Neighbor-joining, maximum parsimony

Neighbor-joining, maximum parsimony, and maximum-
likelihood trees of red snapper mtDNA haplotypes
were generated to help resolve relationships inferred
from nested clade analysis and to determine which
clades were interior/ancestral. Identification of interior/
ancestral clades is critical for determining geographic
distance(s) between tip and interior clades in the highest
nested level (the total cladogram nested together) and
Fig. 1 Collection localities (black circles) of Gulf red snapper
(Lutjanus c ampechanus) from waters offshore of Dauphin Island
(Alabama), Port Fourchon (Louisiana), and Port Aransas (Texas)
594
for subsequent contingency test of the entire structure
(Templeton and Sing 1993; Templeton et al. 1995). Trees
were generated using PAUP 4.0b10 (Swofford 2001) and
all trees were rooted with homologous ND-4 sequences
of the closely related species L. peru (Pacific red snapper).
The most appropriate models and parameter estimates
for maximum-likelihood and neighbor-joining
trees were determined using MODELTEST 3.06 (Posada and
Crandall 1998). The most appropriate model was the
general time reversible model with among-site rate variation
approximated using the proportion of invariable
sites (GTR+I).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Parsimony เพื่อนบ้านเข้าร่วม สูงสุด และสูงสุดต้นไม้โอกาสของปลากะพงแดง mtDNA haplotypesสร้างขึ้นเพื่อแก้ไขความสัมพันธ์ของข้อสรุปวิเคราะห์ clade ซ้อนกัน และ การตรวจสอบที่clades ถูกตกแต่งภายใน/ของบรรพบุรุษ รหัสภายใน /clades ของบรรพบุรุษเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการกำหนดทางภูมิศาสตร์distance(s) ระหว่างคำและ clades ภายในในสุดระดับ (รวม cladogram ที่ซ้อนกัน) ที่ซ้อนกัน และรูปที่ 1 บริเวณคอลเลกชัน (วงกลมสีดำ) อ่าวปลาหิมะ(Lutjanus c ampechanus) จากน้ำทะเลของเกาะของปลาโลมา(แอละแบมา), พอร์ต Fourchon (หลุยเซียน่า), และพอร์ตอรันซาส (เท็กซัส)594สำหรับการทดสอบฉุกเฉินตามมาของโครงสร้างทั้งหมด(เทมเปิลและสิงห์ 1993 เทมเปิล et al. 1995) ต้นไม้สร้างขึ้นโดยใช้ PAUP 4.0b10 (Swofford 2001) และต้นไม้ทั้งหมดถูกฝังรากกับเซทจะมีโครโมโซม ND-4 ลำดับพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด L. เปรู (ปลากะพงแดงแปซิฟิก)รูปแบบที่เหมาะสมและค่าประมาณพารามิเตอร์น่าเป็นสูงสุดและใกล้เคียงเข้าร่วมต้นไม้ถูกใช้ MODELTEST 3.06 (ท่อง และทาง Crandall ที่ 1998) รูปแบบที่เหมาะสมรุ่นระหว่างไซต์อัตราผันแปรกลับเวลาทั่วไปประมาณการใช้สัดส่วนของ invariableเว็บไซต์ (GTR + I)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อนบ้านเข้า, ประหยัดสูงสุดและ maximum-
โอกาสต้นไม้ของปลากะพงแดง haplotypes mtDNA
ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อช่วยให้ความสัมพันธ์มีมติสรุป
จากการวิเคราะห์ clade ซ้อนกันและเพื่อตรวจสอบว่า
clades อยู่ภายใน / บรรพบุรุษ บัตรประจำตัวของภายใน /
บรรพบุรุษ clades เป็นสิ่งสำคัญสำหรับการกำหนดทางภูมิศาสตร์
ระยะทาง (s) ระหว่างปลายและการตกแต่งภายใน clades ในที่สูงสุด
ในระดับที่ซ้อนกัน (คน cladogram รวมซ้อนร่วมกัน) และ
รูป 1 ท้องที่เก็บ (วงกลมสีดำ) ของอ่าวปลากะพงแดง
(Lutjanus C ampechanus) จากน้ำนอกชายฝั่งของเกาะฟิน
(อลาบามา), พอร์ต Fourchon (ลุยเซียนา) และ Port Aransas (เท็กซัส)
594
สำหรับการทดสอบภายหลังฉุกเฉินของโครงสร้างทั้งหมด
(เทมเปิลและ สิงห์ 1993 Templeton et al, 1995). ต้นไม้
ที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ PAUP 4.0b10 (Swofford 2001) และ
ต้นไม้ทุกต้นมีรากที่มีความคล้ายคลึงกัน ND-4 ลำดับ
ของสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดลิตรเปรู (แปซิฟิกปลากะพงแดง).
รูปแบบที่เหมาะสมที่สุดและประมาณการพารามิเตอร์
สำหรับโอกาสสูงสุดและ neighbor- ร่วมงานกับ
ต้นไม้ได้รับการพิจารณาโดยใช้ MODELTEST 3.06 (Posada และ
แครนดอล 1998) รูปแบบที่เหมาะสมมากที่สุดคือ
เวลาโดยทั่วไปรูปแบบพลิกกลับมีการเปลี่ยนแปลงอัตราหมู่เว็บไซต์
ห้วงใช้สัดส่วนของคง
เว็บไซต์ (GTR + I)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อนบ้านเข้าร่วม ความตระหนี่ และสูง - สูงสุดโอกาสของผลไม้แสดงปลากะพงแดงถูกสร้างขึ้นเพื่อช่วยแก้ไขความสัมพันธ์ที่ได้จากการวิเคราะห์และศึกษาซึ่งอยู่ถัดจากclades อยู่ภายใน / บรรพบุรุษ การกำหนดภายในบรรพบุรุษ clades สำคัญกำหนดทางภูมิศาสตร์ระยะทาง ( s ) ระหว่างปลายและภายใน clades ในสูงสุดอยู่ในระดับ ( cladogram ทั้งหมดซ้อนกัน ) และรูปที่ 1 คอลเลกชันท้องถิ่น ( วงกลมสีดำ ) ของอ่าวปลากะพงแดง( ปลากะพงแดง C ampechanus ) จากทะเลนอกชายฝั่งเกาะฟิน( แอละแบมา ) , พอร์ต fourchon ( ลุยเซียนา ) และ พอร์ตอรันซาส ( เท็กซัส )594สำหรับการทดสอบเงื่อนไขที่ตามมาของโครงสร้างทั้งหมด( เทมเปิลและร้องเพลง 1993 ; Templeton et al . 1995 ) ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ 4.0b10 ยาจก ( สวอฟฟอร์ดปี 2001 ) และทั้งหมดต้นไม้รากกับโฮโมโลกัส nd-4 ลำดับที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดชนิด L . เปรู ( Pacific ปลากะพงแดง )และพารามิเตอร์ที่เหมาะสมที่สุดแบบประมาณการสำหรับโอกาสสูงสุดและเพื่อนบ้านเข้าร่วมต้นไม้ซึ่งใช้ modeltest 3.06 ( โปและCrandall 1998 ) แบบจำลองที่เหมาะสมมากที่สุดคือเวลาทั่วไป รูปแบบของการเปลี่ยนแปลงอัตราเว็บไซต์โดยประมาณใช้สัดส่วนคงที่เว็บไซต์ ( GTR + ผม )