The African elephants (Loxodonta af

The African elephants (Loxodonta africana), Asian elephants (Elephas maximus) and Woolly Mammoths (Mammuthus primigenius) diverged approximately 4-6 million years ago. The exact relationship amongst them has always remained controversial. Morphological studies have suggested a Mammuthus-Elephas clade while several others have supported Loxodonta-Mammuthus clade. Recently, phylogenetic trees based on mitochondrial DNA (mtDNA) and nuclear DNA sequences of respective elephants, also refuted each other. This has left the phylogenetic relationship between these elephants, unresolved. Present research was carried out in order to resolve this phylogeny and contribute towards further understanding of Elephantidae evolution. In the present investigation we attempted to resolve this phylogenetic relationship using a series of novel in silico methods and techniques. Initially, phylogenetic trees showing relationship between these three elephants (with Dugong dugon sequences serving as outgroups), were constructed via two methods (i.e. BIO-neighbor joining or BIO-NJ and Maximum parsimony or MP methods available in software, PHYLIP v.3.6a3) on the basis of mtDNA gene's and protein product's sequences. Results thus obtained were found to be unbiased such that phylogenetic trees supporting both types of clades were retrieved. To solve this problem we employed the approach of in silico restriction mapping of mtDNA as "tie-breaker" to select the correct set of phylogenetic trees. These restriction maps were built using the approach of Ferris et al. (1981) through the online software, Webcutter v.2.0. Restriction-map elucidated that Loxodonta and Mammuthus had 20.65% restriction sites in common, as compared to only 1.85% common sites between Elephas and Mammuthus. This analysis led us to conclusion that African elephant was a closer relative of Woolly Mammoth and not Asian Elephant. This result has important implications as it further resolves the Elephantidae phylogeny. Apart from that, the above results also increase the already existing rift between evolutionary trees made from fossil records and those made off molecular sequences. Such phylogenetic analysis has important implications in future for solving complex evolutionary relationships of species as well as in assisting the phylo-geographical studies of different species.