3. Results3.1. Taxonomic annotation

3. Results
3.1. Taxonomic annotation of earthworm gut microbiomes

The gut metagenomic 16S rDNA clonal libraries from E. foetida (67 clonal sequences) and P. excavatus (75 clonal sequences) were submitted to the NCBI Genbank and Accession numbers generated (E. foetida clonal sequences KM840923–KM840986, P. excavatus clonal sequences KM840851–KM840922). E. foetida gut metagenomic clonal library was classified into 9 OTUs, whereas

Table 1
Classification of 16S rRNA-clone library obtained from the gut metagenome of E. foetida at the phylum level using the Naive Bayesian classifier of the RDPII website at a confidence interval of 50%. Trimmed and chimaera-checked DNA sequences from gut metagenomes of E. foetida and P. excavatus were submitted as a FASTA file to the Classifier tool of the RDPII database.

Table 2
Classification of 16S rRNA-clone library obtained from gut metagenomes of P. excavatus at the phylum level using the Naive Bayesian classifier of the RDPII website at a confidence interval of 50%. Trimmed and chimaera-checked DNA sequences from gut metagenomes of E. foetida and P. excavatus were submitted as a FASTA file to the Classifier tool of the RDPII database.

the information from P. excavatus was classified into 12 OTU’s (Tables 1 and 2). In total, 96 clonal sequences from each of the earthworm gut 16S rDNA libraries were obtained after sequenc- ing, after chimaera checking, 67 chimaera free sequences from E. foetida and 75 from P. excavatus was obtained. The taxonomic annotations of the sequence datasets were performed by using MG-RAST (Metagenomics Analysis Server). The phylogenetic tree was created indicating the relative abundances of various representative taxa from the gut metagenome of E. foetida and P. excavatus as stack bar chart, the colour coding of the genus was on the basis of their classes (Fig. 1a), the distribution of various phylum on the basis of hits per bacterial sequence in the metagenomes of E. foetida and P. excavatus is represented as pie chart (Fig. 1b). Most number of sequences was annotated to unclassified bacteria (59% in P. excavatus and 47% in case of E. foetida). The next most abundant phylum was Firmicutes representing 15% of clones in P. excavatus and 20% in E. foetida gut. Verrucomicrobia and Chloroflexi were not found in the gut of P. excavatus, but abundant in E. foetida, similarly Spirochaetes were abundant in P. excavatus but not in E. foetida. The taxonomic abundance of the profiles were statistically analyzed. Fisher exact t-test was used and results are represented as extended error bar plot (Fig. 2), which illustrated the relative abundance of various genera representatives in the earthworm gut metagenome. The extended error bar plot depicts significance of the relative abundance of various genera representative of the earthworm gut metagenome. From the extended error bar plot, all the “P-values” were found to be more than 0.05 for the relative abundance of the various bacterial genera, which means that the abundance of various bacterial representatives from the E. foetida and P. excavatus gut metagenome were almost similar and no specific bacterium/genera is significantly affecting the overall gut bacterial community struc- ture.
The heat map representing the relationship between the two gut metgenomic communities of E. foetida and P. excavatus revealed that unclassified bacteria were abundant in the gut metagenomes of both the earthworms (Fig. 3). Many unusual and rare bacterial genera such as Thermobifidia, Sorangium, Dehalobacter, Prolixibacter were recorded. Libcompare tool of RDP-II pipeline was used for comparisons of each of the clone libraries to determine if any two of the libraries were derived from the same population (Table 3). The homologous and heterologous coverage of both of the libraries were not consistent as all the P-values were obtained were more
