Minimum enrichment time and PCR det

Minimum enrichment time and PCR detection
sensitivity
Traditional culture based approaches for the detection of
E. coli O157:H7, such as growth on SMAC agar, and further
screening for production of Shiga-like toxin may take several
days. Techniques which rapidly detect presence of pathogen
are highly desirable, potentially accelerating diagnosis of
disease in an individual, enabling earlier treatment. Rapid
detection of the O157:H7 serotype in environmental samples
may also be of bene®t in screening private drinking water
prior to human consumption, obtained from sources in
proximity to agricultural land. In this study, the effects of
length of enrichment time on PCR detection sensitivity of
E. coli O157:H7 in Glencorse soil were investigated.
Enrichment times as short as 6 h were required for simultaneous ampli®cation of H7, intimin and O157 encoding
genes when soil received an initial inoculum of
³ 1á13 ´ 104 cfu g±1 soil (Fig. 2). Faint bands, corresponding
to the intimin and O157, but not the H7 gene products,
could also be detected from soil that had been initially
spiked with 1á13 ´ 102 and 1á13 ´ 103 cfu g±1 soil. According
to the original study which developed this multiplex PCR
assay and tested 19 different E. coli serotypes, the presence
of the intimin amplicon on its own was suf®cient to
differentiate the O157:H7 serotype from other E. coli serotypes
(Hu et al. 1999). The weakness or complete absence of
the H7 product indicates inef®ciency of ampli®cation of this
larger gene target during ampli®cation. Despite this,
increasing primary enrichment time to 8 h enabled detection
of as few as 1á36 ´ 102 cfu g±1 soil through simultaneous
ampli®cation of the three gene targets (Fig. 3). PCR products corresponding to O157 and intimin were also obtained from
soil spiked with 1á36 ´ 101 cfu g±1 soil, although again the
H7 product was absent. Use of an 8-h primary soil
enrichment, along with the multiplex PCR approach
described here, offers the possibility of sensitive detection
of E. coli O157:H7 in soil within one working day. Pathogen
detection time in soil and water could further be reduced by
use of ¯uorogenic probes in PCR reactions (Bassler et al.
1995; Oberst et al. 1998; Sharma et al. 1999). This method
avoids the need for agarose gel visualization of postampli-
®cation products due to the release of a ¯uorogenic reporter
dye during DNA polymerization (Lee et al. 1993). Further,
the application of rapid PCR thermal-cycling instrumentation
coupled with the use of ¯uorogenic probes have resulted
in PCR assay times as little as 20 min for detection of
Bacillus spores (Belgrader et al. 2000). It may therefore be
possible to combine these technologies for rapid detection of
E. coli O157:H7

