The ten new species-specific primer

The ten new species-specific primers were designed for identification
of Leuconostoc carnosum (rpoC: DNA-depent RNA polymerase),
Leuconostoc mesenteroides (adhE: alcohol/acetaldehyde
dehydrogenase), Lactobacillus brevis (slpB: surface layer protein),
Lactobacillus plantarum (mntA: cadmium/manganese transport
ATPase), Lactobacillus pentosus (recA: recombinase A) [18], Lactobacillus
sakei (putative lipase/esterase), Lactococcus lactis (estA:
tributyrin easterase), Pediococcus pentosaceus (esterase/lipase),
Weissella confusa (ddl: D-alanine: D-alanine ligase), and Weissella
koreensis (partial maltose phosphorylase), from NCBI database,
respectively. The sequences of the oligonucleotide primers used for
this study are given in Table 1. All primers were synthesized by
Bioneer, Co. (Daejeon, Korea). Individual multiplex PCR (using
mixture of ten primer sets) was carried out a single LAB colony and
was performed with a thermalcycler (PC802, Astec, Tokyo, Japan).
Based on the manufacturer’s instruction, the PCR reaction mixture
(50 ml) contained 1 ml of Super-Therm DNA polymerase (5.0 unit,
JMR, Side Cup, Kent, UK), 2 mL each of primers (20 pmol), 5 mL of
reaction buffer with 2.5 mMMgCl2, 5 ml of 2.5 mMdeoxynucleosied
triphophate (dNTP), 5 ml of template DNA, and 30 ml of sterilewater.
Multiplex PCR was carried out through 35 cycles following a preheat
step at 95 C for 5 min. Each cycle consisted of denaturation at
94 C for 30 s, annealing at 60 C for 1 min, and extension at 72 C
for 2 min. The last cycle was followed by a final extension at 72 C
for 10 min. The same PCR conditionwas used for single PCR analysis
for the ten reference strains. Unidentified LAB by multiplex PCRwas
subjected to further identification by 16S rDNA gene sequencing.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ออกแบบไพรเมอร์สายใหม่สิบสำหรับการระบุของ Leuconostoc carnosum (rpoC: depent ดีเอ็นเออาร์เอ็นเอพอลิเมอเรส),Leuconostoc mesenteroides (adhE: แอลกอฮอล์/acetaldehydeพร่อง), แลคโตบาซิลลัส (slpB: โปรตีนชั้นพื้นผิว),แลคโตบาซิลลัส (mntA: ขนส่ง/แมงกานีสแคดเมียมATPase), แลคโตบาซิลลัส pentosus (recA: recombinase A) [18], แลคโตบาซิลลัสsakei (putative เอนไซม์ ไลเปส/esterase), Lactococcus lactis (estA:tributyrin easterase), Pediococcus pentosaceus (esterase/เอนไซม์ ไลเปส),Weissella confusa (ddl: D-อะลานีน: D-อะลานีน ligase), และ Weissellakoreensis (maltose บางส่วน phosphorylase), จากฐานข้อมูล NCBIตามลาดับ ลำดับของไพรเมอร์ oligonucleotide ที่ใช้สำหรับการศึกษานี้ได้ในตารางที่ 1 ไพรเมอร์ทั้งหมดถูกสังเคราะห์โดยBioneer บริษัท (แทจอน เกาหลี) แต่ละ multiplex PCR (ใช้ส่วนผสมของรองพื้น 10 ชุด) ดำเนินการแล็บอาณานิคมเดียว และดำเนินการ ด้วย thermalcycler (PC802 กระเป๋า โตเกียว ญี่ปุ่น)อิงจากคำแนะนำของผู้ผลิต ส่วนผสมของปฏิกิริยา PCR(50 ml) อยู่ 1 มล.