0.05, indicative of similar type of populations.
The rarefaction curves of the E. foetida and P. excavatus were plotted (Fig. 4) which illustrated that both the gut metagenomes comprise almost similar bacterial species counts. The diversity of the E. foetida gut metagenome was found to be 12.63% and that of P. excavatus was found to be 8.63.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผลลัพธ์3.1 การคำอธิบายอนุกรมวิธานของ microbiomes ลำไส้ของไส้เดือนดินไส้ metagenomic 16S rDNA clonal รีโหม E. (ลำดับ clonal 67) และ P. excavatus (75 clonal ลำดับ) ถูกส่งไป NCBI Genbank ทะเบียนหมายเลขสร้าง (clonal ลำดับโหม E. KM840923 – KM840986, P. excavatus clonal ลำดับ KM840851 – KM840922) โหม E. ไส้ metagenomic clonal ไลบราถูก classified เป็น 9 OTUs ในขณะที่ตารางที่ 1Classification ของ 16S rRNA โคลนไลบรารีได้รับจาก metagenome ลำไส้ของ E. โหมในระดับไฟลัมโดยใช้ classifier Naive ทฤษฎีของเว็บไซต์ RDPII ในช่วง confidence 50% ตัด และ chimaera ตรวจสอบลำดับดีเอ็นเอจาก metagenomes ลำไส้น่าโหม E. P. excavatus ส่งมาเป็น file FASTA เครื่องมือ Classifier ของฐานข้อมูล RDPIIตารางที่ 2Classification ของ 16S rRNA โคลนไลบรารีได้รับจาก metagenomes ลำไส้ของ excavatus P. ในระดับไฟลัมโดยใช้ classifier Naive ทฤษฎีของเว็บไซต์ RDPII ในช่วง confidence 50% ตัด และ chimaera ตรวจสอบลำดับดีเอ็นเอจาก metagenomes ลำไส้น่าโหม E. P. excavatus ส่งมาเป็น file FASTA เครื่องมือ Classifier ของฐานข้อมูล RDPIIข้อมูลจาก P. excavatus classified เข้า 12 OTU ของ (ตารางที่ 1 และ 2) ได้ รวม ลำดับ clonal 96 จากไส้เดือนดินไส้ 16S rDNA รีได้รับหลังจาก sequenc-ing หลังจากตรวจสอบ chimaera, 67 chimaera ลำดับฟรีจากโหม E. และ 75 จาก P. excavatus กล่าว คำอธิบายของ datasets ลำดับอนุกรมวิธานที่ดำเนินโดย MG-RAST (Metagenomics การวิเคราะห์เซิร์ฟเวอร์) สร้างแผนภูมิ phylogenetic ระบุ abundances ญาติของ taxa ต่าง ๆ ตัวแทนจาก metagenome ลำไส้น่าโหม E. P. excavatus เป็นกองแผนภูมิแท่ง รหัสสีของตระกูลนี้ถูกตามระดับชั้นของตน (Fig. 1a) การกระจายของไฟลัมต่าง ๆ ตามชมต่อลำดับแบคทีเรียใน metagenomes น่าโหม E. P. excavatus จะแสดงเป็นแผนภูมิวงกลม (Fig. 1b) จำนวนลำดับที่มากที่สุดคือใส่คำอธิบายประกอบกับแบคทีเรีย unclassified (P. excavatus 59% และ 47% ในกรณีโหม E.) Firmicutes แทน 15% ของโคลนใน P. excavatus และ 20% ในไส้โหม E. ไฟลัมชุกชุมมากที่สุดถัดไปได้ Verrucomicrobia และ Chloroflexi ไม่พบในลำไส้ของ P. excavatus แต่อุดมด้วย E. โหม ในทำนองเดียวกัน Spirochaetes ก็อุดมด้วย excavatus P. แต่โหม E. ในไม่ มาย profiles การอนุกรมวิธานมีวิเคราะห์ทางสถิติ ใช้ Fisher แน่นอน t-ทดสอบ และผลลัพธ์จะถูกแสดงเป็นข้อผิดพลาดแบบขยายแถบพล็อต (Fig. 2), การแสดงมากมายญาติของตัวแทนสกุลต่าง ๆ ใน metagenome ไส้ไส้เดือนดิน แปลงแถบข้อผิดพลาดแบบขยายมีภาพ significance มายถึงสกุลต่าง ๆ metagenome ไส้ไส้เดือนญาติ จากพล็อต แถบข้อผิดพลาดแบบขยายให้ มากกว่า 0.05 สำหรับความสัมพันธ์ของแบคทีเรียสกุลต่าง ๆ ซึ่งหมายความ ว่า มายแทนแบคทีเรียต่าง ๆ จาก E. โหมและ P. excavatus ไส้ metagenome ก็เกือบคล้าย และแบคทีเรีย/สกุล specific ไม่เป็น significantly ผลโดยรวมของ "P-ค่า" พบทั้งหมดไส้ชุมชนแบคทีเรีย struc tureความร้อนแผนที่แสดงความสัมพันธ์ระหว่างชุมชน metgenomic สองไส้ของโหม E. P. excavatus เปิดเผยว่า unclassified แบคทีเรียได้มากมายใน metagenomes ไส้ของทั้งสองไส้เดือน (Fig. 3) ได้รับการบันทึกหลายหายาก และผิดปกติเชื้อแบคทีเรียสกุล Thermobifidia, Sorangium, Dehalobacter, Prolixibacter เครื่องมือ Libcompare ของไปป์ไลน์ RDP II ถูกใช้สำหรับเปรียบเทียบของแต่ละรีโคลนเพื่อกำหนดถ้าสองใด ๆ ในไลบรารีได้มาจากประชากรเดียวกัน (ตาราง 3) Homologous และ heterologous ความครอบคลุมของทั้งไลบรารีไม่สอดคล้องกันเป็นค่า P ได้รับมาทั้งหมดถูกเพิ่มเติม0.05 ส่อชนิดคล้ายคลึงกันของประชากรถูกพล็อตเส้นโค้ง rarefaction น่าโหม E. P. excavatus (Fig. 4) ซึ่งแสดงว่า ทั้งสอง metagenomes ลำไส้ประกอบด้วยแบคทีเรียชนิดเกือบคล้ายนับ พบความหลากหลายของ metagenome ไส้โหม E. 12.63% และที่ของ P. excavatus พบเป็น 8.63

