Thus, reliably predicting G·U pairi

Thus, reliably predicting G·U pairing would be advantageous for deciphering RNA function from new transcriptome data.
However, while Watson−Crick nucleotide pairing can be predicted reasonably accurately at the sequence level,
predictions of pairing between guanines and uracils (G·U pairs) is much more difficult. Tandem G·U pairs inside a helix
can be thermodynamically destabilizing, with the notable exception of the sequence 5′-GGUC-3′/3′-CUGG-5′.11−14 In
contrast, all consecutive terminal G·U pairs are stabilizing (Table 1), and the amount of stability depends more on
sequence and context than other consecutive terminal mismatches in RNA duplexes.15 Thus, the same idiosyncratic
physical properties and non-nearest neighbor effects of G·U pairs that facilitate molecular recognition and specificity in
biological function frustrate RNA structure prediction.The previous unfavorable energy terms for consecutive G·U
pairs in RNA structure prediction16,17 may have underestimated the occurrence of this motif in predictions of natural RNA
sequences. For example, some debate exists about whether to include more than one consecutive G·U pair in predictions of miRNA−mRNA interactions.18,19 Recently, however, a validated virus-encoded small RNA-host mRNA interaction
contains consecutive terminal G·U pairs and explains the observed phenotype of yellow spots on leaves.20 The results
presented here show that up to four consecutive terminal G·U pairs can adopt a conformation similar to A-form that would be recognized by RNA-binding proteins, such as Dicer, Drosha, and Ago, and further support the case that consecutive terminal G·U pairs should be included in predictions of small RNA− mRNA interactions.
Terminal G·U wobble base pairs have been shown to make favorable energetic contributions to helix stability. Thus, we proposed a hypothesis that an RNA decamer with four adjacent G·U wobble base pairs on both ends will form stable base
stacking interactions in an RNA double helix despite 8 of the 10 base pairs being non-Watson Crick base pairs. To test this hypothesis, we did crystallographic and NMR studies. The crystallographic, NMR, and thermodynamic results show that
four consecutive G·U pairs can form energetically stable, Aform-
like RNA helices that could be recognized by RNA binding proteins. The base stacking and helical twist contribute
to the sequence-dependent thermodynamic stabilities of terminal consecutive G·U pairs. The main goal of the