ของใดซุปเปอร์ดีเอ็นเอพอลิเมอเรส (5.0 หน่วยJMR ข้างถ้วย เคนท์ สหราชอาณาจักร), 2 mL แต่ละของไพรเมอร์ (20 pmol), 5 mLบัฟเฟอร์ปฏิกิริยากับ mMMgCl2 2.5, 5 มล.ของ 2.5 mMdeoxynucleosiedtriphophate (dNTP), 5 มล.ของแม่ดีเอ็นเอ และ 30 ml sterilewaterMultiplex PCR ได้ดำเนินการผ่าน 35 รอบต่อการ preheatขั้นตอน c 95 เป็นเวลา 5 นาที แต่ละรอบประกอบด้วยการแปรสภาพที่C 94 30 s หลอม 60 c เป็นเวลา 1 นาที และส่วนขยายที่ 72 C2 นาที รอบสุดท้ายตามมา ด้วยการขยายขั้นสุดท้ายที่ 72 Cสำหรับ 10 นาที Conditionwas PCR เดียวกันที่ใช้สำหรับวิเคราะห์ PCR เดียวสำหรับสายพันธุ์อ้างอิงสิบ ห้องปฏิบัติการไม่ได้ระบุ โดยการมัลติเพล็กซ์ PCRwasต้องทำการระบุเพิ่มเติม โดย 16S rDNA ยีนลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไพรเมอร์สิบสายพันธุ์เฉพาะที่ถูกออกแบบมาเพื่อระบุตัวตน
ของ Leuconostoc carnosum (rpoC: ดีเอ็นเอ depent โพลิเมอร์ rna)
ได้แก่ Leuconostoc mesenteroides (Adhe: เครื่องดื่มแอลกอฮอล์ / acetaldehyde
dehydrogenase) Lactobacillus brevis (slpB: พื้นผิวโปรตีนชั้น)
Lactobacillus plantarum (mntA: แคดเมียม / แมงกานีสขนส่ง
ATPase) Lactobacillus pentosus (recA: recombinase A) [18], แลคโตบาซิลลัส
sakei (สมมุติเอนไซม์ไลเปส / esterase) Lactococcus lactis (esta:
tributyrin easterase) Pediococcus pentosaceus (esterase / เอนไซม์ไลเปส)
Weissella confusa (DDL: D-อะลานีน: D-อะลานีนลิกาเซ) และ Weissella
koreensis (โฟมอลโตสบางส่วน) จากฐานข้อมูลพับ
ตามลำดับ ลำดับของไพรเมอร์ oligonucleotide ที่ใช้ในการ
ศึกษาครั้งนี้จะได้รับในตารางที่ 1 ไพรเมอร์ทั้งหมดถูกสังเคราะห์โดย
Bioneer จำกัด (Daejeon เกาหลี) บุคคล multiplex PCR (โดยใช้
ส่วนผสมของสิบชุดไพรเมอร์) ได้ดำเนินการเป็นอาณานิคมของ LAB เดียวและ
ได้รับการดำเนินการกับ thermalcycler (PC802, Astec โตเกียวประเทศญี่ปุ่น).
ขึ้นอยู่กับคำแนะนำของผู้ผลิตส่วนผสม PCR ปฏิกิริยา
(50 มล.) ที่มี 1 มิลลิลิตร Super-Therm DNA Polymerase (5.0 หน่วย
JMR ด้านฟุตบอล, Kent, UK) 2 มลแต่ละไพรเมอร์ (20 pmol) ขนาด 5 ml ของ
บัฟเฟอร์ทำปฏิกิริยากับ 2.5 mMMgCl2 5 มล. 2.5 mMdeoxynucleosied
triphophate (dNTP) ขนาด 5 ml ดีเอ็นเอแม่แบบและ 30 มิลลิลิตร sterilewater.
Multiplex PCR ได้ดำเนินการผ่าน 35 รอบต่อไปอุ่น
ขั้นตอนที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาที แต่ละรอบประกอบด้วย denaturation ที่
94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที, การอบที่ 60 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาทีและส่วนขยายที่ 72 องศาเซลเซียส
เป็นเวลา 2 นาที รอบสุดท้ายตามด้วยนามสกุลสุดท้ายที่ 72 องศาเซลเซียส
เป็นเวลา 10 นาที เช่นเดียวกับที่ conditionwas PCR ใช้ในการวิเคราะห์ PCR เดียว
สำหรับสิบสายพันธุ์อ้างอิง ไม่ปรากฏชื่อ LAB โดย PCRwas multiplex
ยัดเยียดให้บัตรประจำตัวต่อไปโดย 16S rDNA ยีนลำดับ