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลการ
3.1 คำอธิบายประกอบอนุกรมวิธานของลำไส้ไส้เดือน microbiomes ลำไส้ Metagenomic 16S rDNA ห้องสมุด clonal จากอี foetida (67 ลำดับ clonal) และพี excavatus (75 ลำดับ clonal) ถูกส่งไป NCBI Genbank และหมายเลขภาคยานุวัติสร้าง (อี foetida ลำดับ clonal KM840923-KM840986 , P. excavatus ลำดับ clonal KM840851-KM840922) อี foetida ลำไส้ห้องสมุด clonal Metagenomic ก็จัดประเภทเป็น 9 Otus ขณะที่ตารางที่ 1 Classi ไอออนบวก Fi ห้องสมุด 16S rRNA โคลนที่ได้รับจากลำไส้ metagenome ของอี foetida ในระดับไฟลัมโดยใช้เอ้อจัดประเภท Naive Bayesian ของเว็บไซต์ RDPII ในช่วงเวลาที่เชื่อ Fi แย้งของ 50% ตัดและ Chimaera การตรวจสอบดีเอ็นเอจาก metagenomes ลำไส้ของอี foetida และพี excavatus ถูกส่งมาเป็น FASTA Fi le กับเครื่องมือจัดประเภทเอ้อของฐานข้อมูล RDPII. ตารางที่ 2 Classi ไอออนบวก Fi ของ 16S ห้องสมุด rRNA โคลนที่ได้รับจาก metagenomes ลำไส้ของพี excavatus ในระดับไฟลัมใช้จัดประเภท Naive Bayesian เอ้อของเว็บไซต์ RDPII ในช่วงเวลาที่เชื่อ Fi นักโทษ 50% ตัดและ Chimaera การตรวจสอบดีเอ็นเอจาก metagenomes ลำไส้ของ excavatus อี foetida และพีถูกส่งมาเป็น FASTA Fi le กับเครื่องมือจัดประเภทเอ้อของฐานข้อมูล RDPII. ข้อมูลจาก P. excavatus ได้จัดประเภทเป็น 12 OTU ของ (ตารางที่ 1 และ 2) . ทั้งหมด 96 ลำดับ clonal จากแต่ละลำไส้ไส้เดือน 16S rDNA ห้องสมุดที่ได้รับหลังจากที่ไอเอ็นจี sequenc- หลังจากการตรวจสอบ Chimaera 67 Chimaera ลำดับฟรีจากอี foetida และ 75 จาก P. excavatus ที่ได้รับ คำอธิบายประกอบการจัดหมวดหมู่ของชุดข้อมูลลำดับได้ดำเนินการโดยใช้ MG-RAST (metagenomics Server วิเคราะห์) phylogenetic ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นแสดงให้เห็นญาติของอนุภาคแท็กซ่าตัวแทนต่างๆจากลำไส้ metagenome ของอี foetida และพี excavatus เป็นกราฟแท่งกองรหัสสีของพืชและสัตว์ที่อยู่บนพื้นฐานของการเรียนของพวกเขา (รูป. 1a) การกระจายของไฟลัมต่างๆบนพื้นฐานของความนิยมต่อลำดับแบคทีเรียใน metagenomes ของอี foetida และพี excavatus จะแสดงเป็นกราฟวงกลม (รูปที่ 1b.) จำนวนมากที่สุดของลำดับถูกข้อเขียนเพื่อ unclassi แบคทีเรียเอ็ด Fi (59% ใน excavatus P. และ 47% ในกรณีของอี foetida) ไฟลัมที่มีมากที่สุดต่อไปคือ Firmicutes คิดเป็น 15% ของโคลนใน excavatus P. และ 20% ในลำไส้ E. foetida Verrucomicrobia และคลอโร fl EXI ไม่พบในลำไส้ของพี excavatus แต่ความอุดมสมบูรณ์ในอี foetida คล้าย Spirochaetes มีมากมายใน P. excavatus แต่ไม่ได้อยู่ในอี foetida ความอุดมสมบูรณ์ทางอนุกรมวิธานของโปรไฟ les ที่ได้มาวิเคราะห์ทางสถิติ ฟิชเชอร์ที่แน่นอน t-test ถูกนำมาใช้และผลจะแสดงเป็นแถบข้อผิดพลาดขยายพล็อต (รูปที่. 2) ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความอุดมสมบูรณ์ของญาติของผู้แทนสกุลต่าง ๆ ในลำไส้ไส้เดือน metagenome บาร์ผิดพลาดแบบขยายพล็อตแสดงให้เห็นนัยนัยสำคัญ Fi ของความอุดมสมบูรณ์ของญาติของตัวแทนจำพวกต่างๆของลำไส้ไส้เดือน metagenome จากแถบข้อผิดพลาดขยายพล็อตทั้งหมด "P ค่า" พบว่ามีมากกว่า 0.05 สำหรับความชุกชุมของจำพวกแบคทีเรียต่างๆซึ่งหมายความว่าความอุดมสมบูรณ์ของราษฎรแบคทีเรียต่างๆจากอี foetida และพี excavatus ลำไส้ metagenome เกือบคล้ายกันและไม่มีการระบุไว้แบคทีเรีย C / จำพวกเป็นอย่างมีนัยสำคัญที่มีผลต่อข้อมูล ture ลำไส้โดยรวมชุมชนแบคทีเรียโครงสร้าง. แผนที่ความร้อนที่เป็นตัวแทนของความสัมพันธ์ระหว่างสองไส้ชุมชน metgenomic ของอี foetida และพี excavatus เปิดเผยว่าแบคทีเรียเอ็ด Fi unclassi มีมากมายใน ไส้ metagenomes ของไส้เดือนดินทั้งสอง (รูปที่. 3) หลายจำพวกแบคทีเรียที่ผิดปกติและหายากเช่น Thermobi Fi dia, Sorangium, Dehalobacter, Prolixibacter ถูกบันทึกไว้ เครื่องมือ Libcompare ของท่อ RDP-II ถูกนำมาใช้สำหรับการเปรียบเทียบของแต่ละห้องสมุดโคลนเพื่อตรวจสอบว่าสองในห้องสมุดได้มาจากประชากรเดียวกัน (ตารางที่ 3) ความคุ้มครองที่คล้ายคลึงกันและ heterologous ของทั้งสองของห้องสมุดที่ไม่สอดคล้องกับทุก P-ค่าที่ได้รับได้มากขึ้น0.05, บ่งบอกถึงประเภทที่คล้ายกันของประชากร. โค้งเจือของอี foetida และพี excavatus ถูกพล็อต (รูปที่ 4. ) ซึ่งแสดงให้เห็นว่าทั้งสอง metagenomes ไส้ประกอบด้วยเกือบนับสายพันธุ์แบคทีเรียที่คล้ายกัน ความหลากหลายของอี foetida ลำไส้ metagenome ถูกพบว่าเป็น 12.63% และของ P. excavatus ถูกพบว่าเป็น 8.63

