For the identification of strains 6

For the identification of strains 64T and 122, a PCR assay
with primers targeting the hsp60 gene was developed and
the sensitivity and specificity were evaluated to conform
to previous studies (Houf et al., 2000; Douidah et al.,2010). Reference strains of species of the genus Arcobacter
and other closely related bacteria were obtained from
the BCCM/LMG and CIP bacteria collections (seeSupplementary Table S1). Arcobacter reference strains were
grown on Mueller–Hinton agar plates supplemented with
5% defibrinated horse blood for 48 h at 30 uC and under
microaerobic conditions obtained by evacuating 80% of
the normal atmosphere and introducing a gas mixture of
8% CO2, 8% H2 and 84% N2 into the jar. Cultivation of
closely related organisms was performed according to their
specific needs. PCRs were performed in a reaction mixture
(50 ml final volumes) composed of sterile water (Sigma),
2 ml bacterial DNA (50 ng ml21), 5 ml 106 PCR buffer
(Invitrogen), 1.4 mmol l21 MgCl2 (Invitrogen), 2 U Taq
DNA polymerase (Invitrogen), a dNTP mixture with each
dNTP at a final concentration of 10 mmol l21 (Invitrogen)
and 50 pmol of forward hsp60F (59-TTGAACTTAAAAAAGCTTCGAG-
39) and reverse hsp60R (59-TCCATCAACATCTTCAGCTAC-
39) primers (Invitrogen). A PerkinElmer
Gene-Amp System 9700 thermocycler was used (Applied
Biosystems). Prior to cycling, samples were heated at 94 uC
for 3 min. The PCR protocol involved 30 cycles of
denaturation (94 uC for 45 s), primer annealing (58 uC
for 45 s) and chain extension (72 uC for 45 s), followed by
a final elongation step at 72 uC for 5 min. The PCR
products (10 ml) were size separated by electrophoresis at
100 V for 90 min in 1% agarose gels using 0.5 TBE as a
buffer. A Track-It 100 bp ladder (Invitrogen) was used as
molecular mass marker. Gels were stained with ethidium
bromide (1 mg ml21) and DNA fragments were visualized
by UV transillumination and photographed. The selected
primers amplified a 383 bp fragment of the hsp60 gene of
the novel isolates (see Supplementary Fig. S5). No PCR
product was generated for closely related species of the
genera Arcobacter, Campylobacter or Helicobacter, nor for
strains of Escherichia coli and Salmonella enterica (not shown).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เพื่อระบุตัวตนของสายพันธุ์และ 64T 122, ทดสอบ pcr
ด้วยไพรเมอร์การกำหนดเป้​​าหมายของยีน hsp60 ได้รับการพัฒนาและ
ความไวและความจำเพาะได้รับการประเมินเพื่อให้สอดคล้องกับการศึกษา
ก่อนหน้า (houf และคณะ, 2000;.. douidah et al, 2010) . สายพันธุ์อ้างอิงของสายพันธุ์ของพืชและสัตว์ arcobacter
และแบคทีเรียอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดที่ได้รับจาก
bccm / lmg และแบคทีเรีย CIP คอลเลกชัน (S1 ตาราง seesupplementary) สายพันธุ์อ้างอิง
arcobacter ถูกปลูกบนแผ่นวุ้น mueller-ฮินตันเสริมด้วย
5% เลือดม้า defibrinated เวลา 48 ชั่วโมงวันที่ 30 UC และภายใต้เงื่อนไข
microaerobic ได้มาจากการอพยพ 80% ของ
บรรยากาศปกติและแนะนำก๊าซผสมของ
8% CO2, 8% h2 และ 84% n2 ลงในขวด การเพาะปลูกของ
สิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดได้ดำเนินการตาม
