2.4 PCR-DGGE analysis of sludge con

2.4 PCR-DGGE analysis of sludge contained samples
Polymerase chain reaction (PCR) was performed on the DNA extracts of the original AS samples, and 3 of 46-h AS contained sample using universal primers with subsequent analysis by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), cloning, sequencing and phylogenetic analysis in order to access the sludge micro bial community evolution in the treating process. In details, total bacterial DNA was extracted from 250 mg each sample centrifuged at 8000 rpm for 5 min. DNA was extracted by using Mobio Powersoil Isolation Kit (MO BIO, Inc., CA, US) according to the manufacturer’s protocol. PCR was performed with the primers 357F-GC and 518R, located at the V3 region of the 16S rDNA genes. PCR conditions used were 2 min of denaturation at 94 °C, followed by 30 cycles of 30 s at 94 °C, 30 s at 56.4 °C, and 30 s at 72 °C. A final extension step at 72 °C for 5 min was performed to finish the reaction. DGGE was performed with 8% (wt/vol) acrylamide gels containing a linear chemical gradient ranging from 40% to 60% denaturant with 100% defined as 7 M urea and 40% formamide. Gels were run for 16.5 h at 80 V with the Dcode Universal Mutation System (Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, US). Major bands were excised for identification of bacterial species. Sequence analyses were done by using the BLAST database (National Center for Biotechnology Information, www.ncbi.nlm.nih.gov). Sequence alignments were performed by using the clone Manager 7.1 software.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 การวิเคราะห์ PCR-DGGE กากตะกอนที่มีตัวอย่าง
วิธี Polymerase chain reaction (PCR) ได้ดำเนินการเกี่ยวกับการสกัดดีเอ็นเอจากเดิมที่กลุ่มตัวอย่างและ 3 จาก 46-H รวมตัวอย่างที่มีอยู่โดยใช้ไพรเมอร์สากลที่มีการวิเคราะห์ที่ตามมาโดย denaturing ข่าวคราวการไล่ระดับสี (DGGE) โคลนลำดับและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการเพื่อให้สามารถเข้าถึงตะกอนไมโครวิวัฒนาการ Bial ชุมชนในกระบวนการรักษา ในรายละเอียดของดีเอ็นเอของแบคทีเรียทั้งหมดถูกสกัดจาก 250 มิลลิกรัมแต่ละตัวอย่างหมุนเหวี่ยงที่ 8000 รอบต่อนาทีเป็นเวลา 5 นาที ดีเอ็นเอถูกสกัดโดยใช้ Mobio Powersoil ชุดแยก (MO BIO, Inc, CA, สหรัฐอเมริกา) ตามโปรโตคอลของผู้ผลิต PCR ได้ดำเนินการกับไพรเมอร์ 357F-GC และ 518R ตั้งอยู่ที่ภูมิภาค V3 ของยีน 16S rDNA เงื่อนไข PCR ใช้คือ 2 นาทีของการสูญเสียสภาพธรรมชาติที่ 94 ° C ตามด้วย 30 รอบของ 30 วินาทีที่ 94 ° C, 30 วินาทีที่ 56.4 องศาเซลเซียสและ 30 วินาทีที่ 72 ° C ขั้นตอนสุดท้ายส่วนขยายที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาทีได้ดำเนินการให้เสร็จสิ้นการเกิดปฏิกิริยา DGGE ได้ดำเนินการกับ 8% (น้ำหนัก / ปริมาตร) เจลริลาไมด์ที่มีการไล่ระดับสีเคมีเชิงเส้นตั้งแต่ 40% ถึง 60% denaturant 100% กำหนดเป็น 7 เมตรและยูเรีย 40% formamide เจลวิ่ง 16.5 ชั่วโมงที่ 80 V กับยูนิเวอร์แซ Dcode การกลายพันธุ์ของระบบ (Bio-Rad ห้องปฏิบัติการ, Hercules, CA, สหรัฐอเมริกา) วงดนตรีที่ได้รับการตัดที่สำคัญในการจำแนกชนิดของเชื้อแบคทีเรีย การวิเคราะห์ลำดับได้กระทำโดยใช้ฐานข้อมูลการระเบิด (แห่งชาติศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ www.ncbi.nlm.nih.gov) การจัดแนวลำดับได้ดำเนินการโดยใช้โคลนผู้จัดการ 7.1 ซอฟแวร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 การวิเคราะห์ตะกอนที่มีอยู่ตัวอย่างดีเอ็นเอ 9 แถบบ่งชี้ปฏิกิริยาลูกโซ่ ( PCR ) คือใช้ DNA ที่สกัดจากเดิมให้เป็นตัวอย่าง และ 3 46-h ที่มีอยู่ตัวอย่างใช้ไพรเมอร์ที่เป็นสากลด้วยการวิเคราะห์ที่ตามมาโดยี่ลาด gel electrophoresis ( การทดลอง ) , การโคลนและวิเคราะห์ลำดับวิวัฒนาการในการเข้าถึงระบบไมโคร bial ชุมชนวิวัฒนาการในการรักษากระบวนการ รายละเอียดทั้งหมดของดีเอ็นเอจาก 250 มก. ในแต่ละตัวอย่างที่ระดับ 8 , 000 รอบต่อนาที เป็นเวลา 5 นาที ดีเอ็นเอ โดยใช้ชุดการ powersoil mobio ( โมไบโอ , อิงค์ , CA , สหรัฐอเมริกา ) ตามขั้นตอนของผู้ผลิต ซึ่งแสดงด้วยไพรเมอร์และ 357f-gc 518r ตั้งอยู่ที่เขต V3 ของยีน 16S rDNA . เงื่อนไข PCR ใช้ 2 นาทีที่ 94 ° C ( ตามด้วย 30 รอบ 30 s ที่ 94 ° C , 30 เป็นปัจจัย° C และ 30 อยู่ที่ 72 องศา สุดท้ายการก้าวที่ 72 ° C เป็นเวลา 5 นาทีได้เสร็จสิ้นการ การทดลองแบ่งเป็น 8 เปอร์เซ็นต์ ( น้ำหนัก / ปริมาตร ) อะคริลาไมด์เจลที่มีเส้นทางไล่ระดับตั้งแต่ 40% ถึง 60% ทำให้ผิดธรรมชาติ 100% หมายถึง 7 M ยูเรียและ 40% Formamide . เจลได้วิ่ง 16.5 H 80 V กับ dcode สากลของระบบ ( ไบโอ ราดห้องปฏิบัติการ , Hercules , CA , สหรัฐอเมริกา ) แถบหลักถูกตัดในการจำแนกชนิดของแบคทีเรียชนิด การวิเคราะห์ลำดับได้กระทำโดยการใช้ระเบิดฐานข้อมูลศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ NIH nlm www.ncbi . . . gov ) ลำดับการได้ใช้โคลน 7.1 ผู้จัดการซอฟต์แวร์