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ช้างแอฟริกา (Loxodonta africana), (สกุลช้างเอเชีย maximus) ช้างเอเชีย และกล้วยป่า Mammoths (Mammuthus primigenius) diverged ประมาณ 4-6 ล้านปีที่ผ่านมา ความสัมพันธ์แน่นอนท่ามกลางพวกเขาได้เสมอยังคงแย้ง ศึกษาสัณฐานได้แนะนำ clade Mammuthus สกุลช้างเอเชียในขณะที่หลายคนได้สนับสนุน clade Loxodonta Mammuthus ล่าสุด ต้นไม้ phylogenetic mitochondrial DNA (mtDNA) และนิวเคลียร์ลำดับดีเอ็นเอช้างเกี่ยวข้อง ยังโต้แย้งกัน ซึ่งจากความสัมพันธ์ phylogenetic ระหว่างช้างเหล่านี้ ยัง วิจัยปัจจุบันได้ดำเนินการแก้ไข phylogeny นี้ และช่วยต่อเติม ความเข้าใจของวิวัฒนาการ Elephantidae ในปัจจุบัน เราพยายามที่จะแก้ไขความสัมพันธ์ phylogenetic นี้ใช้ชุดของนวนิยาย silico วิธีและเทคนิค เริ่มแรก phylogenetic ต้นไม้แสดงความสัมพันธ์ระหว่างช้างเหล่านี้สาม (กับพะยูน dugon ลำดับเสิร์ฟ outgroups), ถูกสร้างผ่านสองวิธี (เช่นไบโอบ้านรวม หรือ parsimony ไบ-NJ และสูงสุด หรือ MP วิธีในซอฟต์แวร์ PHYLIP v.3.6a3) ตามลำดับของ mtDNA ยีนและโปรตีนผลิตภัณฑ์ พบผลลัพธ์ที่ได้จึง เป็นคนที่สนับสนุนทั้งสองชนิด clades ต้นไม้ phylogenetic ถูกเรียก เพื่อแก้ปัญหานี้ เราจ้างลาดในการแม็ปจำกัด silico ของ mtDNA เป็น "ผูกตัด" เพื่อเลือกชุดถูกต้องของต้นไม้ phylogenetic แผนที่ข้อจำกัดเหล่านี้ถูกสร้างขึ้นโดยใช้วิธีการของ Ferris et al. (1981) ผ่านซอฟต์แวร์ออนไลน์ Webcutter v.2.0 ข้อจำกัดแผนที่ elucidated ว่า Loxodonta และ Mammuthus มีไซต์จำกัด 20.65% กัน เมื่อเทียบกับเพียง 1.85% ทั่วอเมริการะหว่างสกุลช้างเอเชียและ Mammuthus วิเคราะห์นี้นำเราไปสู่ข้อสรุปที่ว่าช้างแอฟริกามีญาติใกล้ชิดของแมมมอกล้วยป่าและช้างเอเชียไม่ ผลนี้มีนัยสำคัญเพิ่มเติมแก้ไข Elephantidae phylogeny นอกจากนั้น ผลลัพธ์ข้างต้นยังเพิ่มริฟท์อยู่ระหว่างต้นไม้วิวัฒนาการจากระเบียนฟอสและแปลงปิดลำดับโมเลกุล วิเคราะห์ phylogenetic ดังกล่าวมีนัยที่สำคัญในการแก้ไขความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการซับซ้อนชนิดเช่นในการช่วยศึกษา phylo ภูมิศาสตร์ของสายพันธุ์ต่าง ๆ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ช้างแอฟริกา (Loxodonta แอฟริกา), ช้างเอเชีย (Elephas สังฆ) และขน Mammoths (Mammuthus primigenius) แยกประมาณ 4-6000000 ปีที่ผ่านมา ความสัมพันธ์ที่แน่นอนในหมู่พวกเขายังคงเป็นที่ถกเถียงกันอยู่เสมอ การศึกษาทางสัณฐานวิทยาได้แนะนำ clade Mammuthus-Elephas ขณะที่คนอื่น ๆ ได้รับการสนับสนุน Loxodonta-Mammuthus clade เมื่อเร็ว ๆ นี้ต้นไม้ขึ้นอยู่กับยลดีเอ็นเอ (mtDNA) และลำดับดีเอ็นเอนิวเคลียร์ของช้างตามลำดับนอกจากนี้ยังข้องแวะกัน นี้ได้ออกจากความสัมพันธ์ของสายวิวัฒนาการระหว่างช้างเหล่านี้ได้รับการแก้ไข งานวิจัยนี้ได้รับการดำเนินการเพื่อแก้ปัญหาเชื้อชาตินี้และนำไปสู่​​ความเข้าใจต่อไปของวิวัฒนาการวงศ์เอลิฟานติดี ในการตรวจสอบในปัจจุบันที่เราพยายามที่จะแก้ปัญหาความสัมพันธ์ของสายวิวัฒนาการโดยใช้ชุดของนวนิยายในวิธีการ silico และเทคนิค ในขั้นต้นต้นไม้แสดงความสัมพันธ์ระหว่างทั้งสามช้าง (มีพะยูน dugon ลำดับที่ทำหน้าที่เป็น outgroups) ถูกสร้างขึ้นผ่านทางสองวิธี (เช่น BIO-เพื่อนบ้านมาร่วมงานหรือวิธีการ BIO-นิวเจอร์ซีย์และความประหยัดสูงสุดหรือ MP ที่มีอยู่ในซอฟแวร์, PHYLIP v.3.6a3 ) บนพื้นฐานของยีน mtDNA และลำดับผลิตภัณฑ์ของโปรตีน ผลที่ได้จึงพบว่ามีเป็นกลางเช่นที่ต้นไม้สนับสนุนทั้งสองประเภทของ clades ถูกดึง เพื่อแก้ปัญหานี้เราจ้างวิธีการในการทำแผนที่การ จำกัด silico ของ mtDNA เป็น "ผูกเบรกเกอร์" เพื่อเลือกชุดที่ถูกต้องของต้นไม้ แผนที่ข้อ จำกัด เหล่านี้ถูกสร้างขึ้นโดยใช้วิธีการของชิงช้าสวรรค์และคณะ (1981) ผ่านทางซอฟต์แวร์ออนไลน์ Webcutter v.2.0 ข้อ จำกัด แผนที่อธิบายว่า Loxodonta และ Mammuthus มี 20.65% เว็บไซต์ข้อ จำกัด ในการร่วมกันเมื่อเทียบกับเพียง 1.85% เว็บไซต์ร่วมกันระหว่าง Elephas และ Mammuthus การวิเคราะห์นี้จะนำเราไปสู่​​ข้อสรุปที่ว่าช้างแอฟริกันเป็นญาติใกล้ชิดของแมมมอ ธ ขนและไม่ช้างเอเชีย ผลที่ได้นี้มีความสำคัญเป็นมันต่อไปแก้ไขวงศ์เอลิฟานติดีเชื้อชาติ นอกเหนือจากที่ผลการดังกล่าวข้างต้นยังเพิ่มความแตกแยกที่มีอยู่แล้วระหว่างต้นไม้วิวัฒนาการที่ทำจากบันทึกฟอสซิลและผู้ที่ทำออกลำดับโมเลกุล การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการดังกล่าวมีผลกระทบที่สำคัญต่อไปในอนาคตสำหรับการแก้ความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการที่ซับซ้อนของสายพันธุ์เช่นเดียวกับในการให้ความช่วยเหลือการศึกษา phylo-ทางภูมิศาสตร์ของสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ช้างแอฟริกา ( แอฟริกาเอเชีย loxodonta ) , ช้าง ( แบบ Maximus ) และงาช้างแมมมอท ( แมมมูธัส primigenius ) ออกไปประมาณ 4-6 ล้านปีก่อน แน่นอนความสัมพันธ์ในหมู่พวกเขามีเสมอยังคงแย้ง การศึกษาลักษณะโครงสร้างได้แนะนำ clade แมมมูธัสแบบในขณะที่หลายอื่น ๆได้รับการสนับสนุน loxodonta แมมมูธัส clade . เมื่อเร็วๆ นี้phylogenetic ต้นไม้จากยลดีเอ็นเอ ( แสดง ) และนิวเคลียร์ลำดับดีเอ็นเอของช้างนั้น ยังข้องแวะกัน นี้ได้ทิ้งความสัมพันธ์ต่างๆระหว่างช้างเหล่านี้ ไม่ได้แก้ไข งานวิจัยนี้ได้ดำเนินการในการแก้ไขระบบเชื้อชาติ และมีส่วนร่วมต่อความเข้าใจต่อวิวัฒนาการวงศ์เอลิฟานติดี .ในการสอบสวน ปัจจุบันเราพยายามที่จะแก้ไขความสัมพันธ์ชนิดนี้ใช้ชุดใหม่สำหรับวิธีการและเทคนิค ตอนแรก phylogenetic ต้นไม้แสดงความสัมพันธ์ระหว่างเหล่านี้สามช้าง ( ดูกอง ดูกอนลำดับการให้บริการเป็น outgroups ) ได้สร้างผ่านวิธีการสองวิธี คือไบโอ เพื่อนบ้านร่วมหรือ bio-nj ตระหนี่สูงสุดและหรือวิธีการ ส.ส. ที่มีอยู่ในซอฟต์แวร์ phylip v.3.6a3 ) บนพื้นฐานของยีนและโปรตีนที่แสดงลำดับของผลิตภัณฑ์ ดังนั้นจึงได้พบว่ามีต้นไม้ที่เป็นกลางเช่น ซึ่งสนับสนุนทั้งสองประเภทของ clades ถูกดึงเพื่อแก้ปัญหานี้เราได้ใช้แนวทางของข้อ จำกัด สำหรับทำแผนที่แสดงเป็น " ไทเกอร์ " เพื่อเลือกชุดที่ถูกต้องของต้นไม้ phylogenetic . แผนที่ ข้อ จำกัด เหล่านี้ถูกสร้างขึ้นโดยใช้แนวทางของ Ferris et al . ( 1981 ) ผ่านซอฟต์แวร์ออนไลน์ webcutter คิด . แผนที่จำกัดมากและมีเว็บไซต์ที่ loxodonta แมมมูธัสจำกัด 20.65 % เหมือนกัน เมื่อเทียบกับเพียง 185% ทั่วไปเว็บไซต์ระหว่างแบบกับแมมมูธัส . การวิเคราะห์นี้จะทำให้เราสรุปได้ว่าช้างแอฟริกาเป็นญาติใกล้ชิดของช้างแมมมอท และไม่ . ผลนี้มีผลกระทบสำคัญเพิ่มเติมแก้ไขวงศ์เอลิฟานติดีระบบเชื้อชาติ . นอกเหนือจากนั้นผลลัพธ์ดังกล่าวยังเพิ่มความแตกแยกที่มีอยู่แล้วระหว่างต้นไม้วิวัฒนาการมาจากซากฟอสซิลและผู้ที่ทำจากโมเลกุลดังนี้ การวิเคราะห์ phylogenetic เช่นนี้ได้ที่สำคัญผลกระทบในอนาคตสำหรับการแก้ปัญหาที่ซับซ้อนวิวัฒนาการความสัมพันธ์ของชนิดรวมทั้งในการช่วยเหลือ phylo ทางภูมิศาสตร์การศึกษาชนิด