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตรวจ PCR และเวลาต่ำสุดในบ่อความไววัฒนธรรมตามแนวทางการตรวจO157:H7 e. coli เช่นเจริญเติบโตบน SMAC agar และเพิ่มเติมคัดกรองสำหรับผลิตสารพิษชิงะเหมือนอาจใช้เวลาหลายวันนั้น เทคนิคที่พบของการศึกษาอย่างรวดเร็วกำลังต้องการอย่างมาก อาจเร่งวินิจฉัยโรคในบุคคล เปิดใช้งานการรักษาก่อนหน้านี้ อย่างรวดเร็วตรวจ serotype O157:H7 ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อมอาจจะของ bene ® t ในการคัดกรองน้ำดื่มส่วนตัวก่อนมนุษย์บริโภค ได้จากแหล่งในแห่งการเกษตร ในการศึกษานี้ ผลกระทบของระยะเวลาในการเติมเต็มใน PCR ตรวจหาระดับความสำคัญของO157:H7 e. coli ในดิน Glencorse ถูกตรวจสอบขอเวลาสั้นเพียง 6 h ถูกต้องสำหรับ ampli พร้อม ® cation H7, intimin และเข้ารหัส O157ยีนเมื่อดินได้รับ inoculum การเริ่มต้นของ³ 1á13 ´ 104 cfu g±1 ดิน (Fig. 2) วงมัว สอดคล้องintimin และ O157 แต่ไม่ H7 ยีน ผลิตภัณฑ์นอกจากนี้ยังสามารถตรวจพบได้จากดินที่มีการเริ่มต้นspiked 1á13 ´ 102 และ 1á13 ´ 103 cfu g±1 ดิน ตามการศึกษาเดิมซึ่งพัฒนา PCR นี้ multiplexวิเคราะห์และทดสอบ 19 แตกต่าง E. coli serotypes สถานะของ intimin ใน amplicon นั้นมี suf ® cient เพื่อO157:H7 serotype แตกต่างจากอื่น ๆ serotypes E. coli(Hu et al. 1999) อ่อนแอหรือขาดงานที่สมบูรณ์ของผลิตภัณฑ์ H7 บ่งชี้ inef ® ciency ampli ® cation นี้ใหญ่ยีนเป้าหมายระหว่าง ampli ® cation แม้นี้เพิ่มเติมเต็มหลักเวลาตรวจ h 8 ที่เปิดใช้งานของน้อย 1á36 ´ 102 cfu g±1 ดินผ่านพร้อมกันampli ® cation สามยีนเป้าหมาย (Fig. 3) ผลิตภัณฑ์ PCR ที่สอดคล้องกับ O157 และ intimin นอกจากนี้ยังได้รับจากดินดำ spiked 1á36 ´ 101 cfu g±1 ดิน แต่อีกผลิตภัณฑ์ H7 ไม่ขาด ใช้ดินเป็นหลัก 8-hโดดเด่น ด้วยวิธี PCR multiplexอธิบายไว้ที่นี่ ให้ตรวจสอบที่สำคัญของ O157:H7 E. coli ในดินภายในหนึ่งวันทำการ การศึกษาเพิ่มเติมสามารถลดเวลาการตรวจสอบดินและน้ำที่ใช้ ¯uorogenic คลิปปากตะเข้ในปฏิกิริยา PCR (Bassler et al1995 Al. ร้อยเอ็ด Oberst 1998 Sharma et al. 1999) วิธีการนี้หลีกเลี่ยงการต้องการแสดงภาพประกอบเพลงเจ agarose ของ postampli-® cation ผลิตภัณฑ์เนื่องจากการเปิดตัวของผู้สื่อข่าว ¯uorogenicสีย้อมระหว่างดีเอ็นเอ polymerization (Lee et al. 1993) เพิ่มเติมการประยุกต์ใช้เครื่องมือการขี่จักรยานความร้อน PCR อย่างรวดเร็วควบคู่กับการใช้ ¯uorogenic คลิปปากตะเข้มีผลใน PCR assay เวลาเพียง 20 นาทีตรวจคัดเพาะเฟิร์น (Belgrader et al. 2000) ดังนั้นอาจได้รวมเทคโนโลยีเหล่านี้ตรวจอย่างรวดเร็วO157:H7 e. coli

