustering analysis was carried out using
STRUCTURE version 2.3.4 to cluster individuals into k grouping
(Pritchard et al., 2000).

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3 การวิเคราะห์ข้อมูล
ทางพันธุกรรม variabilitywasmeasured จากจำนวนอัลลีลตั้งข้อสังเกตและ
คาดว่า heterozygosity และจำนวนที่มีประสิทธิภาพของอัลลีลในแต่ละสถานที
ใช้ POPGENE รุ่น 1.32 (Yeh et al., 1999) และ GeneAlEx รุ่น
6.41 (Peakall และ Smouse 2006) Hardy-Weinberg สมดุลใน
ประชากรโดยใช้การทดสอบฟิชเชอร์ที่แน่นอนและสมดุลทางพันธุกรรมในแต่ละ
ระหว่างคู่ทั้งหมดของตำแหน่งในประชากรทุกคนที่จะรู้ว่าเป็นอิสระ
ของ lociwere ดำเนินการโดยใช้ Genepop เวอร์ชัน 3.1 (เรย์มอนด์และ
Rousset, 1995) ความถี่ของอัลลีลโมฆะในประชากรทั้งหมดในแต่ละ
สถานทีเป็นที่คาดกันโดยโปรแกรมคอมพิวเตอร์ไมโครตรวจสอบ (Oosterhout
et al, 2004;. Chakarborty et al, 1992). ประชากรคอขวดได้รับการ
ศึกษาโดยคอขวดรุ่น 1.2.02 (Cornuet และ Luikart, 1996).
Wilcoxon ลงนามในการทดสอบและตัวบ่งชี้การเปลี่ยนแปลงโหมดการทดสอบการจัดอันดับได้ดำเนินการ
ในการตรวจสอบคอขวด ความแตกต่างระหว่างประชากร
โดยวัดจากสถิติ F-ใช้รุ่น fstat 2.9.3.2 (Goudet,
1995) ต้นไม้เพื่อนบ้านเข้าถูกสร้างขึ้นโดยใช้การแก้ไข
FST ใน PopTree2 (Takezaki et al., 2009) ถดถอยของ FST (1-FST) ใน
บันทึกของธรรมชาติของระยะทางของการศึกษาเพื่อศึกษา
ความสัมพันธ์ระหว่างความแตกต่างทางพันธุกรรมและระยะห่างทางภูมิศาสตร์
(Fo, 1997) การวิเคราะห์การจัดกลุ่มแบบเบย์ได้รับการดำเนินการโดยใช้
โครงสร้างเวอร์ชัน 2.3.4 กลุ่มบุคคลที่จะเข้าสู่การจัดกลุ่ม K
(Pritchard et al., 2000)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3 การวิเคราะห์ข้อมูลพันธุกรรม variabilitywasmeasured จำนวนอัลลีลที่พบและคาดว่าเฉพาะที่และมีประสิทธิภาพจำนวนอัลลีลในแต่ละโลกัสใช้รุ่น popgene 1.32 ( Yeh et al . , 1999 ) และรุ่น genealex6.41 ( peakall และ smouse , 2006 ) ฮาร์ดี - ไวน์เบิร์ก สมดุล ในประชากรที่ใช้ในการทดสอบและการทดสอบการขาดสมดุลย์ ฟิชเชอร์ แน่นอนระหว่างคู่ทั้งหมดของตำแหน่งในประชากรทั้งหมดว่า เอกราชของ lociwere โดยใช้รุ่น genepop 3.1 ( เรย์มอนด์ และรูเซ็ท , 1995 ) ความถี่ของยีนในประชากรทั้งหมดในแต่ละความเชื่อคือประมาณโดยคอมพิวเตอร์โปรแกรมตรวจสอบไมโคร ( Oosterhoutet al . , 2004 ; chakarborty et al . , 1992 ) ประชากรที่เป็นคอขวดใช้รุ่น 1.2.02 คอขวด ( และ cornuet luikart , 1996 )การจัดอันดับทดสอบ Wilcoxon signed และโหมดการทดสอบคือการเปลี่ยน ตัวบ่งชี้เพื่อตรวจสอบปัญหาคอขวด . ความแตกต่างระหว่างประชากรวัดจาก f-statistics ใช้รุ่น fstat ( goudet 2.9.3.2 ,1995 ) เพื่อนบ้านเข้าร่วม ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้การแก้ไขใน poptree2 f ( takezaki et al . , 2009 ) สมการของ f ( 1-fst )เข้าสู่ระบบธรรมชาติทางภูมิศาสตร์ ได้ทำการศึกษาทางไกลความสัมพันธ์ระหว่างพันธุกรรมที่แตกต่าง และ ภูมิศาสตร์ ระยะทาง( โฟ , 1997 ) เป็นระบบการวิเคราะห์ข้อมูลกระทำโดยใช้โครงสร้างรุ่น 2.3.4 กลุ่มบุคคลในกลุ่มเค( พริทชาร์ด et al . , 2000 )