The work presented here was perform

The work presented here was performed to achieve thestructural and orientational factors important for HIV protease inhibitors, to focus on the pharmacophore-based virtual screeningof molecular database and propose the potential HIV-protease com-pounds for the anti-HIV agents. A number of hypotheses weregenerated based on 30 training set compounds and finally tenhypotheses were retained for further evaluation. Based on Deb-nath’s analysis, Fischer’s randomization test, test set prediction andRoy’s r2mprediction the Hypo 1 was selected as best pharmacophoremodel. This model was suggested that one of each HBA, HBD, Hand R features were crucial for inhibitory activity. The Hypo 1 wasselected to for the virtual screening of NCI database to retrievesome potential and less toxic anti-HIV agents. Initial screened com-pounds were passed through several criteria including the range ofactivity of training set, fit to model with omitted feature set to ‘0’and comparison of dock score and binding energy with most activecompound of the data set to reach the potential compounds. Amongthe more than twenty five thousand initial hit compounds, sevencompounds finally satisfied all these criteria and were used to fur-ther evaluate the binding interactions with critical amino residuesat the active site of HIV protease. This virtual screening usingthe Hypo 1 obtained one potential molecule, NCS70804 from NCIdatabase which is already confirmed as active in anti-HIV screening.A number of hydrogen bonds and bump interactions were observedbetween potential HIV-protease compounds and catalytic residuessuch as Leu24, Asp25, Thr26, Gly27, Asp29, Ile50 and Ile84. There-fore this indirect receptor-independent pharmacophore model cancalculate accurately the position and orientation of potential ligandin a binding site and the selected model has enough potentialto retrieve the active molecule from database. The potential HIV-protease molecules will be subjected to experimental validation toobtain further confirmation.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

งานนำเสนอที่นี่ทำให้ thestructural และ orientational ปัจจัยที่สำคัญสำหรับเชื้อเอชไอวีรติเอส inhibitors เน้นฐานข้อมูลจาก pharmacophore screeningof เสมือนโมเลกุล และเสนอเป็นรติเอสเอชไอวี com-ปอนด์สำหรับตัวแทนเอชไอวีป้องกัน จำนวน weregenerated สมมุติฐานตามสารกำหนดฝึกอบรม 30 และสุดท้าย tenhypotheses ถูกเก็บไว้สำหรับการประเมินเพิ่มเติม ตามการวิเคราะห์ Deb nath ของฟิสเชอร์ randomization ทดสอบ ทดสอบตั้งค่าทำนายของ andRoy r2mprediction 1 hypo ภูมิที่เลือกเป็นส่วน pharmacophoremodel รุ่นนี้เขาแนะนำว่า แต่ละ HBA, HBD, R มือคุณลักษณะอย่างใดอย่างหนึ่งสำคัญสำหรับกิจกรรมลิปกลอสไข Wasselected hypo ภูมิ 1 ที่สำหรับคัดเสมือนของ NCI ฐานข้อมูล retrievesome ศักยภาพ และน้อย กว่าตัวแทนเอชไอวีป้องกันพิษ สกรีนเริ่มปอนด์ com ได้ผ่านเงื่อนไขต่าง ๆ รวมถึง ofactivity ช่วงของชุดการฝึกอบรม พอดีกับรูปแบบที่ มีคุณลักษณะไม่ตั้งค่าเป็น '0' และเปรียบเทียบคะแนนท่าและพลังงานยึดเหนี่ยวกับ activecompound มากที่สุดของชุดข้อมูลถึงสารประกอบมีศักยภาพ เริ่มต้นพัน Amongthe มากกว่ายี่สิบห้าตีสาร sevencompounds พอใจเงื่อนไขเหล่านี้ และใช้ในการขนเธอประเมินโต้ตอบรวมกับ residuesat อะมิโนสำคัญใช้รติเอสเอชไอวี Usingthe นี้ตรวจเสมือน 1 สำหรับผู้เป็นภูมิรับหนึ่งโมเลกุลมีศักยภาพ NCS70804 จาก NCIdatabase ที่อยู่แล้วยืนยันเป็นงานคัดกรองเอชไอวีป้องกันพันธบัตรไฮโดรเจนและชนโต้ตอบได้ observedbetween สารรติเอสเอชไอวีเป็นไปได้และตัวเร่งปฏิกิริยา residuessuch Leu24, Asp25, Thr26, Gly27, Asp29, Ile50 และ Ile84 ลำเลียงสามี pharmacophore นี้ตัวรับอิสระทางอ้อมรุ่น cancalculate ตำแหน่งอย่างถูกต้องและการวางแนวของ ligandin เป็นไซต์ผูก และแบบจำลองที่เลือกมี potentialto พอดึงโมเลกุลใช้งานอยู่จากฐานข้อมูล โมเลกุลรติเอสเอชไอวีอาจจะอยู่ภายใต้การตรวจสอบทดลองยืนยันเพิ่มเติมของ toobtain

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

งานนำเสนอที่นี่ได้รับการดำเนินการเพื่อให้บรรลุปัจจัย thestructural และ orientational สำคัญสำหรับน้ำย่อยโปรตีนเอชไอวีที่จะมุ่งเน้น pharmacophore ตาม screeningof เสมือนฐานข้อมูลในระดับโมเลกุลและนำเสนอที่มีศักยภาพเอชไอวีโปรติเอส com ปอนด์สำหรับสารต้านเอชไอวี จำนวนของสมมติฐาน weregenerated ขึ้นอยู่กับสารประกอบ 30 ชุดการฝึกอบรมและ tenhypotheses ที่สุดก็ถูกเก็บไว้สำหรับการประเมินผลต่อไป จากการวิเคราะห์ Deb-ภูมิพลอดุลยเดชของฟิชเชอร์ของการทดสอบการสุ่มทดสอบตั้งทำนาย Androy ของ r2mprediction สำหรับผู้ที่เป็น 1 ได้รับเลือกเป็นที่ดีที่สุด pharmacophoremodel รุ่นนี้ได้รับการแนะนำว่าเป็นหนึ่งในแต่ละ HBA, HBD คุณสมบัติมือ R เป็นสิ่งสำคัญสำหรับการยับยั้ง สำหรับผู้ที่เป็น 1 wasselected สำหรับการคัดกรองของฐานข้อมูลเสมือน NCI เพื่อ retrievesome สารต้านเอชไอวีที่มีศักยภาพและความเป็นพิษน้อย เริ่มต้นฉาย com ปอนด์ได้รับการผ่านเกณฑ์หลายคนรวมทั้ง ofactivity ช่วงของชุดการฝึกอบรมพอดีกับรุ่นที่มีคุณลักษณะละเว้นตั้ง 'เปรียบเทียบ 0'and คะแนนท่าเรือและพลังงานมีผลผูกพันกับ activecompound มากที่สุดของข้อมูลที่กำหนดไปถึงสารที่มีศักยภาพ Amongthe มากกว่าสองหมื่นห้าพันสารประกอบตีเริ่มต้น sevencompounds พอใจที่สุดเกณฑ์ทั้งหมดเหล่านี้และถูกนำมาใช้ในการขนบิดาประเมินปฏิสัมพันธ์ผูกพันกับอะมิโนที่สำคัญ residuesat เว็บไซต์ที่ใช้งานของโปรติเอสเอชไอวี การตรวจคัดกรองนี้เสมือน usingthe สำหรับผู้ที่เป็น 1 ได้รับหนึ่งโมเลกุลที่มีศักยภาพ NCS70804 จาก NCIdatabase ซึ่งได้รับการยืนยันแล้วเป็นงานในการป้องกันเอชไอวี screening.A จำนวนพันธบัตรไฮโดรเจนและชนปฏิสัมพันธ์ถูก observedbetween สารโปรตีเอสเอชไอวีที่มีศักยภาพและเป็นตัวเร่งปฏิกิริยา residuessuch Leu24, Asp25, Thr26 , Gly27, Asp29, Ile50 และ Ile84 ก่อนมี-ทางอ้อมนี้รับอิสระแบบ pharmacophore ถูกต้อง cancalculate ตำแหน่งและทิศทางของที่มีศักยภาพ ligandin เว็บไซต์ที่มีผลผูกพันและรูปแบบที่เลือกได้มากพอที่ potentialto ดึงโมเลกุลที่ใช้งานจากฐานข้อมูล โมเลกุลของโปรติเอสเอชไอวีที่มีศักยภาพจะต้องอยู่ภายใต้การตรวจสอบการทดลอง toobtain ยืนยันต่อไป

