version of ClustalW software provid

version of ClustalW software provided by the Pasteur Institute
(http://bioweb.Pasteur.fr/seqanal/interfaces/clustalw-
simple.html) and manually corrected. Parsimony
analyses were carried out on the alignments using
PAUP* 4.0b10 for Macintosh (Sinauer Associates, Sunderland,
MA, USA).
2.4. RFLP analysis
Restriction maps of the L-tubulin gene sequences were
used to identify restriction enzyme combinations, which
could generate RFLP patterns that separated the Ceratocystis
species. Three separate restriction enzyme combinations
were chosen: triple digestion with NcoI, DdeI and
SacI, double digestion with ClaI and EcoRI, and single
digestion with HaeII. For RFLP analysis approximately
1 Wg of DNA was mixed with 2 U of each restriction
enzyme.
3. Results and discussion
For this study, we ¢rst required reliable PCR ampli¢cation
of the target L-tubulin genes. Previous work by our
laboratory showed that the primers T10 and T222 [17]
produced a 1-kb amplicon from species of Ophiostoma
[11]. When applied to Ceratocystis, these primers gave
weak ampli¢cation of a 1.45-kb fragment of a L-tubulin
gene from only a few isolates of C. pinicola, C. resinifera,
and C. polonica (data not shown). Based on an alignment
of these sequences a new primer, BT12, located about 120
bp 5P to the T222 site, was designed. Ampli¢cations using
T10 and BT12 with high quality DNA template consistently
produced a 1.3-kb amplicon from all Ceratocystis
species tested except for C. adiposa, which produced an
amplicon of 1.0 kb. PCR ampli¢cations from several Leptographium
and Ophiostoma species using T10 and BT12
consistently produced PCR amplicons of 900 bp (data not
shown). The requirement of pure DNA makes this technique
more laborious compared with techniques based on
highly repetitive sequences such as rDNA, in which PCR
directly from mycelia and spores is possible [12].
The Ceratocystis T10 and BT12 amplicons had

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รุ่นของซอฟต์แวร์ ClustalW โดย สถาบันปาสเตอร์(http://bioweb.Pasteur.fr/seqanal/interfaces/clustalw-simple.html) และแก้ไขด้วยตนเอง Parsimonyวิเคราะห์ได้ดำเนินการในการจัดแนวที่ใช้สำหรับ Macintosh (สมาคม Sinauer ซันเดอร์แลนด์ PAUP * 4.0b10MA, USA)2.4 การวิเคราะห์ RFLPแผนที่ยีน L tubulin ลำดับถูกจำกัดใช้ในการระบุข้อจำกัดเอนไซม์ชุด ที่สามารถสร้างรูปแบบ RFLP ที่คั่น Ceratocystisสายพันธ์ สามแยกเอนไซม์จำกัดชุดที่ถูกเลือก: สามย่อยอาหารกับ NcoI, DdeI และSacI ย่อยอาหารคู่ กับ ClaI และ EcoRI เดี่ยวย่อยอาหาร ด้วย HaeII สำหรับการวิเคราะห์ RFLP ประมาณWg 1 เอ็นถูกผสมกับ 2 U ของแต่ละข้อจำกัดเอนไซม์3. ผลลัพธ์ และสนทนาสำหรับการศึกษานี้ เราลอก rst จำเป็น cation หมาย ampli PCR ที่เชื่อถือได้ของยีนเป้าหมาย L tubulin งานก่อนหน้านี้โดยเราห้องปฏิบัติพบว่าไพรเมอร์อาคาร T10 และ T222 [17]ผลิต amplicon 1 kb จากพันธุ์ Ophiostoma[11] เมื่อใช้กับ Ceratocystis สังกะสี วัสดุเหล่านี้ให้cation หมาย ampli อ่อนของส่วน kb ดาวน์โหลด 1.45 ของ L-tubulinยีนจากเพียงไม่กี่แยกของ C. pinicola, C. resiniferaและ C. polonica (ข้อมูลไม่แสดง) ตามตำแหน่งที่ลำดับเหล่านี้ พื้นใหม่ 12 บาท อยู่ประมาณ 120bp 5P ไป T222 ถูกออกแบบมา ใช้เป็นของหายากเลข Ampliอาคาร T10 และ 12 บาทกับคุณภาพดีเอ็นเอต้นแบบอย่างสม่ำเสมอผลิต amplicon 1.3 kb จาก Ceratocystis ทั้งหมดสายพันธุ์ทดสอบยกเว้น C. adiposa การผลิตการamplicon ของ 1.0 kb PCR ampli ลอกเป็นของหายากจากหลาย Leptographiumและพันธุ์ Ophiostoma ใช้อาคาร T10 และ 12 บาทอย่างต่อเนื่องผลิต amplicons PCR ของ 900 bp (ข้อมูลไม่แสดง) เทคนิคนี้ทำให้ความต้องการของดีเอ็นเอบริสุทธิ์ลำบากมากเมื่อเทียบกับเทคนิคตามลำดับซ้ำสูงเช่น rDNA ใน PCR ที่โดยตรงจาก mycelia และเพาะเฟิร์นได้ [12]Amplicons Ceratocystis อาคาร T10 และ 12 บาทได้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รุ่นของซอฟต์แวร์ clustalw โดยสถาบันปาสเตอร์
( http : / / bioweb . ปาสเตอร์ . fr / seqanal / การเชื่อมต่อ / clustalw -
ง่ายๆ . html ) และการแก้ไขด้วยตนเอง . การวิเคราะห์ความตระหนี่
ถูกหามออกไปในการใช้
ยาจก * 4.0b10 สำหรับ Macintosh ( sinauer Associates , Sunderland ,
MA , USA ) .
2.4 . การวิเคราะห์
จำกัด : แผนที่ของ l-tubulin ลำดับยีนถูก
รุ่นของซอฟต์แวร์ clustalw โดยสถาบันปาสเตอร์
( http : / / bioweb . ปาสเตอร์ . fr / seqanal / การเชื่อมต่อ / clustalw -
ง่ายๆ . html ) และการแก้ไขด้วยตนเอง . การวิเคราะห์ความตระหนี่
ถูกหามออกไปในการใช้
ยาจก * 4.0b10 สำหรับ Macintosh ( sinauer Associates , Sunderland ,
MA , USA ) .
2.4 . การวิเคราะห์
จำกัด : แผนที่ของ l-tubulin ลำดับยีนถูก
ใช้เพื่อระบุผสมเอนไซม์ ซึ่งสามารถสร้างรูปแบบ :

