All structures of cytochrome P450s

All structures of cytochrome P450s have been compared in the coordinate frame associated with the heme plane. Coordinates were obtained from Protein Data Bank, formatted into numerical matrix and transformed to the new frame with the XY plane as the mean plane through the 20 pyrrol atoms of the heme, and the origin at the center of gravity of the same 20 atoms.
Coordinate transformation and alignment have been performed using MATLAB.
This coordinate frame is common for all cytochrome P450s and thus allows for comparison of the structural features of the proteinmatrix shaping the active center and substrate binding pocket in the vicinity of catalytically active site.
Superposition of the X-ray structures of different cytochrome P450s in this coordinate frame provides a straight forward approach for identification of conserved and variable regions of the protein which define
substrate affinity and region-specificity of catalysis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โครงสร้างทั้งหมดของ cytochrome P450s มีการเปรียบเทียบในกรอบประสานงานที่เกี่ยวข้องกับเครื่องบิน heme พิกัดได้รับจากธนาคารข้อมูลโปรตีน รูปเป็นเมตริกซ์เลข และเปลี่ยนไปยังเฟรมใหม่กับระนาบ XY เป็นเครื่องบินเฉลี่ยผ่านอะตอม pyrrol 20 ของ heme และจุดเริ่มต้นที่ศูนย์ของกิจกรรมต่าง ๆ ของอะตอม 20 เหมือนกัน การประสานงานและจัดตำแหน่งได้ปฏิบัติใช้ MATLAB เฟรมนี้ประสานงานทั่วไปทั้งหมด cytochrome P450s และจึง ช่วยให้การเปรียบเทียบลักษณะโครงสร้างของ proteinmatrix สร้างรูปร่างศูนย์งานและพื้นผิวรวมกระเป๋านัก catalytically ใช้งานไซต์Superposition เอ็กซ์เรย์โครงสร้างของ cytochrome ที่แตกต่างกัน P450s ในกรอบนี้ประสานงานให้วิธีที่ตรงไปข้างหน้าสำหรับการระบุตัวแปร และนำภูมิภาคของโปรตีนซึ่งเป็นตัวกำหนดความสัมพันธ์ของพื้นผิวและ specificity ภูมิภาคของการเร่งปฏิกิริยา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โครงสร้างทั้งหมดของไซโตโครม p450s ได้รับการเปรียบเทียบในการประสานงานที่เกี่ยวข้องกับฮีมกรอบเครื่องบิน พิกัดที่ได้จากธนาคารข้อมูลโปรตีน , การจัดรูปแบบตัวเลขในเมทริกซ์ และเปลี่ยนกรอบใหม่กับระนาบ XY เป็นหมายถึงเครื่องบินบินผ่าน 20 pyrrol อะตอมของฮีม และที่มาที่ศูนย์ของแรงโน้มถ่วงของเดียวกัน 20 อะตอม
การเปลี่ยนแปลงและการประสานงานมีการใช้ MATLAB .
นี่ประสานงานกรอบทั่วไปสำหรับ p450s ลูกกลอนและจึงช่วยให้การเปรียบเทียบลักษณะโครงสร้างของ proteinmatrix รูปร่างปราดเปรียวและฐานรองกระเป๋า ศูนย์รวม ในบริเวณที่ใช้งานเว็บไซต์ catalytically .
รวม p450s เอกซเรย์โครงสร้างของโปรตีนที่แตกต่างกันในพิกัดกรอบมีวิธีการตรงไปข้างหน้าสำหรับการรักษาและตัวแปรภูมิภาคของโปรตีน ซึ่งสามารถกำหนด
( เขตเฉพาะเจาะจงของปฏิกิริยา