2.4. PCR amplification for southern

2.4. PCR amplification for southern-hybridization on DNA chip
The southern-hybridization on Olipro™ PORCINE Gene Chip
was started with PCR amplification by using Olipro™ Porcine PCR
kit. The multiplex PCR is performed with biotin-labeled primer sets
to amplify species-specific target DNA (cyt b) and internal control
sequences. Later, the corresponding pair of sequence-specific
probes are immobilized onto membrane and hybridized with the
biotinylated PCR products. PCR was conducted as manufacturer's
instruction in a final volume of 50 ml reaction. Each reaction
mixture containing 24.6 ml of Porcine Gene Chip 1 X PCR Master Mix
(Olipro™, MY), 0.5 ml of Taq DNA Polymerase, 2.0 ml of approximately
50 ng DNA template, and nuclease freewater (NFW) as mark
up to final volume. A negative and a positive DNA control was
performed by adding NFW and Pig Genomic DNA (Novagen®, Germany),
respectively. The PCR amplification was carried out in
Mastercycler® gradient thermal cycler (Eppendorf, USA) with a
temperature program consisting of the initial denaturation at 95 C
for 5 min to completely denatured the DNA template, followed by
45 cycles of denaturation at 95 C for 30 s, annealing at 55 C for
30 s, polymerization at 72 C for 30 s and finally, elongation at 72 C
for 5 min. Negative controls (NFW) were included in each PCR
amplification, in order to verify the PCR efficiency and to detect
contamination (Sahilah, Norhayati, Norrakiah, Aminah, & Wan
Mustapha, 2011). The amplification products were analyzed by
electrophoresis using 2.5% (w/v) agarose gel in 1 X TAE buffer
(40 mM Tris-OH, 20 mM acetic acid and 1 mM of EDTA; pH 7.6) at
100 V for 45 min and stained in ethidium bromide and visualized
with UV transilluminator gel documentation (AlphaImager™ EP
System, India). A 100 bp DNA ladder (Fermentas, Lithuania) was
used as size reference. Positive result for porcine DNAwas indicated
by a band of 276-bp, and the 195-bp internal control (IC). IC in each
PCR functioned as an indicator to ensure that all PCR assays are in
good condition or the reactions were carried without inhibitor or
impurities (personal communication).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4. กระบือใต้ hybridization บนดีเอ็นเอชิที่ใต้ hybridization บน Olipro™หมูยีนชิพเริ่มต้น ด้วยกระบือ โดยใช้ PCR หมู™ Oliproชุด การ multiplex PCR จะดำเนินการกับชุดรองพื้นชื่อไบโอตินขยายดีเอ็นเอเป้าหมายสาย (ซีวายที b) และการควบคุมภายในลำดับนั้น ในภายหลัง คู่ที่สอดคล้องกันของลำดับเฉพาะโพรบถูกตรึงลงบนเมมเบรน และไฮบริดด้วยการผลิตภัณฑ์ PCR biotinylated นี้ PCR การดำเนินการของผู้ผลิตคำแนะนำในโวลุ่มสุดท้ายของปฏิกิริยา 50 มล. แต่ละปฏิกิริยาส่วนผสมที่ประกอบด้วยชิปยีนหมู 1 