The CodeML program from the PAML pa

The CodeML program from the PAML package was used to calculate
pairwise dN/dS ratios (Yang, 2007). This is done using the ratio of nonsynonymous
substitutions per nonsynonymous site (dN) to synonymous substitutions
per synonymous site (dS), dN/dS, or u (Yang, 2007). Specifically, these
pairwise dN/dS ratios were calculated for bowhead coding sequences and
orthologous sequences from minke, cow, and dolphin, excluding coding sequences
that were less than 50% of the length of the orthologous sequence.
The results were then ranked by decreasing dN/dS and are available on our
bowhead genome portal. In addition, the ratio of the bowhead-minke dN/dS
value to the higher of the dN/dS values for minke-cow and minke-dolphin
was calculated to identify genes that evolved more rapidly on the bowhead
lineage.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โปรแกรม CodeML จาก PAML ที่ใช้ในการคำนวณอัตราส่วน dN dS แพร์ไวส์ (ยาง 2007) ซึ่งทำได้โดยใช้อัตราส่วนของ nonsynonymousข้อต่อ nonsynonymous ไซต์ (dN) พ้องแทนต่อไซต์พ้อง (dS), dN/dS หรือ u (ยาง 2007) เหล่านี้โดยเฉพาะอัตราส่วน dN แพร์ไวส์ dS ถูกคำนวณสำหรับรหัสลำดับ bowhead และorthologous ลำดับ จาก minke วัว ปลา โลมา รวมรหัสลำดับที่ได้น้อยกว่า 50% ของความยาวของลำดับ orthologousผลได้มีการจัดอันดับแล้วสตาร์ท dN/dS และจะพร้อมใช้งานบนของเราbowhead กลุ่มไซต์ นอกจากนี้ อัตราส่วน dN/dS bowhead minkeค่าสูงกว่าค่า dN/dS minke วัวและปลาโลมา minkeคำนวณเพื่อระบุยีนที่พัฒนาขึ้นอย่างรวดเร็วในการ bowheadลินเนจ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรแกรม CodeML จากแพคเกจ PAML
ถูกใช้ในการคำนวณจากจำนวนอัตราส่วนDN / DS (Yang, 2007) นี้จะกระทำโดยใช้อัตราส่วนของ nonsynonymous
แทนต่อเว็บไซต์ nonsynonymous (DN)
เพื่อแทนความหมายเหมือนกันต่อเว็บไซต์ความหมายเหมือนกัน(DS) DN / DS หรือท่าน (Yang, 2007) โดยเฉพาะเหล่านี้คู่ DN / DS อัตราส่วนนี้จะถูกคำนวณสำหรับลำดับการเข้ารหัส bowhead และลำดับorthologous จากมิงค์, วัวและปลาโลมาไม่รวมลำดับการเข้ารหัสที่มีน้อยกว่า50% ของความยาวของลำดับ orthologous ได้. ผลการวิจัยการจัดอันดับแล้วโดยการลด dN / DS และมีอยู่ของเราพอร์ทัลจีโนมbowhead นอกจากนี้อัตราส่วนของ bowhead-มิงค์ DN / DS มูลค่าให้สูงขึ้นของ DN / DS ค่ามิงค์วัวและมิงค์-ปลาโลมาที่คำนวณได้ในการระบุยีนที่พัฒนาขึ้นอย่างรวดเร็วใน bowhead เชื้อสาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การ codeml โปรแกรมจาก paml แพคเกจถูกใช้เพื่อคำนวณอัตราส่วน DN / DS
คู่ ( ยาง , 2007 ) นี้จะกระทำโดยใช้อัตราส่วนของ nonsynonymous
แทนต่อ nonsynonymous เว็บไซต์ ( DN ) เพื่อพ้องแทน
ต่อตรงกันเว็บไซต์ ( DS ) , DN / DS , หรือ U ( S , 2007 ) โดยเฉพาะ เหล่านี้
อัตราส่วนคู่ DN / DS คำนวณให้นะครับ
orthologous ลำดับจากลำดับและ bowhead มิงก์ , วัว ,และปลาโลมา ยกเว้นลำดับ
ที่น้อยกว่า 50% ของความยาวของลำดับ orthologous นะครับ .
ผลการวิจัยแล้วจัดอันดับโดยลดลง DN / DS และมีอยู่ในของเรา
bowhead จีโนมของพอร์ทัล นอกจากนี้ อัตราส่วนของ bowhead มิงก์ DN / DS
มูลค่าที่สูงขึ้นของ DN / DS ค่าสำหรับวัวและโลมา
มิงก์มิงก์คำนวณการระบุยีนที่พัฒนาอย่างรวดเร็วใน bowhead
เชื้อสาย