The MD method is deterministic in w

The MD method is deterministic in which the state of the system at any time are predictable once positions and velocities of each atom are known. MD simulations are sometime time consuming and computational expensive. Nevertheless, the faster and cheaper of the computer today bring up the calculation to the nanosecond time scale.
The basic step in MD simulation was shown in Figure 3.2 The initial system, in which the coordinated can be normally obtained from x-ray or NMR data or built up using molecular modeling method, is minimized in order to get rid of bad atomic contacts due to the addition of some newly atoms and residues, i.e., hydrogen atoms, amino acid residues as well as water molecules. The initial velocities of the system were assigned to the system. Prior to the production dynamics, the heating and equilibration dynamics were performed with the aim to decreases the probability that localized fluctuations in the energy such as hot spots in which will persist throughout the simulation. Following the initial thermalization/equilibration, some more period of time for equilibrations were applied until the system is reached the equilibrium by adjusting the temperature and rescaling the velocities. The trajectory of the systems is calculated and used for analysis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิธี MD เป็น deterministic ในที่สถานะของระบบตลอดเวลาจะคาดเดาได้เมื่อทราบตำแหน่งและตะกอนของแต่ละอะตอม จำลอง MD เป็นบางครั้งใช้เวลานาน และคำนวณราคา อย่างไรก็ตาม เร็วกว่า และถูกกว่าของคอมพิวเตอร์วันนี้นำค่าการคำนวณไป nanosecond เวลาขนาดนั้น
ขั้นตอนพื้นฐานในการจำลอง MD ที่แสดงในรูปที่ 3ระบบ 2 เริ่มต้น ซึ่งจะประสานสามารถปกติได้จากเอกซเรย์หรือข้อมูล NMR หรือสร้างขึ้นโดยใช้วิธีการสร้างแบบจำลองโมเลกุล ถูกย่อเล็กสุดเพื่อกำจัดของเสียติดต่ออะตอมเนื่องจากการเพิ่มของบางใหม่อะตอมและตกค้าง เช่น ไฮโดรเจนอะตอม กรดอะมิโนตกเป็นโมเลกุลของน้ำ ตะกอนเริ่มต้นของระบบถูกกำหนดให้กับระบบ ก่อนผลิต dynamics ร้อน และ equilibration dynamics ได้ดำเนินการเพื่อลดความน่าเป็นที่ความผันผวนด้านพลังงานเป็นฮอตสปอตซึ่งจะคงอยู่ตลอดการจำลอง ต่อการเริ่มต้น thermalization/equilibration รอบระยะเวลาสำหรับ equilibrations บางอย่างถูกนำไปใช้จนกว่าระบบจะถึงสมดุล โดยการปรับอุณหภูมิ และ rescaling ตะกอน ของระบบคำนวณ และใช้สำหรับวิเคราะห์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิธี MD ให้กำหนดในการที่รัฐของระบบในเวลาใด ๆ จะคาดเดาได้เมื่อตำแหน่งและความเร็วของแต่ละอะตอมเป็นที่รู้จักกัน จำลอง MD มีบางครั้งใช้เวลานานและการคำนวณราคาแพง อย่างไรก็ตามได้เร็วขึ้นและมีราคาถูกกว่าของเครื่องคอมพิวเตอร์ในวันนี้ขึ้นมาเพื่อคำนวณขนาดเวลา nanosecond
ขั้นพื้นฐานในการจำลอง MD ก็แสดงให้เห็นในรูปที่ 3.2 ระบบการเริ่มต้นในการที่ประสานงานได้ตามปกติจาก x-ray หรือข้อมูล NMR หรือสร้างขึ้นโดยใช้วิธีการสร้างแบบจำลองโมเลกุลจะลดลงเพื่อที่จะกำจัดของรายชื่ออะตอมไม่ดีเนื่องจากการเพิ่มของใหม่บางอะตอมและสารตกค้างคืออะตอมไฮโดรเจนกรดอะมิโนเป็นโมเลกุลของน้ำ ความเร็วเริ่มต้นของระบบได้รับมอบหมายให้ระบบ ก่อนที่จะมีการเปลี่ยนแปลงของการผลิตความร้อนและการปรับสมดุลพลวัตได้ดำเนินการโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อลดความน่าจะเป็นที่ความผันผวนของท้องถิ่นในการใช้พลังงานเช่นฮอตสปอตในการที่จะยังคงมีอยู่ตลอดการจำลอง ดังต่อไปนี้เริ่มต้น thermalization / equilibration ระยะเวลามากขึ้นบางส่วนของเวลาสำหรับ equilibrations มีการใช้จนกว่าระบบจะถึงสมดุลโดยการปรับอุณหภูมิและความเร็ว rescaling เส้นทางการเคลื่อนที่ของระบบที่มีการคำนวณและใช้ในการวิเคราะห์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วิธีการติดตั้งเครื่อง MD ซึ่งในสถานะของระบบในเวลาใด ๆ เป็นแบบฉบับ เมื่อตำแหน่งและความเร็วของแต่ละอะตอมจะรู้จัก MD จำลองเป็นบางเวลานาน และการคำนวณราคาแพง อย่างไรก็ตาม เร็วและถูกกว่าของคอมพิวเตอร์ วันนี้มาคำนวณกับนาโนวินาทีระดับเวลา ขั้นตอนพื้นฐานในการจำลอง
MD ถูกแสดงในรูปที่ 32 การเริ่มต้นระบบซึ่งในการประสานงาน สามารถปกติที่ได้จากการเอ็กซ์เรย์หรือข้อมูล NMR หรือสร้างขึ้นโดยใช้วิธีการสร้างแบบจำลองโมเลกุล จะลดลงเพื่อที่จะกำจัดของอะตอมที่ติดต่อไม่ดี เนื่องจากการเพิ่มของอะตอมใหม่ และสารตกค้าง เช่น ไฮโดรเจนอะตอมของกรดอะมิโนเช่นเดียวกับโมเลกุลของน้ำ ความเร็วเริ่มต้นของระบบถูกมอบหมายให้กับระบบก่อนการเปลี่ยนแปลงการผลิตความร้อนและการเปลี่ยนแปลง equilibration ที่มีจุดมุ่งหมายเพื่อลดความน่าจะเป็นที่ถิ่นของพลังงานเช่นจุดร้อนในซึ่งจะคงอยู่ตลอดทั้งระบบ ต่อไปนี้ equilibration thermalization / เริ่มต้นบางช่วงเวลา equilibrations ใช้จนกว่าระบบจะถึงภาวะสมดุลโดยการปรับอุณหภูมิและความเร็ว rescaling . วิถีของระบบคำนวณและใช้ในการวิเคราะห์