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . ผลลัพธ์
3.1 . หมายเหตุทางอนุกรมวิธานของไส้เดือนไส้ microbiomes

ไส้เมตาจีโนมิค 16S rDNA จากงานห้องสมุด เช่น เฟติดา ( 67 งานลำดับ ) และหน้า excavatus ( 75 งานลำดับ ) ได้ถูกส่งไปยังหมายเลขภาคยานุวัติ ( เช่นขนาด ncbi และสร้างรูปแบบและลำดับ km840923 เฟติดา km840986 , หน้า excavatus งานลำดับ km840851 – km840922 ) E .เฟติดาไส้เมตาจีโนมิคงานห้องสมุด classi จึงเอ็ด 9 ในส่วนโต๊ะ

1
classi จึงไอออนบวกของห้องสมุดโคลนเบส 16S rRNA ที่ได้จากลำไส้ metagenome . เฟติดาระดับไฟลัมใช้ซื่อแบบ classi จึงเอ้อของเว็บไซต์ rdpii ในคอน จึง dence ช่วง 50% ตัดแต่งและคิเมร่าตรวจสอบลำดับดีเอ็นเอจากไส้ metagenomes เฟติดา . .excavatus ถูกส่งเป็น fasta จึง le จึง classi เครื่องมือเอ้อของ rdpii ฐานข้อมูล ตาราง

2
classi จึงไอออนบวกของห้องสมุดโคลนเบส 16S rRNA ที่ได้จากลำไส้ metagenomes ของหน้า excavatus ระดับไฟลัมใช้ไร้เดียงสาแบบ classi จึงเอ้อของเว็บไซต์ rdpii ในคอน จึง dence ช่วง 50% ตัดแต่งและคิเมร่าตรวจสอบลำดับดีเอ็นเอจากไส้ metagenomes เฟติดา . .excavatus ถูกส่งเป็น fasta จึง le จึง classi เครื่องมือเอ้อของ rdpii ฐานข้อมูล

