As for our phylogenetic analysis, w

As for our phylogenetic analysis, we used PartitionFinder v1.1.0
(Lanfear et al., 2012) to select the best model of nucleotide substitution
and the best partitioning scheme for our 37-taxon dataset
after defining nine potential partitions (3 coding regions  3 codon
positions). The best scheme again combined the data for the three
genes in two partitions (codon positions 1 + 2 and codon position
3), with TrN+I+G identified as the best model of substitution for
both partitions. Thus, for our BEAST runs we used the same parameter
settings for each partition – Substitution Model = TN93; Base
Frequencies = Estimated; Site Heterogeneity Model = Gamma
(with 4 rate categories); Clock Model = Lognormal relaxed clock
(uncorrelated) – and we allowed evolutionary rates and base
frequencies to be unlinked between partitions. We assumed a Speciation: Yule Process model for the Tree Prior (which is generally
appropriate for trees involving sequences from several species),
used a randomly-generated starting tree (subject to the
monophyly constraints noted above), and specified a diffuse
gamma prior distribution (with shape 0.001 and scale 1000) for
the ucld.mean parameter.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สำหรับการวิเคราะห์ phylogenetic ของเรา เราใช้ PartitionFinder v1.1.0(Lanfear et al., 2012) เพื่อเลือกรูปแบบแทนที่นิวคลีโอไทด์และโครงร่างสำหรับชุดข้อมูลของเรา 37 taxon แบ่งพาร์ทิชันดีที่สุดหลังจากกำหนดกั้นเป็นเก้า (รหัสรหัสพันธุกรรมภาค 3 3ตำแหน่ง) แผนงานดีที่สุดอีกรวมข้อมูลทั้งสามยีนในพาร์ติชันที่สอง (รหัสพันธุกรรมตำแหน่ง 1 + 2 และรหัสพันธุกรรมตำแหน่ง3), TrN + ฉัน + G เป็นรูปแบบแทนที่สำหรับทั้งสองพาร์ติชัน ดังนั้น สำหรับทำสัตว์ของเรา เราใช้พารามิเตอร์เหมือนกันการตั้งค่าสำหรับแต่ละพาร์ติชัน – ทดแทนรุ่น = TN93 ฐานความถี่ =ประมาณ เว็บไซต์รุ่น Heterogeneity =แกมมา(มี 4 อัตราประเภท); นาฬิการุ่น =นาฬิกา Lognormal ผ่อนคลาย(uncorrelated) – และเราได้ราคาพิเศษวิวัฒนาการและฐานความถี่จะไม่ได้เชื่อมโยงระหว่างผนังกั้นห้อง เราถือว่าการเกิดสปีชีส์ใหม่: จำลองกระบวนการเทศกาลคริสต์มาสสำหรับต้นไม้ก่อน (ซึ่งโดยทั่วไปเหมาะสำหรับต้นไม้ที่เกี่ยวข้องกับลำดับจากหลายสายพันธุ์),ใช้การเริ่มต้นสร้างขึ้นแบบสุ่ม (ขึ้นอยู่กับการmonophyly ข้อจำกัดไว้ข้างต้น), และระบุการกระจายทราบการแจกแจงแกมมา (มีรูปร่างเป็น 0.001 และขนาด 1000) สำหรับพารามิเตอร์ ucld.mean

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในฐานะที่เป็นสำหรับการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการของเราเราใช้ PartitionFinder v1.1.0
(Lanfear et al., 2012)
เพื่อเลือกรุ่นที่ดีที่สุดของการทดแทนเบื่อหน่ายและโครงการแบ่งชุดข้อมูลที่ดีที่สุดสำหรับการ37
แท็กซอนของเราหลังจากที่กำหนดเก้าพาร์ทิชันที่อาจเกิดขึ้น(3 ภูมิภาคเข้ารหัส 3 codon
ตำแหน่ง) ที่ดีที่สุดของโครงการรวมกันอีกครั้งข้อมูลสำหรับสามยีนในสองพาร์ทิชัน (ตำแหน่ง codon 1 + 2 และตำแหน่ง codon 3) มี TRN + I + G ระบุว่าเป็นรุ่นที่ดีที่สุดของการทดแทนสำหรับพาร์ทิชันทั้งสอง ดังนั้นสำหรับ BEAST ของเราทำงานเราใช้พารามิเตอร์เดียวกันการตั้งค่าสำหรับแต่ละพาร์ทิชัน- ทดแทนรุ่น TN93 =; ฐานความถี่ = ประมาณ; เว็บไซต์เซลล์สืบพันธุ์รุ่น = แกมมา(มี 4 ประเภทอัตรา); รุ่น Clock = นาฬิกาผ่อนคลาย Lognormal (uncorrelated) - และเราได้รับอนุญาตให้อัตราการวิวัฒนาการและฐานความถี่ที่จะยกเลิกการเชื่อมโยงระหว่างพาร์ทิชัน เราถือว่า Speciation: เทศกาลคริสต์มาสแบบจำลองกระบวนการต้นไม้ก่อน (ซึ่งเป็นเรื่องปกติที่เหมาะสมสำหรับต้นไม้ที่เกี่ยวข้องกับลำดับจากหลายสายพันธุ์) ใช้ต้นไม้เริ่มสุ่ม (อาจมีการจำกัด monophyly ระบุไว้ข้างต้น) และระบุกระจายแกมมากระจายก่อน(ที่มีรูปร่างและขนาด 0.001 1000) สำหรับพารามิเตอร์ucld.mean

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สำหรับการวิเคราะห์ phylogenetic ของเรา เราใช้ partitionfinder v1.1.0
( lanfear et al . , 2012 ) ที่จะเลือกรุ่นที่ดีที่สุดของยีนทดแทน
และดีที่สุดโครงการแบ่งของเรา 37 ชนิดข้อมูล
หลังจากกำหนดเก้าพาร์ทิชันที่มีศักยภาพ ( 3 รหัสภูมิภาค  codon
3 ตำแหน่ง ) โครงการที่ดีที่สุดอีกครั้งรวมข้อมูลสำหรับ 3
: สองพาร์ทิชัน ( ตำแหน่ง codon 1 2 และรหัสตำแหน่ง
3 ) กับ trn ชั้น G ระบุว่าเป็นรุ่นที่ดีที่สุดของชดเชย
ทั้งสองพาร์ทิชัน . ดังนั้น สำหรับสัตว์ของเราวิ่งเราใช้การตั้งค่าพารามิเตอร์สำหรับแต่ละพาร์ทิชันเดียวกัน
ทดแทน–รูปแบบ = tn93 ; ฐาน
ความถี่ = ประมาณ ; เว็บไซต์ที่สามารถรูปแบบ = แกมม่า
( 4 คะแนนประเภท ) ; นาฬิการูปแบบ = แบบผ่อนคลายนาฬิกา
( uncorrelated ) –และเราอนุญาตให้อัตราการวิวัฒนาการ และฐาน
ความถี่ที่จะยกเลิกการเชื่อมโยงระหว่างพาร์ทิชัน เราถือว่ากระบวนการรูปแบบชนิด : เทศกาลคริสต์มาสต้นไม้ก่อน ( ซึ่งโดยทั่วไปที่เกี่ยวข้องกับลำดับจากต้นไม้

ใช้หลายชนิด ) ที่สร้างขึ้นแบบสุ่มตั้งแต่ต้น ( เรื่อง
monophyly ข้อจำกัดที่ระบุไว้ข้างต้น ) และระบุกระจาย
แกมมาก่อนกระจาย ( มีรูปร่างและขนาด 1000 =
) ucld.mean พารามิเตอร์