ต้องการของพวกเขา PCRs ได้ดำเนินการในผสมปฏิกิริยา
(50 มล. ปริมาณสุดท้าย) ประกอบด้วยน้ำหมัน (ซิก)
2 มล. dna แบคทีเรีย (50 ng ml21), 5 ml 106 บัฟเฟอร์ pcr
(Invitrogen) 1.4 มิลลิโมล L21 MgCl2 (Invitrogen) 2 u
taq dna โพลิเมอร์ (Invitrogen) ส่วนผสม dntp กัน
dntp ที่ความเข้มข้นสุดท้ายของ 10 มิลลิโมล L21 (Invitrogen)
และ 50 pmol ของ hsp60f ไปข้างหน้า (59-ttgaacttaaaaaagcttcgag-
39) และกลับ hsp60r (59-tccatcaacatcttcagctac-
39) ไพรเมอร์ (Invitrogen) PERKINELMER
ระบบยีนแอมป์ 9700 thermocycler ถูกนำมาใช้ (นำมาประยุกต์ใช้ศาสตร์ใน
) ก่อนที่จะขี่จักรยานตัวอย่างถูกความร้อนที่ 94 UC
เป็นเวลา 3 นาที โปรโตคอล pcr ที่เกี่ยวข้อง 30 รอบ
denaturation (94 UC 45 s) หลอมไพรเมอร์ (58 UC
45 s) และขยายโซ่ (72 UC 45 s) ตามด้วยขั้นตอนการยืดตัว
สุดท้ายที่ 72 UC เป็นเวลา 5 นาที pcr
ผลิตภัณฑ์ (10 มล. ) ขนาดถูกแยกจากกันโดยที่อิ
100 v 90 นาทีใน 1% เจล agarose ใช้ 0.5 TBE เป็น
บัฟเฟอร์ 100 bp บันไดติดตามมัน (Invitrogen) ถูกใช้เป็นเครื่องหมาย
มวลโมเลกุล เจลที่ถูกย้อมด้วยสี ethidium
โบรไมด์ (1 มิลลิกรัม ml21) และชิ้นส่วนดีเอ็นเอถูกมองเห็น
โดย transillumination ยูวีและถ่ายภาพ ไพรเมอร์ที่เลือก
ขยายส่วน 383 bp ของยีน hsp60 ของ
สายพันธุ์ใหม่ (ดูมะเดื่อเสริม s5.) ไม่มี pcr
ผลิตภัณฑ์ที่ถูกสร้างขึ้นสำหรับสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดของ
จำพวก arcobacter campylobacter หรือ Helicobacter หรือการ
สายพันธุ์ของเชื้อ Escherichia coli และเชื้อ Salmonella enterica (ไม่แสดง)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สำหรับรหัสของ strains 64T และ 122 ทดสอบ PCR
กับไพรเมอร์ กำหนดเป้าหมายยีน hsp60 ได้รับการพัฒนา และ
ความไวและ specificity ถูกประเมินเพื่อให้สอดคล้อง
การศึกษาก่อนหน้านี้ (Houf et al., 2000 Douidah et al., 2010) อ้างอิงถึงสายพันธุ์ของสายพันธุ์ของพืชสกุล Arcobacter
และแบคทีเรียอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดได้รับมาจาก
ที่ BCCM/LMG และ CIP แบคทีเรียชุด (seeSupplementary S1 ตาราง) มีสายพันธุ์อ้างอิง Arcobacter
ปลูกใน Mueller–Hinton agar แผ่นเสริมด้วย
เลือดม้า defibrinated 5% สำหรับ 48 h ที่ 30 uC และภายใต้
รับเงื่อนไข microaerobic evacuating 80% ของ
บรรยากาศปกติและแนะนำการผสมระหว่างก๊าซ
8% CO2, 8% H2 และ 84% N2 ลงในขวด เพาะปลูกของ
มีดำเนินชีวิตที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดตามการ
ต้องการ PCRs ได้ดำเนินการในส่วนผสมปฏิกิริยา
(50 ml สุดท้ายไดรฟ์) ประกอบด้วยกระบอกน้ำ (ซิกมา),
2 ml แบคทีเรียดีเอ็นเอ (50 ng ml21), buffer
(Invitrogen) PCR 5 ml 106, 1.4 mmol l21 MgCl2 (Invitrogen), 2 U Taq
พอลิเม DNA อเรส (Invitrogen), ส่วนผสม dNTP แต่ละ
dNTP ที่เข้มข้นสุดท้ายของ 10 mmol l21 (Invitrogen)
และ 50 pmol ของ hsp60F ไปข้างหน้า (59 - TTGAACTTAAAAAAGCTTCGAG-
39) และย้อนกลับ hsp60R (59 - TCCATCAACATCTTCAGCTAC-
39) ไพรเมอร์ (Invitrogen) เป็น PerkinElmer
ใช้ 9700 ระบบยีน Amp thermocycler (ประยุกต์
Biosystems) ก่อนปั่นจักรยาน ตัวอย่างถูกความร้อนที่ 94 uC
สำหรับ 3 นาที รอบ 30 ของที่เกี่ยวข้องกับโพรโทคอล PCR
denaturation (uC 94 สำหรับ 45 s), การอบเหนียวสีรองพื้น (58 uC
สำหรับ 45 s) และโซ่ส่วนขยาย (uC 72 สำหรับ 45 s),:"ตามด้วย
ขั้นตอนสุดท้าย elongation ที่ uC 72 สำหรับ 5 นาที PCR
ผลิตภัณฑ์ (10 ml) ถูกคั่น ด้วย electrophoresis ในขนาด