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลงานนี้ทำเพื่อให้บรรลุและหาความ orientational ปัจจัยสำคัญสำหรับเอชไอวี protease inhibitors มุ่งเน้นฟาร์มาโคฟอร์ตามเสมือน screeningof โมเลกุลฐานข้อมูลและนำเสนอศักยภาพติเพื่อต่อต้านเอชไอวีเอชไอวี com ปอนด์แทนจำนวนของสมมติฐาน weregenerated ตาม 30 ชุดฝึก สารประกอบ และในที่สุด tenhypotheses ถูกเก็บไว้สำหรับการประเมินผลต่อไป ตามการวิเคราะห์ของเด็บนาถ , การทดสอบการสุ่ม ฟิชเชอร์ , ชุดทดสอบการทำนายของ androy r2mprediction ที่ใต้ 1 ได้เลือกที่ดีที่สุด pharmacophoremodel . รุ่นนี้แนะนำให้หนึ่งของแต่ละบุคคลคะ , ,คุณสมบัติที่สําคัญสําหรับกิจกรรม R มือถูกยับยั้ง . ที่ใต้ 1 ใช้เพื่อคัดกรองเสมือนของฐานข้อมูล NCI จะ retrievesome ศักยภาพและเป็นพิษน้อยกว่า anti HIV ตัวแทน เริ่มต้นกันด้วยปอนด์ได้ผ่านเกณฑ์ต่าง ๆ รวมทั้งช่วง ofactivity ของชุดฝึกอบรมพอดีกับรูปแบบละเว้นคุณลักษณะชุด ' 0'and เปรียบเทียบคะแนนการท่าเรือและพลังงานยึดเหนี่ยวกับ activecompound มากที่สุดของชุดข้อมูลถึงสารประกอบที่มีศักยภาพ มีผู้เข้าร่วมประชุมกว่ายี่สิบห้าพันครั้งแรกตีสารประกอบsevencompounds พอใจเกณฑ์ทั้งหมดเหล่านี้ และกำลังใช้ขนสัตว์มีการประเมินปฏิสัมพันธ์ ผูกพัน กับ วิกฤต อะมิโน residuesat active site ของโปรติเอส ติดเชื้อ การคัดกรองเสมือนนี้ออกแบบภายใต้ศักยภาพ 1 ได้รับหนึ่งโมเลกุล ncs70804 จาก ncidatabase ซึ่งเป็นที่ยืนยันแล้วเป็นการใช้งานใน anti HIV คัดกรองจำนวนของพันธบัตรไฮโดรเจนและปฏิกิริยาชนถูก observedbetween ศักยภาพเอชไอวีโปรสารประกอบ และการ residuessuch เป็น leu24 asp25 , thr26 gly27 asp29 , , , , และ ile50 ile84 .ก่อนนี้มีตัวรับอิสระฟาร์มาโคฟอร์แบบทางอ้อม cancalculate ถูกต้องตำแหน่งและทิศทางของศักยภาพไลแกนดินผูกเว็บไซต์และรูปแบบ ที่ได้ potentialto พอดึงโมเลกุลที่ใช้งานจากฐานข้อมูล ศักยภาพผู้ติดเชื้อเอชไอวีโปรตีนโมเลกุลจะอยู่ภายใต้การทดลองเพื่อตรวจสอบและยืนยัน