crystallographic and NMR studies is to establish a structural basis for the observed thermodynamic stabilities of consecutive terminal G·U pairs. In addition, our results increase the diversity of known RNA structural motifs, improve RNA structure predictions, help identify functional sites in new noncoding RNAs, and help improve predictions for target sites of small RNAs.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ดังนั้น ได้คาดการณ์ G· จับคู่ U จะเป็นประโยชน์สำหรับ deciphering ฟังก์ชันอาร์เอ็นเอจากข้อมูล transcriptome ใหม่อย่างไรก็ตาม ในขณะที่นิวคลีโอไทด์ Watson−Crick จับคู่สามารถจะทำนายถูกต้องสมเหตุสมผลระดับลำดับคาดคะเนของการจับคู่ระหว่าง guanines และ uracils (G· คู่ยู) ยากมาก ตัวตามกันไป G· คู่ยูภายในเป็นเกลียวสามารถจะ thermodynamically destabilizing มีข้อยกเว้นที่โดดเด่นของการลำดับ 5′-GGUC-3′/3′-CUGG-5′.11−14 ในความคมชัด G· เทอร์มินัลติดต่อกันทั้งหมด คู่ยูเป็น stabilizing (ตารางที่ 1), และยอดของความมั่นคงมากขึ้นอยู่กับลำดับและบริบทมากกว่า mismatches เทอร์มินัลอื่นเนื่องในอาร์เอ็นเอ duplexes.15 ดังนี้ idiosyncratic เหมือนคุณสมบัติทางกายภาพและผลไม่ใช่ใกล้บ้านของ G· คู่ยูที่อำนวยความสะดวกในการรับรู้โมเลกุลและ specificity ในฟังก์ชันทางชีวภาพ frustrate ทำนายโครงสร้างของอาร์เอ็นเอ เงื่อนไขพลังงานร้ายก่อนหน้านี้สำหรับ G· ต่อเนื่อง Uคู่ใน prediction16 โครงสร้างอาร์เอ็นเอ 17 อาจมี underestimated เกิดนี้สาระสำคัญในการคาดการณ์ของอาร์เอ็นเอตามธรรมชาติลำดับนั้น ตัวอย่าง อภิปรายบางมีอยู่ว่ามี G· หนึ่งต่อเนื่องกัน คู่ U ในการคาดการณ์ของ miRNA−mRNA interactions.18,19 ล่า อย่างไรก็ตาม การตรวจไวรัสเข้ารหัสโต้อาร์เอ็นเอโฮสต์ mRNA ขนาดเล็กประกอบด้วย G· ต่อเทอร์มินัล U จับคู่ และอธิบาย phenotype พบของจุดสีเหลืองบน leaves.20 ผลนำเสนอที่นี่แสดงว่าถึงสี่ G· เทอร์มินัลที่ต่อเนื่อง คู่ยูสามารถนำ conformation ที่คล้ายกับฟอร์ม A ที่จะได้รับการรับรอง โดยการผูกอาร์เอ็นเอโปรตีน Dicer, Drosha และ ที่ผ่านมา และเพิ่มเติม สนับสนุนกรณี G· เทอร์มินัลที่ต่อเนื่อง คู่ยูควรรวมอยู่ในการคาดการณ์ของการโต้ตอบของ RNA− mRNA เล็กG· เทอร์มินัล U กระเด้งฐานคู่ได้รับการแสดงเพื่อให้ผลงานดีมีพลังเพื่อเสถียรภาพเกลียว ดังนั้น เราเสนอสมมติฐานการที่ decamer เป็นอาร์เอ็นเอ มีติด G· สี่ U กระเด้งฐานคู่ทั้งสองจะเป็นฐานที่มั่นคงโต้ตอบที่ซ้อนในเกลียวคู่เป็นอาร์เอ็นเอแม้มี 8 คู่ฐาน 10 กำลังคริกวัตสันฐานคู่ การทดสอบสมมติฐานนี้ เราได้ crystallographic NMR ในการศึกษาและการ การ crystallographic, NMR และแสดงผลขอบที่G· สี่ติดต่อกัน คู่ U สามารถฟอร์มหรบ ๆ มั่นคง Aform -เช่น helices อาร์เอ็นเอที่สามารถรับรู้ โดยอาร์เอ็นเอโปรตีนรวม ฐานซ้อนและบิด helicalจะหงิม ๆ ขอบขึ้นอยู่กับลำดับของเทอร์มินัลติดต่อกัน G· U คู่ เป้าหมายหลักของการcrystallographic และ NMR ในการศึกษาคือการ สร้างโครงสร้างพื้นฐานสำหรับหงิม ๆ ขอบสังเกตของเทอร์มินัล G· ติดต่อกัน U คู่ ผลของเราเพิ่มความหลากหลายของโครงสร้างโดดเด่นชื่อดังอาร์เอ็นเอ ปรับปรุงการคาดการณ์โครงสร้างอาร์เอ็นเอ ช่วยระบุทำงานไซต์ RNAs noncoding ใหม่ และช่วยเพิ่มคาดการณ์ท่องเที่ยวเป้าหมายของ RNAs เล็ก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ดังนั้นน่าเชื่อถือทำนาย G ·การจับคู่ U จะเป็นประโยชน์สำหรับการถอดรหัสฟังก์ชั่นอาร์เอ็นเอจากข้อมูลยีนใหม่.