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เวลาการตกแต่งขั้นต่ำและการตรวจสอบ PCR ไววัฒนธรรมแบบดั้งเดิมที่ใช้วิธีการสำหรับการตรวจสอบของอี coli O157: H7 เช่นการเจริญเติบโตในอาหารเลี้ยงเชื้อ SMAC และต่อไปการตรวจคัดกรองในการผลิตสารพิษShiga เช่นอาจใช้เวลาหลายวัน เทคนิคที่อย่างรวดเร็วตรวจสอบสถานะของการติดเชื้อจะน่าพอใจอย่างมากที่อาจเร่งการวินิจฉัยของโรคในบุคคลที่ช่วยให้การรักษาก่อนหน้านี้ อย่างรวดเร็วการตรวจสอบของ O157: H7 serotype ในตัวอย่างด้านสิ่งแวดล้อมนอกจากนี้ยังอาจจะมีการตรวจคัดกรองในbene®tน้ำดื่มส่วนตัวก่อนที่จะมีการบริโภคของมนุษย์ได้รับจากแหล่งในบริเวณใกล้เคียงกับที่ดินเพื่อการเกษตร ในการศึกษานี้ผลกระทบของระยะเวลาการเพิ่มคุณค่าในการตรวจสอบความไวของ PCR อี coli O157:. H7 ในดิน Glencorse ถูกตรวจสอบครั้งการเพิ่มปริมาณเป็นสั้น6 ชั่วโมงต้องสำหรับampli®cationพร้อมกันของ H7, intimin O157 และการเข้ารหัสยีนเมื่อดินได้รับเชื้อเริ่มต้นของ³1á13 '104 โคโลนีต่อกรัม± 1 ดิน (รูปที่ . 2) วงดนตรีที่ลมสอดคล้องกับ intimin และ O157 แต่ไม่ผลิตภัณฑ์ยีน H7, นอกจากนี้ยังสามารถตรวจพบได้จากดินที่ได้รับในตอนแรกถูกแทงด้วย1á13 '102 และ1á13' 103 โคโลนีต่อกรัม± 1 ดิน ตามการศึกษาเดิมซึ่งการพัฒนา PCR นี้หลายการทดสอบและผ่านการทดสอบที่แตกต่างกัน19 สายพันธุ์เชื้อ E. coli, การปรากฏตัวของintimin amplicon ในตัวเองเป็นsuf®cientที่จะแยกความแตกต่างO157: H7 serotype จากคนอื่น ๆ สายพันธุ์เชื้อ E. coli (Hu et al, . 1999) จุดอ่อนหรือไม่มีที่สมบูรณ์ของผลิตภัณฑ์ H7 บ่งชี้inef®ciencyของampli®cationนี้เป้าหมายของยีนที่มีขนาดใหญ่ในช่วงampli®cation อย่างไรก็ตามเรื่องนี้เวลาที่เพิ่มคุณค่าหลักที่เพิ่มขึ้นเพื่อเปิดใช้งาน 8 ชั่วโมงตรวจจับของไม่กี่เท่า1á36 '102 โคโลนีต่อกรัม± 1 ผ่านดินพร้อมกันampli®cationในสามของยีนเป้าหมาย(รูปที่. 3) ผลิตภัณฑ์ PCR ที่สอดคล้องกับ O157 และ intimin ที่ได้รับจากดินถูกแทงด้วย1á36 '101 โคโลนีต่อกรัม± 1 ดินแม้ว่าอีกครั้งสินค้าH7 ขาด การใช้ 8 ชั่วโมงดินหลักเพิ่มคุณค่าพร้อมกับวิธีPCR multiplex อธิบายไว้ที่นี่มีความเป็นไปของการตรวจสอบที่สำคัญของเชื้อ E. coli O157: H7 ในดินภายในหนึ่งวันทำการ เชื้อโรคเวลาในการตรวจสอบดินและน้ำต่อไปอาจจะลดลงโดยการใช้ฟิวส์¯uorogenicในปฏิกิริยาPCR (Bassler et al. 1995; เบร์ et al, 1998;. Sharma et al, 1999). วิธีการนี้จะหลีกเลี่ยงความจำเป็นสำหรับการแสดงของเจล agarose postampli- ผลิตภัณฑ์®cationเนื่องจากการปล่อยของนักข่าว¯uorogenicย้อมระหว่างพอลิเมอดีเอ็นเอ (Lee et al. 1993) นอกจากนี้การประยุกต์ใช้อย่างรวดเร็ว PCR วัดความร้อนขี่จักรยานควบคู่ไปกับการใช้งานของยานสำรวจ¯uorogenicมีผลในการทดสอบครั้งPCR เป็นเพียง 20 นาทีสำหรับการตรวจสอบของสปอร์ของเชื้อBacillus (Belgrader et al. 2000) ดังนั้นจึงอาจจะเป็นไปได้ที่จะรวมเทคโนโลยีเหล่านี้สำหรับการตรวจสอบอย่างรวดเร็วของอี coli O157: H7

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เวลาเสริมขั้นต่ำและ PCR ตรวจหาความไว

วัฒนธรรมดั้งเดิม ตามแนวทางการตรวจหาเชื้อ E . coli เป็นสมาชิก
) เช่นการเจริญเติบโตใน smac วุ้น และการตรวจเพิ่มเติมเพื่อผลิตสารพิษชิกา ชอบ