100 V สำหรับ 90 นาทีในเจ 1% agarose ใช้ TBE 0.5 เป็นแบบ
บัฟเฟอร์ บันไดมันติดตาม 100 bp (Invitrogen) ถูกใช้เป็น
เครื่องหมายมวลโมเลกุล เจมีสี ด้วย ethidium
visualized โบรไมด์ (ml21 1 มิลลิกรัม) และบางส่วนของ DNA
โดย UV transillumination และ photographed ที่เลือก
ไพรเมอร์ขยายส่วน bp 383 ของยีน hsp60 ของ
isolates นวนิยาย (ดูฟิกเสริม S5) PCR ไม่
สร้างผลิตภัณฑ์สำหรับพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด
สกุล Arcobacter, Campylobacter หรือ กระเพาะ หรือสำหรับ
สายพันธุ์ Escherichia coli และ enterica ซัล (ไม่แสดง)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สำหรับการระบุตัวตนในด้านพันธุ์ 64 T และ 122 ,ที่ pcr สอบ
พร้อมด้วย primers เป้าหมาย HSP 60 ยีนได้รับการพัฒนาขึ้นมาและ
ซึ่งจะช่วยให้ระดับความไวและ Mainstream )เพียงเท่านั้นเป็นการประเมินเพื่อเป็นไปตาม
ไปก่อนหน้าการศึกษา( houf et al ., 2000 ; douidah et al ., 2010 ) ความตึงเครียดการอ้างอิงของสายพันธุ์ของพืชที่ arcobacter
แบคทีเรียและอื่นๆที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดได้จาก
bccm /แอลเอ็มจีและ CIP คอลเลกชันแบคทีเรีย( seesupplementary โต๊ะ S 1 ) คู่มืออ้างอิงฉบับย่อ arcobacter
ซึ่งจะช่วยขยายพันธุ์ได้ใน Mueller - hinton สาหร่ายแผ่นความร้อนและเสริมด้วย
5% defibrinated ม้าเลือดสำหรับ 48 ชั่วโมงที่ 30 UC และอยู่ ภายใต้ เงื่อนไข
microaerobic อกสั่นขวัญแขวนมาได้ 80% ของ
ซึ่งจะช่วยได้ตามปกติและมีบรรยากาศขอแนะนำให้ก๊าซส่วนผสมของก๊าซ CO 2 ระบบไฮโดรเพาเวอร์ไฮโดรเพาเวอร์
8% , 8% และ 84 H 2 N 2% เข้าไปในโถปั่น การปลูก
ตามมาตรฐานสิ่งมีชีวิตอย่างใกล้ชิดที่เกี่ยวข้องได้ดำเนินการตามความต้องการเฉพาะของเขา
pcrs นั้นดำเนินการในที่เกิดการผสมผสาน
( 50 มล.สุดท้ายวอลุ่ม)ประกอบด้วยการฆ่าเชื้อน้ำ( Six Sigma ),
2 มล.เกิดจากเชื้อแบคทีเรียดีเอ็นเอ( 50 ไนจีเรียมล. 21 ), 5 มล. 106 pcr บัฟเฟอร์
( invitrogen ), 1.4 มิลลิโมล L 21 mgcl 2 ( invitrogen ), 2 U taq
ดีเอ็นเอ polymerase ( invitrogen ),ที่ dntp ผสมผสานด้วย
dntp ที่ที่สุดท้ายความเข้มข้นของ 10 มิลลิโมล L 21 ( invitrogen )
และ 50 pmol ด้านหน้า HSP 60 F ( 59 - ttgaacttaaaaaagcttcgag -
39 )และย้อนกลับ HSP 60 R ( 59 - tccatcaacatcttcagctac -
39 ) primers ( invitrogen ) perkinelmer
gene-amp ระบบ 9700 thermocycler ได้ถูกใช้(ใช้
biosystems ) ก่อนที่จะขี่จักรยานเป็นตัวอย่างที่ 94 UC
สำหรับ 3 นาทีโปรโตคอล pcr ที่เกี่ยวข้องกับ 30 รอบของ
denaturation ( 94 UC 45 S )เชื้อปะทุ annealing ( 58 UC
สำหรับ 45 S )และสายต่อ( 72 UC 45 S ),ตามด้วย
สุดท้าย elongation ขั้นตอนที่ 72 UC สำหรับ 5 นาทีที่ pcr
สินค้า( 10 มล.)แยกออกจากกันโดยมีขนาด electrophoresis ที่
100 V สำหรับ 90 นาทีใน 1% agarose ผลิตภัณฑ์ ประเภท แวกซ์,เจลใช้ 0.5 tbe เป็น
บัฟเฟอร์. track-it 100 BP บันได( invitrogen )ที่ได้เคยถูกใช้เป็น
มาร์คโมเลกุลขนาดใหญ่ ผลิตภัณฑ์ ประเภท แวกซ์,เจลมีแต้มสีพร้อมด้วย ethidium
ไม่น่าทึ่ง( 1 มล.มก. 21 )และเศษดีเอ็นเออยู่เคียงข้าง
โดยรังสี UV transillumination และได้ถ่ายรูป. เลือก
ซึ่งจะช่วยให้ primers แอมพลิฟาย, 383 ,ไม่ปะติดปะต่อกัน BP ของ 60 ยีน HSP ของนวนิยาย
ซึ่งจะช่วยให้แยก(ดูเพิ่มเติมรูป S 5 ) ผลิตภัณฑ์ pcr
ไม่ถูกสร้างขึ้นสำหรับสายพันธุ์ต่างๆที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดถึงความเจ็บไข้ได้ป่วยสาเหตุมาจาก arcobacter
เอื้องหรือ helicobacter หรือสำหรับ
พันธุ์ของริคีอา enterica พอใจและผล(ไม่มีใน ภาพ ประกอบ)