ceratocystis ที่แยกชนิด สามแยกเอนไซม์ผสม
ถูกเลือก : สาม ncoi การย่อยด้วย , และ ddei
ซาซิ คู่กับ clai การย่อยอาหารและการย่อยด้วย EcoRI และเดียว
haeii . สำหรับการวิเคราะห์ RFLP ของ DNA ประมาณ
1 WG มาผสมกับ 2 U ของแต่ละเอนไซม์จำกัด
.
3ผลและการอภิปราย
ครั้งนี้เรา¢ RST ที่ต้องการที่เชื่อถือได้ PCR ampli ¢ไอออนบวก
ของเป้าหมาย l-tubulin ยีน ก่อนหน้านี้ทำงานโดยห้องปฏิบัติการของเรา
พบว่าไพรเมอร์และ t10 t222 [ 17 ]
ผลิตและ 1-kb จากชนิดของ ophiostoma
[ 11 ] เมื่อใช้กับ ceratocystis , ไพรเมอร์เหล่านี้ให้
อ่อนแอ ampli ¢ไอออนบวกของ 1.45-kb ชิ้นส่วนจาก l-tubulin
ยีนจากเพียงไม่กี่สายพันธุ์ของ pinicola , C .resinifera
C , และขัด ( ข้อมูลไม่แสดง ) ตามแนว
เหล่านี้ลำดับใหม่เช่น , 12 , ตั้งอยู่ประมาณ 120
BP 5P กับ t222 เว็บไซต์ , ออกแบบ ampli ¢แคตไอออนและใช้
t10 12 ที่มีคุณภาพสูงแม่แบบดีเอ็นเออย่างต่อเนื่อง
ผลิตและ 1.3-kb จากทั้งหมด ceratocystis
สายพันธุ์ทดสอบยกเว้น C adiposa ซึ่งผลิต
และ 1.0 KBPCR ampli ¢ไอออนบวกจากหลาย leptographium
ophiostoma ชนิดและใช้ t10 12
การผลิตอย่างต่อเนื่องและ PCR amplicons 900 BP ( ข้อมูลไม่
แสดง ) ความต้องการของบริสุทธิ์ดีเอ็นเอ ทำให้เทคนิคนี้
เพิ่มเติมลำบากเมื่อเทียบกับเทคนิคตามลำดับสูงๆ เช่นด้วย

โดยตรง ซึ่ง PCR จากเส้นใยและสปอร์เป็นไปได้ [ 12 ] .
ceratocystis t10 12 amplicons และมี