อย่างไรก็ตามในขณะที่วัตสัน-Crick
จับคู่เบื่อหน่ายสามารถคาดการณ์ที่เหมาะสมถูกต้องในระดับลำดับคาดการณ์ของการจับคู่ระหว่างguanines และ uracils (G ·คู่ U ) เป็นการยากมาก Tandem G ·คู่ U
ภายในใบหูอาจจะทำให้เกิดความวุ่นวายthermodynamically ด้วยความทึ่งยกเว้นลำดับ 5'-GGUC-3 / 3'-CUGG-5'.11-14
ในทางตรงกันข้ามทุกขั้วติดต่อกันG · U เป็นคู่ การรักษาเสถียรภาพ (ตารางที่ 1)
และจำนวนเงินที่มีเสถียรภาพขึ้นอยู่กับลำดับและบริบทที่ไม่ตรงกันมากกว่าขั้วอื่นๆ ติดต่อกันใน duplexes.15 RNA
ดังนั้นเดียวกันนิสัยคุณสมบัติทางกายภาพและไม่ใช่ผลกระทบที่ใกล้ที่สุดเพื่อนบ้านของG ·คู่ U อำนวยความสะดวกในการรับรู้ว่าโมเลกุลและ
ความจำเพาะในการทำงานทางชีวภาพรอดพ้นโครงสร้างRNA prediction.The ก่อนหน้าแง่พลังงานที่ไม่เอื้ออำนวยสำหรับจีติดต่อกัน· U
คู่ในโครงสร้าง RNA prediction16,17
อาจจะมีการประเมินการเกิดขึ้นของมาตรฐานนี้ในการคาดการณ์ของอาร์เอ็นเอธรรมชาติลำดับ ยกตัวอย่างเช่นการอภิปรายเกี่ยวกับการมีอยู่ว่าจะรวมมากกว่าหนึ่งติดต่อกัน· G จับคู่ U ในการคาดการณ์ของ miRNA-mRNA interactions.18,19 เมื่อเร็ว ๆ นี้ แต่การตรวจสอบไวรัสเข้ารหัสปฏิสัมพันธ์ mRNA อาร์เอ็นเอเป็นเจ้าภาพขนาดเล็กมีติดต่อกันเป็นขั้ว G · U คู่และอธิบายฟีโนไทป์สังเกตจุดสีเหลืองบน leaves.20 ผลที่นำเสนอที่นี่แสดงให้เห็นว่าถึงสี่ติดต่อกันขั้วG ·คู่ U สามารถนำมาใช้เป็นโครงสร้างคล้ายกับรูปแบบที่จะได้รับการยอมรับจากโปรตีน RNA ผูกพันเช่น Dicer , Drosha และที่ผ่านมาและต่อไปสนับสนุนกรณีที่ขั้วติดต่อกัน G ·คู่ U ควรรวมอยู่ในการคาดการณ์ของการสื่อสารขนาดเล็ก RNA- mRNA. เทอร์มิ G · U วอกแวกฐานคู่ได้รับการแสดงที่จะทำให้ผลงานที่ดีมีพลังที่จะ Helix ความมั่นคง ดังนั้นเราจึงเสนอสมมติฐานว่า decamer อาร์เอ็นเอที่อยู่ติดกับสี่ G · U วอกแวกฐานคู่ที่ปลายทั้งสองจะเป็นฐานมั่นคงซ้อนปฏิสัมพันธ์ในอาร์เอ็นเอเกลียวคู่แม้จะมี8 จากฐานคู่ 10 เป็นไม่เป็นวัตสัน Crick ฐานคู่ เพื่อทดสอบสมมติฐานนี้เราได้ศึกษาและ crystallographic NMR crystallographic, NMR และผลทางอุณหพลศาสตร์แสดงให้เห็นว่าสี่ติดต่อกัน· G คู่ U สามารถสร้างพลังที่มีเสถียรภาพ, Aform- เช่นเอนริเก้อาร์เอ็นเอที่สามารถเป็นที่ยอมรับของอาร์เอ็นเอโปรตีนที่มีผลผูกพัน ซ้อนฐานและบิดขดลวดมีส่วนร่วมกับเสถียรภาพทางอุณหพลศาสตร์ลำดับขึ้นอยู่กับขั้วต่อเนื่องกัน G ·คู่ U เป้าหมายหลักของการศึกษา crystallographic และ NMR คือการสร้างโครงสร้างพื้นฐานสำหรับเสถียรภาพทางอุณหพลศาสตร์สังเกตของอาคารติดต่อกัน G ·คู่ U นอกจากนี้ผลของเราเพิ่มความหลากหลายของลวดลายที่เป็นที่รู้จักอาร์เอ็นเอของโครงสร้างในการปรับปรุงโครงสร้างการคาดการณ์ของอาร์เอ็นเอช่วยในการระบุสถานที่ทำงานใน RNAs noncoding ใหม่และช่วยปรับปรุงการคาดการณ์สำหรับเว็บไซต์เป้าหมายของการ RNAs ขนาดเล็ก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ดังนั้น จึงได้คาดการณ์ G ด้วยการจับคู่จะเป็นประโยชน์สำหรับคุณในการถอดรหัสยีนทราน ริปโตมฟังก์ชันจากข้อมูลใหม่ .