ผสม PCR หลัก X 24.6 มิลลิลิตร(Olipro™, MY), 0.5 ml ของ Taq DNA พอลิเมอเรส 2.0 ml ประมาณแม่แบบดีเอ็นเอฉบับที่ 50 และ nuclease freewater (NFW) เป็นเครื่องหมายถึงเสียงสุดท้าย ในแง่ลบและตัวควบคุม DNA บวกดำเนินการ โดยการเพิ่ม NFW และหมูดีเอ็นเอออก (Novagen® เยอรมนี),ตามลาดับ กระบือที่ถูกดำเนินการMastercycler® ไล่ระดับความร้อน cycler (Eppendorf สหรัฐอเมริกา) กับการโปรแกรมอุณหภูมิแปรสภาพเริ่มต้นที่ 95 C ประกอบด้วย5 นาทีกับเอทิลแอลกอฮอล์อย่างสมบูรณ์แบบดีเอ็นเอ ตามด้วยรอบ 45 ของการแปรสภาพที่ 95 C 30 s หลอม c 55 เป็นเวลา30 s, polymerization 72 c เป็นเวลา 30 วินาที และในที่สุด การยืดที่ 72 Cสำหรับ 5 นาที ลบควบคุม (NFW) รวมอยู่ใน PCR แต่ละขยาย ตรวจสอบประสิทธิภาพ PCR และ การตรวจสอบปนเปื้อน (Sahilah, Norhayati, Norrakiah, Aminah และ WanMustapha, 2011) ผลิตภัณฑ์ขยายถูกวิเคราะห์โดยอิใช้เจล agarose 2.5% (w/v) ในบัฟเฟอร์ X TAE 1(ทริ-OH กรดอะซิติก 20 มม.และ 1 มม. 40 มม.ของ EDTA; pH 7.6) ที่100 V สำหรับ 45 นาที และไวท์ในโบรไมด์ ethidium ดู และมี UV transilluminator เจเอกสาร (AlphaImager™ EPระบบ อินเดีย) ถูก 100 bp ดีเอ็นเอบันได (Fermentas ลิทัวเนีย)ใช้เป็นอ้างอิงขนาด แสดงผลบวกสำหรับหมู DNAwasโดยวง 276-bp และการควบคุมภายใน 195-bp (IC) IC ในแต่ละPCR ทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้เพื่อให้แน่ใจว่า ทั้งหมด assays PCR ในสภาพดีหรือปฏิกิริยาดำเนินโดยไม่ยับยั้ง หรือสิ่งสกปรก (การสื่อสาร)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 ขยาย PCR สำหรับภาคใต้ผสมพันธุ์บนชิปดีเอ็นเอ
ใต้-ผสมพันธุ์ใน Olipro ™สุกรยีนชิป
เริ่มต้นด้วยขยาย PCR โดยใช้ Olipro ™ Porcine PCR
ชุด multiplex PCR จะดำเนินการกับไบโอตินที่ติดฉลากชุดไพรเมอร์
เพื่อขยายสายพันธุ์เฉพาะดีเอ็นเอเป้าหมาย (CYT ข) และการควบคุมภายใน
ลำดับ ต่อมาคู่ที่สอดคล้องกันของลำดับเฉพาะ
probes จะถูกตรึงบนเมมเบรนและไฮบริดกับ
ผลิตภัณฑ์ PCR biotinylated PCR ได้ดำเนินการเป็นผู้ผลิตของ
การเรียนการสอนในปริมาณสุดท้ายของ 50 มลปฏิกิริยา แต่ละปฏิกิริยา
ส่วนผสมที่มี 24.6 มิลลิลิตร Porcine ยีนชิป 1 X PCR โท Mix
(Olipro ™, MY), 0.5 มิลลิลิตร Taq DNA Polymerase 2.0 มล. ประมาณ
50 ng แม่แบบดีเอ็นเอและ Nuclease Freewater (NFW) เป็นเครื่องหมาย
ถึงเล่มสุดท้าย . เชิงลบและเชิงบวกดีเอ็นเอควบคุม
ดำเนินการโดยการเพิ่ม NFW และหมู DNA ของยีน (Novagen®, เยอรมนี)
ตามลำดับ ขยาย PCR ได้ดำเนินการใน
Mastercycler® Cycler ความร้อนลาด (Eppendorf, สหรัฐอเมริกา) กับ
โปรแกรมอุณหภูมิประกอบด้วย denaturation เริ่มต้นที่ 95 องศาเซลเซียส
เป็นเวลา 5 นาทีเพื่อเอทิลแอลกอฮอล์สมบูรณ์แม่แบบดีเอ็นเอตามด้วย
45 รอบของการสูญเสียสภาพธรรมชาติที่ 95 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 30 วินาที, การอบที่ 55 องศาเซลเซียสเป็น
เวลา 30 วินาที, พอลิเมอที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาทีและในที่สุดก็ยืดตัวที่ 72 องศาเซลเซียส
เป็นเวลา 5 นาที การควบคุมเชิงลบ (NFW) ถูกรวมอยู่ในแต่ละ PCR
ขยายเพื่อตรวจสอบประสิทธิภาพและ PCR ในการตรวจสอบ
