PCR itself is an important source o

PCR itself is an important source of errors and
biases in molecular studies of environmental samples.
Amplification efficiency of genes using whole bacterial
cells as template instead of extracted DNA can be
affected by the physiological state of the cells (Silva &
Batt, 1995). Differential or preferential amplification
of rRNA genes by PCR has been described by Reysenbach
et al. (1992). Recently, Suzuki and Giovannoni
(1996) found that preferential amplification might be
caused by reannealing of the template DNA thereby
inhibiting primer binding. Addition of acetamide to
the PCR reaction was used to facilitate template denaturation
and to prevent preferential amplification (Reysenbach
et al., 1992). Cosolvents, such as glycerol and
dimethylsulfoxide (DMSO) have also been used for
this purpose (Smith et al., 1990; Shen & Hohn, 1992;
Varadaraj and Skinner, 1994). Farrelly et al. (1995)
demonstrated the effect of genome size and the copy
number of 16S rRNA genes on the quantities of PCR
products. Another problem in the use of PCR to amplify
mixed target DNAs is the formation of socalled
chimeric molecules (Liesack et al., 1991; Kopczynski
et al., 1994). Computer algorithms, such as the
CHECK CHIMERA option in the Ribosomal Database
Project (RDP; Maidak et al., 1996), the Aligned
Similarity Method (RobisonCox
et al., 1995), and the
Chimeric Alignment Method (Komatsoulis & Waterman,
1997) have been developed to detect chimeric
sequences. Also the cloning approach is not free from
biases. Rainey et al. (1994) described different cloning
efficiencies for different cloning vectors and with different
primer pairs.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

PCR
ตัวเองเป็นแหล่งสำคัญของข้อผิดพลาดและอคติในการศึกษาในระดับโมเลกุลของตัวอย่างสิ่งแวดล้อม. ประสิทธิภาพการขยายของยีนโดยใช้แบคทีเรียทั้งเซลล์เป็นแม่แทนการสกัดดีเอ็นเอสามารถรับผลกระทบจากรัฐทางสรีรวิทยาของเซลล์(ซิลวาและBatt, 1995) ที่แตกต่างกันหรือการขยายสิทธิพิเศษของยีน rRNA โดยวิธี PCR ได้รับการอธิบายโดย Reysenbach et al, (1992) เมื่อเร็ว ๆ นี้ซูซูกิและ Giovannoni (1996) พบว่าการขยายสิทธิพิเศษอาจจะเกิดจากการreannealing แม่แบบดีเอ็นเอจึงยับยั้งไพรเมอร์ที่มีผลผูกพัน นอกเหนือจากการ acetamide ปฏิกิริยา PCR ถูกนำมาใช้เพื่ออำนวยความสะดวก denaturation แม่แบบและเพื่อป้องกันการขยายสิทธิพิเศษ(Reysenbach et al., 1992) Cosolvents เช่นกลีเซอรอลและDimethylsulfoxide (DMSO) ยังได้รับการใช้สำหรับวัตถุประสงค์นี้(สมิ ธ , et al, 1990;. & Shen Hohn 1992; Varadaraj และสกินเนอร์, 1994) ฟาร์เรลและอัล (1995) แสดงให้เห็นถึงผลกระทบของขนาดจีโนมและสำเนาจำนวนยีน 16S rRNA กับปริมาณของวิธี PCR ผลิตภัณฑ์ ปัญหาในการใช้วิธี PCR เพื่อขยายอีกดีเอ็นเอเป้าหมายผสมคือการก่อตัวของsocalled โมเลกุลลูกผสม (Liesack et al, 1991;. Kopczynski et al, 1994). อัลกอริทึมคอมพิวเตอร์เช่นตัวเลือกที่ฝันตรวจสอบในฐานข้อมูลยีน ribosomal โครงการ (RDP. Maidak et al, 1996) ซึ่งเป็นแนวทางคล้ายคลึงกันวิธี(RobisonCox. et al, 1995) และลูกผสมวิธีการจัด(Komatsoulis และฝีพาย1997) ได้รับการพัฒนาในการตรวจสอบลูกผสมลำดับ นอกจากนี้ยังมีวิธีการโคลนไม่ได้เป็นอิสระจากอคติ เรนนีย์และอัล (1994) อธิบายโคลนที่แตกต่างกันที่มีประสิทธิภาพสำหรับการโคลนเวกเตอร์ที่แตกต่างกันและมีความแตกต่างกันคู่ไพรเมอร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โดยตัวเองเป็นแหล่งสำคัญของข้อผิดพลาดและ
อคติในการสร้างแบบจำลองโมเลกุลของตัวอย่างสิ่งแวดล้อม .
( ประสิทธิภาพของยีนโดยใช้เซลล์แบคทีเรีย
ทั้งหมดเป็นแม่แบบแทนสกัดดีเอ็นเอสามารถ
ผลกระทบจากสภาพทางสรีรวิทยาของเซลล์ ( ซิลวา&
Batt , 1995 ) อนุพันธ์หรือ
( พิเศษของ rRNA ยีนโดยวิธี PCR ได้ถูกอธิบายโดย reysenbach
et al . ( 1992 )ล่าสุด ซูซูกิและ Giovannoni
( 1996 ) พบว่า พิเศษ ( อาจจะเกิดจาก reannealing ของแม่

จึงยับยั้งดีเอ็นเอไพรเมอร์ที่มีผลผูกพัน โดยซีตาไมด์

ร่วมปฏิกิริยาถูกใช้เพื่ออำนวยความสะดวกในแม่แบบ (
และป้องกันแบบพิเศษ ( reysenbach
et al . , 1992 ) ตัวทำละลายร่วม เช่น กลีเซอรอลและ
ไดเมทิลซัลฟอกไซด์ ( DMSO ) ยังถูกใช้สำหรับวัตถุประสงค์นี้
( Smith et al . , 1990 ; Shen & hohn , 1992 ;
varadaraj และสกินเนอร์ , 1994 ) ฟาร์เรลลี่ et al . ( 1995 )
แสดงผลของขนาดจีโนมและการคัดลอกจำนวนของ 16S rRNA ยีน
ต่อปริมาณของผลิตภัณฑ์ PCR

ปัญหาในการใช้ PCR เพื่อขยาย
ผสมเป้าหมายจำเพาะคือการก่อตัวของโมเลกุลที่ลากข้าง
( liesack et al . ,1991 ; kopczynski
et al . , 1994 ) ขั้นตอนวิธีทางคอมพิวเตอร์ เช่น
ตรวจสอบคิเมร่า ตัวเลือกในโครงการฐานข้อมูล
ไรโบโซม ( RDP ; maidak et al . , 1996 ) , ชิดกัน ( robisoncox

วิธี et al . , 1995 ) และวิธีการ ( komatsoulis
ที่แนว& Waterman
1997 ) ได้ถูกพัฒนาขึ้นเพื่อตรวจสอบที่
ลำดับ . นอกจากนี้ การเข้าใกล้ไม่ได้ฟรีจาก
biases เรนีย์ et al .( 1994 ) การอธิบายที่แตกต่างกันสำหรับเวกเตอร์โคลน
ประสิทธิภาพแตกต่างกันและคู่ไพรเมอร์ที่แตกต่างกัน