อาจใช้เวลาหลายวัน เทคนิคที่รวดเร็วตรวจสอบสถานะของเชื้อโรค
ที่พึงประสงค์สูง อาจเร่งวินิจฉัย
โรคในแต่ละคนทำให้การรักษาก่อนหน้านี้ การตรวจสอบของการเป็นสมาชิก : H7 ในตัวอย่าง

หรือสิ่งแวดล้อมที่อาจจะมีดี® t ในการคัดกรอง
น้ำดื่มส่วนตัวก่อนการบริโภคของมนุษย์ที่ได้รับจากแหล่งใน
ใกล้กับที่ดินการเกษตร การศึกษาผลของความยาวของเวลาใน PCR

ความไวของการตรวจหาเชื้อ E . coli ) เป็นสมาชิกใน glencorse ดิน
คือเพื่อเวลาสั้น 6 ชั่วโมงต้องพร้อมกัน ampli ®ไอออนบวกของอินติมินเป็นสมาชิก ) และการเข้ารหัส
ยีนเมื่อดินได้รับเชื้อครั้งแรก
³ 13 ใหม่ 104 CFU ต่อ 1 . kgm ± 1 ดิน ( รูปที่ 2 ) แถบเป็นลมที่
กับอินติมินเป็นสมาชิกและ แต่ไม่ใช่ H7 ยีนผลิตภัณฑ์
ยังอาจถูกตรวจพบจากดินที่ได้รับในตอนแรก
C 1 . kgm 13 ใหม่ 102 และ 103 CFU / กรัม 1 . kgm 13 ใหม่± 1 ดิน
ตามกับต้นฉบับที่พัฒนา multiplex PCR การศึกษานี้วิเคราะห์และทดสอบ
19 ที่แตกต่างกัน ( E . coli , การแสดง
ของอินติมินและในตัวของมันเองคือซุฟ® cient

( เป็นสมาชิก ) หรือจาก E . coli (
( Hu et al . 1999 ) ความอ่อนแอ หรือการขาดที่สมบูรณ์ของผลิตภัณฑ์® INEF )
แสดงประสิทธิภาพของ ampli ®ไอออนบวกของยีนเป้าหมายในระหว่างนี้
ขนาดใหญ่ ampli ®ไอออนบวกแม้จะมีการเพิ่มขึ้นนี้
8 H ใช้เวลาการตรวจสอบ
ของน้อยเป็น 1 . kgm 36 ใหม่ 102 CFU ต่อ± 1 ดินผ่านพร้อมกัน
ampli ®ไอออนบวกของ 3 ยีนเป้าหมาย ( รูปที่ 3 ) ซึ่งสอดคล้องกับผลิตภัณฑ์และยังเป็นสมาชิกอินติมินได้จากดิน
C 1 . kgm 36 ใหม่ 101 CFU ต่อ± 1 ดิน แม้ว่าอีก
) สินค้าที่ขาด ใช้ในการประมาณการเสริมดิน
,พร้อมกับวิธี multiplex PCR
อธิบายที่นี่มีความเป็นไปได้ของการตรวจสอบความไวของเชื้อ E . coli
เป็นสมาชิก : H7 ในดินภายในวันงาน การตรวจหาเชื้อโรค
เวลา ในดินและน้ำ ต่อไปอาจจะลดลงโดยการใช้¯
uorogenic ) ในปฏิกิริยา PCR ( bassler et al .
1995 ; oberst et al . 1998 ; Sharma et al . 1999 ) วิธีนี้ไม่ต้องเจล
-
postampli การแสดงของ®ผลิตภัณฑ์เนื่องจากการเปิดตัวของ¯ uorogenic นักข่าว
สีในแบบ DNA ( ลี et al . 1993 ) ต่อไป
ใบสมัครอย่างรวดเร็วของ PCR วัฏจักรเครื่องมือ
ควบคู่กับการใช้¯ uorogenic ฟิวส์มีผล
ใน PCR assay ครั้งเป็นเพียง 20 นาทีสำหรับการตรวจหาเชื้อสปอร์ (
belgrader et al . 2000 ) มันจึงอาจจะ
เป็นไปได้ที่จะรวมเทคโนโลยีเหล่านี้สำหรับการตรวจหาเชื้อ E . coli : H7
เป็นสมาชิกรวดเร็ว