การปนเปื้อน (Sahilah, Norhayati, Norrakiah, Aminah และ Wan
Mustapha 2011) ผลิตภัณฑ์เครื่องขยายเสียงที่ถูกวิเคราะห์โดย
electrophoresis ใช้ 2.5% (w / v) เจล agarose ใน 1 X TAE บัฟเฟอร์
(40 มิลลิเมตร Tris-OH, 20 มิลลิเมตรกรดอะซิติกและ 1 มิลลิเมตร EDTA; ค่า pH 7.6) ที่
100 V 45 นาทีและการย้อมสี ใน ethidium bromide และมองเห็น
ด้วย transilluminator ยูวีเจลเอกสาร (AlphaImager ™ EP
ระบบอินเดีย) 100 bp ดีเอ็นเอบันได (Fermentas ลิทัวเนีย) ถูก
ใช้เป็นข้อมูลอ้างอิงขนาด ผลในเชิงบวกสำหรับ DNAwas สุกรที่ระบุไว้
โดยวงดนตรีของ 276-BP, และการควบคุมภายใน 195-BP (IC) IC ในแต่ละ
PCR ทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้เพื่อให้แน่ใจว่าการตรวจ PCR อยู่ใน
สภาพดีหรือปฏิกิริยาได้ดำเนินการโดยไม่ต้องยับยั้งหรือ
สิ่งสกปรก (การสื่อสารส่วนบุคคล)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . เทคนิค ( สำหรับวิธี Southern hybridization บนชิปดีเอ็นเอการทำภาคใต้ใน olipro ™จากยีนชิปเริ่มด้วยวิธี PCR โดยใช้วิธี PCR ( olipro ™สุกรชุด ส่วนเทคนิค multoplex PCR จะดำเนินการกับไบโอตินป้ายชุดไพรเมอร์เพื่อขยายเผ่าพันธุ์ - เฉพาะดีเอ็นเอเป้าหมาย ( cyt B ) และการควบคุมภายในลำดับ ต่อมาคู่ที่สอดคล้องกันของลําดับที่เฉพาะเจาะจงจึงถูกตรึงบนเยื่อเซลล์และดีเอ็นเอด้วยไลผลิตภัณฑ์ PCR โดยมีวัตถุประสงค์เป็นผู้ผลิตการเรียนการสอนในหมวดสุดท้าย 50 มิลลิลิตรปฏิกิริยา แต่ละปฏิกิริยาส่วนผสมประกอบด้วย 24.6 กรัมจากยีนชิป 1 x ต้นแบบผสมดีเอ็นเอ( olipro ™ของฉัน ) , 0.5 มล. ของดีเอ็นเอพอลิเมอเรส ทัค , 2.0 มิลลิลิตรประมาณ50 นาโนดีเอ็นเอแม่แบบ และนิวเคลียส freewater ( nfw ) เป็นเครื่องหมายถึงเล่มสุดท้าย ลบและบวกควบคุมดีเอ็นเอดำเนินการโดยการเพิ่ม nfw และหมู genomic DNA ( novagen ® , เยอรมัน ) ,ตามลำดับ ร่วมดำเนินการในการขยายmastercycler ®ไล่ระดับความร้อนรอบ ( เพนดอร์ฟ , USA ) กับอุณหภูมิที่โปรแกรมซึ่งประกอบด้วย ( เริ่มต้นที่ 95 องศาเซลเซียสสำหรับ 5 นาทีที่สมบูรณ์ใช้แม่แบบดีเอ็นเอ ตามด้วย45 รอบ ( 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที annealing ที่ 55 C สำหรับ30 วินาทีแบบที่ 72 C เป็นเวลา 30 วินาทีและในที่สุด เวลาที่ 72 องศาเซลเซียส5 . การควบคุมเชิงลบ ( nfw ) ถูกรวมอยู่ในแต่ละวิธีขยายเพื่อตรวจสอบประสิทธิภาพและการตรวจสอบดีเอ็นเอการปนเปื้อน ( sahilah norhayati norrakiah , , , aminah & ว่านมุสตาฟา , 2011 ) ผลิตภัณฑ์ขยายโดยใช้ตัวอย่างการใช้ 2.5% ( w / v ) เจลใน 1 x เท บัฟเฟอร์( 40 มม. นอกจากนี้ โอ้ 20 มม. และ 1 mM กรด EDTA ; pH 7.6 )100 V สำหรับ 45 นาที และเลอะทิเดียมโบรไมด์ และปรากฏการณ์ด้วยยูวีเจล transilluminator เอกสาร ( alphaimager ™สอีระบบ , อินเดีย ) 100 คู่เบสดีเอ็นเอบันได ( fermentas , ลิทัวเนีย ) คือใช้เป็นขนาดอ้างอิง ผลในเชิงบวกสำหรับสุกร dnawas ระบุโดยวงดนตรีของ 276 BP และ 195 BP ควบคุมภายใน ( IC ) ไอซีในแต่ละซึ่งทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้เพื่อให้แน่ใจว่าวิธี PCR มีสภาพดีหรือปฏิกิริยาถูกอุ้มโดยไม่ยับยั้ง หรือสิ่งเจือปน ( การสื่อสารส่วนบุคคล )