แต่ในขณะที่วัตสัน−คริกคู่นิวคลีโอไทด์สามารถทำนายได้อย่างถูกต้องเหมาะสมในระดับลำดับของการจับคู่ระหว่าง guanines
คาดคะเน และ uracils ( G ด้วย U คู่ ) จะยากมากขึ้น ตัว G ด้วย U คู่ภายในเกลียว
สามารถเปลี่ยนแปลง thermodynamically ,ด้วยข้อยกเว้นของลำดับ 5 ’ - ’ gguc-3 / 3 ’ - ’ cugg-5 11 − 14
คมชัดทุกขั้ว G u คู่ติดต่อกันด้วยทรงตัว ( ตารางที่ 1 ) และปริมาณของความมั่นคงขึ้นอยู่กับ
ลำดับและบริบทมากกว่าขั้วความไม่ติดต่อกันใน RNA duplexes.15 ดังนั้น
มีเหมือนกันคุณสมบัติทางกายภาพและที่ไม่ใช่เพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุดด้วยผลของ G u คู่ที่อำนวยความสะดวกในการรับรู้และความจำเพาะในระดับโมเลกุล
ฟังก์ชันทางชีวภาพเก้อทำนายโครงสร้าง RNA ก่อนหน้าที่ข้อตกลงสำหรับการติดต่อกันด้วยพลังงาน G U
คู่ใน prediction16,17 โครงสร้าง rna อาจจะประเมินการเกิดแรงจูงใจในการคาดการณ์ของ RNA
ธรรมชาติดังนี้ ตัวอย่างเช่นบางอภิปรายอยู่แล้ว ประมาณว่า มีมากกว่าหนึ่งครั้งต่อด้วย U คู่ในการคาดการณ์ของ mirna −ของการโต้ตอบ 18,19 เมื่อเร็วๆ นี้ อย่างไรก็ตาม การตรวจสอบไวรัสเข้ารหัสยีน mRNA ปฏิสัมพันธ์โฮสต์ขนาดเล็กที่มีขั้ว G U
ติดต่อกันด้วยคู่ และอธิบายการสังเกตจุดสีเหลืองบน leaves.20 ผลลัพธ์
แสดงที่นี่แสดงให้เห็นว่าถึงสี่ติดต่อกันด้วย terminal G u คู่สามารถใช้โครงสร้างที่คล้ายกับ a-form ที่จะได้รับการยอมรับโดย RNA ผูกพันโปรตีน เช่น พระจริยวัตร drosha , และ , แล้ว , และเพิ่มเติมสนับสนุนกรณีติดต่อกันด้วย terminal G u คู่ที่ควรจะรวมอยู่ในการคาดการณ์ของเล็ก ๆของ RNA −
การโต้ตอบอาคาร G ด้วย U , คู่เบสที่ได้แสดงให้อันคึกคักต่อเสถียรภาพเกลียว . วันก่อน , we proposed a hypothesis that an decamer rna with four adjacent g · u wobble pairs บริเวณเจ็ด ends หยุดนาน
base stable สาสน์ in an rna ไฟฟ้า helix อย่างง่ายดาย 8 ของ the 10 base pairs being non ขุ่นมัว crick base pairs . เพื่อทดสอบสมมติฐานนี้เราทำและทาง NMR ศึกษา ส่วนทางคุณ และแสดงผลทางอุณหพลศาสตร์ที่ 4 ติดต่อกันด้วย
g u คู่สามารถสร้างพลังที่มั่นคง aform -
ชอบ helices RNA ที่สามารถรับการยอมรับโดย RNA ผูกพันโปรตีน ฐานซ้อนและเกลียวบิดมีส่วนร่วม
เพื่อลำดับขึ้นอยู่กับเสถียรภาพของทางสถานีติดต่อกันด้วย U G คู่ เป้าหมายหลักของ
และทาง NMR ศึกษาคือ การสร้างพื้นฐานทางโครงสร้างและเสถียรภาพของอาคาร G u ติดต่อกันด้วยคู่ นอกจากนี้ ผลเพิ่มความหลากหลายของลวดลายโครงสร้างอาร์เอ็นเอ RNA รู้จักปรับปรุงการคาดการณ์โครงสร้าง ช่วยระบุการทำงานเว็บไซต์ใหม่ใน noncoding RNAs และช่วยปรับปรุงการคาดการณ์สำหรับเป้าหมายของเว็บไซต์ RNAs ขนาดเล็ก