ข้อมูลจากหน้า excavatus คือ classi จึงเอ็ดเป็น 12 otu ( ตารางที่ 1 และ 2 ) รวม 96 ลำดับงานจากแต่ละของไส้เดือนอุทร 16S rDNA ห้องสมุดที่ได้รับหลังจาก sequenc - ไอเอ็นจี หลังจากการตรวจสอบคิเมร่าคิเมร่า 67 , ฟรีลำดับจาก E . เฟติดาและ 75 จากหน้า excavatus ได้ .บันทึกย่อและการเรียงลำดับข้อมูลได้ใช้ mg-rast ( เมตะจีโนมิกการวิเคราะห์เซิร์ฟเวอร์ ) ต้นไม้ชนิดที่ถูกสร้างขึ้นแสดงต่าง ๆและตัวแทนของญาติ abundances จากลำไส้ metagenome . เฟติดา , excavatus เป็นแผนภูมิแท่งซ้อน , รหัสสีในจีนัสคือบนพื้นฐานของการเรียน ( รูปที่ 1A )การกระจายของไฟลัมต่าง ๆบนพื้นฐานของความนิยมต่อแบคทีเรียลำดับใน metagenomes . เฟติดา , excavatus แสดงเป็นแผนภูมิวงกลม ( รูปที่ 1A ) เลขที่มากที่สุดของลำดับคือแสดงให้ unclassi จึงเอ็ดแบคทีเรีย ( 59% ในหน้า excavatus 47 % ในกรณีเช่นเฟติดา ) Phylum ถัดไปที่มีมากที่สุดคือ Firmicutes คิด 15% ของโคลนในหน้า excavatus และ 20% ในเฟติดาไส้ verrucomicrobia และคลอโรfl exi ไม่พบในลำไส้ของหน้า excavatus แต่มากมายใน เฟติดากัน spirochaetes อยู่มากมายในหน้า excavatus แต่ไม่ใช่ใน เฟติดา . ความอุดมสมบูรณ์ทางอนุกรมวิธานของ Pro จึงเล เป็นเชิงสถิติ fisher exact t-test และผลลัพธ์จะแสดงเป็นแถบข้อผิดพลาดโครงเรื่องขยาย ( รูปที่ 2 )ซึ่งแสดงความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์ของตัวแทนสกุลต่าง ๆในลำไส้ไส้เดือน metagenome . ขยายแปลงแถบข้อผิดพลาดแสดงให้เห็น signi ถ่ายทอดโรคมะเร็งของความชุกชุมสัมพัทธ์ของต่างสกุล ตัวแทนของทางเดินอาหารไส้เดือนดิน metagenome . จากการขยายแถบข้อผิดพลาดพล็อตทั้งหมด " p-values " พบว่ามีมากกว่า 0.05 สำหรับปริมาณสัมพัทธ์ของแบคทีเรียสกุลต่าง ๆ ,ซึ่งหมายความว่าปริมาณของแบคทีเรียต่าง ๆตัวแทนจาก E เฟติดา , excavatus ไส้ metagenome เกือบจะคล้ายกันและไม่มีกาจึง C แบคทีเรีย / สกุลเป็น signi จึงมีผลต่อลำไส้แบคทีเรียลดลงอย่างมีนัยสําคัญเมื่อรวมชุมชนอาคาร - ture .
ความร้อนแผนที่แสดงความสัมพันธ์ระหว่างสองไส้ metgenomic ชุมชนเช่นเฟติดา .excavatus เปิดเผยว่า unclassi จึงเอ็ดแบคทีเรียมีดาษดื่นในอุทร metagenomes ทั้งไส้เดือน ( รูปที่ 3 ) มากผิดปกติและหายากจำพวกแบคทีเรียเช่น thermobi จึง Dia sorangium dehalobacter prolixibacter , บันทึก , .libcompare เครื่องมือของ rdp-ii ท่อใช้สำหรับการเปรียบเทียบของแต่ละโคลนห้องสมุดเพื่อตรวจสอบว่าใด ๆที่สองของห้องสมุดได้จากประชากรเดียวกัน ( ตารางที่ 3 ) ที่คล้ายคลึงกันและครอบคลุมชนิดของทั้งสองของห้องสมุดไม่สอดคล้องกัน เช่น p-values ทั้งหมดได้ถูกเพิ่มเติม
0.05 , จํานวนประชากรที่คล้ายกันประเภท .
rarefaction เส้นโค้งของ Eและกำลังวางแผน excavatus เฟติดาหน้า ( รูปที่ 4 ) ซึ่งพบว่า ทั้งไส้ ประกอบด้วย metagenomes คล้ายกับแบคทีเรียชนิดนับ ความหลากหลายของ E . เฟติดาไส้ metagenome อยู่ที่หน้า excavatus 12.63 เปอร์เซ็นต์และพบว่าเป็น 8.63