Comparison of the spectra obtained

Comparison of the spectra obtained for a lactosylated peptide under CID and ETD fragmentation conditions. CID (A) and ETD (B) tandem mass spectra of the [M+4H]4+ ion at m/z 804.41, which was associated with the tryptic lactosylated peptide (74–99) from lactotransferrin; k represents lactose adduct to lysine. The spectra were acquired with alternating CID and ETD scanning. Identified fragment ions are labeled above and below the peptide sequence in both panels.
Figure options
In order to overcome the sequencing limitations associated with CID fragmentation of Amadori product-containing species, researchers developed a dedicated method based on electron transfer dissociation (ETD) analysis (Arena et al., 2010). Under these experimental conditions, neither furylium ions nor ions corresponding to NL of water molecules from the modified amino acid were detected, thus highlighting that the adducted residue is stable during ETD fragmentation. The cleavage of above-mentioned chemical bonds was independent on side-chain modification and peptide composition. The intensity and near-completeness of the different c- and z-type ions present in the spectrum, independently from the location of the modified amino acid in the polypeptide chain, makes easy peptide sequencing and adducted residue assignment. During analysis, the number of modified peptides identified was increased using supplemental collisional activation after electron transfer ( Arena, Renzone, Novi, & Scaloni, 2011). This condition is exemplified in Fig. 3B, showing peptide fragmentation with supplemental collisional activation under ETD conditions of the [M+4H]4+ ion from the lactosylated peptide (74–99) present in modified lactotransferrin. Unlike what was found in the case of CID fragmentation (Fig. 3A), abundant sequence-informative c- and z-type ions were observed, greatly facilitating peptide sequencing and assignment of the adducted amino acid. These studies were demonstrative of the essential role played by ETD-based methods in shotgun proteomic analysis of heat-dependent milk modifications.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การเปรียบเทียบสเปกตรัมได้เปปไทด์ lactosylated ภายใต้เงื่อนไขการกระจายตัวของ CID และ ETD CID (A) และ ETD (B) ควบคู่มวลสเปกตรัมของ [M + 4H] 4 + ไอออนที่ m/z 804.41 ซึ่งเกี่ยวข้องกับเปปไทด์ tryptic lactosylated (74-99) จาก lactotransferrin แล็กโทสแทน k adduct การไลซีน สเปกตรัมได้รับมาพร้อมสลับ CID และ ETD การสแกน ระบุส่วนไอออนมีป้ายด้านบน และด้าน ล่างลำดับเปปไทด์ในทั้งสองส่วนตัวเลือกรูปเพื่อเอาชนะข้อจำกัดลำดับที่เกี่ยวข้องกับการกระจายตัวของ CID Amadori ที่ประกอบด้วยผลิตภัณฑ์ชนิด นักวิจัยได้พัฒนาวิธีการเฉพาะที่อิงการวิเคราะห์ dissociation (ETD) ถ่ายโอนอิเล็กตรอน (เวที et al. 2010) ภายใต้เงื่อนไขเหล่านี้ทดลอง ไม่ furylium ไอออนหรือไอออนที่สอดคล้องกับ NL โมเลกุลของน้ำจากกรดอะมิโนแก้ไขตรวจพบ จึง เน้นว่า สาร adducted มีความเสถียรระหว่างการกระจายตัวของ ETD ความแตกแยกของพันธะเคมีดังกล่าวเป็นอิสระบนปรับเปลี่ยนโซ่ข้างและองค์ประกอบของเปปไทด์ ความเข้มและใกล้ความสมบูรณ์ของไอออนต่าง ๆ c และ z-ชนิดอยู่ในสเปกตรัม อิสระจากตำแหน่งที่ตั้งของกรดอะมิโนแก้ไขในสาย polypeptide ทำให้ลำดับง่ายเปปไทด์ และ adducted การกำหนดสารตกค้าง ระหว่างการวิเคราะห์ จำนวนของเปปไทด์แก้ไขที่ระบุถูกเพิ่มโดยใช้เปิดใช้งาน collisional เพิ่มเติมหลังจากการถ่ายโอนอิเล็กตรอน (เวที Renzone, Novi, & Scaloni, 2011) เงื่อนไขนี้เป็นแบบอย่างในรูป 3B แสดงการกระจายตัวของเปปไทด์กับเปิดใช้งาน collisional เพิ่มเติมภายใต้เงื่อนไข ETD [M + 4 H] 4 + ไอออนจากเปปไทด์ lactosylated (74-99) ปัจจุบันในแก้ไข lactotransferrin ซึ่งแตกต่างจากสิ่งที่พบในกรณีที่มีการกระจายตัวของ CID (รูปที่ 3A), อุดมสมบูรณ์ลำดับข้อมูล c และ z-ชนิดไอออนถูกสังเกต อำนวยความสะดวกอย่างมากลำดับเปปไทด์และกรดอะมิโน adducted การกำหนด การศึกษาเหล่านี้ได้สาธิตการบทบาทสำคัญ โดย ETD ตามวิธีในการวิ proteomic ปืนลูกซองของนมร้อนขึ้นอยู่กับการปรับเปลี่ยน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เปรียบเทียบสเปกตรัมที่ได้รับสำหรับเปปไทด์ lactosylated ภายใต้เงื่อนไขการกระจายตัวของตำรวจสันติบาลและ ETD CID (A) และ ETD (B) ควบคู่สเปกตรัมมวลของ [M + 4H] 4+ ไอออนที่ M / z 804.41 ซึ่งได้รับการเชื่อมโยงกับเปปไทด์ lactosylated tryptic (74-99) จาก lactotransferrin; K หมายถึงการดึงเข้าหากันแลคโตสไปไลซีน สเปกตรัมได้มากับ CID และสลับ ETD สแกน ระบุไอออนชิ้นส่วนมีความโดดเด่นบนและด้านล่างลำดับเปปไทด์ในการติดตั้งทั้งสอง.
รูปตัวเลือก
เพื่อที่จะเอาชนะข้อ จำกัด ลำดับที่เกี่ยวข้องกับการกระจายตัวของตำรวจสันติบาลของ Amadori ชนิดสินค้าที่มีนักวิจัยพัฒนาวิธีการเฉพาะบนพื้นฐานของการถ่ายโอนอิเล็กตรอนแยกออกจากกัน (ETD) การวิเคราะห์ ( สนามกีฬา et al., 2010) ภายใต้เงื่อนไขการทดลองเหล่านี้ไม่ furylium ไอออนไอออนมิได้สอดคล้องกับ NL ของโมเลกุลน้ำจากกรดอะมิโนที่มีการแก้ไขที่ถูกตรวจพบจึงไฮไลท์ที่ตกค้าง adducted มีเสถียรภาพในช่วงการกระจายตัวของ ETD แตกแยกของพันธะเคมีดังกล่าวข้างต้นเป็นอิสระเกี่ยวกับการปรับเปลี่ยนด้านห่วงโซ่และองค์ประกอบเปปไทด์ ความรุนแรงและใกล้ความสมบูรณ์ของที่แตกต่างกัน C- และ Z-ชนิดไอออนปัจจุบันในคลื่นที่เป็นอิสระจากสถานที่ตั้งของกรดอะมิโนที่แก้ไขในห่วงโซ่ polypeptide ที่ทำให้ลำดับเปปไทด์ที่ง่ายและได้รับมอบหมายตกค้าง adducted ในระหว่างการวิเคราะห์จำนวนของเปปไทด์ที่ปรับเปลี่ยนระบุที่เพิ่มขึ้นโดยใช้การเปิดใช้งาน collisional เสริมหลังจากการถ่ายโอนอิเล็กตรอน (สนามกีฬา Renzone วีและ Scaloni 2011) เงื่อนไขนี้เป็นตัวอย่างในรูป 3B แสดงการกระจายตัวของเปปไทด์ที่มีการเปิดใช้งาน collisional เสริมภายใต้เงื่อนไขของ ETD [M + 4H] 4+ ไอออนจากเปปไทด์ lactosylated (74-99) อยู่ใน lactotransferrin การแก้ไข ซึ่งแตกต่างจากสิ่งที่พบในกรณีของการกระจายตัวของตำรวจสันติบาล (รูป. 3A) ที่อุดมสมบูรณ์ลำดับข้อมูล C- และ Z-ชนิดไอออนถูกตั้งข้อสังเกตอย่างยิ่งการอำนวยความสะดวกในการจัดลำดับเปปไทด์และการโอนกรดอะมิโน adducted การศึกษาเหล่านี้ได้ชี้ถึงบทบาทที่สำคัญเล่นโดยวิธีการ ETD-based ในการวิเคราะห์โปรตีนปืนลูกซองของความร้อนที่ขึ้นอยู่กับการปรับเปลี่ยนนม